河北省冬小麦品种SSR标记遗传多样性分析

利用79对多态性较高的SSR引物,对河北省1997-2007年间审定的冬小麦品种及国家小麦区试抗旱对照品种晋麦47和洛旱2号,共计87个冬小麦品种进行遗传多样性分析。79对SSR引物共检测出175个等位变异位点,每对引物可产生1~6条等位变异位点,平均2.215条。标记位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.824~0.998,平均为0.941;有效等位基因数(Ne)变幅为1.644~20.333,平均4.708;香农指数(H’)变幅为0.148~1.102,平均为0.544,说明河北省冬小麦品种SSR遗传多样性较低。品种间遗传相似系数(GS)变幅为0.184~0.899,平均为0.418,其中河农826与石家庄8号间的遗传相似性最高,GS高达0.899,71-3与藁优9618间的遗传相似性最低,GS为0.184。不同育种单位培育的小麦品种平均遗传相似系数存在较大差异。UPGMA遗传相似性聚类表明,石家庄市小麦新品种新技术研究所培育的小麦品种与其他单位品种存在较大的遗传差异。     

鸭茅种质遗传变异及亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记技术对来自世界5大洲的53份鸭茅(Dactylis glomerata L.)材料的遗传变异及亲缘关系进行了研究。用筛选的15对引物对53份材料的DNA进行PCR扩增, 获得下述结果: (1)15个位点共检测到127个等位基因, 每个位点等位基因变幅为5～12个, 平均为8.5个, 多态性位点率 (P)平均为95.21%; 多态性信息含量(PIC)范围为0.30(A04C24) 到 0.44 (A01F24), 平均为0.36; (2)材料间遗传相似系数(GS)范围在0.43到0.94之间; 地理类群间的GS值在0.73到0.91间, 其中亚洲(P,90.55%)和欧洲(P,86.61%)类群遗传多样性丰富, 表明供试鸭茅种质具有丰富的遗传变异; (3)根据研究结果进行聚类分析和主成分分析, 可将53份鸭茅材料分成5大类, 来自相同洲的材料能聚为一类, 呈现出一定的地域性分布规律。     

利用RAPD标记分析大麦种质资源的遗传多样性

利用RAPD标记对19份西藏近缘野生大麦材料、33份我国不同省市的地方品种以及8份国外引进大麦品种共60份大麦种质资源的遗传多样性进行检测.结果表明材料间遗传差异明显.32个RAPD引物中,有25个引物(占78.13%)可扩增出清晰且具多态性的条带,另外7个引物能扩增出1～3条清晰但无多态性的条带.每个引物可扩增出1～8条多态性带,平均为3.72条.32个引物共产生119条DNA片段,其中87条具有多态性,多态性比率(PPB)为73.11%,平均多态信息量(PIC)为0.434;每个位点平均有效等位基因数(Ne)为2.304;材料间遗传相似系数GS变化范围为0.757～0.981,平均值为0.871.19份来源于西藏的近缘野生大麦材料间GS值变幅为0.818～0.969,平均为0.892;33份我国栽培大麦地方品种间的GS值变化范围为0.783～0.981,平均为0.879;8份分别来自8个国家的栽培大麦品种间的GS值变幅为0.820～0.956,平均为0.882.根据RAPD标记分析的结果,对60份大麦种质资源进行聚类分析,在平均GS值0.871水平上60份大麦材料可聚为5类,聚类结果能在一定程度上反应材料的地理分布关系,但某些相同地理来源的材料也较分散地分布在整个聚类树中.本研究从分子水平上进一步证明了我国栽培大麦丰富的遗传多样性,是世界栽培大麦的遗传多样性中心之一.     

设施用厚皮甜瓜品种SSR标记遗传多样性分析

使用分布于甜瓜12条染色体上的72对SSR引物,对我国中东部设施内栽培的30个厚皮甜瓜品种进行分析;56对SSR引物在30个品种间表现为多态性。共检测到138个等位变异,每对引物的等位变异数变幅为2～6个,平均为2.6个。有效等位变异为86.16个,平均为2.25。每个SSR位点的多态性信息量(PIC)变化范围为0.045～0.725,平均为0.390。30个品种间遗传相似系数变幅为0.274～0.974之间,平均值为0.665,且90.4%的供试品种其遗传相似系数在0.474～0.824之间,亲缘关系较近;以遗传相似系数为原始数据,按UPGMA方法将30个品种划分为3大类群,结合系谱分析结果表明,我国中东部设施适宜种植的甜瓜品种遗传多样性不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近,欲进一步提高中东部地区设施甜瓜产量和品质还需要拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。     

