聚果蜈蚣藻的修订——基于形态观察、早期发育及分子序列分析

基于分子辅助的形态分类学方法, 将采自山东省青岛市(模式标本产地)的聚果蜈蚣藻(Grateloupia sorocarpus Li et Ding)在蜈蚣藻属中的分类地位进行重新鉴定, 结果表明: (1) 藻体直立, 单生或丛生, 质地黏滑软骨质, 紫红色, 高5—15 cm, 主枝宽1.5—2 mm, 厚约1 mm, 1—2回羽状分枝, 具有扁平或棍棒状的小羽枝, 小枝基部缢缩, 对生、互生或偏生。(2) 雌配子体的生殖结构为典型的Grateloupia型, 果胞枝生殖枝丛主枝和辅助细胞生殖枝丛主枝分别由6个细胞和5个细胞组成(6cpb-5auxb型); 四分孢子体表面散落分布四分孢子囊, 呈十字形分裂。以上形态学特征均与亚洲蜈蚣藻(G. asiatica Kawaguchi et Wang)一致。(3)聚果蜈蚣藻孢子的早期发育类型为“间接盘状体”型, 与亚洲蜈蚣藻一致。(4)基于rbcL基因序列分析结果显示, 本研究的8个聚果蜈蚣藻样本之间无碱基差异, 与产自中国山东青岛和辽宁大连的亚洲蜈蚣藻无碱基差异, 形成独立的进化支, 与产自韩国的亚洲蜈蚣藻碱基差异为2 bp(0.124%), 与产自日本的亚洲蜈蚣藻碱基差异为3 bp(0.248%), 属于种内差异; 基于COⅠ基因序列构建的系统树显示, 本研究的8个聚果蜈蚣藻样本之间无碱基差异, 与产自韩国和日本的亚洲蜈蚣藻无碱基差异, 形成独立的进化支。根据形态学与分子系统学相结合的分类学方法, 证实聚果蜈蚣藻为亚洲蜈蚣藻的同物异名。     

缢基蜈蚣藻的修订——基于形态观察、早期发育及分子序列分析

通过形态结构和早期发育过程的观察, 结合分子分析, 对采自青岛(模式标本产地)的缢基蜈蚣藻(Grateloupia constricata Li et Ding)进行了重新鉴定。结果表明: (1)藻体直立, 单生或丛生, 呈红褐色或紫红色, 质地黏滑, 软骨质, 高10—30 cm, 主枝扁平; 1—3回羽状分枝, 小枝对生、互生或偏生, 基部缢缩; 藻体由皮层及髓部构成, 皮层由7—10层细胞组成, 厚80—120 μm, 髓部由不规则排列的髓丝组成, 雌配子体的果胞枝生殖枝丛主枝和辅助细胞生殖枝丛主枝分别由6个和5个细胞构成, 为典型的Grateloupia(6cpb—5auxb)型; 四分孢子囊经十字分裂形成。上述特征均与亚洲蜈蚣藻(G. asiatica Kawaguchi et Wang)一致。(2)缢基蜈蚣藻孢子的早期发育类型为“间接盘状体”型, 其早期发育过程与亚洲蜈蚣藻一致。(3)基于rbcL基因序列构建的系统树显示, 8个缢基蜈蚣藻样本之间无碱基差异, 与青岛和大连的亚洲蜈蚣藻均无碱基差异, 形成独立的进化支, 与韩国和日本的亚洲蜈蚣藻碱基差异分别为2 bp(0.17%)和3 bp(0.25%), 均属于种内差异; 基于COⅠ基因序列构建的系统树显示, 8个缢基蜈蚣藻样本之间无碱基差异, 与产于韩国的亚洲蜈蚣藻无碱基差异, 形成独立的进化支; 通过形态、结构及基因序列分析, 确定缢基蜈蚣藻与亚洲蜈蚣藻为同一种, 根据优先法则, 将缢基蜈蚣藻作为亚洲蜈蚣藻的同物异名。     

