陕西省林麝mtDNA D-loop区序列结构和种群遗传多样性

林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调查了陕西省林麝1个圈养种群3个野生种群线粒体DNA(mt DNA)D-Loop 632 bp片段的遗传多样性和种群结构。在69个个体中其碱基组成为A+T的平均含量63.2%高于G+C含量36.8%,共检测到变异位点171个(约占总位点数的27.05%)。核苷酸多样性(Pi)为0.04424,平均核苷酸差异数(K)为19.908。69个个体分属32个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.070。32个单倍型构建的NJ系统树聚为3个分支,4个林麝群体中的单倍型是随机分布的。4个群体的平均遗传距离为0.043(标准误SE为0.005),凤县养殖场群体与留坝和陇县群体的亲缘关系较远。单倍型间的平均遗传距离为0.043,可见其遗传分化尚未达到种群分化的水平。结果表明,陕西省林麝群体mt DNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,凤县野生群体和凤县养殖场群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,养殖场种群没有出现近亲繁殖及遗传多样性下降的情况。凤县野生群体和凤县养殖场群体两者遗传分化较小,存在着较高的基因流水平。     

合肥野生动物园东方白鹳的保护遗传学初步研究

研究选用EEO.6基因和线粒体DNA控制区(D-loop)作为分子标记,用于合肥野生笼养东方白鹳的性别鉴定和遗传多样性检测.研究中成功地鉴定了东方白鹳成体和幼体的性别,并且双引物的引入克服了性别鉴定中假阴性.在合肥野生动物园28个笼养个体中共检测出11种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.8598±0.0419,核苷酸多样性(π)为0.01035±0.0058,但单倍型在繁殖个体间分布严重失衡,子一代个体的单倍型主要集中在H1,H2,H3.因此,建议在进行圈养东方白鹳的繁殖管理时,注重提升各单倍型的奠基者作用,以保护笼养群体的遗传多样性.     

西藏藏猪遗传多样性研究

采用mt DNA D-loop作为分子标记,对西藏的4个藏猪群体(林芝、山南、昌都和日喀则)遗传多样性进行了研究。结果表明,西藏藏猪mt DNA D-loop高变区A+T含量(62.90%)明显高于G+C含量(37.1%),富含A和T,存在碱基偏倚性。在长度为435 bp的序列中,共检测到20个变异位点,界定了26个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.705±0.021,平均核苷酸差异数(k)为1.231,核苷酸多样度(Pi)为0.002 83。其中,Hd、k和Pi在昌都藏猪群体中最高,日喀则藏猪最低。此外,Hap1和Hap3单倍型是4个群体的共享单倍型,表明4个藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。     

峨眉山藏酋猴mtDNA控制区序列变异及种群遗传多样性

为更有效地保护藏酋猴Macaca thibetana野生种群,本文测定了来自峨眉山藏酋猴8个亚群体的47个样品mtDNA控制区5'端505 bp的序列,发现了27个变异位点(5.74%),定义了4种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.236±0.079、核苷酸多样性(π)为0.00902±0.00354,单倍型之间的序列差异平均为0.623%,平均核苷酸差异(K)为4.274,单倍型序列之间变异较大,种群中的核苷酸多样性较高;将峨眉山的藏酋猴看成一个种群与同为四川地区的马边群体及安徽的黄山群体的相应序列进行比较,结果显示峨眉山藏酋猴种群mtDNA控制区序列与马边群体间的差异性较小,而与黄山群体间的差异性较大。分子方差分析(AMOVA)表明,90.04%的遗传变异发生在种群之间,仅有9.96%的变异发生在种群内。进一步分析表明,藏酋猴各地理种群间均不同程度地存在着一定的遗传分化(Fst=0.9004,P<0.05),种群间基因交流较贫乏(Nm<1)。基于最大似然法和邻接法构建的系统发生树均支持四川地区的藏酋猴种群和安徽黄山种群分别聚为不同的类群,支持将它们归入各自的管理单元;而本研究中的四川地区藏酋猴在系统发生树上也分为2个亚支,但这2个亚支并未与地理分布成完全的对应关系,应归为一个管理单元加以保护。     

