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1.
为了探究绵羊肺腺瘤病毒(Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)内蒙古流行株与国际各代表株间的亲缘关系,本研究以内蒙古地区绵羊肺腺瘤病自然病例的肺组织总DNA为模板,克隆gag、pro与pol基因,并应用双酶切的方法将其与本实验室先期制备并保存的LTR、env基因连接起来,得到了含有JSRV内蒙古分离株前病毒全基因组重组质粒pMD-JSRV。序列分析结果表明,JSRV内蒙古分离株前病毒全基因组全长7 690bp,具外源性JSRV典型的分子特征:1在gag基因中含Sca I酶切位点;2核衣壳蛋白区有2个保守的可形成锌指结构的"CCHC"基序;3env基因编码的TM区胞浆尾部包含保守的特异性"YXXM"基序。将其进行同源性分析,结果表明该株病毒属JSRV-II型,与分离自美国的代表株AF105220间亲缘关系较近,同源性达95%。本研究为进一步探讨JSRV内蒙古分离株基因组结构特点与其致病机制间的关系奠定了基础。  相似文献   

2.
绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒基因组的克隆与全序列分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
本研究参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列,设计合成8对引物,从内蒙古某羊场自然感染绵羊肺腺瘤病的病肺肿瘤组织中提取总DNA为模板,对JSRV-NM株基因组分8段进行PCR扩增,产物分别为8个(531bp, 888bp, 949 bp, 944bp, 1428bp, 947bp, 1836bp, 538bp)基因片段,将其分别克隆入pMD-18 T载体中进行双向测序并拼接序列,获得完整的JSRV-NM株前病毒基因组全序列.结果表明,JSRV-NM株前病毒基因组全长7430bp,有相互重叠的4个较长的开放阅读框(ORF),分别代表gag、 pro、 pol 和 env基因.与绵羊肺腺瘤病毒Ⅰ型即南非代表株(NC-001494)和绵羊肺腺瘤病毒Ⅱ型即美国代表株(AF105220)的核苷酸同源性比较分别为90.4%和90%,推导出的氨基酸同源性分别为90%和89.1%.分析JSRV-NM株基因组结构,发现在LTR的上游和下游都具有外源性exJSRV特有的ScaⅠ酶切位点,在gag基因编码的NC区发现有2个较典型的"胱氨酸-组氨酸序列",可形成锌指结构.在env基因编码的TM区有特异性的"YXXM"基序.用地高辛标记外源性exJSRV特异的JSRV-2片段制成探针,原位杂交法检测自然感染绵羊肺腺瘤病(OPA)的病肺组织中JSRV-NM的 RNA及前病毒DNA,结果表明OPA患羊肺肿瘤细胞的胞浆和核内都有JSRV-2基因mRNA的表达, 说明JSRV-NM株是具有致瘤作用的外源性反转录病毒.这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列.  相似文献   

3.
本研究参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列,设计合成8对引物,从内蒙古某羊场自然感染绵羊肺腺瘤病的病肺肿瘤组织中提取总DNA为模板,对JSRV-NM株基因组分8段进行PCR扩增,产物分别为8个(531bp,888bp,949bp,944bp,1428bp,947bp,1836bp,538bp)基因片段,将其分别克隆入pMD-18T载体中进行双向测序并拼接序列,获得完整的JSRV-NM株前病毒基因组全序列。结果表明,JSRV-NM株前病毒基因组全长7430bp,有相互重叠的4个较长的开放阅读框(ORF),分别代表gag、pro、pol和env基因。与绵羊肺腺瘤病毒Ⅰ型即南非代表株(NC-001494)和绵羊肺腺瘤病毒Ⅱ型即美国代表株(AF105220)的核苷酸同源性比较分别为90.4%和90%,推导出的氨基酸同源性分别为90%和89.1%。分析JSRV-NM株基因组结构,发现在LTR的上游和下游都具有外源性exJSRV特有的ScaⅠ酶切位点,在gag基因编码的NC区发现有2个较典型的“胱氨酸—组氨酸序列”,可形成锌指结构。在env基因编码的TM区有特异性的“YXXM”基序。用地高辛标记外源性exJSRV特异的JSRV-2片段制成探针,原位杂交法检测自然感染绵羊肺腺瘤病(OPA)的病肺组织中JSRV-NM的RNA及前病毒DNA,结果表明OPA患羊肺肿瘤细胞的胞浆和核内都有JSRV-2基因mRNA的表达,说明JSRV-NM株是具有致瘤作用的外源性反转录病毒。这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列。  相似文献   