对枝蜈蚣藻的修订研究——基于形态特征和基因序列分析

通过形态观察结合rbcL和COⅠ基因序列分析的方法, 对采自广东省汕头市、浙江省温州市和辽宁省大连市的对枝蜈蚣藻Grateloupia didymecladia Li et Ding的11个标本进行了重新鉴定。结果表明: (1)藻体单生或丛生, 红褐色或深红色, 质地黏滑、肉质、衰老时软骨质, 成熟藻体直立, 高15—50 cm, 主枝明显, 扁平, 宽3—15 mm, 厚约1 mm, 末端渐尖, 1—3回羽状分枝。小枝对生或互生, 生长在主枝上或主枝边缘, 基部缢缩, 长短不一, 最长可达15 cm; 配子体为雌雄异体, 果胞枝生殖枝丛和辅助细胞生殖枝丛均为Grateloupia型, 果胞枝生殖枝丛主枝由5个细胞组成, 辅助细胞生殖枝丛主枝由4个细胞组成(5cpb-4auxb型); 四分孢子囊由四分孢子体的内皮层细胞产生, 呈十字形分裂。以上特征均与亚栉状蜈蚣藻G. subpectinata Holmes一致。(2)基于rbcL基因序列构建的系统树显示, 11个样本之间无碱基差异, 形成独立的进化支, 与产于韩国和日本的亚栉状蜈蚣藻G. subpectinata Holmes碱基差异分别为1 bp (0.08%)和2 bp (0.17%), 属于种内差异; 基于COⅠ基因序列构建的系统树显示, 11个样本之间无碱基差异, 形成独立的进化支, 与韩国产的亚栉状蜈蚣藻碱基差异为1 bp (0.18%), 属于种内差异。根据形态、结构及基因序列分析, 确定对枝蜈蚣藻与亚栉状蜈蚣藻为同一种, 根据优先法则, 将对枝蜈蚣藻G. didymecladia Li et Ding作为亚栉状蜈蚣藻G. subpectinata Holmes的同物异名。亚栉状蜈蚣藻为中国新记录种。     

中国伞形蜈蚣藻和亚栉状蜈蚣藻的合种研究——基于形态观察、早期发育及分子分析

运用分子辅助的形态分类学方法对分布于我国浙江省温州市南麂岛(模式标本产地)的伞形蜈蚣藻Grateloupia corymbcladia Li et Ding和亚栉状蜈蚣藻G. subpectinata Holmes进行了详细研究。结果表明: (1)伞形蜈蚣藻藻体直立, 紫红色, 软骨质, 高15—30 cm。主枝扁平, 末端延长为亚扁形, 宽2—5 mm。藻体主枝两侧分布有小羽枝和1—2回羽状分枝; 辅助细胞生殖枝丛类型为Grateloupia型(5cpb-4auxb型), 四分孢子囊十字形分裂产生, 以上特征与亚栉状蜈蚣藻一致。(2)在实验室条件下培养亚栉状蜈蚣藻和伞形蜈蚣藻的雌配子体, 观察到二者的孢子发育类型均为“间接盘状体”型。(3)基于rbcL和COⅠ基因序列分析结果显示, 6个伞形蜈蚣藻样本之间无碱基差异, 与亚栉状蜈蚣藻无碱基差异, 形成独立的进化枝。基于以上结果, 确定伞形蜈蚣藻与亚栉状蜈蚣藻为同一种。根据优先法则, 将伞形蜈蚣藻作为亚栉状蜈蚣藻的同物异名。     

红藻门新种博鳌蜈蚣藻基于形态观察和rbcL序列分析

通过形态学观察和rbcL序列分析报道产自海南省文昌的红藻门海膜科蜈蚣藻属一新种: 博鳌蜈蚣藻（Grateloupia boaoensis Wang et Luan sp. Nov.）。博鳌蜈蚣藻的藻体紫红色, 表面光滑, 软骨质, 高15-40 cm; 主枝侧枝均扁形, 叶片状; 分枝顶端呈剑形, 厚度为400-800 m, 由4-9层皮层细胞和髓部组成, 髓丝纵走, 错综交织; 助细胞生殖枝丛为典型的Grateloupia型; 囊果在主枝与分枝上均有分布并分布密集。在用rbcL序列构建的系统树中, 四个博鳌蜈蚣藻样品聚在一起并与莺歌海蜈蚣藻（G. yinggehaiensis）聚成一个小分支。通过形态观察和rbcL序列分析, 认为博鳌蜈蚣藻和莺歌海蜈蚣藻的亲缘关系最近。       