基于线粒体DNA控制区序列的重庆岩原鲤人工养殖群体遗传多样性分析

为研究重庆市长寿和涪陵地区岩原鲤(Procypris rabaudi)人工养殖群体的遗传多样性, 采用PCR扩增获得175尾岩原鲤个体的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分序列片段。对其中692 bp序列分析共发现11个单倍型, 其中Hap1为主要单倍型, 占总样本的76.57%。单倍型Hap10演化速率较快, 并且与单倍型Hap6遗传距离最远。长寿及涪陵地区岩原鲤人工群体的单倍型多样性分别为0.4100±0.0550和0.3970±0.0820, 核苷酸多样性分别为0.0013±0.0003和0.0013±0.0004。通过与长江上游江段野生群体(苍溪江段、合江江段、木洞江段、通江江段、万州江段、武隆江段、习水河和唐河)及北碚区人工养殖群体的遗传多样性进行比较, 发现岩原鲤长寿及涪陵地区人工养殖群体遗传多样性明显低于野生群体, 但略高于北碚人工养殖群体。为保持岩原鲤人工养殖群体的遗传多样性, 应尽量选择遗传距离较远的亲本进行配对, 并定期补充不同遗传背景的个体作为后备亲鱼。     

东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性及系统发育地位

东帕米尔高原作为生物多样性丰富的区域之一,喜马拉雅雪鸡和藏雪鸡在此混群分布。以东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用PCR和测序技术,研究了mt DNA D-loop区序列特征,下载Gen Bank已提交的雪鸡序列,利用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系,以阐明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性水平和系统进化地位。结果表明:东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡mt DNA D-loop序列富含A、T碱基,含量为59.8%,存在64个多态位点,占核苷酸总数的5.5%,其中单一多态位点29个,简约信息位点33个,两处插入或缺失,转换发生的频率远远高于颠换;25个个体存在23种单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.92±0.0001,平均核苷酸多样度(π)为0.00958,平均核苷酸差异度(K)为11.067,说明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡核苷酸多样性较低,单倍型多样性高,具有较为丰富的遗传多样性;系统发育分析显示喜马拉雅雪鸡与藏雪鸡分为明显的两大簇群,本研究涉及的东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡出现遗传分化,呈现明显的2个进化支;中介网络关系分析显示雪鸡具有明显的地理分布特征,本研究雪鸡84%的单倍型聚在以东帕米尔高原为中心的进化支上。因此,建议扩大塔什库尔干野生动物自然保护区(位于东帕米尔高原境内)范围,建立国家级自然保护区,恢复生态环境,以提高雪鸡栖息地的生存适宜性。     

贵州东北部黑叶猴种群mtDNA D-loop序列多态性

贵州东北部作为黑叶猴在中国的主要分布区之一,黑叶猴的数量在近30年急剧下降,栖息地破碎化严重,保护形势不容乐观。深入了解黑叶猴在贵州东北部地区地理种群的分子变异及遗传水平现状,可以为黑叶猴保护提供重要的依据。本文以黑叶猴的粪便、毛发为实验材料,利用线粒体DNA分子标记,对采自贵州东北部地区黑叶猴野生种群79个粪便样品和黔灵公园笼养种群22个粪便样品、5份毛发样品的线粒体控制区(mt DNA D-loop)的部分序列进行测定。贵州东北部黑叶猴样品共获得88条395 bp的序列,共有30个多态位点,其碱基突变形式为转换和颠换,无插入和缺失,共6个单倍型。构建的系统发育树表明,贵州黑叶猴是一个独立的单元群,研究结果有助于了解贵州东北部地区野生黑叶猴的遗传多样性,分析其种群适应能力与进化潜力,为提出科学合理的保护管理对策提供参考依据。     

利用微卫星和线粒体标记分析北京鸭的起源与驯化

北京鸭是我国最著名的家鸭品种. 为分析北京鸭的起源与驯化, 本实验采集了包括北京鸭在内的6个中国地方鸭种共190只个体, 及来自辽宁省的14只野生绿头鸭(Anas platyrhynchos)血样. 利用15个微卫星标记对这6个家鸭品种的186只个体进行遗传关系分析. 并对其中88只家鸭个体及14只野鸭个体线粒体的DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列进行了扩增和测序. 利用微卫星标记计算出的遗传距离(D_S)及FST分析结果表明, 北京鸭与其他中国地方鸭种的遗传分化程度较高. 聚类结果显示巢湖鸭、高邮鸭、绍兴鸭和金定鸭聚为一类, 建昌鸭、北京鸭聚为另一类. 线粒体DNA D-loop区序列分析结果表明, 虽然北京鸭群体含有所有鸭种所共有的单倍型H01, 但北京鸭的单倍型与其他家鸭仍有较大差异, 北京鸭群体具有12个独特的家鸭单倍型, 其中H02, H04, H08及H22等4个单倍型比较相近并形成单倍群A, 且H02和H22单倍型与中国绿头野鸭共有, 说明北京鸭起源于绿头鸭, 其驯化过程也基本独立于其他家鸭品种.     

