药用植物刺山柑不同部位细菌群落结构及其多样性

【目的】研究传统药用植物刺山柑（Capparis spinosa L.）不同部位细菌群落结构、物种组成和多样性特征,为药用植物微生物资源的开发及微生物与宿主互作提供理论依据。【方法】本研究以刺山柑地上部植物组织（果实、茎）和地下部土壤（根际土壤、非根际土壤）为研究材料,采用高通量测序技术分析刺山柑不同部位细菌的16S rRNA基因多样性,比较其细菌群落结构和物种组成特征。【结果】刺山柑4种样本共获得的3 649个操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）,属于34门、88纲、248目、464科和1 051属。土壤样本的细菌多样性大于植物组织,细菌群落多样性以根际土壤、非根际土壤、茎和果实的顺序逐渐降低,果实内生细菌群落多样性始终最低,显著低于根际土壤。不同部位相对丰度较高的细菌门如下：植物组织中以变形菌门为主,根际土壤中为变形菌门和放线菌门,非根际土中为厚壁菌门和放线菌门。无色杆菌属（Achromobacter）、欧文氏菌属（Erwinia）、肠球菌属（Enterococcus）、微小杆菌属（Exiguobacterium）、乳杆菌属（Lactobacillus）和克雷伯氏菌属（Klebsiella）主要存在于刺山柑植物组织中。游动球菌属（Planomicrobium）、库克菌属（Kocuria）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、链霉菌属（Streptomyces）、微枝形杆菌属（Microvirga）和节杆菌属（Arthrobacter）主要分布于土壤中。β多样性分析结果表明,刺山柑植物组织和土壤的细菌群落结构具有显著差异,同类型样本的细菌群落结构相似。【结论】刺山柑土壤样本中细菌群落的多样性和丰富度均高于植物组织,刺山柑不同部位的细菌群落组成不同。本研究对刺山柑不同部位细菌群落结构进行了初步分析,鉴定了各部位细菌群落中的核心菌群,为以后挖掘刺山柑的功能研究和利用提供了准确的微生物信息。     

美洲大蠊内生菌的分离鉴定及酶活性、抑菌作用测定

分离美洲大蠊内生细菌并测定菌体的淀粉、纤维素降解酶活性及抑菌特性。对虫体表面消毒,以LB和高氏一号培养基分离虫体内部细菌并进行16S rRNA基因序列分析。变色圈法测定降解酶活性,抑菌圈法测定抑菌活性。结果共分离到11株细菌,4株属于链霉菌属(Streptomyces),6株分别属于肠杆菌属(Enterbacter)、变形菌属(Proteus）、肠球菌属（Enterococcus）、沙雷氏菌属（Serratia）、芽胞杆菌属（Bacillus）和漫游球菌属（Vagococcus）。另有1株菌在NCBI中与肠杆菌的相似度最高, 为95%,可能代表着一个潜在的新种。4株链霉菌均有淀粉和纤维素降解能力。有3株菌对青枯雷尔氏菌有抑制效果。研究结果表明,美洲大蠊内生菌具有某些功能,甚至含有尚未发现的新菌种,是重要的菌种资源。     

云南嵩明大哨天然虫生真菌及其内生真菌的分离鉴定与抑菌活性分析

【背景】云南存在着丰富的虫草资源,天然虫草群落中蕴藏多样的真菌资源,是挖掘新型抑菌活性化合物的潜在来源。【目的】了解云南嵩明大哨天然虫生真菌及其内生真菌的物种多样性,并从中筛选具有抑菌活性的菌株。【方法】采用组织分离法对所采集的野生虫草样本进行虫生真菌及其内生真菌的分离,并通过形态观察和ITS联合nrSSU、nrLSU、tef-1α、rpb1、rpb2多基因测序进行物种鉴定及多样性分析;通过平板对峙法以7株病原细菌、5株植物病原真菌为病原指示菌进行抑菌活性测试。【结果】共采集86份天然虫草样本,经鉴定隶属于3科5属7种,包括虫草科（Cordycipitaceae）虫草属（Cordyceps）（1种）、白僵菌属（Beauveria）（2种）、鳞翅虫草属（Samsoniella）（2种）、麦角菌科（Clavicipitaceae）泛普可尼亚属（Metapochonia）（1种）,以及线虫草科（Ophiocordycipitaceae）线虫草属（Ophiocordyceps）（1种）。同时,从采集到的虫草样本中分离得到26株内生真菌,分属于9科9属,其中木霉属（Trichoderma）（38%）和镰刀菌属（Fusarium）（19%）为此次分离得到的优势菌属。对所分离保存的真菌按其分离源及种类归属,从虫生真菌和内生真菌菌株中共挑取20株代表性菌株进行抑菌活性筛选,有11株真菌对2株及以上病原指示细菌具有不同程度的抑菌活性,13株真菌对1株以上植物病原真菌具有不同程度拮抗能力;其中Trichoderma sp.Y3-1和Fusarium sp.WZ3-1具有广谱抑菌活性。【结论】云南嵩明大哨分布有丰富的虫生真菌及内生真菌资源,分离所得的真菌对多种病原菌具有不同程度的抑制作用。本研究丰富了云南虫草资源多样性,为云南省虫草及其内生真菌资源的开发利用提供了数据支持,也为下一步从虫草及其相关真菌资源中挖掘抑菌活性物质提供了菌株资源。     