30个粳稻品种SSR标记遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的64对SSR引物,对江苏省育成以及日本引进的粳稻品种共30份材料进行遗传多样性分析。结果表明,有50对SSR引物在30个品种间表现为多态性。共检测到140个等位基因,每对引物的等位基因数变幅为2～5个,平均为2．8个。有效等位基因为94．336个,平均为1．887。每个SSR位点的多态性信息量（PIC）变化范围为0．064～0．752,平均为0．410。30个品种间的遗传相似系数变幅为0．386～0．956之间,平均值为0．719,且81．4％的供试品种其遗传相似系数在0．600～0．800之间,亲缘关系较近;以遗传相似系数为原始数据,按UPGMA方法将30个品种划分为3大类群,结合系谱分析结果表明,江苏省育成的水稻品种遗传多样性不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近,欲进一步提高江苏省水稻产量还需拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。     

部分耐盐小麦品种(系)SSR位点遗传多样性研究

选择有多态性的32对SSR引物对80个小麦耐盐品种(系)进行遗传差异研究,共检测出155个等位变异,平均每个位点上有4.75个等位变异;供试80份耐盐小麦品种(系)来源广泛,遗传基础丰富,表现出较高的遗传多样性,遗传相似系数范围在0.26～0.81;聚类分析结果显示,冬性小麦品种(系)聚为一大类;春性小麦品种(系)也聚为一大类;一些系谱相同或相近的品种(系)遗传相似系数较大;A、B、D基因组中SSR位点平均等位变异差异不大,以B基因组较高.     

棉花SSR标记种质资源纯度鉴定及遗传多样性分析

采用前期筛选出的26对SSR核心引物,对收集保存的58份棉花种质资源进行纯度检测和遗传多样性分析。结果显示,供试材料的纯度概率介于20%-90%,分子标记检测结果与田间表型相吻合,说明SSR纯度检测的准确度较高,可以作为进行快速检测棉花种质资源纯度的方法。共扩增出85种多态性基因型,每个标记检测到的基因型数在2-5,平均为3.27个,引物多态性信息量(PIC)介于0.073 7-0.928 1,平均为0.363 9。并利用NTsys-pc 2.10软件进行聚类分析,结果表明,58份种质资源的遗传相似系数(GS)变化范围为0.305 1-0.898 3,变幅为0.593 2,在GS=0.63水平上,将供试材料分为5大类,且这些资源材料的DNA聚类与其地理生态来源无关,而与材料的亲缘关系相关性较高,其聚类结果能更真实地反映种质资源间的遗传差异。     

黄淮麦区小麦品种(系)的ISSR位点遗传多样性分析

选用11个ISSR引物,对黄淮麦区96个小麦推广品种（系）进行遗传多样性分析。共检测到96个多态性位点,每个引物多态性位点数平均为8．7个,变幅为3～23个;ISSR引物的多态性信息含量PIC变幅为0．601～0．941,平均0．791,表明ISSR具有较强的品种间区分能力,是研究小麦种质资源遗传多样性的有效分子标记技术之一。96个品种（系）间,Nei’s遗传相似系数变化范围为0．53～0．91,平均为0．60,品种间遗传相似性变幅较大,表明黄淮麦区不同小麦品种（系）间存在着不同程度的遗传多样性差异。根据品种间遗传相似系数聚类,96份材料被聚成8大类群,共14个亚类,类群与系谱和原产地无关。     

河北省大豆推广品种遗传多样性分析

利用主要农艺性状以及SSR和AFLP2种分子标记,对河北省41个大豆推广品种进行遗传多样性分析,以便为种质资源利用和创新提供依据。农艺性状聚类结果将41个材料划分为3个类群和2个特殊品种,聚类结果与材料系谱来源相差悬殊,不能反映材料间亲缘关系。SSR和AFLP数据聚类结果将41个材料划分为4个SAG（SSR and AFLP—basedgroups）分子类群。30对SSR引物共检测出135个等位变异,平均每个位点上有4．47个等位变异,SSR的遗传多样性指数（Simpson）分布范围为0．0928～0．7800,平均值为0、6442。10对AFLP引物共扩增出93个多态性标记,平均每对引物9．3个多态性标记。品种间的遗传相似系数（GS）变化范围为0．5877～0．9868,平均值变化范围为0．6732～0．7653,总体平均值为0.7237,遗传相似系数较高,说明材料间遗传变异较小。     