4.
摘要:以国内某3家SPF鸡场的SPF鸡胚成纤维细胞提取的基因组DNA为模板,参照已发表的序列,设计合成了4对检测内源性白血病病毒引物,分别检测gag基因、pol基因、env基因和LTR片段,结果显示4者检出阳性率很高(gag,29/46;pol,27/46;env,24/46;LTR,31/46).设计合成了8对引物,选取4片段检测均为阳性的样品之一,经PCR成功扩增出了8段连续的、相互部分重叠的目的DNA片段,分别连接入T载体进行克隆测序.用DNAstar软件对测序结果进行拼接,从一个鸡胚得到了内源性白血病病毒前病毒全基因组序列.比较分析发现,该序列env基因与已知的E亚群内源性病毒代表株env基因的核苷酸序列同源性在98.5%以上,全基因组序列同源性在99.1%以上,而与其他亚群代表株同源性相对较低,env基因同源性仅为56.3%~91.5%.  相似文献   

5.
绵羊肺腺瘤病毒中国NM株部分gag基因的克隆与序列分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的基因序列,设计合成一对引物,对绵羊肺腺瘤病毒(Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)内蒙株的gag基因中主要编码CA蛋白的基因段进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳分析,呈现一条约897bp的特异条带,将其回收后克隆入pMD-18 T载体中,并进行序列测定与分析.结果表明,与南非株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为83%,推导出的氨基酸同源性为84%.与美国株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为81.5%,氨基酸同源性为83%.这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的一段序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础.  相似文献   

6.
[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%~94.0%.  相似文献   

7.
[目的]分析我国ALV-J蛋鸡分离株的来源和进一步演变趋势.[方法]以J亚群禽白血病病毒(ALV-J)蛋鸡分离株SD07LK1感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组:DNA作为其前病毒基因组模板,根据已发表序列设计合成9对引物,经PCR扩增出9段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段,并分别连入T载体进行克隆、测序.[结果]用:DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接,首次完成了ALV-J蛋鸡分离株SD07LK1的前病毒全基因组核苷酸序列.[结论]将该序列与另外已完成的全基因组序列的比较表明,ALV-J的整个基因组gag和pol基因相对保守,各毒株间对应基因的同源性分别在95.O%以上,env基因的同源性仅为88.6%~94.0%.  相似文献   

8.
参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒的基因序列,设计合成一对引物,对绵羊肺腺瘤病毒(Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)内蒙株的gag基因中主要编码CA蛋白的基因段进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳分析,呈现一条约897bp的特异条带,将其回收后克隆入pMD—18T载体中,并进行序列测定与分析。结果表明,与南非株(基因序列号NC—001494)的gag基囚序列比较,核苷酸同源性为83%,推导出的氨基酸同源性为84%。与美国株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为81.5%,氨基酸同源性为83%。这是我国首次报道的绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的一段序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。  相似文献   

9.
为了完成新疆绵羊肺腺瘤病毒诊断及全基因组序列测定,本研究采用兽医临床病理学和组织病理学观察疑似患病羊,并提取病毒悬液进行透射电镜观察,从患病绵羊的肺脏组织中提取基因RNA反转录为cDNA。参照GenBank中外源性绵羊肺腺瘤病毒美国株基因序列(AF105220)设计六对引物,对病料样品进行RT-PCR扩增和测序分析。结果表明,"小推车试验"时有鼻液流出,显微镜下观察,患病羊的肺脏有大小不一的腺瘤灶,且肺泡上皮细胞呈乳头状增生,肺泡腔内充满巨噬细胞,病灶中央的细胞核溶解。透射电镜观察到病毒颗粒直径大小约为88nm~125.4nm。RT-PCR扩增病毒基因组片段,获得完整的基因组序列全长7 456bp。与美国代表株(AF105220)和英国代表株(AF357971)BLAST在线比对核苷酸同源性结果分别为96%和95%,与内源性绵羊肺腺瘤病毒(enJSRV)内蒙株(DQ838493)和美国株(EF680300)的核苷酸同源性分别为89.8%和89.9%。获得的全基因组序列的TM区的氨基酸序列中具有外源性绵羊肺腺瘤病毒(exJSRV)特有的致病性"YXXM"序列。说明此基因序列具有致瘤作用,这是我国新疆首次报道的外源性绵羊肺腺瘤病毒的全基因组序列,为更深入的研究新疆绵羊肺腺瘤病毒的生物学特性和致病机理奠定基础。  相似文献   

