八门湾红树林土壤小单孢菌的分离及其多样性

采用平板稀释法从海南八门湾红树林潮间带、木果榄和海莲红树根际土壤样品中分离和筛选小单孢菌科放线菌,对其分离方法进行了评价和比较,并通过16S rRNA基因测序探索了八门湾红树林小单孢菌科放线菌的多样性。采用4种预处理方法和5种分离培养基,经过排除重复菌株后共得到115株放线菌。16S rRNA基因测序结果显示,这些放线菌分布在5个科、9个属。其中小单孢菌科的菌株约占全部菌株的90%(105株),主要分布于3个属:Micromonospora(85%),Jishengella(9.5%)和Verrucosispora(5.5%),与其亲缘关系最近的菌株的相似性分布于98.5%~100%之间。     

贵州兴义喀斯特洞穴可培养放线菌多样性及抗菌活性初筛

【目的】进一步了解兴义喀斯特洞穴可培养放线菌资源及产活性代谢产物的能力。【方法】选取多种分离培养基,利用稀释直接涂布平板法对贵州黔西南兴义市多个喀斯特洞穴的土壤和岩石进行可培养放线菌资源分离;利用三种发酵培养基对相关放线菌进行生物产物初筛。【结果】根据16S rRNA基因序列的比对分析,将分离得到的251株放线菌分别归类到44个属,其中链霉菌属(Streptomyces)占分离菌株的比例为24.30%,小单孢菌属(Micromonospora)占比11.95%,红球菌属(Rhodococcus)占比9.16%,微杆菌属(Microbacterium)占比7.17%,诺卡氏菌属(Nocardia)占比6.37%,该五类放线菌为该地区可培养放线菌的优势菌群。对70株细菌进行活性次级代谢产物筛选,其中35株放线菌对指示菌具有抑制活性,且主要类群为链霉菌属和小单孢菌属。【结论】贵州兴义喀斯特洞穴中存在丰富多样的放线菌类群,且蕴藏大量具有产生活性次级代谢产物能力的菌株,为医药产业提供潜力菌株资源,极具进一步发掘和研究的价值。     

嗜酸丝状放线菌的选择性分离与多样性

摘要:【目的】针对酸性土壤中的嗜酸丝状放线菌,建立有效的选择性分离方法,并了解其多样性。【方法】用不同的样品预处理方式和分离培养基,并添加不同的抑制剂进行分离;根据放线菌的菌落数和出菌率确定最佳分离方法组合。采用最佳分离方法对从江西采集的17份酸性土壤样品进行分离;根据培养特征对分离菌株进行分群,进一步通过对各类群的显微形态观察和pH梯度生长实验确定代表菌株;对代表菌株进行16S rRNA基因序列分析研究其多样性。【结果】嗜酸丝状放线菌的最佳分离方法为：土壤样品经分散差速离心预处理后,涂布添加了放线菌酮、制霉菌素和萘啶酮酸（各50 mg/L）的GTV培养基。用此方法共分离到放线菌369株,归为10个不同的颜色类群,其中6.6%为严格嗜酸放线菌,72.4%为中度嗜酸放线菌,21.0%为耐酸放线菌。52株嗜酸放线菌代表菌株分布于放线菌目中的12个属：链霉菌属(Streptomyces)、小单孢菌属(Micromonospora) 、诺卡氏菌属(Nocardia)、野野村菌属(Nonomuraea) 、韩国生工属(Kribbella) 、小双孢菌属(Microbispora)、马杜拉菌属(Actinomadura)、拟无枝菌酸菌属(Amycolatopsis)、指孢囊菌属(Dactylosporangium)、伦茨氏菌属(Lentzea)、游动四孢菌属(Planotetraspora) 和链嗜酸菌属(Streptacidiphilus),其中链霉菌分离菌株在系统发育树上形成12个不同的进化类群。【结论】所建立的选择性分离方法可用于土壤嗜酸丝状放线菌的高效分离;江西酸性土壤含有丰富多样的嗜酸丝状放线菌种属。     

热带药用植物根际放线菌的分离、鉴定及生物活性分析

从海南热带植物园采集12种药用植物的根际土样,采用选择性分离方法,分离得到400株根际放线菌。使用5种活性筛选模型对分离菌株进行生物活性评价,154株放线菌在一个或多个活性筛选模型中显示为阳性,菌株初筛阳性率达38.5%;根据菌株形态特征并结合代谢产物的生物活性,从中挑选出28株菌进行16S rRNA基因序列分析,发现其分属于链霉菌属、诺卡氏菌属、小单孢菌属和野野村菌属。     