红藻门新种博鳌蜈蚣藻——基于形态观察和rbcL序列分析（英文）

通过形态学观察和rbcL序列分析报道产自海南省文昌的红藻门海膜科蜈蚣藻属一新种:博鳌蜈蚣藻(Grateloupia boaoensis Wang et Luan sp.Nov.)。博鳌蜈蚣藻的藻体紫红色,表面光滑,软骨质,高15—40 cm;主枝侧枝均扁形,叶片状;分枝顶端呈剑形,厚度为400—800μm,由4—9层皮层细胞和髓部组成,髓丝纵走,错综交织;助细胞生殖枝丛为典型的Grateloupia型;囊果在主枝与分枝上均有分布并分布密集。在用rbcL序列构建的系统树中,四个博鳌蜈蚣藻样品聚在一起并与莺歌海蜈蚣藻(G.yinggehaiensis)聚成一个小分支。通过形态观察和rbcL序列分析,认为博鳌蜈蚣藻和莺歌海蜈蚣藻的亲缘关系最近。     

黏管藻的分子鉴定与生长特性研究

对分布在辽宁大连黑石礁、付家庄、石槽、金石滩、獐子岛与海洋岛沿岸的黏管藻[Gloiosiphonia capillaris (Hudson) Carmichael]的外部形态、营养与生殖结构、生物量、成熟个体比例与成熟个体生物量/总生物量(R/T指数)的变化、温度性质以及rbcL、COⅠ基因序列进行了详细研究。结果表明: (1) 黏管藻配子体为雌雄同体, 直立, 单生或丛生, 主轴明显, 固着器呈圆盘状, 质地胶质, 颜色为红色或紫红色。采集于獐子岛与海洋岛的藻体长度和宽度明显高于其他采集地点; (2) 藻体由皮层及髓部组成, 皮层由6—10层细胞组成, 髓部存在假根丝细胞。成熟囊果小, 突出于藻体表面, 呈球形或半球形, 通常2—4个囊果聚集在一起; (3) 黏管藻配子体的生物量在6月达到最大, 平均生物量为3.628 g/m2。3—6月成熟个体比例逐渐增大, 6月达到100%; (4) 黏管藻配子体生长周期为3—7月, 温度性质属于温带性; (5) rbcL基因序列分析表明, 6个采集地点的样本间无碱基差异, 与产自加拿大的黏管藻聚在一起, 形成一个独立的分支。COⅠ基因序列分析表明, 6个采集地点的样本间无碱基差异, 形成一个独立的分支, 均确定为黏管藻。     

小麦及其相关物种rbcL基因序列的比较研究

用4个抗白粉病小麦品系构建了一个混合cDNA文库,从该文库中分离到一个新的小麦rbcL基因全长cDNA克隆。至此,已经有3个不同的小麦rbcL基因序列被报道,新rbcL基因cDNA与以前的2个序列分别有1个和3个碱基的差异。新的cDNA长1519bp(基因库查询号：AY328025)。同源性比较发现,新的小麦rbcL基因的cDNA序列与以前报告的小麦rbcL基因的cDNA序列(gi：344052)有一个碱基的差异,从而导致所编码的多肽在144位由Tyr变为Cys。进一步比较分析了在相关物种中rbcL基因的cDNA序列,结果显示,rbcL基因的编码区在不同属的物种间高度保守,并从分子水平表明小麦与大麦、新麦草、赖草、披碱草属等的亲源关系比与水稻、玉米等的近。     

广东省淡水红藻弯枝藻属一种（Compsopogon sp．）的形态描述及分类地位探讨

2009年8月在广东省龙川县定南水河采集到一份弯枝藻属的标本,其形态特征介于弯枝藻（Compsopogon caeruleus）和疏枝弯枝藻（Csparsus）之间。植物体株高10～18cm,主轴直径180～270μm,微收缢;中轴细胞近球形和扁球形,横壁收缢明显,直径150-200μm,高100～110μm;皮层细胞1层,中轴细胞缢缩处为2—3层;多角形或卵形,长25~35μm,直径20-25μm;分枝直出至侧生,某些基部细胞特化为假根;分枝顶端渐尖、急尖或二叉状;单孢子球形,直径10—14μm。该标本可能为弯枝藻和疏枝弯枝藻在演化过程中的一种过渡类型。     

