西藏小型猪细胞色素b基因序列的比较

目的对西藏小型猪Cyt b-基因序列进行分析,研究其遗传背景及其与国内家猪的亲缘关系。方法提取西藏小型猪和巴马小型猪、贵州香猪、五指山猪的全基因组DNA,设计引物扩增Cyt b基因,测序后进行碱基序列比对,建立亲缘关系树,分析西藏小型猪的遗传背景。结果西藏小型猪等国内部分品种猪的Cyt b基因序列与欧洲猪相比有14个变异位点;但是西藏小型猪与国内品种猪相比存在两个特殊碱基位点即在420位点T→C转换的同时在883位点存在G→A转换。结论西藏小型猪与巴马小型猪、贵州香猪、五指山猪等国内家猪有很近的亲缘关系。同时进一步证实西藏小型猪群体内存在一定的遗传分化。     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

巴马小型猪群体遗传结构的随机扩增多态DNA分析

目的分析巴马小型猪的群体遗传结构。方法应用经过筛选的 ３１条引物对巴马小型猪个体基因组ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ扩增,利用从ｉｎｔｅｒｎｅｔ网上下载的软件ＲＡＰＤ ｉｓｔａｎｃｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｖｅｒ－ｓｉｏｎ１．０４软件对实验结果进行分析,计算不同个体间的相似系数。结果经ＲＡＰＤ反应,共扩增出２７５条带,其中多态性带８５条,多态性带频率在０～６６．７％之间,平均为２７．７％。不同个体猪拥有的ＲＡＰＤ条带具有差异,但拥有相同条带个体猪比率较高。该群体猪的相似系数（Ｆ）为０．９２８（０．７８～０．９７）,平均等位基因频率（ｑ）为０．７３２,最低平均杂合率（Ｈ）为０．２８６。结论巴马小型猪个体具有较好的遗传一致性和遗传稳定性。     

贵州小型香猪基因组DNA的AFLP检测研究

报道了AFLP标记在研究贵州小型香猪遗传多性方面的应用和该品系猪个体基因组DNA的AFLP扩增结果,分析了贵州小型香猪的群体遗传结构。实验应用10条AFLP引物,用PstⅠ酶切,对17头猪基因组DNA进行AFLP反应,共获得116个AFLP标记,单引物获得的标记数在2－22间,贵州小型香猪群体相似系数AFLP研究结果为0．866（0．760－0．967）,该研究为贵州小型香猪的遗传稳定性提供了相关的参数,准确评价尚待和其它品种猪对研究后确定。     

西藏小型猪的线粒体DNA控制区分析

目的研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪的亲缘关系。方法扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪进行比较。结果西藏小型猪线粒体DNAD-loop区分三个区域。串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29个10 bp的重复片段,分为A、B两种类型。D-loop 3′端340 bp,与国内其他猪的序列相同比较保守;5′端704 bp,共有22个变异位点。由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有两种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%。根据三个转换位点：305、500、691,将西藏小型猪分成了两组,几乎与串联重复序列所分的A、B两组类型相对应。与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有一个类型。结论西藏小型猪可能有两个母系祖先并且与我国西南地区的品种猪有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5′端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。     

巴马小型猪与贵州小型香猪遗传多样性的RAPD分析

应用经过筛选的31条引物对巴马小型猪和贵州小型香猪的基因组DNA进行RAPD扩增,分析二品系实验用小型猪的遗传多样性.两品系实验用小型猪品系内及品系间多态性位点的百分数分别为30.9%和25.7%,品系间及品系内的平均遗传距离分别为0.120、0.072和0.067.结果表明,两品系实验用小型猪品系间及品系内遗传多样性贫乏,遗传变异较小.     

