乌鲁木齐10号泉泉水细菌群落对有感地震的响应

摘要:【目的】为了从细胞水平上了解泉水细菌群落对有感地震的映震规律及敏感菌群的代谢特征。【方法】基于2012年1月31日至12月31日,震中距乌鲁木齐10号泉100公里范围内的5次有感地震,利用平板培养计数和BIOLOG GEN III细菌板监测地震前后泉水中细菌群落活性及代谢功能多样性变化。【结果】泉水细菌群落全年呈现随机动态变化,震后可培养细菌菌落数目和细菌群落碳源利用的平均颜色(Average well color development,AWCD)变化高于震前,且表现与震级具有一定相关性;泉水中对有感地震有响应的灵 敏细菌群以糖醇类碳源为主要代谢碳源。【结论】本研究初步证实了GEN III 细菌板能用于泉水细菌群落代谢功能多样性的研究。细菌群落的碳源利用及可培养菌落数目具有一定映震规律。     

丁香假单胞菌中的III型分泌系统及其调控机制研究进展

丁香假单胞菌(Pseudomonas syringae)是引起许多作物病害的一种革兰氏阴性病原细菌。该细菌入侵寄主植物细胞主要通过其III型分泌系统(type III secretion system,T3SS)将效应蛋白转入到寄主真核细胞内,抑制寄主免疫功能,以达到成功侵染和定殖的目的。III型分泌系统的主调控因子RhpR/S通过感受环境信号的变化直接调控hrpR/S及其他毒力相关通路。同时III型分泌系统基因的表达也受到其他调控因子的影响,包括σ因子HrpL、双组分系统GacA/S、Lon蛋白酶、第二信使分子和环境信号等。本文在简要介绍丁香假单胞菌III型分泌系统组成和功能的基础上,综述丁香假单胞菌III型分泌系统调控机制的最新研究进展,以期为深入探究病原菌的致病机制提供参考和思路。     

猪一般型生殖道放线菌的分离鉴定与系统进化分析

2007年4月, 从患有化脓性肺炎、化脓性关节炎和心内膜炎的8周龄病死仔猪内脏器官中分离到一株细菌, 对其进行了种属关系鉴定、致病性及药物敏感性等研究。首先从表型特征和生化特性方面进行鉴定, 然后应用分子技术对其16S rDNA进行测序分析, 最后进行了动物实验和药物敏感性实验。该细菌表型特征和生化特性表明其与生殖道放线杆菌(A. hyovaginalis)非常相似; 对16S rDNA测序结果分析发现其与A. hyovaginalis III群菌株同源性高达99.2%, 系统进化分析也表明分离株与A. hyovaginalis III群菌株亲缘关系最近; 对小白鼠具有较强的致病性; 对红 霉素、庆大霉素和阿米卡星等药物高度敏感。因此, 证实分离菌株为有致病性的A. hyovaginalis III型。     

青枯菌三型分泌系统研究进展

摘要:青枯菌(Ralstonia solanacearum)可导致多种重要经济作物毁灭性枯萎(bacterial wilt,又称青枯病),是世界上分布最广、危害最严重的十大植物病原细菌之一。注射器状的三型分泌系统(Type III secretion system)是青枯菌的一个决定性致病因子,青枯菌利用T3SS向寄主细胞中注射大量效应蛋白(Type III effectors)来抑制寄 主的免疫反应,从而引起寄主感病。本文围绕近年来有关青枯菌T3SS 遗传特性、表达调控、效应蛋白功能等方面最新进展进行综述,为全面了解青枯菌致病机理和植物细菌病害的防治提供新思路。     

