用于聚合酶链式反应(PCR)引物设计的计算机程序

 本文报道了两个用于PCR引物设计的计算机程序PCRDESN和PCRDESNA。PCRDESN程序主要从以下4个方面评价用户自己设计的一对引物的质量:(1)引物内的碱基反向重复或发夹结构,(2)两个引物之间的碱基互补配对,(3)两个引物之间的同源性,(4)引物的碱基组成及特点和T_m值计算。通过用多例文献发表的及本院有关实验室提供的引物对序列的验证,确定了程序的运算参数,证明该程序能较好地检验引物对的质量和解释某些PCR实验失败的原因。PCRDESNA程序采用逐级优化的方法和比PCRDESN所选用的更严紧的引物选择参数对用户提供的核酸序列进行快速检索,以确定所有可能的和合适的引物对。     

Epstein-Barr病毒基因组编码的BARF-1和EC-LF4蛋白质与免疫球蛋白结构同源

将EB病毒蛋白质BARF-1和EC-LF4与NBRF蛋白质库的序列进行局部同源性检索以及与已知的Ig V或C功能区相关分子进行对准比较,检查了同源性积分的统计学意义,并进行了二级结构预测和疏水性分析,确定了BARF-1的第13-124位和第126-221位残基片段分别与V和C样功能区类似,EC-LF4的第20-135位残基片段与V样功能区相似,BARF-1是非膜蛋白,EC-LF4是膜整合蛋白,其胞外部分近膜侧有一个类似于Ig绞链区的序列。因此,BARF-1与Ig轻链结构相似,EC-LF4与CD8抗原的第一条链相似。根据Ig超族分子的一般功能(即介导细胞粘附和细胞识别),推测EC-LF4可能作为一种粘附分子与淋巴细胞表面的Ig相关分子结合而促进EB病毒对淋巴细胞的感染。BARF-1因已知与病毒复制有关,与Ig超族的一般功能无关。EC-LF4和BARF-1的Ig样功能区可能来源于EB病毒对宿主细胞Ig基因的整合。     

电子通讯与生物大分子序列分析

交互网络(Internet)的发展为联网的计算机用户之间进行信息交流提供了有效途径.就分子生物学家而言,他们不仅可以利用电子邮件系统发送和接收信息,而且更重要的是能够存取大量的分子生物学数据库和软件.利用Internet可以开展多种序列分析作业,包括序列数据库的类似性检索、基因编码区鉴定和蛋白质二级结构分析等.一个数据库,例如GenBank,可以通过多种方式来存取:a.电子邮件文件服务器,b.文件传送协议(FTP),c.Gopher,WAIS或WWW等服务器-客户机(Server-Client)系统.专为分子生物学家设计的BIOSCI电子公告牌为研究人员开展学术讨论、寻求别人帮助和与数据库人员交流提供了极大的方便.     

模式匹配分析方法检索免疫球蛋白样功能区

运用计算机进行核酸和蛋白质的序列分析是分子生物学研究的一个较新发展,这项技术已越来越多地用于研究大量积累的序列数据。蛋白质功能区是蛋白质分子中能独立折叠成具有一定结构并执行特定功能的结构域,所有具有同一类功能区的分子统称为一个蛋白质的超族(protein superfamily)。本文通过对免疫球蛋白(Ig)超族及其功能区序列所进行的分析,建立了一种根据功能区之保守片段残基组成的模式匹配分析检索蛋白质功能区的方法,它先根据多序列的对准比较确定某一类功能区之保守片段,再对已知的保守片段各位置上氨基酸残基组成进行统计分析,然后根据与统计数值相匹配的方法,计算待检序列残基组成的统计学意义,由此确定功能区的存在。该方法的优点在于它不仅可以检出已知的具有某一类功能区的分子,而且还可能发现新的具有该功能区的分子,从而推测后者的功能。     

建立蛋白质序列的同源性

蛋白质序列同源性比较是研究蛋白质结构、功能与进化的基础。分子生物学家依靠计算机程序进行序列对准此较。本文主要综述计算机介导的序列比较的基本原理和评价序列类似之显著性水准的方法,并介绍多序列同时比较的方法。     

1990年美国生物技术产业回顾

1990年生物技术专家在实验室中发现了多个有意义的新物质,它们在未来的年月里将开发成为遗传工程产品。本文回顾了去年美国生物技术研究和产品开发的现状,并展望1991年生物技术产品市场。 1.内皮细胞、胶质细胞和细胞外基质 随着对机体蛋白质研究的深入,科学家们开始深入研究内皮细胞、胶质细胞和细胞间质     

生物技术软件介绍之二

笔者在《生命科学》1992年第2期上发表的《生物技术软件介绍之一》介绍了6类9个生物技术数据库和软件,包括细胞学数据库、核酸和蛋白质序列数据库和序列分析软件、PCR引物程序等。近一年多来,我们又引进和开发一批新的生物技术软件,其中有些是我们自行设计,有些购自国外,有些通过与国内外学者进行软     

根据蛋白质的氨基酸组成实现其快速鉴定

常规进行蛋白质鉴定的方法是测定其氨基酸顺序,它需要蛋白质顺序分析仪,对蛋白质的纯度要求高,费时和花费大,与之相比,蛋白质的氨基酸组成和分子量是容易实验测定的。本文描述了一个基于蛋白质的组成和分子量进行其快速鉴定的方法。其基本出发点是,通过统计蛋白质序列数据库中每个序列的氨基酸组成和分子量,得到一个含蛋白质长度、组成和分子量的数据库,将靶蛋白质的组成等数据与该数据库进行对比,可以检出组成和分子量与之接近的蛋白质。从而对该蛋白质进行初步鉴定。在有些情况下,甚至能相当准确地确定靶蛋白质与数据库中的某个（些）蛋白质相关。根据这一原理本文设计了根据氨基酸组成检索蛋白质组成数据库的程序,通过对胰岛素原、细胞肿瘤抗原Ｐ５３和泛肽等多种蛋白质的组成分析,证实根据氨基酸组成能较好地进行蛋白质鉴定。