用RAPD标记中国小型地方猪品种的遗传多样性

在我国大型品种猪肉全部占领市场和改变肉食品结构的今天,我国地方品种的小型猪家畜资源显得十分宝贵,诸如香猪、滇南小耳猪、五指山猪、藏猪等,特别对它们的分子遗传研究就更是迫近眉梢。目前华中农业大学动物科技学院动物分子生物学与育种实验室樊斌博士等8位专家教授采用随机扩增多态DNA(Randomamplified palymorphic DNA,RAPD)法,在周俊玲等和刘德武等人对其他猪遗传变异的检测与分析和猪群体结构的基础上,采集了4种小型猪、二花脸猪和杜洛克猪的血液样品,应RAPD进行检测,所得数据进行统计分析并制成品种间NJ聚类图。樊斌博士选…     

西藏小型猪IGF-1基因的克隆测序分析

目的克隆西藏小型猪的肝脏组织中的IGF-1基因的c DNA序列,并与Pubmed中查询到的猪c DNA进行比对分析。方法提取了西藏小型猪肝脏组织的总RNA,应用RT-PCR技术扩增了IGF-1基因的c DNA序列,将扩增出的片段克隆到p MD18-T载体上,构建重组质粒p MD18-T-IGF-1,进行测序分析。结果克隆出西藏小型猪肝脏组织中的IGF-1的c DNA序列,获得了大小为567 bp长的片段,编码了186个氨基酸,与Pubmed中查询到的猪(NM_214256.1)的IGF-1基因高度同源,比对序列发现,在440、455 bp处发生了G→A、C→T的突变,该位点的突变引起相应编码氨基酸的变化,分别由组氨酸变成了精氨酸、亮氨酸转变成了丝氨酸。结论为西藏小型猪的生长发育机制研究提供了分子学依据。两个位点的突变引起的氨基酸的改变是否是导致西藏小型猪矮小的原因,需要进一步论证。     

贵州小型香猪基因组DNA的AFLP检测研究

报道了AFLP标记在研究贵州小型香猪遗传多态性方面的应用和该品系猪个体基因组DNA的AFLP扩增结果,分析了贵州小型香猪的群体遗传结构.实验应用10条AFLP引物,用PstⅠ酶切,对17头猪基因组DNA进行AFLP反应,共获得116个AFLP标记,单引物获得的标记数在2～22间,贵州小型香猪群体相似系数AFLP研究结果为0.866(0.760～0.967),该研究为评价贵州小型香猪的遗传稳定性提供了相关的参数,准确评价尚待和其它品种猪对比研究后确定。 Abstract:We reported the application of AFIP markers to detect genetic polymorphic loci in Guizhou miniaturc pig and their amplified AFLP results.Their genetic construction Of the population was also analysed.TenAFLP primers were used,genomic DNAs from 17 pigs were restrictive by pst I,116 AFLP markers were obtained,the obtaining marker numbers of individual primer were between 2~22.The results indicate as the following:(1)AFLP marker is suitable for analysing genetic polymorphism in pig;(2)The similarty index of population in Guizhou miniaturc pigs was 0.866(0.760~0.967).The study provides a uscful parameter with appraise genetic stability of Guizhou miniature pigs.     

中国农大小型猪胰淀素基因部分未知序列扩增与分析

目的扩增中国农大小型猪IAPP基因序列,分析其序列结构特点。方法提取中国农大小型猪血液基因组DNA,设计3对特异性引物进行PCR扩增,产物鉴定、测序和同源性比对分析。结果成功扩增出中国农大小型猪IAPP基因的1028bp的序列。结论经同源性比对分析显示,中国农大小型猪与人的IAPP基因的同源性为77%。     

西藏小型猪H-FABP基因的PCR-RFLP研究

目的研究西藏小型猪心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因5’-上游区和第二内含子内的遗传变异。方法应用PCR-RFLP技术测定30头西藏小型猪H-FABP的基因型。结果（1）在5’-上游区的Hinf I-RFLP位点上,西藏小型猪表现出多态性,等位基因h的频率为0．80;（2）在在第二内含子内的Hae Ⅲ-RFLP位点上,西藏小型猪均为DD纯合子;（3）在第二内含子内的Hinf I＊-RFLP位点上,除一头猪表现为bb基因型外,其余猪都表现为BB基因型,等位基因B的频率为0．97;（4）除Hae Ⅲ-RFLP位点外,在其余位点上西藏小型猪均处于Hardy-weinberg不平衡状态。（5）在Hinf I-RFLP中,西藏小型猪表现为中度多态性（0．25〈PIC〈0．5）,而在其他位点的RFLP中表现为低度多态（PIC〈0．25）。结论可以利用西藏小型猪H-FABP基因5’-上游区的多态遗传标记来分析其与肌内脂肪的关系。     