泸型酒酒醅细菌群落的发酵演替规律

【目的】考察泸型酒发酵过程中酒醅细菌群落的演替规律,探讨菌群演替与环境因素变化的相关性。【方法】采用高通量测序技术分析泸型酒酒醅细菌群落的演替规律,并运用Mantel test分析不同发酵阶段的细菌群落演替与环境因素变化的相关性。【结果】酒醅发酵过程中有397个属的微生物,其中Lactobacillus、Bacillus、Weissella、Dysgonomonas、Comamonas以及Ruminococcaceae为优势属(相对丰度1.0%)。通过聚类分析可将酒醅发酵过程划分为3个阶段:阶段I (0–5 d),阶段II (6–17 d)和阶段III(18–40d),且3个阶段的酒醅菌群结构差异显著(P0.05)。Metastats分析结果表明,与阶段I相比,阶段II酒醅细菌群落中Lactobacillus和unclassifiedLactobacillaceae相对丰度显著升高(P0.05),而unclassifiedBacillaceae、 Staphylococcus、 Bacillus、 unclassified Enterobacteriaceae、 Lactococcus、Pseudomonas、Thermoactinomyces、Leuconostoc、Staphylococcus相对丰度显著降低(P0.05)。与阶段II相比,阶段III酒醅细菌群落中Lactobacillus相对丰度显著增长(P0.05),Comamonas、Acetobacter、unclassified Bacilli、Clostridium、Bacillus、Ruminococcus、unclassified Porphyromonadaceae和unclassified Streptophyta相对丰度显著下降(P0.05)。结果表明,阶段I的细菌菌群演替与酒醅温度、水分和乙醇浓度变化线性相关(P0.05);阶段II和阶段III的细菌菌群演替与酒醅温度、水分、酸度、乙醇浓度均没有相关性(P0.05)。【结论】泸型酒酒醅中细菌群落在不同发酵阶段结构差异显著,且温度、水分以及乙醇浓度对酒醅发酵前期(0–5 d)细菌群落演替具有重要作用。     

肠道病原菌III型分泌系统效应蛋白调控宿主细胞NF-κB和MAPK信号通路的研究进展

病原细菌感染对人类健康构成了严重的威胁,一类具有III型分泌系统(Type III secretion system,T3SS)的肠道致病细菌可以通过T3SS将效应蛋白“注射”到宿主细胞中,模拟和操纵宿主细胞的多种信号转导通路,包括细胞凋亡、细胞自噬和炎症反应等,从而有效地逃逸宿主的防御,增强感染性和致病性。本文综述了肠道病原菌T3SS效应蛋白在调控宿主炎症反应中NF-κB和MAPK通路的最新研究进展。     

十字花科黑腐病菌III型效应物XopXccR1植物亚细胞定位

[目的] 植物病原细菌通过III型分泌系统（type III secretion system,T3SS）将III型效应物（type III secreted effectors,T3SEs）分泌转运到宿主细胞的不同位点上,进而行使不同的致病功能。本研究旨在确定Xcc 8004 III型效应物中分子量最大的蛋白XopXccR1在植物中的亚细胞定位。[方法] 利用生物信息学方法分析XopXccR1的跨膜信息。通过同源重组方法将XopXccR1全长、N端（1–1220 aa）和C端（1221–2030 aa）分别克隆到植物表达载体pCAMBIA-2300-35S：：EGFP上,利用根癌农杆菌介导的瞬时表达浸染本生烟,通过激光共聚焦显微镜观察亚细胞定位结果。[结果] XopXccR1全长和N端定位在本生烟细胞膜上,而C端定位在细胞质中。[结论] XopXccR1的N端与C端可能分别存在定位信号,N端信号主导全长蛋白的最终定位。     

III型干扰素相关生物学功能的研究进展

干扰素（Interferon,IFN）是一类具有多功能生物活性的糖蛋白,包含3个家族（I型、II型和III型）。III型干扰素（Type III interferon,IFN-III）是近16年发现的新型干扰素,其诱导过程及生物学功能与I型干扰素（Type I interferon,IFN-I）相似,在抗病毒、免疫调节、抗肿瘤、抑制自身免疫病、抑制过敏性哮喘以及抗细菌和真菌等方面具有重要作用。本文将从IFN-I和IFN-III的分类、序列同源性和信号传导等方面进行阐述,并结合近年来IFN-III在疾病治疗过程中所取得的成就,综述IFN-III的生物学功能,旨在为IFN-III的深入研究以及在多种疾病的诊断和防控中提供参考。     