湛江高桥红树林沉积物放线菌多样性及其中一株链霉菌产生的germicidins类化合物的鉴定

【目的】从3种红树林植物根际沉积物中分离和鉴定放线菌,进行抑菌活性初筛获得目标菌株并研究其次级代谢产物。【方法】使用5种培养基对红树林植物根际沉积物放线菌进行分离,采用16S rRNA基因序列比对的方法研究沉积物中的放线菌多样性,结合抑菌活性筛选获得目标菌株后进行放大规模发酵和分离鉴定次级代谢产物,根据生物合成基因簇定位和分析对化合物的生物合成途径进行推导。【结果】从3种红树林植物根际沉积物中分离得到放线菌49株,包括链霉菌属(Streptomyces)31株、小单孢菌属(Micromonospora)14株、小双孢菌属(Microbispora)、链孢子囊菌属(Streptosporangium)、野野村氏菌属(Nonomuraea)和糖单孢菌属(Saccharomonospora)各1株。获得粗浸膏抑菌活性较好的菌株Streptomyces sp. SCSIO 40067,从中分离鉴定了6个α-吡喃酮类化合物：germicidin A–C、germicidin I和isogermicidin A–B,并首次报道了germicidin A的晶体结构。从菌株SCSIO 40067基因组...     

西沙海藻共附生放线菌的分离鉴定及其抗菌活性评价

【目的】为了探究南海海藻共附生放线菌资源的多样性及潜在的应用价值,对中国西沙群岛来源的海藻进行共附生放线菌的分离鉴定与抗菌活性筛选。【方法】利用稀释涂布平板法,采用2种不同分离培养基对不同采样位点的6种海藻进行放线菌分离;通过16S rRNA基因序列分析、构建系统发育树对分离的放线菌进行鉴定;用打孔法对无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)等10种敏感细菌进行抗菌活性筛选;对筛选得到的目标活性菌株HZ014进行全基因组测序,通过AntiSMASH在线工具分析其次级代谢产物生物合成基因簇,预测其产生新型活性物质的潜力。【结果】从6种海藻中分离得到36株共附生放线菌,基于16S rRNA基因序列比对和系统发育分析,鉴定结果为链霉菌属(Streptomyces) 2株、红球菌属(Rhodococcus) 2株、诺卡氏菌属(Nocardia)3株、小单孢菌属(Micromonospora) 5株和盐孢菌属(Salinispora) 24株;抗菌活性筛选结果表明,36株共附生放线菌发酵粗提物对至少1种敏感细菌表现出一定的抑制作用,不同菌株发酵粗提物的抗菌活性存在明显差异,...     

拉鲁湿地自然保护区放线菌组成分析及生物活性测定

探究拉鲁湿地自然保护区的放线菌组成及其抑菌和酶活性,为放线菌新药物先导化合物和高活性酶的筛选提供资源。从拉鲁湿地自然保护区不同土壤类型、不同优势植被采集25份土样。用分散差速离心法分离了拉鲁湿地中温放线菌和低温放线菌。从中温放线菌中选择15株代表菌株进行了初步分类鉴定。采用打孔法检测了其对2株细菌和4株病原真菌的抑菌活性。结果表明：（1）拉鲁湿地放线菌数量从水生环境向陆地生态系统递增,中温放线菌数量显著多于低温放线菌;（2）拉鲁湿地土壤中分离到链霉菌属、小单孢菌属、诺卡氏菌属、马杜拉菌属、小链孢菌属5个放线菌属。其中以链霉菌属和小单孢菌属为优势属。链霉菌属以金色类群、白孢类群和粉红孢类群为主,小单孢菌分离到黄橙类群和黑褐类群;（3）供试菌株分解纤维素能力较强,分解蛋白质活性较低,具有抗菌活性的菌株很少,且抗菌活性较弱;（4）供试菌株耐毒性物质的能力较强。这些菌可用于毒害有机物污染物的处理。     