DNA条形码在淡水红藻中的应用评价——基于串珠藻科植物

研究采用4种DNA序列, 分析了各片段序列特征以及在串珠藻科植物中种属水平的鉴定能力, 包括线粒体COI-5P、cox2-3 spacer序列, 以及叶绿体rbcL、UPA序列。结果表明, COI-5P、cox2-3 spacer、UPA以及rbcL序列的PCR扩增成功率分别为96%、100%、96%和98%。其中, COI-5P、cox2-3 spacer和UPA的片段大小符合标准DNA条形码的判定标准, 即片段大小在300—800 bp, 能够通过单对引物双向测序获得。系统发育分析的结果显示, 这4种DNA片段在串珠藻属植物的鉴定中能够鉴定大部分的种类, 但COI-5P、cox2-3 spacer以及rbcL序列均不能将两种中国特有种洪洞串珠藻B. hongdongense和长柄串珠藻B. longipedicellatum与弧形串珠藻B. arcuatum分开。在种水平的鉴定中, UPA基因的种间差异最大, 显示了较好的分离效果, 在串珠藻科植物的鉴定中可以作为一个标准的DNA条形码。     

Mitochondrial cytochrome b of the Lyakhov mammoth (Proboscidea,Mammalia): new data and phylogenetic analyses of Elephantidae

The phylogenetic relationships between recent Elephantidae (Proboscidea, Mammalia), that is to say extant elephants (Asian and African) and extinct woolly mammoth, have remained unclear to date. The prevailing morphological scheme (mammoth grouped with Asian elephant) is either supported or questioned by the molecular results. Recently, the monophyly of woolly mammoths on mitochondrial grounds has been demonstrated (Thomas, et al., 2000), but it conflicts with previous studies (Barriel et al., 1999; Derenko et al., 1997). Here, we report the partial sequencing of two mitochondrial genes: 128 bp of 12S rDNA and 561 bp of cytochrome b for the Lyakhov mammoth, a 49,000-year-old Siberian individual. We use the most comprehensive sample of mammoth (11 sequences) to determine whether the sequences achieved by former studies were congruent or not. The monophyly of a major subset of mammoths sequences (including ours) is recovered. Such a result is assumed to be a good criterion for ascertaining the origin of ancient DNA. Our sequence is incongruent with that of Yang et al. (1996), though obtained for the same individual. As far as the latter sequence is concerned, a contamination by non-identified exogenous DNA is suspected. The robustness and reliability of the sister group relation between Mammuthus primigenius and Loxodonta africana are examined: down-weighting saturated substitutions has no impact on the topology; analyzing data partitions proves that the support of this clade can be assigned to the most conservative phylogenetic signal; insufficient taxonomic and/or characters sampling contributed to former discordant conclusions. We therefore assume the monophyly of "real mammoth sequences" and the (Mammuthus, Loxodonta) clade.     

中国眼裸藻属(Euglenaria)分类学研究

为对眼裸藻属Euglenaria Karnkowska, Linton&Kwiatowski进行分类学修订,研究以采自中国的12株3种眼裸藻属物种为材料,基于形态学和分子生物学手段对眼裸藻属进行系统发育研究,鉴定了3种眼裸藻属物种,分别是尾眼裸藻Euglenaria caudata (Hubner) Karnkowska et Linton、项圈眼裸藻Euglenaria anabaena(Mainx) Karnkowska et Linton和棒形眼裸藻Euglenaria clavata (Skuja) Karnkowska et Linton,提供了它们的形态特征及分子数据。基于最大似然法和贝叶斯法构建了系统发育树,以亲缘关系较近的双鞭藻科Eutreptiaceae Hollande物种为外类群,其余的裸藻类分为扁裸藻科Phacaceae Kim, Triemer&Shin和裸藻科Euglenaceae Dujardin物种两大支,眼裸藻属位于裸藻科分支(0.84/-),共包含28株眼裸藻属物种,主要分为3个小分支,每个小支的支持率均高达99%以上,项圈眼裸藻和尾...     

基于18S rDNA序列的蝽次目(半翅目：异翅亚目)

利用18SrDNA分子约1 912 bp的序列对蝽次目21个科53个种进行系统发育分析。运用MP法、ML法和NJ法分析后的结果表明:蝽次目的单系性得到很高的支持;扁蝽总科成为毛点类的姐妹群;毛点类基本确定为两大分支:一支包含蝽总科和红蝽总科;另一支主要由长蝽总科、缘蝽总科和南蝽总科组成;长蝽总科和缘蝽总科都是多系;长蝽总科中,跷蝽科和皮蝽科的关系最近,构成姐妹群,位于整个毛点类的基部;与长蝽总科中另外两个科长蝽科和地长蝽科的关系很远。说明利用18SrDNA分子对研究蝽次目的系统发育关系是适合的,能够重建蝽次目;扁蝽总科和蝽总科单系性的结果与形态学的研究以及Li et al (2005)的研究一致;但较Li et al(2005)的研究更进一步把红蝽总科从广义的缘蝽总科中分出来;并建议皮蝽科作为一个独立的总科更合适。     

