SSR分子标记在烟草研究中的应用进展

SSR分子标记技术作为最常用的分子标记技术之一,该标记技术重复性好,结果可靠,近年来在烟草遗传育种中展示了广阔的应用前景,是应用潜力较大的分子标记技术。介绍了SSR分子标记的原理及其分布特征,对其在烟草基因定位及分子标记辅助选择、种质资源研究、遗传图谱构建及种子纯度及真伪鉴定研究中的应用等方面进行了综述,并探讨了SSR分子标记技术在烟草遗传育种中的应用前景,以期为烟草SSR分子标记技术的研究提供参考。     

EST-SSR标记在蔬菜遗传育种中的应用

EST-SSR标记技术是一种有效的功能分子标记方法,它是从EST序列中开发的SSR标记.该文简单综述了EST-SSR标记技术开发的基本原理、相对于其他分子标记技术的优点以及该分子标记在蔬菜作物遗传育种如遗传图谱构建、种质资源和遗传多样性分析、引物通用性、比较作图和品种鉴定、亲缘关系和物种起源进化方面的应用现状.最后指出了现阶段EST-SSR标记开发过程和应用中存在的几个问题以及应采取的相应措施,并对发展前景进行了展望.     

西瓜甜瓜质量性状的分子标记与定位研究进展

分子标记在作物育种、资源遗传多样性分析、遗传图谱构建等方面有着广泛的应用,常见的分子标记方法主要有RFLP、RAPD、SSR、AFLP、SCAR、CAPS、SNP等.迄今为止,国内外学者已经利用分子标记技术对西瓜和甜瓜的20多个质量性状进行了标记和定位.本文主要对西瓜和甜瓜质量性状的分子标记和定位研究进展进行了综述,发现RAPD标记使用最多,而更具优势的SSR标记使用较少;对抗病虫等育种相关的基因研究较多,且多数标记遗传距离偏大,达不到图位克隆的要求,而对西瓜和甜瓜遗传基础相关的基因研究较少.     

分子标记技术在烟草遗传育种中的应用

本文综述了几种分子标记技术（RFLP、RAPD、AFLP、SRAP和SSR）在烟草遗传育种中的应用,包括分子标记在烟草种质资源、抗病育种等方面的研究进展。最后,分析了分子标记技术在烟草遗传育种研究中存在的问题及今后发展的方向。     

分子标记及其在核桃遗传多样性研究中的应用

核桃是我国重要的坚果和木本油料树种之一,具有重要的学术研究和经济价值。现代分子标记技术的迅速发展为核桃的种质鉴定、遗传育种、遗传多样性分析、亲缘鉴定等提供了崭新途径。本文主要介绍RFLP、RAPD、AFLP及SSR等几种分子标记技术的主要原理、特点以及在核桃遗传多样性方面的研究进展,分析了分子标记在核桃遗传多样性研究中的主要问题,并对其发展提出了展望。     

微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用

微卫星分子标记技术被广泛应用于分子生物学研究中,具有多态性高、重复性好、共显性表达、杂合度高等特点,在种群遗传多样性、遗传图谱构建等领域发挥不可替代的作用。近年来,随着新一代高通量测序技术的进一步成熟,简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记的开发技术与应用得到了进一步的发展。现主要对基于高通量测序的微卫星分子标记最新开发技术进行介绍,并从遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定及分子辅助育种等方面,总结近年来SSR标记技术在经济植物研究中的最新应用,最后对SSR技术的应用前景进行展望,以期为利用微卫星技术进行经济植物研究提供参考。     

基于特定引物PCR的DNA分子标记技术研究进展

SSR、SCAR、SRAP和TRAP是4种最新发展的基于特定引物PCR的新型DNA分子标记技术,具有简便、高效、重复性好等优点,已在遗传育种和种质资源研究等各个方面得到广泛应用。介绍了这4种分子标记的基本原理和特点,综述了它们在分子生物学研究中的应用。     

分子标记在油菜杂种优势利用中的研究进展

杂种优势是一种普遍存在的生物学现象,是提高作物产量的重要途径,因而受到越来越广泛的重视。分子标记是近年兴起的一种新型的生物技术,国内外已利用RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR和SRAP等多种分子标记技术对油菜的杂种优势进行了广泛的研究,取得了很多有价值的研究成果。本文综述了分子标记在油菜授粉控制系统中关键基因标记、亲本遗传多样性分析、杂种优势群划分、杂种纯度鉴定和杂种优势预测中的研究进展。通过对不同作物间的比较,探讨了分子标记在油菜杂种优势利用中的研究深度,并对分子标记在油菜杂种优势预测中应注意的问题进行了讨论。     