中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNAD-loop序列多态性分析

为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNA D-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析.结果表明,20个个体D-loop区共711 bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点.核苷酸多样性(Pi)为0.021 33±0.004 54,单倍型多样性(Hd)为0.994±0.019,平均核苷酸差异数(k)为15.146 20.构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支.说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统.     

草鱼野生与选育群体线粒体DNA控制区D-loop遗传变异分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化, 研究对4个野生群体(邗江、九江、石首和吴江)和2个选育世代(F1和F2)进行了线粒体DNA控制区(D-loop)序列的遗传变异分析。实验结果表明, 4个野生群体在单倍型数目(H)、单倍型多样性(H_d)、核苷酸多样性(π)、平均核苷酸差异数(K)水平上均高于2个选育世代, 在2个选育世代内表现为F1代群体的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸差异数(K)大于F2代群体, 但单倍型多样性(H_d)小于F2代群体; 单倍型分析结果表明, 6个群体间无共享单倍型, 4个野生群体间共发现2种共享单倍型(Hap1和Hap3), 石首群体和2个选育世代共享1种单倍型(Hap15); 遗传分化指数(F_st)分析结果表明, 邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间存在较大的遗传分化(F_st范围为0.41475—0.55128), 石首群体与F1代群体之间存在较小的遗传分化, 与F2代群体之间存在中等水平的遗传分化, 同时F1代群体与F2代群体之间存在较小的遗传分化; 基于6个群体276个个体构建的邻接(Neighbor-Joining, NJ)进化树和基于27种单倍型构建的单倍型网络图也得到了相似的结论, 即邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间的亲缘关系较远, 石首群体和2个选育世代两两之间的亲缘关系较近。以上结果表明, 经过2个世代的选择育种, 选育群体的遗传结构已发生了变化, 并且随着选育的进行, 选育世代的遗传多样性下降的较为明显, 这警示着我们在今后的育种工作中应适当改变现有的选育方案, 并实时监测选育群体的遗传多样性, 以便为今后进一步的选育工作打下坚实的基础。     

福建省家鸭的遗传多样性及其与野鸭的亲缘关系

为了探讨福建省家鸭的遗传多样性和品种进化, 本研究测定了福建省4个地方家鸭品种的32个个体和野生斑嘴鸭(Anas zonorhyncha) 8个个体的线粒体DNA D-loop区667 bp序列, 分析了这4个家鸭品种的遗传多态性及品种进化。结果显示4个家鸭D-loop区序列的A、G、C、T碱基平均含量分别为25.5%, 15.2%, 33.5%, 25.8%。确定了8种单倍型, 其中Hap2(与GenBank中的A7一致)为家鸭的主体单倍型, 平均单倍型多样度为0.75202, 平均核苷酸多样度为0.21%。4个品种中金定鸭单倍型多样度、核苷酸多样度最高。4个品种之间的Kimura双参数遗传距离为0.00094–0.00395, 其中连城白鸭和金定鸭之间遗传距离最大。结合GenBank上已发表的绿头鸭(A. platyrhynchos)和斑嘴鸭序列, 共有30种单倍型, 共同构建系统发生树和网络关系图, 结果表明4个家鸭品种单一地起源于绿头鸭。     