西藏小型猪心脏、呼吸系统组织学观察

目的积累西藏小型猪心脏和呼吸系统的组织学资料,对西藏小型猪在相关生物学研究上的应用提供参考。方法将西藏小型猪心脏和呼吸系统各脏器固定于10％中性甲醛溶液中,常规石蜡切片,HE染色,光镜下观察。结果西藏小型猪心脏壁厚,心内膜下浦肯野纤维粗,束细胞大而清晰,排列规则;心肌纤维粗大,排列紧密,横纹较模糊,润盘少且不清楚,肌间血管丰富;心外膜较厚。西藏小型猪鼻黏膜较厚;气管和支气管假复层柱状纤毛上皮排列紧密,纤毛粗而长,黏膜下腺体量少;肺支气管周围无炎性细胞浸润,肺泡腔内尘细胞极少,肺泡壁和肺间质血管较丰富。结论西藏小型猪心脏、呼吸系统表现出高原动物组织学特点,其这种特点对今后西藏小型猪实验所涉及的组织学判断有重要参考价值。     

西藏小型猪肾脏应用组织学特点

目的研究西藏小型猪肾脏的组织结构,为其在生物医药领域中的应用提供形态学依据。方法取西藏小型猪肾脏标本投入10%中性福尔马林溶液固定24 h以上,修块,冲洗,脱水,透明,包埋,常规石蜡切片,HE染色,光镜观察拍照。结果西藏小型猪的肾与人肾一样呈长而扁的菜豆形,是表面光滑的多乳头肾,肾的表面有致密的结缔组织构成的被膜,肾实质可分为皮质和髓质,由数百万个肾单位和泌尿小管组成,其间由少量结缔组织、血管和神经等构成肾间质。结论西藏小型猪的肾脏结构比犬和猴更接近于人类,在异种器官移植、药物临床前安全性评价等生物医药领域中具有重要应用前景。     

Phylogenetic analysis of Tibetan mastiffs based on mitochondrial hypervariable region I

Recently, the number of Tibetan mastiffs, which is a precious germplasm resource and cultural heritage, is decreasing sharply. Therefore, the genetic diversity of Tibetan mastiffs needs to be studied to clarify its phylogenetics relationships and lay the foundation for resource protection, rational development and utilization of Tibetan mastiffs. We sequenced hypervariable region I of mitochondrial DNA (mtDNA) of 110 individuals from Tibet region and Gansu province. A total of 12 polymorphic sites were identified which defined eight haplotypes of which H4 and H8 were unique to Tibetan population with H8 being identified first. The haplotype diversity (Hd: 0.808), nucleotide diversity (Pi: 0.603%), the average number of nucleotide difference (K: 3.917) of Tibetan mastiffs from Gansu were higher than those from Tibet region (Hd: 0.794; Pi: 0.589%; K: 3.831), which revealed higher genetic diversity in Gansu. In terms of total population, the genetic variation was low. The median-joining network and phylogenetic tree based on the mtDNA hypervariable region I showed that Tibetan mastiffs originated from grey wolves, as the other domestic dogs and had different history of maternal origin. The mismatch distribution analysis and neutrality tests indicated that Tibetan mastiffs were in genetic equilibrium or in a population decline.     

喜马拉雅旱獭线粒体DNA控制区遗传多样性及系统发育

喜马拉雅旱獭是青藏高原的优势种,数量多、分布广,全面了解其遗传背景对该地区旱獭资源的保护与合理利用具有重要的意义。本研究以青藏高原云南、西藏和青海三省区共13个地理种群计258只旱獭为研究对象,PCR扩增获得线粒体DNA控制区基因部分序列(887 bp),并运用种群遗传学方法进行遗传多样性分析。结果显示:258份样品共发现了84个变异位点(9.40%),定义了68种单倍型,其单倍型多样性(h)平均值为0.968±0.003、核苷酸多样性(π)平均值为0.017 25±0.016 37,种群总体遗传多样性较高。AMOVA方差分析显示13个地理种群间存在着明显的遗传分化(Fst=0.620 67,P<0.001),种群间基因交流多数较低(Nm<1)。基于单倍型构建的系统发育树中13个地理种群的喜马拉雅旱獭聚为两支,其中来自青藏高原西南地区(西藏安多、青海格尔木、青海囊谦、云南迪庆)的18个单倍型聚成一个大的分支(A支),其余50个单倍型聚为一个大的分支(B支),在NETWORK网络图中也可见到相似网络拓扑结构。研究结果显示青藏高原喜马拉雅旱獭种群以唐古拉山脉为界分为两个大的种群,说明地理隔离是影响喜马拉雅旱獭种群动态变化的主要因素。     