分子标记在油菜杂种优势利用中的研究进展

杂种优势是一种普遍存在的生物学现象, 是提高作物产量的重要途径, 因而受到越来越广泛的重视。分子标记是近年兴起的一种新型的生物技术, 国内外已利用RFLP、RAPD、AFLP、SSR、ISSR和SRAP等多种分子标记技术对油菜的杂种 优势进行了广泛的研究, 取得了很多有价值的研究成果。本文综述了分子标记在油菜授粉控制系统中关键基因标记、亲本遗传多样性分析、杂种优势群划分、杂种纯度鉴定和杂种优势预测中的研究进展。通过对不同作物间的比较, 探讨了分子标记在油菜杂种优势利用中的研究深度, 并对分子标记在油菜杂种优势预测中应注意的问题进行了讨论。     

ISSR标记技术在药用植物资源中的研究进展及应用

简单重复系列区间(inter-simple sequence repeat,ISSR)是在简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)基础上发展起来的一种新型分子标记技术。目前药用植物研究与开发面临资源枯竭、药效物质不明确及质量难以控制等难题,DNA分子标记技术,包括ISSR技术为上述难题提供了新的解决办法。比较了几种常用分子标记的优缺点,最后着重介绍了目前广泛应用于药用植物研究中的DNA分子标记ISSR的技术原理和特点,综述了ISSR分子标记技术在药用植物的遗传多样性和遗传结构、种质资源鉴定、中药品质鉴定,以及遗传图谱等方面的研究进展及应用前景,旨为药用植物的开发和利用提供参考。     

SSR与SRAP标记在玉米品种鉴定中的比较研究

利用SSR标记和SRAP标记对19个玉米品种及8份莱农15样品进行了分析,比较了2种标记的分辨能力及在亲缘关系和杂交种纯度鉴定中的表现.与SSR标记相比,SRAP标记用于玉米品种鉴定扩增住点数量更多,PIC值更高,具有更高的分辨率;在亲缘关系分析方面,SSR检测的遗传距离变幅更大,2种标记计算的遗传距离呈极显著正相关,分类结果基本一致;在杂交种纯度检测中,SRAP标记的期望位点在杂交种群体中检测率高于SSR标记相应位点,检测杂交种纯度结果更接近田问种植鉴定,因而准确度更高.SRAP在玉米品种鉴定中具有一定的优势,可作为SSR标记技术的有益补充,特别是在杂交种纯度鉴定中应用.     

微卫星DNA标记技术及其在植物研究中的应用

微卫星DNA(或简单重复序列,simplesequencerepeats,SSR)是继RFLP、RAPD等分子标记后出现的第二代分子标记技术。随着分子生物学的发展,微卫星标记技术在植物基因组中的应用越来越广泛。由于SSR具有多态性高,呈共显性遗传,遵守孟德尔式分离,在数量上没有生物学的限制,实验操作简单,对样品质量要求不高等特点,因此被广泛用于植物遗传图谱的构建、基因定位、构建指纹图谱、遗传多样性及物种进化与亲缘关系的研究等方面。     

大型真菌中SSR分子标记的开发与应用进展

SSR分子标记是近年来普遍应用的分子标记之一。大型真菌中常用的SSR分子标记开发策略有三类,包括传统基因文库筛选法、富集文库筛选法和数据库筛选法,其中富集文库筛选法因其分离效率高而被采用较多。本文综述大型真菌中SSR分子标记的应用现状,发现相关研究多数集中于种系鉴定和遗传多样性分析,有关遗传图谱构建和辅助育种虽有涉及但研究较少。讨论了SSR分子标记在大型真菌研究中存在的问题与发展前景。     

Use of simple sequence repeat markers for DNA fingerprinting and diversity analysis of sugarcane (Saccharum spp) cultivars resistant and susceptible to red rot

Red rod is an economically important disease of sugarcane caused by the fungus Colletotrichum falcatum. We used a simple sequence repeat (SSR)-based marker system to identify and analyze genetic relationships of red rot resistant and susceptible sugarcane cultivars grown in Pakistan. Twenty-one highly polymorphic SSR markers were used for DNA fingerprinting and genetic diversity analysis of 20 sugarcane cultivars. These SSR markers were found to be highly robust; we identified 144 alleles, with 3-11 alleles per marker and a mean of 6.8. Three SSR markers were able to identify all 20 cultivars. DNAMAN(?)-generated homology tree was used to analyze genetic diversity among these cultivars; all cultivars shared 58% or more similarity. We correlated polymorphism information content and resolving power values with marker effectiveness in the process of sugarcane cultivar identification. We concluded that a small number of SSR-derived DNA markers will allow breeders to identify red rot resistant and susceptible cultivars.     