一株新的砷还原菌分离鉴定及其对天然矿物臭葱石的溶解作用

【目的】探究江汉平原土著砷还原微生物如何介导臭葱石的溶解和释放过程,以及硝酸盐和硫酸盐对该过程的影响。【方法】采集江汉平原高砷沉积物,利用多轮传代富集方法筛选出一株兼性厌氧砷还原菌;克隆其16S rRNA基因、砷还原酶基因(arsC)、硫代硫酸盐还原酶基因(phsA)、硝酸盐还原酶基因(nar)以获得其分类地位;分析该细菌的As(V)、NO3–、Fe(III)、S_2O_3~(2–)还原功能;利用microcosm技术分析该菌株催化臭葱石中不可溶砷和铁的溶解和释放作用及硝酸盐和硫酸盐对此过程的影响;采用X-射线衍射(XRD)和扫描电镜(SEM)等方法对细菌作用前后的矿物表面形貌进行分析。【结果】16S rRNA基因测序结果表明该细菌为柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.),故命名为Citrobacter sp. A11;在Citrobacter sp. A11作用下,0.45 mmol/L As(V)在4 d内被还原成As(III),2.0 mmol/L S_2O_3~(2–)在6 d内被还原成S~(2–),1.0 mmol/L Fe(III)在3 d内被还原成Fe(II),140.0 mg/L NO_3~–在28 h内被还原成NO_2~–;经过28 d该细菌的催化作用使得体系中不可溶砷和铁的释放量分别为33.68μmol/L、51.93μmol/L;硫酸根的加入使得砷和铁的释放量分别增长了41.04%和34.30%,硝酸根的加入则使砷和铁释放量分别降低了35.07%和53.46%。XRD、SEM-EDS分析表明,细菌作用后的臭葱石表面形貌发生明显改变,并出现细小且分散的溶解性颗粒。【结论】本次研究从江汉平原高砷沉积物中富集分离得到一株兼性厌氧砷还原细菌Citrobacter sp. A11,能有效还原As(V)、S_2O_3~(2–)、NO_3~–、Fe(III);砷还原细菌Citrobacter sp. A11能显著促进臭葱石中砷和铁的溶解和释放,硫酸根离子的存在会促进细菌介导臭葱石中固态砷、铁的释放,而硝酸根离子的存在则对此过程起明显抑制作用。     

黄单胞菌属细菌非编码小RNA的研究进展

黄单胞菌属(Xanthomonas)是一类能引起多种单子叶和双子叶植物感病的革兰氏阴性细菌,严重危害水稻、甘蓝、番茄、柑橘等多种作物,其入侵和增殖依赖于三型分泌系统(Type III Secretion System,T3SS)和其他毒素因子。细菌非编码小RNA能通过与靶m RNA互作,在转录后水平调控基因的表达,或直接与蛋白互作,影响细胞的各种生理功能。主要介绍了细菌非编码小RNA的分类、及其对细菌蛋白调节、生长代谢、基因转录以及毒力调控等方面的研究进展,并重点对黄单胞菌属细菌已鉴定的非编码小RNA及其生物学功能进行综述,以期为黄单胞菌引起的作物病害防控提供新的思路。     

乌梁素海富营养化湖区浮游细菌多样性及系统发育分析

水生生态系统富营养化与细菌群落之间的关系尚不明确。本文通过构建和分析16S rRNA基因片段克隆文库, 以期揭示乌梁素海富营养化水体细菌的多样性及其系统发育关系, 并探讨富营养化与细菌多样性之间的关系。利用Hae III对文库中的87个克隆子进行单酶切, 产生了23种带型, 文库覆盖度达到了73.6%, 反映出文库有较好的代表性。选择每种OTU的一个代表克隆进行测序分析, 基因序列系统发育分析结果表明, 乌梁素海中多数细菌与淡水生态系统中常见的细菌门类相同, 即α-, β-, γ-Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, 它们分别占总菌数的10.3%、41.4%、4.6%和6.9%, 其中β-Proteobacteria和Bacteroidetes是优势细菌类群。与典型淡水生态系统细菌群落组成不同的是, 乌梁素海中存在约10.3%的轻度嗜盐碱细菌。水体中83.9%的细菌与已培养的细菌的同源性低于97%, 其中58.9%的细菌未能鉴定到属; 其余总菌数16.1%的克隆与具有降解污染物生物活性的已知菌相近。Bacteroidetes、Firmicutes和β-Proteobacteria中的某些类群成为优势菌群可能是对乌梁素海水体富营养化的响应。     

新抗菌药物研发进展

细菌对抗菌药的耐药性已成为全球性问题,另一方面,自上个世纪90年代以来,新抗菌药的研发、上市速度明显下降,造成临床无药可用的境地。但近年来国际上研发了一些对耐药菌具抗菌活性的新化合物及进入各期临床试验的新抗菌药。本文对3个新抗菌药telavancin、ceftaroline及fidaxomicin,2011年底在我国上市的替加环素,以及数个进入I到III期新药临床试验的抗菌药进行综述。     

