合肥野生动物园东方白鹳的保护遗传学初步研究

研究选用EEO.6基因和线粒体DNA控制区(D-loop)作为分子标记,用于合肥野生笼养东方白鹳的性别鉴定和遗传多样性检测.研究中成功地鉴定了东方白鹳成体和幼体的性别,并且双引物的引入克服了性别鉴定中假阴性.在合肥野生动物园28个笼养个体中共检测出11种单倍型,其单倍型多样性(h)为0.8598±0.0419,核苷酸多样性(π)为0.01035±0.0058,但单倍型在繁殖个体间分布严重失衡,子一代个体的单倍型主要集中在H1,H2,H3.因此,建议在进行圈养东方白鹳的繁殖管理时,注重提升各单倍型的奠基者作用,以保护笼养群体的遗传多样性.     

气候因子和水位变化对鄱阳湖东方白鹳越冬种群数量的影响

分析了鄱阳湖国家级自然保护区1984—2011年东方白鹳越冬种群动态,探讨了其种群动态与气候和水位变化的相关性。结果表明,1984—2011年,保护区东方白鹳越冬种群数量平均为(1296±177)只,种群年间波动较大,但总体呈显著的线性增长趋势。保护区东方白鹳种群数量动态与鄱阳湖年最低水位、10月份平均水位、12月份平均水位存在显著负相关,这可能与冬季水位增加导致东方白鹳栖息地面积减小和人类干扰强度增大有关;保护区东方白鹳种群数量与越冬期11月份平均最低气温呈显著正相关,东方白鹳主要在11月份到达鄱阳湖,此时适宜的温度可能有利于提高东方白鹳食物资源的可获得性,迅速补充能量,并降低体温调节所需的能量消耗。逐步线性回归分析表明,鄱阳湖区11月份平均最低气温、前一年1月份高水位持续时间、前二年7月份高水位持续时间是保护区东方白鹳种群数量的显著预测因子,共同解释了保护区东方白鹳最大种群数量变化的78.3%。     

四种小鼠肠道微生物DNA提取方法比较

采用异硫氰酸胍(guandine thiocyanate,GITC)法、Tiangen DNA提取试剂盒、Omega DNA提取试剂盒和广泛应用的十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法提取小鼠粪便微生物总DNA,通过比较所提取DNA的浓度和纯度,发现粪便DNA提取试剂盒提取的DNA纯度最高但浓度最低;CTAB法所得的DNA浓度最高但纯度最低;GITC法所得DNA的浓度高于粪便DNA提取试剂盒,纯度高于CTAB法。通过变性梯度凝胶电泳(16S r DNA-PCR-DGGE)指纹图谱分析技术进一步比较了各种提取方法所代表微生物群落的丰富度和多样性。结果表明,GITC法提取得到的DNA所代表细菌的丰富度和多样性显著高于其他3种方法。本实验所建立的GITC法可更全面地反映肠道微生物的多样性和群落结构,是一种较为理想的粪便微生物DNA提取方法。     

农杆菌质粒DNA的间接酶切鉴定

采用常规手段提酶切鉴定法,与普通大肠杆菌质粒小量抽提试剂盒提取农杆菌质粒酶切鉴定法(简称试剂盒法)和农杆菌质粒反导大肠杆菌间接酶切鉴定法(简称间接法)进行对比,发现本试验创新的试剂盒法和间接法可轻松做酶切鉴定,可为农杆菌质粒DNA提取经验不足者参考.     

略论东方白鹳的繁殖分布区域的扩展

东方白鹳(Ciconia boyciana)为远东特有鸟种.体长100～115 cm,体羽白色,初级和次级飞羽黑色,嘴长而厚重强直,脚红色,曾被视为白鹳(Ciconia ciconia)下之一亚种,后分立[1-6].东方白鹳与白鹳的主要区别在于体型明显为大,眼周裸出皮肤粉红色,嘴灰黑色至黑色而非红色.作者介绍何芬奇,男;研究方向:鸟类学.     