小蓬竹根际土壤微生物及内生真菌多样性分析

为了解喀斯特典型物种-小蓬竹根际土壤微生物及不同部位内生真菌多样性,采用沿等高线等距离取样法采集小蓬竹根际土壤及健康植株,通过可培养对根际土微生物及内生菌进行分离,利用分子技术对其进行鉴定,根据鉴定结果构建系统发育树,并计算小蓬竹根际土壤微生物和根茎叶内生真菌多样性。结果如下：（1）共从根际土壤、根、茎、叶分离得到139个真菌菌株,隶属于27属,其中根际土壤分离得到34个真菌菌株隶属于12属,根部分离得到的63个内生真菌菌株隶属于17个属,茎部分离得到的14个内生真菌菌株隶属于8个属,叶部分离得到28个内生真菌菌株隶属于9个属;（2）根际土壤共分离得到41株细菌菌株,隶属于7个属26个种,20株放线菌菌株,隶属于1属15种;从Shannon-Wiener多样性指数、均匀度指数、Simpson指数排序来看,真菌主要表现为根 > 根际土壤 > 茎 > 叶,细菌和放线菌多样性均较低。（3）按层次聚类分析可分别将真菌、细菌、放线菌聚为3支。小蓬竹根际土壤、根、茎和叶具有丰富的微生物多样性,不同部位菌群组成存在差异性（P<0.05）,且存在以假单胞菌属、芽孢杆菌属等为优势属的抗盐耐旱菌群,这有助于揭示小蓬竹对喀斯特生境的适应性,以及为微生物-植物群落之间相互关系提供一定基础数据,为后期寻找小蓬竹相关耐性功能菌奠定基础。     

不同水稻组织内生细菌的群落多样性

[目的]为详细了解水稻不同组织内生细菌群落多样性。[方法]对宁粳43号内生细菌的总DNA提取后,采用高通量测序技术对水稻内生细菌的16S rRNA基因进行了序列测定,分析了水稻不同组织部位内生细菌群落结构特征。[结果]叶部共获得内生细菌OTUs 610个,茎部411个,根部174个。物种分类显示,叶部内生细菌种类隶属于22门40纲103目198科399属,其中优势类群是红球菌属（Rhodococcus）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）,它们的相对丰度分别为21.00%和9.19%;茎部内生细菌种类隶属于19门31纲85目169科306属,其中优势类群是红球菌属和罗尔斯通菌属（Ralstonia）,它们的相对丰度分别为19.25%和13.52%;根部内生细菌种类隶属于9门19纲44目82科140属,其中优势类群是肠杆菌属（Enterobacter）和埃希氏杆菌属（Escherichia）,它们的相对丰度分别为81.13%和10.89%。根茎叶中相同的OTU有78个,放线菌门（Actinobacteria）与大多数细菌具有相关性。根系内生细菌中具有调控各种代谢网络功能的物种丰度高于茎部和叶部。[结论]不同水稻组织内生细菌具有丰富的群落多样性,其中叶部的内生细菌物种最丰富,根系参与各种代谢调控的细菌丰度最高,各个组织部位的优势菌属各不相同,变形菌门是最重要的水稻内生细菌。     