10.
根据GenBank中发表的山羊关节炎脑炎病毒CAEV-CO株(caprine arthritis encephalitis virus-CO,CAEV-CO)的全基因组序列(序列号:NC-001463),设计合成了7对引物,对CAEV甘肃株的全基因组进行了PCR扩增,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果表明,CAEV-甘肃株基因组全长为9186nt。与国际标准毒株CAEV—CO株相比,在编码区有12个碱基的缺失,二者的核苷酸同源性为91.0%;在非编码区有27个核苷酸的插人,核苷酸同源性为97.0%。gag、pol、蛋白Q、tat、env基因编码的氨基酸同源性分别为94.6%、94.7%、87.9%、94.7%和91.5%。  相似文献   

11.
采用RT-PCR和TAIL-PCR方法,首次对我国分离的巴泰病毒(YN92-4株)基因组的全编码区进行序列测定和分析。结果显示,YN92-4株病毒基因组由S、M、L三个片段组成,长度分别为947、4 371、6 860个核苷酸。其中,S片段基因编码由234个氨基酸残基组成的核衣壳蛋白和由102个氨基酸残基组成的非结构蛋白,M片段基因编码由1 435个氨基酸残基组成的前体蛋白,L片段基因编码由2 239个氨基酸残基组成的RNA聚合酶。与国外其它地区的巴泰病毒分离株进行基因组全编码区序列比较后发现,YN92-4株与日本牛血清分离株(ON-7/B/01株)在S、M片段核苷酸(氨基酸)的同源性最高,分别为97.7%(100%)和95.7%(98%);由于本研究首次开展对巴泰病毒L基因片段核苷酸序列的研究,因此国际基因库尚无可参考的序列信息,本研究比较了我国分离的巴泰病毒与同一血清组的代表病毒Bunyamwera病毒L片段的核苷酸和氨基酸序列同源性,分别为73.5%和81.6%。系统进化分析显示,YN92-4株基因组与其它巴泰病毒分离株在各自分支下形成独立分支。本研究提示我国分离的巴泰病毒YN92-4株未发生基因重配(...  相似文献   

12.
为了分析河南省Humanimmunodeficiencyvirus-1(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株。提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列。与HIV-1RL42和HIV-1HXB2株比较,分析基因特征。用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构。用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和V3环基因分别进行了系统发育分析。结果发现,CNHN24株为HIV-1B′亚型,富含嘌呤,含量达到60.26%。与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大。与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异。系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离最近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的HIV-1B/C及AE/BC重组毒株的遗传距离较远;从V3序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1CR206及RL42遗传距离最近。认为HIV-1CNHN24株可能由云南传入。  相似文献   

13.
为了分析河南省Human immunodeficiency virus-1(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株.提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列.与HIV-1 RL42和HIV-1 HXB2株比较,分析基因特征.用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构.用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和V3环基因分别进行了系统发育分析.结果发现,CNHN24株为HIV-1 B'亚型,富含嘌呤,含量达到60.26%.与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大.与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异.系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离最近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的HIV-1 B/C及AE/BC重组毒株的遗传距离较远;从V3序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1 CR206及RL42遗传距离最近.认为HIV-1 CNHN24株可能由云南传入.  相似文献   

14.
为了分析河南省Human immunodeficiency virus—I(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株。提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列。与HIV-1RL42和HIV-1HXB2株比较,分析基因特征。用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构。用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和订环基因分别进行了系统发育分析。结果发现,CNHN24株为HIV-1B’亚型,富含嘌呤,含量达到60.26%。与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大。与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异。系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离最近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的H1V-1B/C及AE/BC重组毒株的遗传距离较远;从份序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1CR206及RL42遗传距离最近。认为HIV-1CNHN24株可能由云南传入。  相似文献   

15.
以网状内皮组织增生症病毒(REV)中国分离株HA9901感染的鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组DNA作为其前病毒基因组模板, 根据已发表序列设计合成6对引物, 经PCR扩增出6段连续的、相互部分重叠的DNA片段和闭合环形前病毒两末端LTR的连接区段, 并分别连入T载体进行克隆、测序. 用DNAstar软件对测序结果进行剪辑和拼接, 完成了REV第一个中国分离株HA9901前病毒全基因组核苷酸序列. 在从截然不同的地区、不同年份、不同禽类分离到的毒株中, 将该序列与另两个毒株已完成的全基因组序列的比较表明, REV的整个基因组相对保守, 各毒株间对应基因的同源性都在92%以上. 其中, 从我国鸡体分离到的野毒株HA9901与美国鸡源分离株FA在整个基因组上的同源性均显著高于美国的鸭源SNV株.  相似文献   

