基于mtDNA D-loop分析高原鳅群体遗传多样性和系统发育

本研究以高原鳅属6个群体共82尾个体的线粒体DNA D-loop高变区为标记,采用分子生物信息学方法分析其遗传多样性及系统发育关系.结果表明,在570 bp的mtDNA D-loop中共检测到149个多态位点,由此界定了 39个单倍型.在6个群体中,单倍型多样度(Hd)由高到低依次为细尾高原鳅(T.stenura)(0.899)＞东方高原鳅(T.orientalis)＞似鲶高原鳅(T.siluroides)＞达里湖高原鳅(T.dalaica)/黄河高原鳅(T.pap-penheimi)＞湘西盲高原鳅(T.xiangxiensis)(0.286);核苷酸多样度(Pi)由高到低依次为似鲶高原鳅(0.042 59)＞黄河高原鳅＞细尾高原鳅＞东方高原鳅＞达里湖高原鳅＞湘西盲高原鳅(0.000 5);细尾高原鳅与湘西盲高原鳅群体间遗传距离(0.186)最大,达里湖高原鳅与东方高原鳅群体间遗传距离(0.027)最小;细尾高原鳅与达里湖高原鳅群体间遗传分化程度(0.989)最大,似鲶高原鳅与东方高原鳅群体间遗传分化程度(0.222)最小.其中仅有一个单倍型(Hap29)为达里湖高原鳅与似鲶高原鳅群体所共有,其余均为特有单倍型.进化树显示6个高原鳅群体分为三大支,其中细尾高原鳅自成一支;湘西盲高原鳅与黄河高原鳅聚成一支;其余东方高原鳅、达里湖高原鳅和似鲶高原鳅聚成一支.Network与系统发育树结果基本一致.就单倍型丰富度和核苷酸多样性而言,似鲶高原鳅遗传多样性较高,湘西盲高原鳅遗传多样性较低.就系统发育而言,群体间的分化程度支持了其分类地位;似鲶高原鳅、东方高原鳅和达里湖高原鳅的亲缘关系相对较近;不同的聚类推测高原鳅可能至少经历了 3次驯化事件.本研究结果为高原鳅鱼类生物多样性保护和评价提供遗传学理论依据.     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

云南南部地区野猪群体的遗传多样性

野猪(Sus scrofa)是家猪的祖先,也是野生动物遗传资源和生物多样性的重要组成部分.为了阐明其群体遗传变异,以对其进一步有效保护和合理利用提供科学依据,本研究采用分布在家猪19条染色体上的76个微卫星标记对云南南部地区野猪群体65只个体进行了群体遗传变异分析.共检测到349个等位基因,每个座位的等位基因数从3到9不等,有效等位基因数在1.683 5-8.066 7之间,平均每个座位等位基因数(4.592 1±1.145 2)个,有效等位基因数(3.709 9±0.990 4)个,群体平均表观杂合度、期望杂合度及平均多态信息含量分别为(0.949 2±0.113 5)、(0.711 6±0.078 7)和(0.663 4±0.092 1).结果表明,本实验检测到的野猪群体遗传多样性较丰富.     

草鱼野生和养殖群体间遗传变异的微卫星分析

运用微卫星标记对江苏境内草鱼(Ctenopharyngodon idella)一个野生群体(邗江群体)和两个养殖群体(淡水中心群体和无锡前洲群体)遗传多样性进行了分析。在10个座位中，每个座位检测到的等位基因数2～8个。有效等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、平均表观杂合度均以邗江草鱼野生群体最高，分别为3.9、0.506 8、0.693 9、0.7；无锡前洲草鱼养殖群体最低，分别为2.2、0.179 6、0.523 5、0.528 6；淡水中心草鱼养殖群体各参数均介于两者之间，分别为3.5、0.290 2、0.541 8、0.542 9。以上结果表明：草鱼野生群体遗传多样性更为丰富，而草鱼养殖群体存在杂合度降低，遗传多样性下降的现象。邗江草鱼野生群体与淡水中心草鱼养殖群体和无锡前洲草鱼养殖群体间遗传分化系数分别为0.219和0.246，而两个草鱼养殖群体间遗传分化系数为0.034。这表明草鱼野生群体与草鱼养殖群体间分化严重，而草鱼养殖群体间分化微弱。各座位分化程度的χ2检验结果表明，10个座位中有GM18、MFW1-1、MFW1-2三个座位群体间分化达到极显著水平，GM03-2、MFW5两个座位群体间分化差异显著，其他座位分化不显著。针对每个座位对各群体进行Hardy-Weinberg平衡检验发现：由于草鱼养殖群体在GM03-1、GM03-2、GM18三个位点杂合子缺失，草鱼野生群体在位点GM19杂合子过剩而严重偏离平衡。实验表明：近交容易引起草鱼遗传多样性下降，纯合速度加快。     