百部内生放线菌的分离、分类及次级代谢潜力

【目的】以对叶百部块根为材料分离内生放线菌,并对分离菌株进行分类、抗菌活性和次级代谢产物合成基因研究。【方法】样品经过严格的表面消毒,选用4种培养基分离百部内生放线菌;分离菌株通过形态观察和16S rRNA序列分析进行分类鉴定;采用琼脂移块法测试分离菌株的抗菌活性;通过PCR检测分离菌株的PKS/NPRS和卤化酶基因;使用HPLC-UV/VIS-ESI-MS/MS分析发酵产物。【结果】从6个样品中获得18株内生放线菌,分属链霉菌属(Streptomyces)、小单孢菌属(Micromonospora)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)和甲基杆菌属(Methylobacterium)。分离菌株绝大部分具有抗菌活性和次级代谢产物合成基因,其中13株对耐药金黄色葡萄球菌和/或绿脓杆菌有拮抗活性,17株具有PKS/NRPS基因,8株菌具有卤化酶基因,且卤化酶阳性代表菌株的发酵产物具有抗细菌活性和卤代化合物特征。【结论】百部作为一种传统中药,其内生放线菌以链霉菌和小单孢菌为主,在次级代谢产物合成方面具有很好的潜力,可作为一类重要微生物资源进行活性产物开发。     

西藏湖泊放线菌的分离鉴定及抗菌活性测定

勘探西藏湖泊沉积物样品中放线菌资源并进行抗菌活性研究,以期发现可以产生新颖活性物质的药用放线菌资源。采用4种分离培养基,以稀释涂布法对西藏地区7个湖泊沉积物样品中的放线菌进行分离,通过分离菌株16S rRNA基因序列分析确定种属分类。采用纸片扩散法进行体外抗菌活性测定,以感染病原菌的秀丽隐杆线虫模型进行体内抗菌活性测定。结果显示,分离获得73株放线菌,分属于4个目5个科8个属,其中链霉菌属和小单孢菌属为优势菌属。至少对一种检定菌表现为阳性的菌株有55株,阳性率为75.3%。8株放线菌具有线虫体内抗菌活性,其中菌株PF188的体内外抗菌活性较好,其16S rRNA基因序列与最近有效菌株Nonomuraea guangzhouensis NEAU-ZJ3~T的相似度为98.13%,为Nonomuraea属潜在新种。西藏湖泊沉积物含有丰富的放线菌资源,是新抗生素发现的潜在药源。     

不同红树林地区老鼠簕内生放线菌的分离及其环境适应性

【目的】比较不同红树林地区的老鼠簕内生放线菌的地理分布,了解内生放线菌与其所处环境的相关性。【方法】分别从5个不同地点的红树林采集老鼠簕全株植物,采用9种分离培养基,从植株不同部位分离内生放线菌,用16S rRNA基因序列分析鉴定到属,用添加不同NaCl浓度的ISP 2液体培养基进行耐盐度测试,用无氮基础培养基进行固氮活性测试。【结果】共分离得到内生放线菌52株,其中从叶、茎和根部分别获得5株、2株和45株,花和果中未分离到。52株内生放线菌分别属于小单孢菌属(47株),链霉菌属(3株),疣孢菌属(1株)和继生菌属(1株)。48株菌表现出耐盐或嗜盐特征,其中18株最高耐盐度20%,4株不能在无盐条件下生长,12株菌可在含有3.3%NaCl的培养基上生长良好。4株菌可在无氮培养基下生长。【结论】对47株内生小单孢菌的地理分布分析表明,老鼠簕内生小单孢菌的类群因不同地理位置有很大差异。耐盐和固氮活性测试结果表明了老鼠簕内生放线菌对环境的适应性。     

角额壁蜂共生放线菌分离、鉴定及其发酵产物抗菌活性研究

近年来,昆虫与共生菌的关系受到越来越多的关注,研究昆虫共生菌的种类及生物学功能具有重要意义。对从烟台、威海采集的角额壁蜂及其巢室进行放线菌的分离、纯化和16S rRNA序列测序并构建系统发育树,分别采用菌块对峙法和纸片扩散法测定菌株及其发酵液抗真菌和抗细菌活性。共计得到37株放线菌,鉴定结果表明共生菌菌株分别归属于7个属:链霉菌属26株,小单孢菌属3株,拟诺卡氏菌属2株,珊瑚状放线菌属1株,马杜拉放线菌属3株、假诺卡氏菌属1株和疣孢菌属1株。Streptomyces sp.OC1611-8A和Streptomyces sp.R1706-8菌体抗真菌作用较强,对杨生盾壳霉和云南刺盘孢抑菌圈直径更是达到了25~32 mm;Micromonospora sp.OC1403-4发酵液对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌均有较好的抗菌活性,抑菌圈直径达到了16~19 mm。本研究为进一步分离角额壁蜂共生菌的发酵产物,鉴定具有新型结构的抗菌化合物提供了参考。     