毛木耳种质资源的RAPD分析

利用22个随机引物对来源不同的56个木耳菌株进行了RAPD分析。结果表明,所有引物的扩增产物DNA片段均表现出明显的多态性,供试菌株总共扩增出164条多态性片段,占总扩增片段的99%;供试菌株两两间的遗传相似系数变化较大(平均GS值0.2143￣0.8764)。采用系统聚类法中的类平均法,对供试的所有菌株两两间相似系数进行聚类,可将它们分为四大类,各大类的类间和类内菌株的遗传变异程度较大,以IV类内各菌株间的最高(平均GS值0.3891),II和III类间的最低(平均GS值0.5887),表明遗传变异也较丰富(总平均GS值0.4918)。将RAPD技术应用于不同菌株间遗传差异的研究,具有反应迅速、不受外界环境条件影响、能从DNA分子水平上揭示菌株间遗传差异等优点,是一种快速准确评估木耳种质资源的有效方法。     

宁夏89份粳稻种质遗传多样性的SSR分析

选用分布于水稻12条染色体上的47对引物对宁夏89份粳稻种质材料进行SSR分析,以探讨宁夏粳稻品种的遗传多样性水平.结果表明,(1)47个位点上共检测到204个具有多态性的等位片段,每对引物检测出2～9个多态性片段,平均为4.16个;(2)聚类分析显示,89份材料的相似系数为0.63～0.91,平均为0.79.在相似系数0.718处聚为8个类群.研究表明,宁夏粳稻种质之间的相似性较高,遗传差异较小,遗传背景比较单一.     

黑龙江省近年审定水稻品种基于SSR标记的遗传多样性分析

为评估黑龙江省水稻品种的遗传基础,利用24个用于水稻DNA指纹图谱构建的SSR标记以及其他均匀分布于水稻12条染色体的38个SSR标记,对黑龙江省近年审定的73个水稻常规稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,在62个SSR标记位点中,共检测到142个等位基因,平均每个标记2.3个,多态性比率平均为71.0%,多态性频率变幅为0~0.775,平均值为0.246。供试品种间两两遗传相似系数的平均值为0.759,变幅为0.622~0.966,且96.4%的品种间遗传相似系数在0.66~0.86之间,表明供试的73个品种亲缘关系较近。通过SSR标记基因型聚类分析将这些品种划分为6个类群,与系谱分析趋势一致,类群间的差异主要表现在生育期和米质方面。综上所述,黑龙江省近年审定的水稻品种遗传基础狭窄,在育种中需要导入新的种质资源,加强种质资源创新,以期丰富水稻品种的遗传多样性,进一步提高水稻产量和抗性。     

Genetic diversity in basmati rice (Oryza sativa L.) germplasm as revealed by microsatellite (SSR) markers

Genetic diversity among rice genotypes, including 15 indica basmati advance lines and 5 basmati improved varieties were investigated by 28 SSR markets including one indel marker. The SSRs covered all the 12 chromosomes that distributed across the rice genomes. The mean number of alleles per locus was 3.60, showing average number of polymorphism information content was 0.48. A total of 101 alleles were also identified from the microsatellite marker loci. A number of SSR markers were also identified that could be utilized to differentiate between rice genotypes. Pair wise Nei,s genetic distance between rice genotypes ranged from 0.07 to 0.95. The dendrogram based on cluster analysis by using SSR polymorphism that grouped the 20 genotypes of rice in to five clusters based on their genetic similarity. The result could be useful for the identification and selection of the diverse genotypes for the future cross breeding program and development of new rice varieties.     

Genetic diversity in basmati rice (<Emphasis Type="Italic">Oryza sativa</Emphasis> L.) germplasm as revealed by microsatellite (SSR) markers

Genetic diversity among rice genotypes, including 15 indica basmati advance lines and 5 basmati improved varieties were investigated by 28 SSR markers including one indel marker. The SSRs covered all the 12 chromosomes that distributed across the rice genomes. The mean number of alleles per locus was 3.60, showing average number of polymorphism information content was 0.48. A total of 101 alleles were also identified from the microsatellite marker loci. A number of SSR markers were also identified that could be utilized to differentiate between rice genotypes. Pair wise Nei’s genetic distance between rice genotypes ranged from 0.07 to 0.95. The dendrogram based on cluster analysis by using SSR polymorphism that grouped the 20 genotypes of rice in to five clusters based on their genetic similarity. The result could be useful for the identification and selection of the diverse genotypes for the future cross breeding program and development of new rice varieties.     

