白腐真菌总RNA提取方法的研究

为寻求一种简便有效的白腐真菌总RNA的提取方法,在实验中分别采用Trizol试剂盒法、CTAB-LiCl法、硅藻土-STE法进行操作,琼脂糖凝胶电泳和紫外吸收光谱检测提取的RNA。通过对提取的总RNA实验操作过程、浓度、纯度以及完整性等方面的比较与分析,得出硅藻土-STE法是白腐真菌总RNA提取的理想方法。     

高质量毕赤酵母基因组DNA提取方法比较

旨在比较5种毕赤酵母基因组DNA的提取法,以便获得简便高效的提取高质量酵母基因组DNA的优化方法。分别使用蜗牛酶破壁法,超声波破碎法,液氮研磨法,Lyticase破壁法,试剂盒法提取毕赤酵母基因组DNA,然后进行DNA电泳检测以及紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。结果显示,5种方法均能提取出酵母基因组DNA,而酶法所提取的酵母基因组DNA质量最好。由此证实,蜗牛酶法成本低、效果好,是理想的提取高质量酵母基因组DNA的方法,完全满足后续试验要求。     

提取北方土壤真菌DNA的一种方法

由于土壤理化性质的复杂性和真菌细胞壁结构的特殊性,从土壤样品中提取真菌基因组DNA比较困难.中国北方土壤与其它地区土壤相比有其自身的特点,因此,有必要优化一种适合于北方土壤真菌DNA提取的方法.本实验向灭菌黑土中分别投加12种在系统分类上差别较大的真菌,以传统土壤总DNA提取方法及纯菌DNA提取方法为基础,分别与蜗牛酶,纤维素酶进行组合、优化,得到7种不同的土壤真菌基因组DNA提取方法.利用真菌28S rDNA通用引物U1/U2-GC PCR-DGGE分析方法分别考察了7种不同方法所提取土壤真菌基因组DNA的多样性和代表性.结果表明:1)液氮研磨,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6 、3和1 mg·ml-1)37 ℃作用60 min,2% SDS于65 ℃裂解30 min;2)-65 ℃～65 ℃冻融3次,纤维素酶、蜗牛酶和溶菌酶(浓度分别为6、3和1 mg·ml-1)37 ℃作用180 min,2%SDS于65 ℃裂解30 min的组合具有较好的提取效果.利用后一种方法分别对3种理化性质差异较大的中国北方自然土壤样品真菌DNA进行提取并分析,表明所提取土壤基因组DNA真菌特异性PCR-DGGE图谱条带丰富,该方法可用于多种北方土壤真菌多样性研究.     

一种提取真菌染色体DNA简便方法

本文描述了一种快速简便提取白腐真菌Phanerochaete chrysosporium染色体DNA的方法。用该方法可节约药品,提取的染色体DNA降解小,纯度高,并可直接用于限制性酶切和基因文库的构建。这种方法对研究真菌分子遗传学既适合又经济。     

5种常见植物DNA提取效率的比较

以小麦、玉米、甘蓝、花生、菠菜的幼嫩叶片为实验材料,采用高盐低pH值法、SDS法和CTAB法3种不同的DNA提取方法,提取其总DNA,用琼脂糖凝胶电泳检测和紫外分光光度法对所得DNA进行比较分析.结果表明:玉米和菠菜采用SDS法提取基因组DNA效果明显优于CTAB和高盐低pH法.CTAB法对高脂肪花生的DNA提取,所得浓度较高.而高盐低pH值法建议减少使用.     

