川滇高山栎种群不同海拔空间格局的尺度效应及个体间空间关联

川滇高山栎灌丛(Quercus aquifolioides)是我国西南高山典型的植被类型,研究其空间格局对于研究种群的生态学过程有重要意义。为了弄清川滇高山栎种群空间格局及其个体间空间关联对海拔,尺度和大小级等因素的响应情况,研究中应用点格局分析的方法,在巴郎山沿高山栎分布海拔范围设置4个海拔梯度,并根据体积大小将高山栎分为4个大小级等级,比较不同海拔、不同尺度、不同大小级间的高山栎种群空间格局及个体间空间关联。结果表明,川滇高山栎种群空间格局及其个体间关联与空间尺度、植株形体大小和海拔梯度密切相关:在小尺度上,种群趋向于聚集分布,个体间有较强的空间关联,随着空间尺度的增大,种群逐渐趋于随机分布,个体间空间关联减弱,区域无关联;个体间形体差异越小,个体间正关联就越强,个体间形体差异越大,正关联就越弱,负关联就越强;海拔因子对聚集分布的聚集规模和个体间关联的关联程度有较大影响。     

SCtool:识别复杂性状和疾病间遗传关联的工具

识别复杂性状和疾病间遗传关联可以提供有用的病因学见解,并有助于确定可能的因果关系的优先级。尽管已有很多工具可以实现复杂性状和疾病间遗传关联,但是某些工具代码可读性差、并且不同工具基于不同的计算机语言、工具间的串联性较差。因此,本研究基于全基因组关联研究(GWAS)数据,提出了SCtool,一个开源、跨平台和用户友好的软件工具。SCtool整合了ldsc, TwosampleMR和MR-BMA三种软件,其主要功能是基于GWAS汇总水平的数据,识别复杂性状和疾病、复杂性状和复杂性状以及疾病与疾病间的遗传相关性并探究其间潜在的因果关联。最后,使用SCtool揭示了全身性铁状态(铁蛋白,血清铁,转铁蛋白,转铁蛋白饱和度)与表观遗传时钟GrimAge之间的遗传关联。     

三种类型草地植物种间关联的测定与比较

植物种间关联的研究,对于进一步确定植物种间关系、揭示群落演替过程中植物种间替代关系的机制、草场退化和人工草地产量下降的原因都有重要意义。本文之所以选取三种类型的草地进行研究主要是考虑到由于一个群落从初期阶段到顶极阶段的演替需要十几年甚至几十年的时间,这样对于演替不同阶段植物种间关联的观测是困难的。故在本文中我们采用     

紫柏山亚高山草甸群落的种间关联和相关分析

采用方差比率法、x2检验、Jaccard关联指数以及Pearson相关系数和Spearman秩相关系数研究了秦岭紫柏山亚高山草甸群落20个主要物种的种间关联与相关性.结果表明:种对间呈显著和极显著关联(相关)的种对较少,x2检验、Pearson相关系数检验和Spearman秩相关系数检验的正负关联(相关)比分别为0.85、0.61和1.02,群落总体上接近无关联,处于相对稳定状态;Spearman秩相关星座图将20个物种划分为4个生态种组,各生态种组内的物种具有相似的生态要求和资源利用方式,不同生态种组间呈现明显的演替转化趋势;种对间呈正关联或者正相关,主要是由于具有相近的生物学特性,对生境具有相似的生态适应性;种对间呈负关联或者负相关,主要由于彼此间具有不同的生物学特性,对生境具有不同的生态适应性和相互分离的生态位所致.     