利用微卫星标记分析楼来牛群体遗传多样性的分析

利用POPGENE软件分析48头楼来牛在16个微卫星座位上遗传信息。通过分析楼来牛群体遗传多样性信息,目的是了解楼来牛群体的现状和遗传多样性,为利用分子标记进行楼来牛的选育提供理论依据。结果显示:16个座位中,平均有效等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量分别为:2.503 7、0.555 9、0.517 25。其中,9个微卫星座位高度多态,7个微卫星座位中度多态,选取的微卫星位点适合用于遗传多样性评估。研究表明楼来牛群体遗传多样性较为丰富。     

草鱼野生和养殖群体间遗传变异的微卫星分析

运用微卫星标记对江苏境内草鱼(Ctenopharyngodonidella)一个野生群体(邗江群体)和两个养殖群体(淡水中心群体和无锡前洲群体)遗传多样性进行了分析。在10个座位中,每个座位检测到的等位基因数2~8个。有效等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、平均表观杂合度均以邗江草鱼野生群体最高,分别为3·9、0·5068、0·6939、0·7;无锡前洲草鱼养殖群体最低,分别为2·2、0·1796、0·5235、0·5286;淡水中心草鱼养殖群体各参数均介于两者之间,分别为3·5、0·2902、0·5418、0·5429。以上结果表明:草鱼野生群体遗传多样性更为丰富,而草鱼养殖群体存在杂合度降低,遗传多样性下降的现象。邗江草鱼野生群体与淡水中心草鱼养殖群体和无锡前洲草鱼养殖群体间遗传分化系数分别为0·219和0·246,而两个草鱼养殖群体间遗传分化系数为0·034。这表明草鱼野生群体与草鱼养殖群体间分化严重,而草鱼养殖群体间分化微弱。各座位分化程度的χ2检验结果表明,10个座位中有GM18、MFW1-1、MFW1-2三个座位群体间分化达到极显著水平,GM03-2、MFW5两个座位群体间分化差异显著,其他座位分化不显著。针对每个座位对各群体进行Hardy-Weinberg平衡检验发现:由于草鱼养殖群体在GM03-1、GM03-2、GM18三个位点杂合子缺失,草鱼野生群体在位点GM19杂合子过剩而严重偏离平衡。实验表明:近交容易引起草鱼遗传多样性下降,纯合速度加快。     

基于线粒体Cytb基因分析高原鳅种群遗传多样性与系统发育关系

以高原鳅(Triplophysa)属鱼类8个种群共75个个体的线粒体Cytb基因为标记,通过生物信息学分析高原鳅属种群遗传多样性和系统发育关系.结果表明,全长1 140bp的Cytb基因序列中共检测到527个多态位点,界定了61个单倍型,A+T含量(55.9％)高于G+C含量(44.2％).8个种群单倍型多样度(Hd)范围在0.667～1.000之间,核苷酸多样度(Pi)在0.001～0.089之间,其中似鲶高原鳅(T.siluroides)遗传多样性水平最高(Hd=1.000,Pi=0.089),壮体高原鳅(T.robusta)遗传多样性水平最低(Hd=0.667,Pi=0.001);叶尔羌高原鳅(T.yarkandensis)与黄河高原鳅(T.pappenheimi)间的遗传距离最远(D=0.243),达里湖高原鳅(T.dalaica)与壮体高原鳅间的遗传距离最近(D)=0.086);遗传分化系数表明:8个高原鳅种间存在着高度遗传分化(Fst＞0.25),并且种群之间基因流较弱(Nm＜1);分子系统发育进化树显示,细尾高原鳅与西藏高原鳅聚为一支,黄河高原鳅、似鲶高原鳅、壮体高原鳅、达里湖高原鳅四大种群聚为一支,贝氏高原鳅与叶尔羌高原鳅聚为一支.本研究为进一步对高原鳅属鱼类系统分类研究提供资料,以及对高原鳅保护措施提供了遗传学依据.     