16.
本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等。研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸。这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%。与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%~98.9%,氨基酸同源性为94.8%~99.7%。与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外。这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失。基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为G I乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近。本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为G I乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化。  相似文献   

17.
Wu ZC  Zhu MZ  Bian XM  Ma CT  Zhao P  Cui ZZ 《病毒学报》2011,27(5):447-455
本研究比较了从山东地方品系鸡群分离到的二株B亚型禽白血病病毒(ALV)SDAU09E3和SDAU09C2的全基因组序列及它们在细胞培养上的复制动态。这二株ALV-B的同源性为95.4%,与GenBank中3株B亚群参考株之间的同源性也均在91.0%~94.9%间,而与其它亚群参考株的同源性均低于87.9%。与亚群无关的gag、pol基因和LTR的核苷酸序列比较表明,这二株ALV-Bgp85基因的gag和pol基因与所有比较的参考株的同源性均在93%以上。LTR与其他外源性ALV参考株的LTR间的同源性在72.6%~88.3%范围内,但与E亚群内源性ALV的LTR的同源性只有51.5%。然而,这二个ALV-B的LTR的同源性也只有74.8%,远低于其他基因组部分的同源性,特别是它们的LTR的U3区同源性只有68.8%,二者在二个CAAT分布上也显著不同。对这二株ALV-B在DF-1细胞上的复制动态比较表明,它们在细胞培养上清液中的TCID50值非常类似,但SDAU09E3株核衣壳蛋白p27抗原的含量显著高于SDAU09C2株。这表明,同一亚群的不同毒株在复制过程中,所表达的p27抗原量与所形成的具有传染性的病毒量间没有平行关系。这一差异与LTR-U3区的相关性则有待应用感染性克隆技术来做进一步深入研究。  相似文献   

18.
为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点。采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析。结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株)。经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707nt),其开放读码框(95~10 265)编码3 389个氨基酸。基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因II型(genotype-II),瑞丽分离株均为基因I型(genotype-I),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系。版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75%~99.91%(99.40%~99.91%)和99.21%~99.68%(98.78%~99.57%),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21%~94.34%(97.88%~98.14%)和93.81%~93.98%(97.12%~97.67%)。与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变。本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因II型,瑞丽市2016年流行的DENV-3为基因I型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区。本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化。  相似文献   

19.
中国6株狂犬病病毒街毒株全基因组测序与分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
实验研究中对分离于中国的6株狂犬病病毒街毒株进行了全基因组测序,对基因组的5个结构基因(N、P、M、G和L)的核苷酸和推断的氨基酸序列以及非编码区序列进行了分析与比较,并与来自GenBank的40株毒株从全基因组水平进行了分子进化分析。所测6株中国狂犬病病毒街毒株的全基因组核苷酸序列长度介于11 907 nt(CQ92)和11 924 nt(SH06和gg4)之间,基因组结构相同,用全基因组和不同的结构基因构建的进化树拓扑结构相似,基因组3′和5′末端高度保守而且末端11个核苷酸互补配对,5个结构基因的保守性依次是NLMGP,核苷酸同源性的最小值依次分别是81.9%、81.7%、80.7%、78.3%和76.7%。  相似文献   

20.
分析陕西省分离的9株乙脑病毒基因组序列特征。使用乙脑病毒全基因组序列测定引物进行RT-PCR扩增,扩增产物进行测序,拼接后获得基因组序列。利用MEGA 4.1、MegAlin、MEGA7.0等软件进行毒株的系统进化分析,并与P3株、减毒活疫苗SA14-14-2株及覆盖5个基因型别的其他乙脑病毒进行E基因序列比对。9株分离株3株分离自猪舍、6株分离自羊舍,其中4株获得全基因组序列,5株测得E基因序列。基于E基因序列进行毒株核苷酸、氨基酸同源性比较,结果显示分离株均与基因I型GI-b亚型毒株核苷酸和氨基酸同源性最高,核苷酸同源性范围为96.5%~99.7%、氨基酸同源性范围99.2%~100.0%;与SA14-14-2株核苷酸同源性范围为87.5%~88.9%、氨基酸同源性范围96.3%~97.2%;与P3株核苷酸同源性范围为87.6%~88.1%、氨基酸同源性范围96.7%~97.6%。分析09年(陕南地区)分离株与18年(关中地区)分离株的E基因核苷酸差异率为1.8%~2.9%、氨基酸差异率为0%~0.8%。陕西省自然界中循环的乙脑病毒以基因Ⅰ型为主,与P3株在抗原毒力关键位点无差异,...  相似文献   

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