大连地区海泥样品中分离的两株小单胞菌的研究

从大连不同地区的海泥样品中分离了2株具有广谱抗菌活性的小单胞菌。16S rDNA序列分析结果显示,2株小单胞菌均与Micromonospora aurantiaca DSM43813具有99%的相似性,但是这2株小单胞菌的培养特征和生理生化特性具有明显的差别。2株小单胞菌均在20℃下生长良好,而且能耐受6%的NaCl。这是有抗菌活性的Micromonospora aurantiaca菌株首次在我国大连地区海泥样品中得到分离。2株小单胞菌具有较好的抗菌活性,尤其是对白色假丝酵母和铜绿假单胞杆菌的活性,显示了进一步开发与应用的价值。     

High taxonomic diversity of Micromonospora strains isolated from Medicago sativa nodules in Western Spain and Australia

The genus Micromonospora has been found in nodules of several legumes and some new species of this genus were isolated from these plant organs. In this study we analysed the taxonomic diversity of Micromonospora strains isolated from alfalfa nodules in Spain and Australia on the basis of three phylogenetic markers, the rrs and gyrB genes and 16S-23S intergenic spacer (ITS). The genome analysis of selected strains representative of different clusters or lineages found after rrs, gyrB and ITS analyses confirmed the results obtained with these phylogenetic markers. They showed that the analysed strains belong to at least 18 Micromonospora species including previously described ones, such as Micromonospora noduli, Micromonospora ureilytica, Micromonospora taraxaci, Micromonospora zamorensis, Micromonospora aurantiaca and Micromonospora tulbaghiae. Most of these strains belong to undescribed species of Micromonospora showing the high taxonomic diversity of strains from this genus inhabiting alfalfa nodules. Although Micromonospora strains are not able to induce the formation of these nodules, and it seems that they do not contribute to fix atmospheric nitrogen, they could play a role related with the mechanisms of plant growth promotion and pathogen protection presented by Micromonospora strains isolated from legume nodules.     

卡奇霉素产生菌棘孢小单胞菌ATCC 15837的全基因组测序及序列分析

棘孢小单胞菌(Micromonospora echinospora) ATCC 15837是一种高GC含量的革兰氏阳性稀有放线菌,能够合成烯二炔类抗肿瘤抗生素卡奇霉素(calicheamicin, CLM)。目前,还没有相关研究报道棘孢小单胞菌ATCC 15837的全基因组序列,这限制了其代谢产物合成途径和比较基因组学等研究。本研究首次通过高通量测序技术对棘孢小单胞菌ATCC 15837进行全基因组测序,使用相关生物信息学软件对数据进行组装和注释等分析。使用Velvet软件进行组装拼接得到77个Contigs,GC含量为72.36%,基因组大小约为7.69 Mb。序列已提交至美国国立生物技术信息中心(NCBI)的GenBank数据库(登录号为NGNT00000000)。本研究首次报道了一株烯二炔类抗肿瘤抗生素卡奇霉素产生菌棘孢小单胞菌ATCC 15837的全基因组序列,分析了基因组基本特征,预测了该菌株的次级代谢产物生物合成基因簇,为后续的进一步代谢调控与合成生物学提供了理论基础。     

云南干热环境可培养高温放线菌多样性及产纤维素酶活性评价

[目的]探索云南东川干热河谷、元谋土林以及昆明周边高温堆肥、热泉等环境可培养高温放线菌的多样性及其产纤维素酶的潜力.[方法]利用稀释涂布平板法从采集于上述环境的样品中分离得到菌株500余株,通过形态去重复后对300余株进行16SrRNA基因测序分析,并对获得的菌株利用刚果红染色的方法进行纤维素酶活性初步筛选.[结果]分离到的菌株共分布于放线菌纲下9个亚目15个科33个属,其中候选新属2个、候选新种3个.451株菌的纤维素酶筛选结果显示57％具有纤维素酶活性,其中链霉菌、小单孢菌、野野村氏菌在纤维素酶活性菌株中占较大比例.[结论]云南干热环境下蕴含着丰富的放线菌资源,纤维素酶初步筛选显示出了良好的降解活性,为下一步的深入研究提供良好的菌源.     