利用微卫星标记评估富钟水牛群体遗传多样性和保种效果

利用微卫星分子标记对富钟水牛群体遗传结构和保种效果进行评估,旨在掌握保种区富钟水牛目前的保种现状,为下一步制定有效的保种措施提供参考依据。结果表明:15个微卫星座位中,共检测到86个等位基因,平均等位基因NA为5.733 3;平均有效等位基因NE为2.902 9;期望杂合度、观察杂合度、多态信息含量PIC分别为0.596 4、0.487 2、0.551 9;1个座位为低度多态,3个座位为中度多态,9个座位为高度多态,这些位点可用于遗传多样性分析。     

中国地方黄牛的遗传多样性*

中国黄牛起源复杂,我国地方黄牛群体不同品种在毛色、形态外貌、细胞遗传学、血液蛋白座位分析均表现出多样性。计算我国黄牛群体6个毛色座位平均杂合度和6个血液蛋白座位平均杂合度分别为0.3144和0.4873,表明我国地方黄牛群体的遗传多样性非常丰富。计算我国黄牛群体的6个毛色座位和6个血液蛋白座位的基因分化系数分别为0.3404和0.095,表明我国黄牛群体毛色差异中有34.04％是由品种间的差异造成的。血液蛋白的多态性有9.5％是由品种间的差异造成的。我国黄牛群体的遗传多样性主要来自品种内的遗传多样性。保存我国黄牛品种资源多样性不仅要从整个中国黄牛群体上考虑,而且要针对每个品种（或类群）进行保种。     

茶花鸡群体遗传多样性

茶花鸡是我国具有独特遗传特性的地方家禽品种,为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测。33个微卫星座位共检测到105个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2~5个之间,平均每个座位等位基因数3.20个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.612 9和0.527 6。结果表明,茶花鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.     

Entwicklungsgeschichte und Ultrastruktur von Pollenkitt und Exine bei nahe verwandten entomophilen und anemophilen Angiospermensippen derAlismataceae,Liliaceae, Juncaceae,Cyperaceae, Poaceae undAraceae

Some closely related members of the monocotyledonous familiesAlismataceae, Liliaceae, Juncaceae, Cyperaceae, Poaceae andAraceae with variable modes of pollination (insect- and wind-pollination) were studied in relation to the ultrastructure of pollenkitt and exine (amount, consistency and distribution of pollenkitt on the surface of pollen grains). The character syndromes of pollen cementing in entomophilous, anemophilous and intermediate (ambophilous or amphiphilous) monocotyledons are the same in principal as in dicotyledons. Comparing present with former results one can summarize: 1) The pollenkitt is always produced in the same manner by the anther tapetum in all angiosperm sub-classes. 2) The variable stickiness of entomophilous and anemophilous pollen always depends on the particular distribution and consistency of the pollenkitt, but not its amount on the pollen surface. 3) The mostly dry and powdery pollen of anemophilous plants always contains a variable amount of inactive pollenkitt in its exine cavities. 4) A step-by step change of the pollen cementing syndrome can be observed from entomophily towards anemophily. 5) From the omnipresence of pollenkitt in all wind-pollinated angiosperms studied one can conclude that the ancestors of anemophilous angiosperms probably have been zoophilous (i.e. entomophilous) throughout.

     

Identification and Characterization of the First Equine Parainfluenza Virus 5

正Dear Editor,Parainfluenza virus 5 (PIV5), known as canine parainfluenza virus in the veterinary field, is a negative-sense,nonsegmented, single-stranded RNA virus belonging to the Paramyxoviridae family (Chen 2018). The virus was first reported in primary monkey kidney cells in 1954 (Hsiung1972), then it has been frequently discovered in various