秦岭细鳞鲑人工繁育群体与野生群体遗传变异分析

研究利用线粒体DNA（细胞色素b基因序列和D-loop区序列）序列对秦岭细鳞鲑（Brachymystax lenok tsinlingensis）野生群体和人工繁育群体的种群遗传结构进行了分析。结果表明, 在86个个体扩增出的线粒体D-loop区730 bp片段中, A+T含量（63.5%）明显高于G+C含量（36.5%）。Cyt b基因序列扩增1141 bp, A+T含量（52.8%）明显高于G+C含量（47.2%）。野生群体43个个体共检测到18个单倍型, 繁育群体43个个体中共检测到24个单倍型, 两个群体共享8个单倍型; 秦岭细鳞鲑野生群体的单倍型多样性和核苷酸多样性（h=0.9070.026; =0.002870.00074）低于繁育群体（h=0.9170.035; =0.003490.00083）, AMOVA分析显示, 98.37%的分子差异位于群体内, 1.63%的分子差异位于群体间, 两群体之间的遗传分化水平较低（Fst=0.01631, P=0.1075; Nm=30.16）。采用邻接法构建的系统发育树和单倍型网络图分析表明, 各群体内的个体不形成单系群, 两者之间互有交叉。总之, 秦岭细鳞鲑野生群体与繁育群体之间基因交流充分, 未出现遗传分化。       

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。      

广西3个猪种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性及系统进化研究

本研究旨在了解广西石头猪、德保猪和隆林猪的起源、群体遗传结构和亲缘关系。通过PCR扩增和测序技术获得3个群体61个个体的线粒体D-loop序列,采用DNASP 5.0进行多态性分析,MEGA 6.0计算各品种间的遗传距离及构建系统发育树。结果显示,3个猪种mtDNA D-loop区全长1 124~1 325 bp,石头猪和德保猪的中间重复序列变异仅存在A型,隆林猪存在A型和B型;石头猪mtDNA D-loop区8个多态性位点归纳出10种单倍型,德保猪8个多态性位点归纳出5种单倍型,隆林猪11个多态性位点归纳出9种单倍型;3种猪单倍型多样度分别为0.857、0.81和0.917,核算多样度分别为0.002 29、0.002 9和0.002 83。石头猪和德保猪可能有相同的母源血统,隆林猪可能有2种母系起源;3个品种猪单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性匮乏,亟需进行科学保护。     

普氏野马线粒体DNA D-loop区序列多态性研究

目的:了解中国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马(Equus przewalskii)遗传多样性及其遗传背景.方法:采用PCR产物直接测序法,对15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区进行测序分析.结果:测定15个个体的线粒体DNA D-loop高变区15464～15866片段序列402bp.检测到12种单倍型,包括37个多态位点,占全部序列的9.2%,其中转换位点24个、颠换位点20个、转换位点和颠换并存位点8个、缺失位点3个.A%+T%含量(56.1%)高于G%+C%含量(43.9%),平均A含量为28.4%,T含量为27.7%,C含量为29%,G含为14.9%.单倍型间平均遗传距离为0.030,单倍型多态性(h)为1±0.00116,核苷酸多态性(π)为2.90%.15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区之间平均核苷酸变异率为2.48%.结论:研究表明我国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马线粒体DNA D-loop区序列存在丰富的多态性.     

褐马鸡圈养种群的mtDNA控制区多态性

褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)是我国特有的濒危鸟类,国家一级保护动物。为了保护褐马鸡的种质资源,从分子水平上评价褐马鸡的遗传多样性,对山西省庞泉沟自然保护区、太原市动物园的褐马鸡种群20个个体,线粒体DNA D-loop区全序列进行了克隆和测定,使用Clustal X、DnaSP4.0、Mega3.1等生物信息学软件,对全部20条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样性和单倍型多样性;比较了两个种群的遗传变异,初步探讨了褐马鸡种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:20条褐马鸡线粒体DNA D-loop区全序列长度在1236 1237bp之间,其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为31.0%、26.8%、27.5%和14.8%,A+T含量(57.8%)高于G+C含量(42.3%)。排除1处核苷酸的插入或缺失后,共检测出26个突变位点,占分析序列总长度的2.1%,其中包括25处单一多态位点和1处简约信息位点。20个个体检测出13个单倍型,其中11个个体具有独特的单倍型,2个共享单倍型。褐马鸡两个种群的单倍型多样性(h)为0.911 0.933,核苷酸多样性(π)为0.002 0.003,单倍型间的遗传距离为0.003 0.002。根据单倍型构建了褐马鸡两个种群的NJ分子系统树。聚类表明,2个种群的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。揭示褐马鸡具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群的遗传变异较低;两个种群单倍型间的遗传距离较近,遗传多样性参数接近,统计分析无显著差异,两个种群尚未表现出明显的遗传分化,且两个种群间有基因流存在。     