西藏栽培大麦的遗传多样性中心

 以西藏3 204份栽培大麦(Hordeum vulgare)地方品种为材料,运用群体遗传学的原理与方法,研究了西藏栽培大麦遗传资源的数量、遗传多样性指数和综合变异系数及其生态地理分布特征。结果表明：1) 28°～30° N×88°～94° E的藏中地区栽培大麦资源分布广泛,遗传多样性丰富,综合变异系数高;2) 30°～31° N×96°～98° E的藏东横断山脉地区栽培大麦资源、遗传多样性和综合变异系数次之。并据此提出西藏栽培大麦的遗传多样性中心及其多样性扩散方式。     

西藏野生油菜种群间角果趋同生长格局研究

西藏地处我国西南边陲,素有"世界屋脊"和"地球第三极"之称。由于地质史独特,地形地貌复杂,气候带全,土壤类型繁多,野生植被多样,凡此种种,西藏油菜生境具有全球最典型的立体生境特色,其生态环境千差万别,堪称全球之最,独特而复杂的油菜生境,产生了丰富多样的野生白菜型油菜(Brassica Campestris)和野生芥菜型油菜(Brassica juncea)遗传资源。本文根据植物种群的构件理论,采用大样本取样方法,对西藏野生白菜型油菜和野生芥菜型油菜分枝进行了角果种群统计的生长分析。结果表明,西藏野生白菜型油菜和野生芥菜型油菜一级分枝的角果数、角果生物量、角果生物量比例均呈现Peel-Reed模型变化规律,角果宽度与角果长度之间的生长关系均呈现Yield Density模型变化规律,显示出角果种群形成与生长过程的趋同生长格局与物质分配策略。     

Conservation of the Lake Kasumigaura population of Nymphoides indica (L.) Kuntze based on genetic evaluation using microsatellite markers

We compared the genetic diversity of the Lake Kasumigaura population of Nymphoides indica with that of pond populations in Hyogo and Kagawa Prefectures, which are thought to maintain high genetic diversity, to elucidate the current genetic diversity and occurrence of distinctive alleles in the Lake Kasumigaura population. The genetic diversity, as measured by the mean number of alleles per polymorphic locus, effective number of alleles per locus, mean observed heterozygosity, mean expected heterozygosities, total gene diversity, and number of multilocus genotypes was lower in the Lake Kasumigaura population than in the Hyogo and Kagawa populations. In addition, the inbreeding coefficient suggests that random mating does not occur in the Lake Kasumigaura population. The degree of genetic differentiation between the Lake Kasumigaura population and the Hyogo and Kagawa populations suggests that the Lake Kasumigaura population is largely genetically distinct. We found five genotypes in the Lake Kasumigaura population that were absent from the Hyogo and Kagawa populations. These results demonstrate that the Lake Kasumigaura population is an important component of the overall genetic diversity of N. indica in Japan.     

陕西渭南地区汉族人群17个Y-STR基因座多态性及遗传关系分析

调查陕西渭南地区汉族群体17个Y-STR基因座的多态性,探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用Y-fi ler荧光标记复合扩增系统,对413名陕西渭南地区汉族无关男性个体17个Y-STR基因座进行复合扩增,用ABI3130遗传分析仪进行基因分型,计算各基因座的群体遗传学参数,并结合已经发表的其他10个群体相应基因座的单倍型资料,分析各群体间的遗传距离。413名陕西渭南汉族个体共检出405种单倍型,其中397种单倍型仅出现1次,单倍型多样性达0.9999,基因多样性(GD)为0.4130(DYS391)~0.9734(DYS385a/b),累计GD值为0.9999。遗传距离分析提示,陕西渭南汉族与辽宁满族的遗传距离最小(0.00110),与青海藏族的遗传距离最大(0.22333)。结果表明,17个Y-STR基因座在陕西渭南汉族群体中具有丰富的遗传多态性和较高的非父排除能力,在法医学和人类群体遗传学研究中具有重要价值。