古核生物基因组的关联分析

以频谱分析和信息关联为分析工具,系统地考察了古核生物（Ａｒｃｈａｅａ）Ｍ．ｊａｎｎａｓｃｈｉ的全基因组及数种真核和原核基因组的长程和短程关联特性。结果表明,古核生物的短程关联信号与真核生物的接近：即呈现１０ｂｐ和１１ｂｐ双峰周期信号;它的长程关联也存在。可见,古核生物的染色质包装过程和遗传信息的组织方式可能更象真核。此关联分析的结果为生命的三界学说提供了新的证据。     

不同结构类蛋白质序列中的关联特性

采用功率谱的方法对不同结构类蛋白质序列进行了研究。结论为：从统计平均的角度看,蛋白质序列并不同一种毫无规律的随机序列,它们存在着明显的关联,而且不同结构类蛋白质序列具有与它们的结构类相对应的不同的关联特性。     

秦岭皇冠优势灌木苦糖果的空间分布格局及种内种间关联

以秦岭皇冠暖温性落叶阔叶林25 hm²森林样地中的优势灌木苦糖果为对象,研究了苦糖果不同径级个体的空间分布格局以及种内种间关系。结果表明: 苦糖果径级结构呈现出下宽上窄的金字塔型,小径级植株数量最多,更新状态较好,处于稳定增长阶段,有利于群落更新和演替。以Ripley's K函数为基础,采用单变量和双变量成对相关函数,在3个零模型(完全空间随机模型、异质泊松模型和先决条件模型)的处理下,树种整体和不同径级以聚集分布为主,且聚集程度随研究尺度的加大而逐渐减小,逐渐趋向随机分布。受到生境异质性、扩散限制、负密度制约等影响,种内不同径级个体之间以正关联为主,但也有一定程度的无关联,未出现负关联的情况。种间关系较为复杂,既有无关联,也有正关联和负关联,但以负关联和无关联为主。     

基于高密度SNP标记估计群体间遗传关联

联合育种的准确性受到群体间遗传关联程度的影响。本研究通过比较基于系谱数据和基因组数据计算的群体遗传关联,探究高密度SNP标记在遗传关联估计中的应用前景。本研究同时使用了模拟数据和真实数据,采用6种不同的遗传关联计算方法,包括PEVD(prediction error variance of differences)、PEVD(x)、VED(variance of estimated difference)、CD(generalized coefficient of determination)、r(prediction error correlation)和CR(connectedness rating),比较基于构建不同的关系矩阵(A、G、G_s、G_0.5和H矩阵)的群体间遗传关联。模拟数据和实际数据结果表明,除PEVD(x)和VED方法外,PEVD、CD、r和CR基于基因组信息的G、G_s和G_0.5阵计算的遗传关联程度均高于基于系谱信息的A阵,基于同时利用系谱和基因组信息的H阵遗传关联结果一般介于A阵与G阵之间。当CR和r为0时,CD都较高,高估了群体遗传关联。用r度量3个遗传分化程度不同的猪场间遗传关联时,基于G阵的r值均为0.01,不能准确反映群体真实遗传关联。随着遗传力的提高,所有群体遗传关联评估方法都有所改善,但遗传力为0.1时,PEVD基于A阵结果优于G阵,中高遗传力性状用于估计遗传关联优于低遗传力性状。本研究证明高密度SNP标记比系谱信息估计群体间遗传关联更有优势,CR是衡量遗传关联稳健而可靠的评价指标,计算简单,受性状遗传力影响较小。PEVD可以作为补充,量化具体群体遗传关联下的育种值预测误差情况。G矩阵比G_s、G_0.5阵能更好反映群体遗传关联。     