一株MAs (III)脱甲基菌株的分离及功能基因的研究

[目的] 分离并鉴定三价单甲基砷（MAs （III））脱甲基菌株,对MAs （III）脱甲基菌FJ-6中arsI基因进行克隆表达,并对arsI基因表达蛋白进行功能鉴定。[方法] 利用富集培养的方法分离MAs （III）脱甲基菌株,并通过形态学、生理生化特征和16S rDNA基因进化分析进行鉴定;HPLC-ICP-MS鉴定菌株转化MAs （III）的产物为三价砷（As （III））,对菌株FJ-6的基因组进行生物信息学分析,寻找潜在的MAs （III）脱甲基酶编码基因,通过PCR扩增获得arsI全长基因,构建重组质粒pET29a-arsI,转化大肠杆菌BL21（DE3）菌株进行异源表达,通过Ni²⁺-NTA亲和层析柱纯化异源表达的蛋白,以MAs （III）为反应底物,检测MAs （III）脱甲基酶ArsI的酶学特性。通过实时定量PCR观察arsI的表达类型。[结果] Bacillus aryabhattai FJ-6在12 h内能将1 μmol/L MAs （III）完全转化为As （III）。克隆得到MAs （III）脱甲基酶表达基因arsI,构建了pET29a-arsI重组质粒并进行了表达,ArsI蛋白分子量为17.4 kDa。ArsI纯化蛋白具有较高的MAs （III）脱甲基酶的活性;荧光定量PCR实验结果表明arsI受砷诱导表达。[结论] 明确了ArsI蛋白具有MAs （III）脱甲基酶活性。     

一株芽孢杆菌对含砷矿物中砷的还原作用

在自然环境中,砷通常吸附于铁氧化物、铝氧化物等金属氧化物矿物上,或与这些氧化物矿物形成共沉淀。厌氧条件下,微生物可能通过直接还原砷或者还原铁氧化物等载砷矿物从而影响砷的迁移转化。本研究筛选得到芽孢杆菌属的一株细菌DX-04,并研究了该菌株对不同形态砷酸盐的还原作用和还原途径。厌氧条件下,在12~24 h内菌株DX-04对溶解态砷的还原能力最强,溶解态砷对提高细菌生物量具有明显的促进作用。接种菌株DX-04的铁砷共沉淀培养基中液相As(III)浓度呈先升高后降低的趋势,砷发生还原与释放,进而发生二次沉淀再次被固持。当以载砷氧化铝矿物为载砷的模型矿物时,在DX-04菌株的还原作用下,吸附的As(V)首先从氢氧化铝矿物上释放到液相,进一步被还原为As(III)。微生物的这一作用能够引起含砷矿物中的砷向水体、沉积物环境中释放,成为人类健康的潜在威胁。     

虎纹捕鸟蛛毒素-III及其天然突变体的纯化与鉴定(英文)

虎纹捕鸟蛛毒素 III及其天然突变体是从虎纹捕鸟蛛粗毒中分离得到的两个毒素多肽。虎纹捕鸟蛛毒素 III含 33个氨基酸残基 ,其中包含 6个半胱氨酸残基 ;而其天然突变体只比虎纹捕鸟蛛毒素 III少了C端的色氨酸残基。MALDI TOF质谱测得虎纹捕鸟蛛毒素 III及其天然突变体的分子量分别为 385 3.35和 36 6 7.4 0。通过比较其理论分子量和质谱测定的分子量表明两个多肽的 6个半胱氨酸残基分别形成了三对二硫键。虎纹捕鸟蛛毒素 III与从同一种蜘蛛分离得到的凝集素 I具有 70 .5 %的序列相似性。生物学活性实验表明 ,虎纹捕鸟蛛毒素 III具有使美洲蜚蠊可逆的致瘫作用 ,其半有效剂量 (ED50 )为 (1 92 .95±1 2 0 .84 ) μg/g (P =0 .95 ) ,而且能加强由电刺激引起的大鼠输精管收缩 ;而其天然突变体却不具有上述生物学活性 ,表明C端色氨酸残基为虎纹捕鸟蛛毒素 III生物学活性相关残基 ;同时虎纹捕鸟蛛毒素 III及其天然突变体都不具有类似于凝集素 I对红细胞的凝集活性 ,表明虎纹捕鸟蛛毒素 III和凝集素 I两者氨基酸序列中不同氨基酸残基对于决定两者的生物学活性有着重要的作用     

