分子系统学在真菌分类命名中的应用与进展

真菌分子系统学以分子生物学、遗传学和生物信息学为手段,以分子水平对真菌进行种属识别,与传统的表型分类系统相比,更为可靠、高效,极大地推动了真菌分类学的发展。因此,真菌分类学正处于一个划时代的转变时期,即由表型分类向基因型分类的转变,以形态学为基础的种属概念向以分子系统学为基础的种属概念转变。综合论述了分子系统学在真菌分类和命名中的应用,并介绍近年来真菌分类和命名方面的变化和进展,供国内科研和临床工作者参考。     

真菌分类技术的进展

真菌分类技术的进展刘钢,周与良（南开大学微生物系,天津３０００７１）真菌的亲缘关系或系统性的研究是建立生物资源预期价值信息存取系统不可缺少的内容。真菌分类学也是进行真菌遗传学、种群学以及流行病学研究的基础。两个世纪以来,真菌分类一直是以形态学为主。但...     

植物内生真菌研究的应用潜力分析

近年来 ,有关植物内生真菌的研究发现 ,内生真菌能产生许多具有潜在经济价值的代谢产物 ,并且在分类学、生物防治等方面都有一定的应用价值。这表明 ,植物内生真菌的研究具有重要的意义     

中国大型真菌红色名录评估中存在的问题及今后的对策

2018年5月22日国际生物多样性日, 生态环境部和中国科学院联合发布了“中国生物多样性红色名录——大型真菌卷”, 对9,302种大型真菌的受威胁现状进行了评估。根据大型真菌的生物学特性, 此次评估还对IUCN红色名录评估等级标准体系进行了适当调整。本文总结了评估过程中发现的问题: (1)部分物种的分类学地位存在争议, 缺少汉语学名; (2)大量物种的地理分布、种群数量及动态变化等信息缺乏; (3) IUCN的部分评估标准在大型真菌中难以使用; (4)物种的受威胁因素不明确, 缺乏科学定量的分析。针对以上问题, 我们建议: (1)加强真菌分类学研究, 按命名规范拟定物种的汉语学名; (2)加强大型真菌的资源调查, 对重要物种和多样性热点区域进行长期定点监测; (3)引入物种分布建模等定量分析方法, 完善IUCN的评估标准, 使之更适用于大型真菌的评估; (4)鼓励公众参与, 建立交流互动平台, 扩大红色名录工作的影响, 加强大型真菌多样性保护。     

兰科植物共生胶膜菌:分类学、多样性、专一性和适应性

兰科植物与丝核菌类真菌,包括胶膜菌科、角担菌科和蜡壳菌科等形成菌根共生体。胶膜菌科真菌作为最广泛分布的共生菌根真菌,表现出与兰科植物的协同进化与密切关系。除了形态学特征分析和比较外,分子技术促进了兰科植物胶膜菌的分类学和多样性研究。兰科植物与胶膜菌的特异性可能限制兰科植物的分布和移栽后的生存能力,但有些兰科植物与胶膜菌的共生关系会因为地理分布或环境变化进行调整,使植物更好地生存,这种适应性为实现无菌苗菌根化来促进兰科植物的迁地保护或繁殖提供可能。本文综述了兰科植物共生菌根真菌胶膜菌在分类学、多样性、特异性和适应性等方面的研究。     

我国丛赤壳类真菌分类研究

丛赤壳类真菌是具有经济重要性的生物类群。该文回顾了我国该类分类研究的简史,概述近年来取得的相关研究进展,揭示我国该类真菌的物种丰富程度,展示建立在分类学基础上的真菌DNA条形码探索以及分子系统学研究成果,表明资源和分类研究与真菌天然产物研究联手的新发现。     

虫霉真菌分类系统名录

虫霉真菌是低等真菌的重要成员,目前包含280余种,多为节肢动物的专性寄生真菌,少数腐生于土壤和枯枝落叶。本文在Humber发表的虫霉真菌分类框架上,结合近期发表的虫霉真菌分类单元,对该类真菌分类系统名录进行更新,介绍了1门、3纲、3目、10科和25属的分类学特征,并对当前虫霉真菌分类存在的问题进行了总结和展望。     