雅鲁藏布江中游河岸带几种主要沙生植物种群点格局分析

以雅鲁藏布江中游河岸带几种主要沙生植物为研究对象, 采用相邻格子法分别在不同生境条件下的藏沙蒿(Artemisia wellbyi)、藏白蒿(Artemisia younghusbandii)和砂生槐(Sophora moorcroftiana)种群设立4个20 m × 30 m的样方, 运用点格局分析方法, 研究了这几种沙生植物的种群结构、空间分布、空间关联及其影响因素, 以期为西藏高寒河谷风沙化土地植被恢复提供依据。结果表明: 1)藏沙蒿种群结构呈增长型, 藏白蒿和砂生槐种群结构呈衰退型。藏沙蒿和藏白蒿种群在所有尺度上均呈集群分布, 砂生槐种群随着尺度增大表现为集群→随机→集群→随机分布。沙生植物种群分布格局主要是由较小的大小级决定的, 而较大的大小级是造成种群分布格局波动的主要因素。2)这几种沙生植物种间正关联往往存在于一定的尺度范围内, 种间关联时常出现不同关联方式交替出现和摆动的现象。半裸露砂砾地和半固定沙地藏沙蒿-砂生槐种间关联均表现为无关联→正关联→无关联→正关联, 半裸露砂砾地藏沙蒿-毛瓣棘豆( Oxytropis sericopetala)种间关联表现为正关联→无关联→正关联→无关联→负关联, 藏白蒿-砂生槐种间关联表现为正关联→无关联。3)这几种沙生植物种群均随植株形体增大, 聚集强度减弱, 大小级较小时表现为集群分布, 随着大小级增大, 表现为随机分布或随机与集群分布交错出现。不同大小级的空间正关联随着植株形体大小差异的增大而减弱, 甚至会转变为负关联, 各大小级在较小的空间尺度上易表现为正或无空间关联。     

亚热带-温带气候过渡区落叶阔叶林物种-生境关联分析

物种-生境关联分析有利于更好地理解物种共存理论和群落构建机制。根据秦岭落叶阔叶林25 hm²固定监测样地的调查数据,将树种分为幼苗、幼树和成树3个生活阶段,利用Torus-translation检验方法分析物种与不同生境类型之间的关联性。结果表明: 生境对各物种的影响不同。与高坡显著关联的物种数最多,其中95.7%为负关联;与低坡呈负相关的物种占89.5%;与山脊呈显著负关联的物种占90.9%;物种与高谷生境多存在显著正关联,呈负相关的只有1种,占0.03%。物种在幼苗、幼树和成树阶段与生境分别存在80、44和23个关联,表明幼苗阶段对生境的依赖程度更大。幼苗阶段的物种中有38个(占总物种数的90.5%)至少与一类生境存在显著的关联性;幼树阶段有25个(占总物种数的58.1%)至少与一类生境存在显著关联;成树阶段只有17个(占总物种数的39.5%)至少与一类生境存在显著关联。同一生境对不同生活史阶段物种的影响存在差异,到生活史阶段后期,生境的影响逐渐减弱。由于特定的环境需求,多数物种在不同生活史阶段表现出不同的生境偏好。     

牛ACAD8基因结构及其多态性与生产性状的关联分析

乙酰辅酶A脱氢酶(ACAD)是由核基因编码存在于线粒体中黄色酶的一个家族,它催化脂肪酸的α和β-氧化,该家族第八成员负责催化缬氨酸分解代谢。本研究中获得了牛的ACAD8基因的mRNA和基因组DNA序列并通过基因组DNA与mRNA的比对确定了其基因结构。其mRNA序列包含一个1,251 bp的开放阅读框,一个37 bp 的5′非翻译区和一个 444 bp 的 3′非翻译区;其基因组DNA全长13,814 bp,包含11个外显子和10个内含子。我们从样本中随机选取6个个体进行扩增测序,结果表明牛的ACAD8基因13,408位(GenBank登录号:DQ435445)一个A-G单核苷酸多态。运用PCR-RFLP对不同的基因型进行了区分。对该SNP与来自5个品种共178头无亲缘关系的牛的生产性状进行了关联分析,结果表明:该A-G单核苷酸多态对日增重和嫩度有显著影响(P < 0.05)。具有G等位基因的牛比具有A等位基因的牛生长较快,其肉质也较嫩。因此,牛ACAD8基因在该位点的单核苷酸多态可以作为提高生长速度和牛肉嫩度的标记。     