Fe(III)的微生物异化还原*

异化Fe(III)还原微生物是厌氧环境中广泛存在的一类主要微生物类群,它们的共同特片是可以利用Fe(III)作为末端电子受体而获能。异化Fe(III)还原微生物具有强大的代谢功能;可还原许多有毒重金属包括一些放射性核素,还可降解利用许多有机污染物,在污酒女环境的生物修复中具有重要的应用价值。本文对异化Fe(III)还原微生物的分布、分类、代谢功能多样性以及异化Fe(III)还原的意义做了评述,旨在加强相关领域的研究人同对此的了解和重视,通过学科和交叉和合作加快我国在这一领域的研究。     

CBL教学法结合PBL教学法在肝胆外科教学中的应用

目的:研究以案例为基础的学习(CBL)教学法结合以问题为基础的学习(PBL)教学法在肝胆外科教学中的应用,为临床教学提供依据。方法:选取2014年1月到2015年6月我院肝胆外科实习生270例为研究对象,按照随机数字表法将实习生分为I组、II组和III组,每组90例,I组给予PBL联合CBL教学法,II组给予PBL教学法,III组给予传统学习(LBL)教学法,比较三组教学效果。结果:I组和II组学习兴趣、自主学习能力以及课堂氛围评分显著高于III组,I组知识理解评分显著高于II组和III组,II组显著高于III组,比较差异具有统计学意义(P0.05);I组基础知识分显著高于II组和III组,I组和II组临床技能评分显著高于III组,比较差异具有统计学意义(P0.05);I组和II组调查满意度显著高于III组,且I组显著高于II组,比较差异具有统计学意义(P0.05)。结论:PBL联合CBL教学法用于肝胆外科教学中能显著提高实习生的知识理解能力和满意度。     

Fe(III)的微生物异化还原

异化Fe(III)还原微生物是厌氧环境中广泛存在的一类主要微生物类群,它们的共同特征是可以利用Fe(III)作为末端电子受体而获能。异化Fe(III)还原微生物具有强大的代谢功能,可还原许多有毒重金属包括一些放射性核素,还可降解利用许多有机污染物,在污染环境的生物修复中具有重要的应用价值。本文对异化Fe(III)还原微生物的分布、分类,代谢功能多样性以及异化Fe(III)还原的意义做了评述,旨在加强相关领域的研究人员对此的了解和重视,通过学科的交叉和合作加快我国在这一领域的研究。     

羧甲基壳聚糖-Cr(Ⅲ)配合物与鲱鱼精DNA的作用

采用循环伏安法和紫外光谱法研究了羧甲基壳聚糖-Cr(III)配合物与鲱鱼精DNA之间的作用方式。结果发现:(1)羧甲基壳聚糖-Cr(III)的存在导致Fe(CN)3-6/4-探针分子氧化还原峰电流下降,式量电位正移,显示羧甲基壳聚糖-Cr(III)和Fe(CN)3-6/4-与DNA之间存在竞争性作用,说明羧甲基壳聚糖-Cr(III)通过插入方式与DNA相互作用的;(2)中性红的加入导致羧甲基壳聚糖-Cr(III)/DNA体系的特征吸收峰发生增色效应、峰位红移并伴有等吸收点出现,这进一步表明羧甲基壳聚糖-Cr(III)是以插入方式与鲱鱼精DNA发生了相互作用,导致DNA分子的构象变化,并且CMC-Cr与DNA的结合比n(CMC-Cr):n(DNA)为3∶1。     

HD-Zip III转录因子家族与植物细胞分化

细胞分化是生物生长发育的重要过程, 受到一系列信号的精确调控。植物特有的转录因子HD-Zip III在细胞分化中发挥了重要作用。该文对HD-Zip III基因类型和结构特点进行了简要介绍, 重点论述了HD-Zip III在胚胎形态发生、顶端分生组织形成、叶极性建立和维管组织分化等发育过程中的作用, 系统总结了HD-Zip III基因在不同层次受到的调控, 探讨了该家族基因与陆生维管植物进化的关系。