华东地区地方鸡品种mtDNA控制区遗传多样性

为了探明我国华东地区地方鸡品种的遗传多样性和群体遗传结构,追溯其母系起源和进化过程,利用PCR技术扩增了11个地方鸡品种的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,并结合NCBI数据库中已发表的红色原鸡(Gallus gallus)D-loop区全序列,分析了它们的遗传多样性与亲缘关系,构建了11个品种与红色原鸡系统发生邻接树。结果表明:11个地方品种mtDNA D-loop区全长为1,231或1,232 bp,其中1,231 bp的序列有196条,1,232 bp的序列有123条,经过比对发现,两者在859 bp处存在单碱基缺失。11个地方品种319个个体共计检测到变异位点37个,总体单倍型多样度核苷酸多样度和平均核苷酸差异分别为0.901±0.009、0.00573±0.000001和6.833。按照鸡mtDNA单倍型分类通用标准,共包含35种单倍型,可以分为A、B、C和E共4个分支(单倍型群),分别包括11、10、9和5个单倍型。中介网络图中11个鸡品种也很明显地分成了4个支系,分别含有100、118、47和54条序列。系统发育树分为4个大枝,海南亚种(G.gallus jabouillei)自成一枝;C单倍型群与4个亚种的红色原鸡聚为一枝;E单倍型群与2个亚种红色原鸡聚为一枝;A和B单倍型群只与滇南亚种(G.gallus spadiceus)聚为一枝。11个品种中,除了狼山和丝羽乌骨鸡2个标准化品种外,都有很高的遗传多样性,可开发选择潜力很大。没有发现线粒体品种特异性DNA序列。华东地区地方品种至少有4个母系起源,部分品种可能受到了欧美高产品系的渗入。     

鹅喉羚线粒体D-loop和Cytb序列遗传多样性分析

[目的]为了探讨新疆天山野生动物园17只鹅喉羚的遗传多样性、亲缘关系和群体来源。[方法]对这些鹅喉羚线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cytb)基因序列进行了PCR扩增和测序,分别计算了群体单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)以及个体间的遗传距离,并构建了单倍型NJ(Neighbor-Joining)聚类图。[结果]D-loop区和Cytb分别获得了978bp和543bp的基因片段,D-loop区识别出11个单倍型,Cytb区识别出3个单倍型;D-loop和Cytb的单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.863、0.01028和0.330、0.00077;个体之间最大遗传距离为0.024,最小遗传距离为0.001;17只鹅喉羚分别聚为2个分支。[结论]该鹅喉羚群体D-loop区多态性较丰富,在野外可能来自两个不同的群体。     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

中国湛江市和哈尔滨市褐家鼠种群遗传结构及其年度变化特征

为探索褐家鼠Rattus norvegicus地理种群的遗传结构及其年度变化特点,本研究以广东省湛江市的褐家鼠指名亚种和黑龙江省哈尔滨市的褐家鼠东北亚种为主要研究对象,结合我国及世界其他褐家鼠种群的D-loop序列分析这2个褐家鼠地理种群间D-loop序列的遗传分化情况及系统进化关系,重点分析2008—2015年褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群D-loop单倍型的年度频率变化特点。结果表明,褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群共有32种不同的单倍型,其中有11种单倍型是2个种群共有的,有4种单倍型仅在湛江种群中出现,有17种单倍型仅在哈尔滨种群中出现。褐家鼠湛江种群D-loop区的核苷酸多态性为0.005,有27个变异位点,单倍型多态性为0.695,褐家鼠哈尔滨种群D-loop区的核苷酸多态性比湛江种群略高,为0.008,有35个变异位点,单倍型多态性为 0.793。褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群没有经历过暴发性的扩增。褐家鼠湛江、哈尔滨和湖北3个地理种群的D-loop序列之间发生了明显的遗传分化,其中湛江种群和哈尔滨种群之间的分化程度最高,遗传分化系数F_st为0.245。褐家鼠湛江种群和哈尔滨种群的单倍型数目和主单倍型频率都发生明显波动,推测主要原因可能是由于灭鼠剂的大量使用或其他灭鼠活动导致种群出现瓶颈或更替的现象。