综合性三级医院公益性评价的灰关联聚类分析

摘要 目的 对不同地区的7家综合性三级医院进行公益性水平的初步评价与分析。方法 运用灰关联聚类分析。 结果 7家三级医院的公益性水平总体偏低,仅各有一家医院经灰关联聚类分析归类为好与中,其余5家医院均归类为欠佳,不同地区三级医院公益性水平有一定差别。结论 灰关联聚类分析证明公立三级综合性医院公益性水平亟待加强,应从公益性的影响因素入手提高与改善公立三级医院的公益性水平。     

黔中喀斯特次生林优势物种空间分布格局及关联性

以黔中天龙山2 hm²喀斯特次生林为对象,采用成对相关函数g(r)结合完全随机模型(CSR)研究重要值前4位优势树种的空间分布格局及其关联性。结果表明: 样地树种的径级结构呈倒“J”型分布,在优势树种窄叶石栎和圆果化香的影响下,第Ⅴ径级(≥10 cm)的数量较多。窄叶石栎呈现倒“J”型分布,种群更新良好,处于生长发育初级阶段;而圆果化香和云南鼠刺随着径级的增大数量逐渐递增,成年树、大树数量远多于幼树、小树,表明该种群更新不足,处于生长发育的中后期并逐渐衰退。除窄叶石栎外,其余优势树种整体呈现出在较大尺度上聚集分布,聚集程度随着尺度的增大逐渐下降并趋于随机分布,此规律在幼树径级中表现得尤为突出;而受各种因素的影响,各个树种不同径级呈现出不同的空间分布格局。在种间关联上,4个优势树种之间大多呈现负关联或者无关联关系,树种重要值越高与其他优势树种关联程度越低,呈现负关联的2个树种在小尺度上关联程度最低,随着尺度的增大负关联程度逐渐降低并趋向于无显著关联。     

中国主要花生品种品质性状关联分析

以来自全国的136个花生主要育成品种及育种骨干亲本作为供试群体,测定其蛋白质含量、脂肪及油酸含量等性状。选用64个均匀分布在复合遗传图谱不同遗传连锁群上多态性较好的SSR标记进行多位点扫描。通过标记的基因型值,利用Structure软件对群体进行结构划分并得到结构划分的矫正Q值,采用Tassel 软件中GLM（Q）方法将供试花生品种连续3年的品质性状与SSR标记进行关联分析。结果表明：①依据基因型数据对材料群的结构划分,供试群体最终可被划分为5个亚群,依据群体特点和结构分析可以表明供试的花生材料是适合关联分析的;②通过关联分析,共发掘与2010年、2011年、2012年品质性状显著关联的SSR位点分别有18个、31个、26个;③通过综合分析,能够连续3年重复检测出与品质性状关联的SSR位点4个,共计等位变异位点40个。     

山西牛奶子群落优势种种间关联性研究

基于2×2联列表,应用方差比率法、χ2检验、Pearson相关系数及Spearman秩相关系数检验等数量分析方法对山西牛奶子群落的25个优势种,共300个种对间的关联性进行分析研究。结果表明,25个优势种群的总体种间关联性呈不显著关联,种的分布相对独立。χ2检验结果有121个种对呈正相关,155个种对呈负相关,正负关联比为0.78;Pearson相关系数检验有111个种对呈正相关,189个种对呈负相关,正负关联比为0.59;Spearman秩相关系数检验有128个种对呈正相关,172个种对呈负相关,正负关联比为0.74;Spearman秩相关系数比Pearson相关系数的检验方法灵敏度更高。山西牛奶子群落总体上呈不显著负关联,表明其处于演替过程的初期。     