Two new species of the genus Micromonospora: Micromonospora chokoriensis sp. nov. and Micromonospora coxensis sp. nov., isolated from sandy soil

Two actinomycete strains, 2-19(6)(T) and 2-30-b(28)(T), which produced single, non-motile noduler to warty spore surfaces, were isolated from sandy soil in Chokoria, Cox's Bazar, Bangladesh. A polyphasic study was carried out to establish the taxonomic position of these strains. Morphological and chemotaxonomic characteristics of these strains coincided with those of the genus Micromonospora. Phylogenetic analysis using 16S rDNA sequences indicated that these strains should be classified in the genus Micromonospora. The 16S rDNA sequence of strain 2-19(6)(T )showed closest similarity to the type strains of M. mirobrigensis (98.9%) and M. carbonacea (98.8%), and the strain 2-30-b(28)(T) to the type strains of M. purpureochromogenes (99.4%), M. halophytica (99.3%) and M. aurantiaca (99.2%). Furthermore, a combination of DNA-DNA hybridization results and some differential physiological and biochemical properties indicated that these strains were distinguished from the phylogenetically closest relatives. These strains therefore represent two novel species, for which the name Micromonospora chokoriensis sp. nov. and Micromonospora coxensis sp. nov. are proposed. The type strains are 2-19(6)(T) (=JCM 13247(T) =MTCC 8535(T)) and 2-30-b(28)(T) (=JCM 13248(T)=MTCC 8093(T)).     

Bioprospecting Micromonospora from Kaziranga National Park of India and their anti-infective potential

Large number of strains was isolated from soils of Kaziranga National Park of North-East India using selective isolation procedure. They were assigned to the genus Micromonospora on the basis of their typical colonial and pigmentation features. The taxonomic identities of the isolates were confirmed on the basis of their molecular characters (16SrDNA). A total of one hundred Micromonospora strains were isolated during the present investigation. The diagnostic cell wall sugar and amino acids were determined from these Micromonospora strains. After preliminary screening most of the isolates exhibited excellent anti-infective activity against human bacterial pathogens Staphylococcus aureas, Bacillus subtilis, Proteus vulgaris, Echerichia coli, Pseudomonas aeroginosa and fungal pathogens Aspergillus niger, Fusarium oxysporum and Candida albicans. Among these isolates one strain designated as HK-10 showed promising activity against human pathogens S. aureas, B. subtilis, P. vulgaris and P. aeroginosa.     

Cryptoendolithic actinomycetes from antarctic sandstone rock samples: Micromonospora endolithica sp. nov. and two isolates related to Micromonospora coerulea Jensen 1932

Three cryptoendolithic, aerobic actinomycetes (AA-459T, AA-319 and AA-321) from antarctic sandstone were characterised phenotypically and by molecular taxonomic methods. The isolates had single spores on substrate mycelium, meso-diaminopimelic acid (m-DAP) and glycine (cell wall type II), a whole cell sugar pattern D (galactose, xylose, arabinose, glucose or rhamnose) and phospholipids of type PII (diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylinositol). Their predominant fatty acids were iso-16:0 and iso-15:0 or 17:1omega8c, the menaquinone profile was complex with mainly MK10 (H4) and MK10 (H6). A wide variety of sugars and several acids were utilised for growth. The isolates were sensitive to a few antibiotics, but formation and excretion of antibiotics was not observed. Phenotypically, isolates AA-319 and AA-321 were similar. Phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences revealed close relationship of strains AA-319 and AA-321 with each other (99.5%) and clustering (98.5%) with Micromonospora coerulea DSM 43143T. DNA-DNA hybridisation showed both strains to be genomically highly similar to strain DSM 43143T. Phenotypically they could be viewed as separate taxa, but presently they will be considered as strains of Micromonospora coerulea. Strain AA-459T was phylogenetically close to Micromonospora chersina DSM 44151T (99.1%) and to Micromonospora rosaria DSM 803T, but DNA-DNA similarity with M. chersina DSM 44151T was low with 28.9/33.5 %, indicating the presence of a different and new species. Consequently, isolate AA-459T (DSM 44398T NRRL B-24248T) is described as the type strain of Micromonospora endolithica sp. nov.