三种提取蓝猪耳总DNA方法的比较

针对蓝猪耳（Torenia fournieri L.）叶片中多糖、色素等物质严重干扰总DNA提取质量的问题,以蓝猪耳叶片为试验材料,分别采用高盐低pH值法、SDS法、CTAB法提取总DNA,并从样品电泳图谱、纯度、得率等方面对三种方法进行评价。结果表明,CTAB法提取总DNA的产率较高、纯度最好,是蓝猪耳总DNA提取的最佳方法。     

康氏木霉基因组DNA提取方法的比较研究

采用3种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:冷冻研磨CTAB法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度也较高,但是价格昂贵,饱和酚抽提法提取的DNA浓度不高,且易有降解现象,不适合分子生物学操作的要求。     

白腐真菌原生质体制备和再生条件的研究

对影响白腐真菌(5．776)原生质体制备和再生的条件：包括菌龄、水解酶液的种类及浓度、酶解温度、酶解时间、再生培养基的稳渗剂的选择进行了研究。通过单因素比较分析和正交实验得到最适合的白腐真菌原生质体制备和再生条件。结果表明：当菌龄为58h,采用1%纤维素酶和1%蜗牛酶(2：1)混合液,酶解温度30℃,酶解时间180min,用0．7mol/L氯化钠作渗透压稳压剂,白腐真菌(5．776)原生质体的形成数和再生率均比优化前大为提高,原生质体形成量为8．36×10~5个/mL,原生质体再生率为9．12%。     

环氧丙烷皂化废水活性污泥DNA提取方法的比较与优化

探索适宜的环氧丙烷废水中活性污泥微生物总DNA提取的方法并进行优化。采用11种方法提取环氧丙烷废水中活性污泥微生物总DNA,即Na Cl溶液-提取缓冲液-溶菌酶-十二烷基磺酸钠(SDS)法、蛋白酶K-SDS法、SDS-反复冻融法、Tris-EDTA-Na Cl-聚乙烯吡咯烷酮(PVP)(TENP)法和反复冻融-SDS-蛋白酶K法等。通过对这11种方法进行比较,以确定最佳试验方案并结合单因素法对最佳方案进行优化。琼脂糖凝胶电泳结果显示:Na Cl溶液-提取缓冲液-溶菌酶-SDS法提取DNA亮度高,有大片断DNA的存在且拖带较少,条带集中;酶法所提取的DNA效果仅次于提取缓冲液-溶菌酶-SDS法,其他方案没有提取出DNA。单因子试验结果表明:10 mg/m L溶菌酶,100g/LSDS,反应时间为30 min,反应温度为45℃时效果最佳。Na Cl溶液-提取缓冲液-溶菌酶-SDS提取法为环氧丙烷废水中微生物群落在分子水平上的研究提供了一种简便、可靠的DNA提取方法。     

稀有人参皂苷IH901酶法转化与制备研究

本研究利用酶制剂蜗牛酶,酶法转化三七二醇组皂苷制备稀有人参皂苷IH901,正交实验优化酶解条件,建立酶法转化工艺.结果表明:超声法提取三七总皂苷正交实验优化条件为用75%乙醇溶液,15倍溶剂用量,超声波提取210 min作为最佳条件,三七总皂苷得率为12.21%;酶法转化二醇组人参皂苷制备稀有人参皂苷IH901,正交实验优化的条件为物料比为6/1、反应时间9 h、反应温度为45℃、pH值为3.0,酶解得率为54.24%;经硅胶柱分离获得IH901单体化合物,HPLC测定纯度达98%.酶法转化制备皂苷IH901的工艺方法简便,切实可行,可为中试生产提供参考.     

快速提取肠道微生物基因组DNA的方法

目的:肠道微生物的研究日益成为热点,如何获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA是肠道微生物研究中的关键。本文通过对酚/氯仿法提取总DNA过程进行考察和优化,建立一种简便酚/氯仿抽提法。方法:考察和优化酚/氯仿法提取总DNA的过程,并根据DNA产量、纯度以及ERIC-PCR及16S rNDA-RFLP所反映的微生物群落结构特性的指标,并与QIAamp?DNA Stool Mini Kit提取的进行比较,评价了所建立的快速提取方法。结果:用简便酚/氯仿法得到基本完整的基因组DNA,ERIC-PCR和16S rDNA-RFLP结果与QIAamp?DNA Stool Mini Kit法基本相同。结论:该方法快速并成本低,适合肠道微生物研究中总DNA提取,尤其适合处理大批量的样品。     

Rapid and Reliable Method of Extracting DNA and RNA from Sweetpotato, Ipomoea batatas (L). Lam