天童米槠-木荷群落主要树种的结构及空间格局

种群的结构和空间格局是植物群落的重要特征.以浙江天童米槠（Castanopsis carlesii）-木荷（Schima superba）群落为对象,应用永久样方法和每木调查法调查了群落种类组成和结构,并对10个主要常绿阔叶树种的种群结构和空间格局进行了分析,种群结构分析包括胸径级结构和垂直层次结构,空间格局分析包括各种不同垂直层次个体的空间分布格局和空间关联,并考虑了空间关联的尺度依赖.所选10个种总体RBA值达到81.9﹪,包含了群落的全部5个优势种,SDI指数除黑山山矾（Symplocos heishanensis）为正值外,其余9种皆为负值,各个种在垂直空间上占据了不同的位置.不同种之间以及同种不同层次之间表现出复杂多样的分布格局,体现出多级复合分布特征,但多数种整体上表现为集群分布或基本分布成分为个体群.空间关联在不同种之间、同种不同层次之间以及不同空间尺度上发生了分化,随尺度的增加,正关联增加而负关联减少.各个物种通过占据不同的水平和垂直空间,并采取不同的生活史对策,在群落中得以共存,从而导致了群落高的生物多样性的形成和维持.     

基于全基因组关联的中国常见肿瘤遗传病因学研究

肿瘤是基因-环境交互作用引起的复杂性疾病.在同样的环境暴露下,不同遗传背景的个体发生肿瘤的风险有很大差异.研究肿瘤相关遗传因素对理解肿瘤发生发展乃至诊断治疗都有重要意义.近年来发展的全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)可在全基因组范围内发现与复杂疾病或表型关联的遗传因素,为复杂疾病遗传学研究提供了强有力的手段.欧美研究者运用全基因组关联研究的方法,对各种常见肿瘤进行了研究,获得了重要成果.2010年以来,中国科学家在国际核心期刊发表了一系列高水平的肿瘤全基因组关联研究成果,在中国常见肿瘤的遗传病因学研究方面取得了重要进展.     

心肌病关联基因家族与心肌发育和心肌病

心肌发育是个复杂的过程,受许多发育相关因子组成的复杂分子网络调控。这些基因的突变和结构异常可导致心肌发育异常和原发性心肌病。心肌病关联基因家族对心肌的胚胎发育、出生后心肌结构重塑以及心肌损伤修复等过程有重要作用。本文结合临床基因突变报道,对心肌病关联基因家族的功能和模式动物中的分子机制研究进行综述,以期深入了解该家族蛋白质在心肌发育及原发性心肌病中的作用。     

天然黄山松种群空间格局的分形特征——关联维数

采用关联维数对屏南和寿宁不同群落的天然黄山松(Pinus taiwanensis)种群格局的分形特征进行分析比较。结果表明,天然黄山松种群格局关联维数值在1．077～1．563之间,不同群落间的大小次序为Q2＞Q8＞Q5＞Q3＞Q1＞Q7＞Q6＞Q4,屏南天然黄山松近纯林与寿宁混交林种群个体的空间相关程度差异不大。随海拔升高,黄山松种群关联维数呈现升一降一升的波动变化,1300～1310m及1400m是天然黄山松个体空间关联较强、个体竞争较为激烈、空间占据程度较高的海拔范围。此外,结合前文研究,讨论了如何综合运用3种分形维数对天然黄山松种群格局尺度变化特征进行描述,并绘制分形维数谱。     

稀有变异遗传关联性研究中常用负担检验方法比较

为比较稀有变异遗传关联研究中常用负担检验方法(CMC、WST、SUM及其扩展)在不同遗传情境下的统计性能,本文通过计算机模拟产生不同样本量、连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)参数、混杂非关联变异的个数和不同效应的关联变异等条件的稀有变异病例对照数据集,运用各种负担检验方法进行分析,分别计算各方法的一类错误和效能。结果表明,各方法一类错误均在0.05附近;当稀有变异效应方向一致时,除aSUM法外,LD参数越大、混杂非关联变异越少、各法效能越高;当效应方向不一致时,各法效能则显著降低。除强LD外,有方向考虑的方法效能均比无方向考虑的方法高,且样本量越大效能越高。负担检验的统计性能受效应大小和方向、噪音变异和连锁不平衡等多种因素影响。在实际应用中,在各类方法选择、确定集合单位,权重等时最好结合遗传变异的生物信息先验以提高研究效能。