三株抗多重耐药性金黄色葡萄球菌的放线菌分离筛选与鉴定

为了筛选对人体常见病原菌具有显著抑菌活性的放线菌资源，本研究采用六种培养基（GA、CMKA、GW、MM、SCK、HV）对新疆乌鲁木齐南山地区土壤样本中放线菌资源进行分离、并选取8株临床标准致病菌株和1株分离自临床耐药金黄色葡萄球菌RS作为指示菌，通过平板对峙法进行抑菌活性放线菌的筛选，最后对具有显著抑菌活性的放线菌进行菌落形态观察和基于16S rRNA序列的系统进化树分析。在分离的109株放线菌中筛选得到3株（C2-4、D4-2和E1-2）均对多重耐药性金黄色葡萄球菌RS（对苯唑西林、四环素、红霉素及青霉素G均有耐药性）、表皮葡萄球菌（Staphylococcus epidermidis）和金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）具有显著抑菌活性的放线菌菌株。系统进化树分析表明，放线菌C2-4和D4-2与拟无枝酸菌属（Amycolatopsis）放线菌亲缘关系最近，放线菌E1-2与链霉属（Streptomyces）放线菌进化关系较近。抑菌活性放线菌C2-4、D4-2和E1-2的鉴定，将为其活性次级代谢产物的分离奠定了基础。     

微生物菌肥对寒地大豆根围土壤细菌群落和产量的影响

通过施用微生物菌肥研究寒地大豆根围土壤细菌多样性和群落组成,缓解因长期施用化肥和农药带来的土壤问题。以大豆合农69为研究对象,设置6个处理：施用大豆专用肥、颗粒肥、复合菌肥、减施15%化肥配施颗粒肥、减施15%化肥配施微生物复合颗粒肥和空白对照,采用高通量测序技术分析大豆荚期根围土壤细菌多样性和群落组成;采用传统统计学方法对株高、荚数、粒数和产量进行统计。门水平放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、Patescibacteria和WPS-2为优势菌门。其中减施15%化肥配施颗粒肥处理的优势菌门为变形菌门,其他几个处理的优势菌门为放线菌门;目、科和属水平Gaiellales/Other、酸杆菌目（Acidobacteriales/Other）、Frankiales/Other、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜酸栖热菌属（Acidothermus）、芽单胞菌属（Gemmatimonas）、罗河杆菌属（Rhodanobacter）、根瘤菌属（Bradyrhizobium）、芽单胞菌科（Gemmatimonadaceae/Other）、链霉菌属（Streptomyces）、念珠菌固体杆菌属（Candidatus Solibacter）、黄杆菌科（Xanthobacteraceae/Other）、褚氏杆菌属（Chujaibacter）、AD3/Other、WPS-2/Other、Saccharimonadales/Other、IMCC26256/Other、Ellin6067、Jatrophihabitans、SC-I-84/Other、芽生球菌属（Blastococcus）、苔藓杆菌目（Bryobacter）、Haliangium、Micropepsaceae/Other、锥杆菌属（Conexibacter）和Elsterales/Other共26个优势属;其中褚氏杆菌属是减施15%化肥配施福尔太微生物颗粒剂处理的优势属,酸杆菌目（Acidobacteriales/other）是空白对照优势目,Gaiellales/Other是其他4种处理的优势属。减施化肥配施福尔太微生物颗粒剂可以有效保证大豆产量,比单施化肥产量提高了4.72%。微生物菌肥的不同施肥方式可以有效改善大豆根围土壤微生物群落构成,减施化肥配施微生物菌肥对寒地大豆具有保产增产作用。     

朱鹮肠道微生物多样性与产酶活性

【背景】朱鹮是我国国家一级保护动物,属于世界上最濒危的鸟类之一。对朱鹮肠道微生物的多样性和产胞外酶活性进行分析,可为朱鹮种群数量恢复提供思路。【目的】了解朱鹮肠道微生物的多样性,测定其产胞外酶活性。【方法】采用纯培养的方法获得朱鹮肠道微生物,通过革兰氏染色和生理生化鉴定,结合16S rRNA基因扩增和序列分析对细菌进行鉴定。使用水解圈法筛选产淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、脂肪酶的菌株。【结果】从人工喂养的朱鹮新鲜粪便中共分离到296株细菌,共计2个门11个属。变形菌门(Proteobacteria) 236株,占分离总数的79.73%,分别为：埃希氏菌属(Escherichia) 137株,占分离总数的46.28%;哈夫尼亚菌属(Hafnia) 39株,占分离总数的13.18%;变形菌属(Proteus) 28株,占分离总数的9.46%;柠檬酸杆菌属(Citrobacter) 23株,占分离总数的7.77%;气单胞菌属(Aeromonas) 6株,占分离总数的2.03%;肠杆菌属(Enterobacter) 1株,占分离总数的0.34%;志贺菌属(Shigella) 1株,占分离总数的0.34%;克雷伯菌属(Klebsiella) 1株,占分离总数的0.34%。厚壁菌门(Firmicutes) 60株,占分离总数的20.27%,分别为：肠球菌属(Enterococcus) 33株,占分离总数的11.15%;库特氏菌属(Kurthia) 14株,占分离总数的4.73%;芽孢杆菌属(Bacillus) 13株,占分离总数的4.39%。优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)中的埃希氏菌属(Escherichia),占细菌总数的46.28%。经过生理生化鉴定,每个菌株生理生化鉴定出的种属与各自的16S rRNA基因鉴定出的种属相一致。产酶活力分析结果显示有238株产蛋白酶、25株产脂肪酶、24株产淀粉酶、15株产纤维素酶,分别占分离总数的80.41%、8.45%、8.11%和5.07%。【结论】朱鹮肠道微生物分离出的细菌可分为2门11属,优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)中的埃希氏菌属(Escherichia),占细菌总数的46.28%;产酶活性分析显示,80.41%的菌株具有产蛋白酶能力。     