西瓜核心种质的AFLP指纹图谱和SCAR标记

西瓜(Citrullus lanatus (Thunb.) Mansf.)种质资源的鉴定与评价是对其有效利用的基础.以往的研究表明, 西瓜是一种遗传资源特别狭窄的作物,在用同工酶、RAPD及SSR技术对西瓜种质资源进行鉴定时,发现很难将品种完全区分开来.本研究利用高效可靠的AFLP技术,对30个西瓜核心种质材料进行了遗传分析,最终建立了这30个材料的DNA指纹图谱.在该图谱中,每个材料均有其独特的"指纹",材料之间可以相互区分开来.为了进一步利用AFLP分子标记,将重要抗病种质材料"PI296341"的AFLP特异带转化成了生产上可以直接利用的SCAR标记.     

Stability of short sequence repeats and their application for the characterization of Erwinia amylovora strains

A motif of eight nucleotides (GAATTACA) reiterated 3 to 15 times within the PstI fragment of the pEa29 plasmid was found in Erwinia amylovora strains representing a valuable typing method for this pathogen. The stability of short sequence DNA repeat (SSR) numbers was investigated to determine the suitability of this marker for strain differentiation. The number of SSR units was found to be stable under laboratory and certain stress conditions. This meets the requirements for a suitable genetic marker that should be stable upon cultivation of strains. Therefore, this SSR marker was used for strain differentiation from SSR-3 to SSR-15 and a large number of E. amylovora strains from Austria was screened for their SSR numbers for epidemiological identification purposes. Traceability was possible if strains had very high or very low SSR numbers.     

应用微卫星标记进行大豆种质多样性和遗传变异性分析

微卫星标记又称ＳＳＲ标记是近年来发展的一种新型的分子标记可有效地进行基因型鉴定,系统谱分析并可估算材料间的遗传距离。用５对ＳＳＲ引物对１５份大豆材料进行扩增,共得到２１条多态性条带。每个ＳＳＲ座位的等侠基因数目为３～＾个,基因多样性范围为０．４３７～０．６６８,对这些材料进行了遗传距离分析。家系分析表明微卫星ＤＮＡ经过多世代的九分裂的后产生了突变,在ＲＩＬ Ｆ８代中有的个体在个别ＳＳＲ等基因的大小     

Analysis of molecular diversity and fingerprinting of commercially grown Indian rice hybrids

Twenty-five commercially grown Indian rice hybrids developed by both the public and private sectors, were analysed for molecular diversity and identification of simple sequence repeat (SSR) marker(s) that can distinguish them from each other. For diversity analysis, a total of fifty eight SSR markers providing genome wide coverage, were used. Forty out of fifty eight SSR markers were polymorphic amplifying a total of 121 alleles with molecular weight ranging from 70 bp ?C 280 bp. Further, characterisation of these markers was carried out generating parameters of heterozygosity (0.42), polymorphism information content (0.31), probability of identity (4.2?×?10^?8) and probability of exclusion (99.99%). Cluster analysis based on a set of fourty highly polymorphic SSR markers generated three groups with dissimilarity index values ranging from 0.0 to 0.8. The hybrids based on common female parent IR58025A grouped together indicating a narrow genetic base of hybrid breeding programme. By combining the rapid and simple method of utilising these unique SSR markers alone or in combination, as molecular tags, identification of all the hybrids was possible even without having their parental lines. Twenty SSR loci produced hybrid specific unique alleles, which will be useful in establishing hybrid??s identity. The results have wide prospective in diversifying the genetic base of hybrid breeding programme, identification of rice hybrids, authentication of genetic purity of hybrid seed and protection of IPR.     

Genetic diversity in basmati rice (Oryza sativa L.) germplasm as revealed by microsatellite (SSR) markers

Genetic diversity among rice genotypes, including 15 indica basmati advance lines and 5 basmati improved varieties were investigated by 28 SSR markets including one indel marker. The SSRs covered all the 12 chromosomes that distributed across the rice genomes. The mean number of alleles per locus was 3.60, showing average number of polymorphism information content was 0.48. A total of 101 alleles were also identified from the microsatellite marker loci. A number of SSR markers were also identified that could be utilized to differentiate between rice genotypes. Pair wise Nei,s genetic distance between rice genotypes ranged from 0.07 to 0.95. The dendrogram based on cluster analysis by using SSR polymorphism that grouped the 20 genotypes of rice in to five clusters based on their genetic similarity. The result could be useful for the identification and selection of the diverse genotypes for the future cross breeding program and development of new rice varieties.