基因组学时代的真菌分类学:机遇与挑战

真菌物种的形态特征有限,加之形态滞后和形态可塑性,仅靠外部形态、内部结构及生理生化指标,很难把握真菌的系统亲缘。应用DNA测序、基因组测序、比较基因组学及生物信息学等技术,研究人员可以快速识别真菌演化中出现的数量众多的单系支系,为建立各分类等级的新分类单元提供有力证据,为真菌分类学研究带来了新的希望和活力。自2000年以来,在真菌界至少发表了1新亚界、4新门、7新亚门、19新纲、9新亚纲、40余新目等高级分类单元。近3年来,我国发表了20余个真菌新属,其中绝大多数属的建立都有分子证据支持。可以预见,大量的新种、新属、新科乃至更高级分类单元将会在今后10年内持续发现和建立。这必将大大促进真菌分类学的发展,完善现有的真菌分类系统。我们应该顺势而上,利用我国丰富的真菌资源,为真菌分类学的发展做出应有贡献。与此同时,真菌分类学也面临着十分严峻的挑战。挑战主要来自3个方面,一是研究变得越来越综合,不但需要有相应的研究经费支持,而且要求从事该领域的研究人员技术更全面、知识更广博及知识更新速度更快捷;二是新物种描述进度偏慢,远远不能满足人们对物种认识和利用的日益增长的需要;三是研究人员亟需创新研究模式,以新技术、新思路、新机制来构建新的真菌分类学,加速新物种的发现和描述进度,最终为社会进步和科学发展服务。     

欢迎订阅《菌物学报》

《菌物学报》(曾用名《真菌学报》《菌物系统》,英文刊名Mycosystema)是北大核心、中信所核心、CSCD核心、武大核心(A类)期刊、第四届中国精品科技期刊。报道内容包括菌物多样性、系统分类学、起源与进化、菌物区系地理学、生态学、遗传学、生理学、生物化学、濒危菌物物种保护生物学以及食药用真菌、有毒真菌、真菌毒素、人类病原真菌、植物病原真菌、兽医真菌、互惠共生菌物等方面的研究论文、简报和综述。     

欢迎订阅《菌物学报》

《菌物学报》(曾用名《真菌学报》《菌物系统》,英文刊名Mycosystema)是北大核心、中信所核心、CSCD核心、武大核心(A类)期刊、第四届中国精品科技期刊。报道内容包括菌物多样性、系统分类学、起源与进化、菌物区系地理学、生态学、遗传学、生理学、生物化学、濒危菌物物种保护生物学以及食药用真菌、有毒真菌、真菌毒素、人类病原真菌、植物病原真菌、兽医真菌、互惠共生菌物等方面的研究论文、简报和综述。     

丛枝菌根真菌分类最新进展

近10a来,随着分子生物学技术在丛枝菌根(arbuscularmycorrhiza,AM)研究中的应用,AM真菌分类学得到迅速发展。重点介绍AM真菌的最新分类系统,并对其发展简史作一简单回顾。     

菌物分类学研究中常见的物种概念

物种是生物多样性与分类学研究的基本单元, 物种识别是生物学研究的基本问题之一。物种的划分一直以来都没有一个明确统一的标准, 这使得分类学多少带有主观的色彩, 并经常被看作艺术而不完全是科学的研究。本文简要概述了菌物分类学研究中常见的3个物种概念, 即形态学种、生物学种和系统发育学种的背景和应用现状, 并通过实例讨论了这3个物种概念的特点及应用中存在的问题, 特别是各个物种概念之间的交错, 以期为菌物分类学研究和物种概念探讨提供参考。     

中国菌物分类学和多样性研究的历史与现状概况

我国菌物分类学研究始于20世纪初,经过百余年的不断探索和发展,取得了丰硕的成果,并逐渐走进世界前列。本研究通过对世界菌物名称信息库Fungal Names进行数据统计,对发现自中国的菌物新物种和中国学者发表菌物新分类单元等数据开展分析,从中揭示中国菌物分类学的历史和发展趋势。过去,一共有2 214位中国学者参与发表了15 626个菌物新分类单元,包括 3个新纲、27个新目及亚目、117个新科及亚科、769个新属及亚属、11 100个新种、322个新种下单元和3 288个新组合。在全球已知的菌物物种中,自中国发现的新物种有10 233种,隶属于 3界13门44纲174目572科2 379属,占全球已知物种多样性的6.84%,居世界第二位。地理分布上,我国西南地区(云南、四川、贵州、西藏)和低纬度的热带、亚热带地区(中国台湾、广东)发现的新物种最多。根据每年发现的新分类单元数量趋势和命名作者的构成,可将中国菌物分类学的发展历史分为五个阶段：外人在华采菌及研究(1750s-1929)、中国菌物分类学起步(1930-1949)、新中国菌物分类学早期发展(1950-1977)、全国性菌物标本采集与研究(1978-2010)、走进世界前列(2011至今)。本研究对每个发展时期的分类学概况和重要历史事件进行了总结和回顾,通过上述综述性研究,有助于系统地了解中国菌物分类学不同阶段的发展趋势和研究概况,为学科当下和未来的发展提供参考。     