山西省不同地区柴胡根部可培养内生真菌的多样性分析

为研究柴胡（Bupleurum chinense DC.）根部可培养内生真菌的多样性，分析山西省不同地区柴胡根部可培养内生真菌多样性的差异性，建立柴胡根部内生真菌库。本文以山西省不同产地的柴胡根为材料，采用传统植物组织平板分离法对柴胡根部可培养内生真菌进行分离培养和分子鉴定。从25个不同产地的柴胡样品根部中共分离培养得到705株真菌，经分子生物学鉴定，其中695株真菌归属为4门14纲23目32科55属119种。晋南地区的优势菌属为镰刀菌属（Fusarium, 32.18%）、亚隔孢壳属（Didymella, 15.96%）、曲霉属（Aspergillus, 8.24%）、异茎点霉属（Paraphoma, 6.91%）、茎点球属（Phoma, 5.32%）、链格孢属（Alternaria, 5.05%），晋北地区的优势菌属为镰刀菌属（31.66%）、曲霉属（15.36%）、链格孢属（9.09%）、亚隔孢壳属（8.15%）、异茎点霉属（7.52%），亚隔孢壳属、曲霉属、链格孢属等优势属的相对丰度差异较大；晋南地区的优势物种为Didymella bellidis（11.44%）、三线镰刀菌（Fusarium tricinctum, 7.98%）、腐皮镰刀菌（Fusarium solani, 7.45%）、锐顶镰孢菌（Fusarium acuminatum, 5.85%）、烟曲霉（Aspergillus fumigatus, 5.85%），晋北地区的优势物种为锐顶镰孢菌（14.11%）、烟曲霉（11.91%）、三线镰刀菌（9.40%）、菊异茎点霉（Paraphoma chrysanthemicola, 5.64%）、D. bellidis（5.64%）、链格孢菌（Alternaria alternata, 5.64%），D. bellidis、锐顶镰孢菌、烟曲霉等优势种的相对丰度差异较大。差异性分析表明晋南地区的生物多样性显著高于晋北地区，D. bellidis、锐顶镰孢菌、烟曲霉等优势种的相对丰度差异较大，为进一步研究柴胡根内生真菌相对丰度差异较大的物种及其不同菌株对柴胡皂苷积累的影响提供参考。     

远志内生真菌分离鉴定及活性筛选

从两个不同生长时期野生远志中分离内生真菌菌株88株,隶属于28个属,研究了各菌株对3种指示菌的拮抗作用。结果表明,远志不同生长时期不同部位的内生真菌数量、分布、种群存在差异,其优势属为Alternaria Nees。茎中内生真菌种类较多。88株内生真菌中有73株菌至少能拮抗1种指示菌,占总菌数的83.0%。4株抗性较强的菌株分别隶属于Trichothecium Link、Cephalosporium Corda、Alternaria Nees、Dactuliophora C.L.等。     

Y-chromosome Data and Tribal Affiliations of Allenopithecus and Miopithecus

The phylogeny of Old World monkeys has remained unresolved in part because of a lack of resolution in the Cercopithecinae. Competing morphological hypotheses have had Allen's swamp monkey (Allenopithecus nigroviridis) and the talapoins (Miopithecus spp.) as basal branches of either the tribe Cercopithecini or the tribe Papionini. Previous molecular analyses have not adequately addressed the issue. To better understand the evolutionary history of these primates, we sequenced and subjected to phylogenetic analysis 3.1 kb of 2 loci (TSPY and SRY) from the non-recombining portion of the Y-chromosome. Individuals from the genera Allenopithecus, Miopithecus, Erythrocebus, Chlorocebus, and Cercopithecus were surveyed and their sequences compared with those previously published for the Papionini and Colobinae. The results suggest Allenopithecus and Miopithecus are more closely related to the Cercopithecini than Papionini. Our data also support the hypothesis that within the Cercopithecini, Erythrocebus and Chlorocebus share a close evolutionary relationship, distinct from the other members of the tribe.     