A quick, simple and reliable method of extracting DNA from sweetpotato (Ipomoea batatas (L.) Lam.) has been developed. The method was applied successfully for extraction of total DNA from leaves and total RNA from leaves and various tissues. The yield of DNA extracted by this procedure was high (about 1 mg/g leaf tissue). The extracted DNA was completely digested by restriction endonucleases indicating the absence of common contaminating compounds. The absorbancy ratios of A260/A230 and A260/A280 of isolated RNA were approx. 2 and the yield was about 0.2 mg/g fresh wt. CIPK and tublin genes were successfully amplified by RT-PCR, suggesting the integrity of isolated RNA. The total DNA and RNA isolated by this method was of sufficient quality for subsequent molecular analysis.     

用于微生物多样性分析的棉田土壤总DNA的提取

目的：探讨适用于微生物多样性研究的棉田土壤微生物总DNA提取方法。方法：采用4种方法提取不同连作和轮作处理的棉田土壤微生物总DNA,比较其纯度、产率、片段大小,并应用ARDRA技术验证其质量。结果：其中3种方法均可获得23kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产率和纯度上有明显差异。改良CTAB-SDS法提取的DNA完整性好,得率为24.20μg.g-1干土,纯化后A260/A280和A260/A230为分别为1.80和1.70,纯化回收率可达70.1%,完全适用于后续的PCR分析。结论：采用该法提取棉田土壤总DNA简便而高效。对该法提取获得的棉田土壤微生物总DNA进行ARDRA和DGGE分析,所得图谱能较全面地反映不同处理间微生物多样性及群落结构的差别,为不同栽培体系下棉田土壤微生物的分子生态学研究提供了基础。     

一种从鸟类剥制标本提取DNA的改进方法

应用非损伤性取样的方法,收集鸟类剥制标本的皮肤组织和羽毛,用无水乙醇、浸泡液预处理的方法抽提DNA,结果两者都可提取DNA供PCR扩增。将PCR产物经序列测定和比对分析,证明提取的DNA为目的DNA,表明本试验方法可行。鸟类剥制标本的皮肤组织和羽毛可以作为研究种群遗传学的资源。     

适于涡虫基因组DNA快速制备的改良的CTAB法

提取得到高质量的DNA样品是进行分子生物学研究的必要前提。为了找到一种适用于提取涡虫基因组DNA的常规方法,我们以东亚三角头涡虫为材料,分别用改良的CTAB法、SDS法、SDS-蛋白酶K法对涡虫的基因组DNA进行了制备,并对3种方法制备的涡虫基因组DNA进行了检测与比较。根据比较结果,我们认为改良的CTAB法最适合于涡虫基因组DNA的快速制备,为涡虫的分子生物学研究打下了基础。     

风沙土微生物总DNA不同提取和纯化方法比较

为筛选和建立风沙土中总DNA的提取和纯化方法,选取了5种直接提取法、1种间接提取法和2种纯化法分别对风沙土中总DNA进行了提取和纯化,并对其质量和产量进行了比较.结果表明：6种方法均可从风沙土中提取到大小为23 kb左右的总DNA,其中改进后的高盐提取法（用40%聚乙二醇8000和4 mol·L^-1 NaCl沉淀DNA）效果最好,纯化后总DNA的纯度最高,可进行16S rDNA的PCR扩增,且产量仅稍低于试剂盒提取法;电泳加柱回收纯化法的纯化效果较好,经该方法纯化后的总DNA大部分可进行PCR扩增,可满足后续分子操作对DNA纯度的要求.     

