Epstein-Barr病毒基因组编码的BARF-1和EC-LF4蛋白质与免疫球蛋白结构同源

将EB病毒蛋白质BARF-1和EC-LF4与NBRF蛋白质库的序列进行局部同源性检索以及与已知的Ig V或C功能区相关分子进行对准比较,检查了同源性积分的统计学意义,并进行了二级结构预测和疏水性分析,确定了BARF-1的第13-124位和第126-221位残基片段分别与V和C样功能区类似,EC-LF4的第20-135位残基片段与V样功能区相似,BARF-1是非膜蛋白,EC-LF4是膜整合蛋白,其胞外部分近膜侧有一个类似于Ig绞链区的序列。因此,BARF-1与Ig轻链结构相似,EC-LF4与CD8抗原的第一条链相似。根据Ig超族分子的一般功能(即介导细胞粘附和细胞识别),推测EC-LF4可能作为一种粘附分子与淋巴细胞表面的Ig相关分子结合而促进EB病毒对淋巴细胞的感染。BARF-1因已知与病毒复制有关,与Ig超族的一般功能无关。EC-LF4和BARF-1的Ig样功能区可能来源于EB病毒对宿主细胞Ig基因的整合。     

EMBOSS和EMBnet

笔者撰写的“EMBOSS软件包序列分析程序实例”一文,已经在《生物信息学》期刊2021年第19卷第1期发表。此文介绍欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite, EMBOSS)。EMBOSS是欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network, EMBnet)于上世纪九十年代末启动的以欧洲国家为主的国际合作项目,是生物信息学领域中较早投入使用的大型开源软件包。本文基于笔者亲身经历,回顾EMBOSS项目的来龙去脉,讲述EMBnet三十多年来的发展历程,及其对生物信息开发、服务和教育培训等方面的贡献,从某个侧面为读者特别是年轻读者展示生物信息学发展早期的一段历史。     

农业科研试验数据分析系统－LNT

分析了农业科研试验统计的基本方法,简述了统计软件包－ＬＮＴ的程序总控流程及主要功能,阐述了软件包的主要特点,提出了将农业统计分为方差分析、相关通径、回归分析、遗传分析和数据管理五大类２４小类的思想,编写了１２１种统计方法,运行于各种机型的集成软件包－ＬＮＴ。     

SeqHunter：序列搜索与分析的生物信息学软件包

利用Microsoft Visual Basic 6.0脚本,开发了一个在Windows平台下使用的生物信息学软件包SeqHunter;该软件包以简便的图形界面操作方式,可以实现本地化Blast,序列提取、比对与分析,序列数据库建立和管理等多种常用功能,为基因功能分析与大规模基因组数据挖掘提供了一个实用工具。     

hCGβ-CTP37多聚体在巴斯德毕赤酵母中的表达及其表达产物的结构预测

hCGβ-CTP37(简称CTP)肽段是hCG分子的特有部分,存在hCG的特异表位。为了解CTP利用毕赤酵母进行表达的情况及探索其作为研制调节生育和抗肿瘤疫苗的可行性,本研究中我们将2、3、4个CTP以头尾串联的方式重组成多聚体基因,然后克隆入载体pPIC9K得到表达质粒pPIC9K-Cα-(CTP)n(n=2,3,4),电转染入酵母细胞进行表达。在培养基上清中我们检测到了目的基因表达产物,Western blot结果显示它们的分子量分别约为：20KDa、30KDa、40KDa,且能与抗hCG多克隆抗体结合。另外,我们还利用ANTHEPROT 4．3蛋白序列分析软件包对表达产物CTP四聚体的结构进行了预测分析,结果表明CTP四聚体的抗原性明显强于hCGβ-CTP37单聚体,CTP四聚体与hCGβ二级结构较为相似,但CTP四聚体的抗原专一性要优于hCGβ。CTP多聚体在毕赤酵母系统中的成功表达及对表达产物抗原性的初步分析为今后利用CTP研制调节生育和抗肿瘤疫苗奠定了基础。     

用于立体视检测的微机软件包的设计

为了快速、方便、准确地检测人的立体视功能,根据双眼视差原理,设计了用于立体视检测的微机软件包称为立体视检测(SVT).利用该软件可在彩色屏幕(VGA)上产生静态等视差图(图中各部分的视差不随空间位置的变化而改变)、变视差图、以及在深度上的正弦波状起伏图形.叙述了设计原理和程序框图;报导了用SVT软件包对视力正常和异常儿童的立体视检测结果并讨论了其临床应用价值．     

Phred/Phrap/Consed/Polyphred:类Unix平台的测序数据管理和SNP识别软件包

尽管二代基因组测序技术日渐流行,Sanger测序依旧是SNP识别和分析的金标准。传统对于Sanger测序结果的分析多依赖Seq Man等软件进行。然而这类软件大多依靠人工操作来识别和记录测序结果中的SNP位点,效率低下且容易发生错误。此外,当对多个个体进行序列测定时,这类软件无法完成对群体数据的管理和输出,给研究人员造成了一定的不便。Phred/Phrap/Consed/Polyphred是华盛顿大学开发的基于类Unix平台的软件包,在大规模测序数据的管理和SNP自动识别、标记与输出方面具有强大的功能。然而,由于其安装和使用较为复杂,在国内较少使用。本研究对该软件包的功能、使用流程、特点等进行了介绍,并将其安装于Ubuntu12.04操作系统并置于VMware虚拟机中,方便遗传学者的下载和使用。     

KaKs_Calculator： Calculating Ka and Ks Through Model Selection and Model Averaging

KaKs_Calculator is a software package that calculates nonsynonymous （Ka） and synonymous （Ks） substitution rates through model selection and model averaging. Since existing methods for this estimation adopt their specific mutation （substitution） models that consider different evolutionary features, leading to diverse estimates, KaKs_Calculator implements a set of candidate models in a maximum likelihood framework and adopts the Akaike information criterion to measure fitness between models and data, aiming to include as many features as needed for accurately capturing evolutionary information in protein-coding sequences. In addition, several existing methods for calculating Ka and Ks are also incorporated into this software. KaKs_Calculator, including source codes, compiled executables, and documentation, is freely available for academic use at http：//evolution.genomics.org.cn/software.htm.     

EMBOSS软件包序列分析程序应用实例

本文介绍欧洲分子生物学开放软件包EMBOSS序列分析程序应用实例.第1节简单介绍EMBOSS软件包的概况和基本用法.第2节介绍格式转换、序列提取、序列变换和序列显示等常用序列处理程序.第3节介绍序列比对程序,包括双序列比对、多序列比对和点阵图程序.第4节介绍常用核酸序列分析程序,可用于核苷酸组分统计、开放读码框分析、C...     

一个实用的群体遗传学分析软件包——GENEPOP 3.1版

ＧＥＮＥＰＯＰ是一个非常实用的群体遗传学分析软件包,适用于对大量的群体遗传学数据进行分析。它主要有以下３个方面的用途：１）进行正合检验,如对哈迪－温伯格平衡、种群差异和位点间的连锁不平衡进行检验;２）估算经典的群体遗传学参数,如Ｆｓｔ和其它相关指数及基因频率等;３）可把ＧＥＮＥＰＯＰ的文件转换为常用的群体遗传学分析软件包（如ＢＩＳＹＳ、ＦＳＴＡＴ和ＬＩＮＫＤＯＳ）所要求的输入文件格式。与软件ＢＩＯ