New species and new combinations in Peruvian Orchidaceae

seventeen new species and combinations are proposed in the generaChondrorhyncha, Cischweinfia, Cochlioda, Eloyella, Encyclia, Kefersteinia, Koellensteinia, Macroclinium, Rodriguezia, Solenidiopsis, andStenia. All new species are illustrated. A key is provided for 2-flowered species ofMacroclinium, PeruvianSigmatostalix, and PeruvianStenia. Solenidium (Solenidiopsis) peruvianum Schltr. is lectotypified.     

Foreign exploration for Scirtothrips perseae Nakahara (Thysanoptera: Thripidae) and associated natural enemies on avocado (Persea americana Miller)

Scirtothrips perseae Nakahara was discovered attacking avocados in California, USA, in 1996. Host plant surveys in California indicated that S. perseae has a highly restricted host range with larvae being found only on avocados, while adults were collected from 11 different plant species. As part of a management program for this pest, a “classical” biological control program was initiated and foreign exploration was conducted to delineate the home range of S. perseae, to survey for associated natural enemies and inventory other species of phytophagous thrips on avocados grown in Mexico, Guatemala, Costa Rica, the Dominican Republic, Trinidad, and Brazil. Foreign exploration efforts indicate that S. perseae occurs on avocados grown at high altitudes (>1500 m) from Uruapan in Mexico south to areas around Guatemala City in Guatemala. In Costa Rica, S. perseae is replaced by an undescribed congener as the dominant phytophagous thrips on avocados grown at high altitudes (>1300 m). No species of Scirtothrips were found on avocados in the Dominican Republic, Trinidad, or Brazil. In total, 2136 phytophagous thrips were collected and identified, representing over 47 identified species from at least 19 genera. The significance of these species records is discussed. Of collected material 4% were potential thrips biological control agents. Natural enemies were dominated by six genera of predatory thrips (Aeolothrips, Aleurodothrips, Franklinothrips, Leptothrips, Scolothrips, and Karnyothrips). One genus each of parasitoid (Ceranisus) and predatory mite (Balaustium) were found. Based on the results of our sampling techniques, prospects for the importation of thrips natural enemies for use in a “classical” biological control program in California against S. perseae are not promising.     

Nystatin and killer toxin sensitivity of free and immobilizedSaccharomyces cerevisiae

The inhibitory effect of nystatin and killer toxin on the growth of free and covalently-immobilizedSaccharomyces cerevisiae cells was studied. The resistance of immobilized cells to both agents was accompanied by increased amounts of phospholipids and sterols. The possible relationship between these changes in the membrane composition and the transduction of a signal across the cytoplasmic membrane is discussed.     

Amino acids and sugars in nectar,and their putative evolutionary significance

Individual amino acids and sugars from flower nectar of 32 plant species with different pollination systems were quantified and compared. Data show that there is no correlation between sugar and amino acid concentration. Furthermore there is no correlation between composition and concentration of amino acids and evolutionary advancement, nor any direct relation with pollination systems. However, higher sugar concentrations are often linked with more advanced morphological characters. Nectars from pierced or damaged flowers or nectars contaminated with pollen exhibit modifications and increases in amino acid composition. The presence of proline probably indicates such pollen contamination. Most pollinating animals depend on flower nectar in their energetic requirements, yet innumerable alternative amino acid and protein sources exist. Future research has to consider the relationship between nutritional requirements of pollinating animals and dependence on flower nectars.Dedicated to Prof. Dr.L. van der Pijl, Den Haag, in honour of his 80th birthday.     

New geographical distribution and host records of rust fungi from northern Thailand

Ten species of rust fungi (Crossopsora 2, Maravalia 1, Pileolaria 1, Puccinia 1, Ravenelia 1, Sphaerophragmium 1, Uredo 2, and Uromyces 1) are newly recorded together with six new host plants in Thailand.Contribution no. 194, Laboratory of Plant Parasitic Mycology, Graduate School of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba, Japan