马尾藻中产不饱和脂肪酸真菌的分离及其脂肪酸组成分析

【背景】随着从鱼类、农作物原料中提取不饱和脂肪酸的成本越来越高,寻找特殊且成本低的提取原料迫在眉睫。海洋环境的特殊性造就了丰富而特有的微生物资源,成为获取产不饱和脂肪酸的新策略。【目的】从湛江徐闻马尾藻中分离筛选产油脂真菌,并对其脂代谢产物进行气相色谱分析(GC)。【方法】通过利用选择性培养基及苏丹黑染色方法从马尾藻中筛选高产油脂真菌,对目标菌进行形态特征、培养特征及ITS序列鉴定,利用GC技术对三氯甲烷-甲醇提取的油脂进行组成成分分析与含油量测定。【结果】共筛选到7株产油脂真菌,其中菌株A17脂肪颗粒大且密集,是一株高产菌株,经形态与基因水平鉴定,确定菌株A17为变红镰孢菌(Fusarium incarnatum)。提取的油脂占细胞干重的24.75%,并且不饱和脂肪酸占总油脂的60.76%,其中油酸与亚油酸分别为32.80%和26.20%。【结论】该研究可为开发马尾藻中产油脂菌株提供理论依据。     

An improved protocol and a new grinding device for extraction of genomic DNA from microorganisms by a two-step extraction procedure

Current protocols to extract genomic DNA from microorganisms are still laborious, tedious and costly, especially for the species with thick cell walls. In order to improve the effectiveness of extracting DNA from microbial samples, a novel protocol, defined as two-step extraction method, along with an improved tissue-grinding device, was developed. The protocol included two steps, disruption of microbial cells or spores by grinding the sample together with silica sand in a new device and extraction of DNA with an effective buffer containing cell lysis chemicals. The device was prepared by using a commercial electric mini-grinder, adapted with a grinding stone, and a sample cup processed by lathing from a polytetrafluoroethylene rod. We tested the method with vegetative cells of four microbial species and two microbial spores that have thick cell walls and are therefore hard to process; these included Escherichia coli JM109, Bacillus subtilis WB600, Sacchromyces cerevisiae INVSc1, Trichoderma viride AS3.3711, and the spores of S. cerevisiae and T. viride, respectively, representing Gram-positive bacteria, Gram-negative bacteria, yeast, filamentous fungi. We found that this new method and device extracted usable quantities of genomic DNA from the samples. The DNA fragments that were extracted exceeded 23 kb. The target sequences up to about 5 kb were successfully and exclusively amplified by PCR using extracted DNA as the template. In addition, the DNA extraction was finalized within 1.5 h. Thus, we conclude that this two-step extraction method is an effective and improved protocol for extraction of genomic DNA from microbial samples.     

一种适用范围广的总RNA提取方法

介绍一种RNA提取方法,该方法以SDS、氯仿和Tris苯酚为主要提取试剂,以LiCl和乙醇为RNA沉淀试剂。分别以柽柳(木本植物)、星星草(草本植物)、天牛（昆虫）、酿酒酵母和白腐菌（真菌）为RNA提取材料,用该方法成功地提取出了它们的总RNA。获得的RNA条带清晰,A₂₆₀/A₂₈₀ 在1.8以上。通过对LiCl和乙醇沉淀RNA的效果分析表明,该方法可在10 min内完全沉淀RNA,同时也可以同时获得纯度较高的DNA。提取的RNA质量可满足cDNA文库构建,基因芯片探针标定和RT-PCR等对RNA质量要求较高的分子生物学操作,说明这是一种应用范围广的RNA提取方法。     

A simple method of genomic DNA extraction suitable for analysis of bulk fungal strains

Aims: A simple and rapid method (designated thermolysis) for extracting genomic DNA from bulk fungal strains was described. Methods and Results: In the thermolysis method, a few mycelia or yeast cells were first rinsed with pure water to remove potential PCR inhibitors and then incubated in a lysis buffer at 85°C to break down cell walls and membranes. This method was used to extract genomic DNA from large numbers of fungal strains (more than 92 species, 35 genera of three phyla) isolated from different sections of natural Ophiocordyceps sinensis specimens. Regions of interest from high as well as single‐copy number genes were successfully amplified from the extracted DNA samples. The DNA samples obtained by this method can be stored at ?20°C for over 1 year. Conclusions: The method was effective, easy and fast and allowed batch DNA extraction from multiple fungal isolates. Significance and Impact of Study: Use of the thermolysis method will allow researchers to obtain DNA from fungi quickly for use in molecular assays. This method requires only minute quantities of starting material and is suitable for diverse fungal species.