中国东北地区木材腐朽菌的多样性(英文)

对中国东北地区木材腐朽菌资源研究进行了总结,给出了每种木材腐朽菌的寄主和在东北的分布。目前中国东北地区共记载木材腐朽菌504种,其中300种为多孔菌,204种为革菌,57种为林木病原菌,69种为药用菌。梨多年卧孔菌Perenniporia pyricola和北方赖特孔菌Wrightoporia borealis为新种,对它们进行了描述和绘图。对所有名称按最新命名法规(维也纳法规)进行了订正。     

利用RAPD标记构建木耳属种间关系的研究

摘 要: 利用RAPD标记以银耳属的2个种为外类群研究了木耳属8个种的分子系统发育关系。根据UPGMA 构建的树状图结果表明木耳属(Auricularia)和银耳属(Tremella)分别为单一的分类单元。木耳属的8个种被分成3个明显不同的组,第一组包括盾形木耳(A.peltata Lloyd)和角质木耳(A.cornea Spreng.),第二组包括所有供试的黑木耳(A.auricula Underw.),第三组包括皱木耳(A.delicata Henn.)、琥珀木耳(A.fuscosuccinea Farl.)、毛木耳(A.polytricha Sacc.)、大木耳(A.maxima Y. R. Guo)和网膜木耳(A.reticulata L. J. Li)五个形态种。种间发育关系表明角质木耳和毛木耳应是两个不同的种而非同种异名,子实体横切面中髓层的有无并不表明不同种间亲缘关系的远近。     

分离自杭子梢等3个宿主的根瘤菌的表型分析*

对86株分离自杭子梢、决明和菜豆的根瘤菌及20株已知参比菌进行了数值分类和全细胞蛋白SDS-PAGE的表型分析。在数值分类聚类中,所有供试菌在68％的相似性水平上分为两群。群I为快生和中侵生根瘤菌,群Ⅱ为慢生根瘤菌。群I在85％的相似性水平上又可分为3个亚群,群Ⅱ在76％的相似性水平上分为3个亚群。蛋白电泳结果表明,群I在68％的相似性水平上,分为4个亚群,其中亚群1和亚群2相当于数值分类中的亚群1,亚群3和亚群4与数值分类中的亚群2和亚群3相对应;群Ⅱ在59％的相似性水平上分为3个亚群,分别与数值分类中的亚群3、亚群1和亚群2大致对应。这说明两种方法在分类上得到的结果比较接近。正在通过进一步的实验确定两种方法一致的未与已知菌株聚在一起的亚群的分类地位。研究结果还表明,三种宿主的根瘤菌存在着多样性。     

寄生真菌与百合科寄主分类学关系初探

将寄生在百合科上11个属的真菌列成图谱,发现霜霉目（Peronosporales)只寄生葱属（Allium),小煤炱目（Meliolales)只寄生菝葜属（Smilax)。结果显示,葱属和菝葜属之间以及与其他9个属之间的亲缘关系均比较远,这与哈钦松分类系统相吻合,这对有较高经济价值的百合科的分类提供了重要佐证。     

植物病原棒形细菌的分类研究进展

植物病原棒形细菌从棒杆菌属中独立出来之后,对于其中各菌分类地位的确立一直有较多争议。近年来已分别归入棒形杆菌属（Clavibacter）、短小杆菌属（Curtobacterium）、节杆菌属（Arthrobacter）、红球菌属（Rhodococcus）和拉氏杆菌属（Rathayibacter）5个属中。但此后又有人提出有些属中仍有异质性。这些分类上的变化主要是由于分类手段逐渐由传统的形态学分类方法向分子生物学方法和多相分类法过度。新的方法还在不断的完善之中。此外,植物病原棒形细菌分类系统的完善还有赖于植物病理学和微生物学家等多学科科学家的合作。     

真菌紫杉醇/烷研究近况

紫杉醇（Taxol?）是天然抗癌药物,已在临床上广泛使用,市场需求量大,由于生产原料的制约,供需之间存在巨大缺口,价格仍然昂贵。利用真菌发酵生产紫杉醇是解决药源的一条新途径。对产紫杉醇内生真菌的多样性,紫杉醇真菌的采集鉴定、真菌紫杉醇提取和测定的一些经验,紫杉醇真菌分子生物及生物合成代谢研究进展等进行了综述。