韩国与中国东北地区松鼠线粒体DNA控制区的序列变异

为了研究松鼠东北亚种(Sciurus vulgaris manchuricusThomas)不同种群的序列变异水平并进一步确定分类地位,我们分析了韩国5个地点和中国东北2个地点的松鼠标本的线粒体DNA控制区的全序列(1 058 bp)。39个韩国松鼠标本显示出21种单倍型,这些单倍型间的平均Tamura-Nei距离为1·0%; 24个中国松鼠标本显示21种单倍型,单倍型间的平均Tamura-Nei距离为1·4% (1 058 bp的全序列中发生变异的位点有119个,占11·2%)。韩国松鼠和中国松鼠间的平均距离为1·3%。并且韩国和中国松鼠的所有42个单倍型形成了一个单系分支,Fst值为0·04,表明在两个国家的松鼠间没有发生遗传分化。因此,序列分析的分子生物学的结果支持现行的分类,即来自韩国的朝鲜亚种(S·v·coreae)是中国北部地区松鼠东北亚种(S·v·manchuricus)的同物异名。这还需要进一步对北朝鲜和中国东北其它地区更多标本的分子和形态学分析来验证这一结论。     

尖形碘泡虫(黏体门: 碘泡虫科)的重描述及其分子系统学研究

研究基于形态和分子信息重描述了寄生于嘉陵江重庆段鲫(Carassius auratus Linnaeus)鳃部和胆囊的尖形碘泡虫(Myxobolus acutus Wu and Chen, 1987), 并获得了该虫体的18S rDNA和ITS1 rDNA序列。尖形碘泡虫成熟孢子壳面观呈梨形, 前端稍尖, 后端钝圆, 缝面观呈宽纺锤形。孢子长(13.6±0.9) μm [(11.4—15.3) μm], 宽(10.2±0.9) μm [(7.5—12.8) μm], 厚(7.6±0.6) μm [(6.9—8.3) μm]。两梨形极囊开口处紧靠并位于孢子前端, 极囊大小不等, 大极囊长(6.2±0.4) μm [(5.1—7.5) μm], 宽(3.8±0.4) μm [(2.8—4.7) μm], 极丝盘绕5—8圈, 小极囊长(2.7±0.4) μm [(1.7—3.7) μm], 宽(1.4±0.2) μm [(0.9—1.9) μm], 极丝盘绕2—3圈。基于18S rDNA为分子标记的系统发育分析显示: 尖形碘泡虫与中华单极虫(Thelohanellus sinensis)有最近的亲缘关系, 两物种形成的进化支与贝壳碘泡虫(M. musseliusae)、苍梧碘泡虫(M. tsangwuensis)和鳃基碘泡虫(M. basilamellaris)形成的进化支呈姐妹群关系。通过系统发育与寄生部位关系的分析结果推测, 尖形碘泡虫的初始寄生部位可能为鳃, 而胆囊则是该物种后来适应的新的寄生部位。     

吴李碘泡虫的重描述及其长江流域不同江段株系的比较研究

研究在对吴李碘泡虫Myxobolus wulii (Wu & Li) Landsberg & Lom, 1991重描述的基础上, 基于形态和分子数据对长江流域不同江段的吴李碘泡虫(重庆株系、湖北株系及江苏株系)进行了比较研究。结果表明: 吴李碘泡虫重庆株系孢子及极囊量度比湖北株系略小, 重庆株系两极囊等大而湖北株系两极囊大小不等。重庆株系、湖北株系及江苏株系18S rDNA序列相似度为99.2%—99.9%, 遗传距离为0.002—0.007。系统发育分析显示: 吴李碘泡虫并未形成地理种群特有的进化枝, 也并未依宿主种类而聚支, 而是依据寄生部位不同分为鳃寄生和肝胰脏寄生2大支系。这表明, 相同寄生部位的吴李碘泡虫具有更近的亲缘关系。吴李碘泡虫的2大支系中, 鳃寄生种群先分化出来, 这可能与体表寄生和体内寄生的演化有关, 而鳃寄生的吴李碘泡虫可能是较早定居的群体。