Genetic Diversity of Global Aromatic Rice Varieties

Genetic diversity of 434 rice accessions collected from 16 countries, including 345 fragrance rice varieties and 89 non fragrance rice varieties, have been analyzed. A total of 573 alleles were detected by using 77 simple sequence repeats (SSR) primer pairs covering all rice 12 chromosomes. The value of allelic polymorphism information content (PIC) ranged from 0090 to 0845, with an average of 0516 per locus; Gene diversity (GD) varied from 0091 to 0859, with an average of 0573; The mean value of major allele frequencies (MAF) was 0540, covering from 0251 to 0953. In addition, 434 rice accessions are divided into three sub populations by cluster and population structure analysis, and FST between sub populations showed a mean of -0116, ranging from -0623 to 0494; The score of genetic distance calculated by Nei′s method appeared from 0207 to 0355. Major allele frequencies within each sub population distributed from 0408 to 0746, and gene diversity level from 0354 to 0699, while PIC from 0320 to 0658. Sequencing 6 mitochondrion genes in 18 rice varieties exhibited no different in 5 genes, whereas Mit4 contains a 3 SNPs in the gene body, which acts as an important marker to understanding the relationship between Indica/Japonica differentiation and the evolution of fragrant gene. Finally, genetic diversity and mitochondrion gene sequencing would help to know about the origin of fragrant resource and benefit rice breeding.     

宁夏水稻选育品种遗传多样性和亲缘关系分析

选择31份宁夏近年来育成或审定的水稻品种(系),利用分布于12条染色体的36对SSR引物进行遗传多样性和遗传距离分析.共检测到159个等位基因,品种间不同位点等位基因数目不等,平均4.4个.Nei基因多样性指数变幅为0.031 7～0.844 4,平均为0.508 8.按育成或审定年份,把31份水稻分为3组,SSR分析...     

香稻资源遗传多样性的比较

利用60个水稻SSR标记, 对来自国内外的370份香稻材料的遗传多样性进行了比较分析。结果共检测到361个等位基因, 每个位点的等位基因变幅为2~10个, 平均Nei基因多样性指数(He)为0.663, 变幅为0.104(RM308)~0.885(RM2634)。籼粳亚种间的遗传多样性具有明显差异, 籼稻的等位基因数和Nei基因多样性指数均高于粳稻。地方品种的遗传多样性高于选育品种, 选育品种等位基因数仅为地方品种的86.5%。分子方差分析表明, 香稻材料中总变异的43.08%是由于亚种间的遗传差异引起的。不同稻区的遗传分化程度总体介于1.69%~14.40%之间。其中, 华南与西南、华中与西南地方品种间遗传差异的分化程度达显著水平。聚类分析将参试材料明显分为籼粳两大类, 同时地域相同(稻区)、相邻省份的香稻材料基本归为同一类群。     

利用产量位点标记分析中国水稻骨干恢复系与南亚及东南亚恢复系的遗传多样性

利用47个根据已报道的QTL位点或者已被精细定位或克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的产量位点标记,对来自中国、印度和越南等国的58份水稻恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:(1)在中国恢复系中,47个产量位点标记中有36个具有多态性,共检测到90个等位基因,每个标记检测到等位基因2~4个,平均为2.500个;有效等位基因共62.905个,平均每个标记1.747个;36个有效标记的Shannon信息指数平均值为0.632,变幅为0.271~1.266。(2)在来自国外的材料中,47个产量位点标记均具有多态性,共检测到131个等位基因,每个标记检测到的等位基因数为2~6个,平均2.787个;有效等位基因数共82.686个,平均1.759个;47个标记的Shannon信息指数平均值为0.649,变幅为0.109~1.110。(3)聚类分析显示,在遗传相似系数为0.73水平上,参试资源聚为三大类群,中国资源多聚在第Ⅰ类群下的第1、2、3亚群,越南资源多聚在第Ⅰ-4亚群,孟加拉资源多聚在第Ⅲ-3亚群。由此表明,中国资源遗传基础较为狭窄,而其他国家的恢复系具有较远的亲缘关系。