天津市浙海科技有限责任公司参与天津北大港东方白鹳去往鄱阳湖放归活动

<正>在天津市野生动物救护驯养繁殖中心的精心呵护下,今年接受救助的国家一级保护动物东方白鹳已具备放归条件。2014年12月12日,天津市野生动物救护驯养繁殖中心将东方白鹳送往江西鄱阳湖进行野外放飞。为观测东方白鹳放飞后的生存状况,工作人员在东方白鹳身上配戴了天津市浙海科技有限责任公司(Tianjin Blueoceanix Technology co.,LTD)自主研发的ANIT-G1001型卫星追踪器,该设备每天能够传送8~20个点(阳光下即能工作),已获得国家专利(ZL 2014 2 0548444.4)。目前此设备已从江西鄱阳湖返回定位信息。天津电视台对本次活动进行了独     

人工饲养东方白鹳繁殖期行为的时间分配

对哈尔滨动物园一对东方白鹳(Ciconiaboyciana)繁殖期行为的时间分配做了观测分析,统计在某个时间单位(如孵化期)及整个繁殖期各行为所占的比例,比较得出东方白鹳因性别、繁殖期阶段等不同因子在行为上产生的差异。结果表明,繁殖期笼养东方白鹳的行为及其时间分配主要为站立(4 9 4% )、繁殖(1 9 7% )、理羽(8 9% )、取食(6 4% )、修巢(5 7% )、打嘴(5 7% )、游走(4 3 % )等几种,各种行为时间分配存在着一定的日节律。繁殖期的不同阶段、不同性别之间行为时间分配存在着一定的差异。     

两种方法制备模板DNA在PCR-SSCP中的应用研究

目的:比较两种方法(DNA试剂盒提取法和FTA卡法)提取的DNA在PCR-SSCP反中的可靠性.方法:用DNA试剂盒从全血中提取DNA和用NaOH方法从FTA卡中提取DNA后,用分光光度计检测两种方法提取DNA的浓度及纯度,进行PCR反应之后,用2％的琼脂糖凝胶电泳检测其质量,接着进行SSCP检测,观测其效果.两种方法提取的样品相同,进行PCR反应和SSCP检测的条件完全一致.结果:用DNA试剂盒提取法和FTA卡法提取的DNA纯度分别为OD260/280=1.817,OD260/280=1.806.48份贵州荷斯坦奶牛DNA后续PCR反应和SSCP的检测结果表明,两种方法提取的DNA用于PCR反应和SSCP检测其效果没有明显差别,成功率为100％.结论:FTA卡结合DNA较稳定,用NaOH法提取DNA效果可靠且比试剂盒方法简便、快捷、经济,值得推广.     

一种快速经济提取革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌基因组DNA的方法

细菌基因组DNA提取是分子生物学技术应用的基础,提取的DNA的质量可直接影响其结果的准确性和精确性。本研究提出了一种快速、经济的适用于多种细菌的基因组DNA提取方法,并比较了本方法与传统酚-氯仿法和试剂盒法提取3种革兰氏阴性细菌和4种革兰氏阳性细菌DNA的效果。结果显示,3种方法均可提取到较完整的基因组DNA(约23 kb)。在DNA纯度上,本法与传统酚-氯仿法无显著差异,略低于试剂盒法,但可满足PCR扩增等分子生物学技术的要求,并且其提取效率高于试剂盒法。在成本方面,本法单个样本的成本仅为试剂盒法的20%,且完成整个实验的时间仅为传统酚-氯仿法和试剂盒的50%(约60 min)。总之,本研究提出了一种快速、经济、适用于G-和G+细菌的基因组DNA提取方法,本法不仅适用于本研究中的各种细菌,对其它革兰氏阴性细菌和革兰氏阳性细菌也具有重要的潜在应用价值。     

基于卫星追踪探讨黄河流域自然保护区对3种水鸟栖息地的保护现状

自然保护区是生物多样性保护的重要形式, 对于迁徙水鸟而言, 它的规划尤为重要。本研究于2016-2018年间在中国、蒙古国和俄罗斯捕捉6只斑头雁(Anser indicus)、5只白琵鹭(Platalea leucorodia)和10只东方白鹳(Ciconia boyciana)进行卫星追踪, 探讨了黄河流域自然保护区对它们栖息地的保护现状。基于4年累积获取的844,592条高频数据, 分析了这21只水鸟在黄河流域活动的时间和利用的土地类型, 并使用核密度法拟合了3种鸟类的家域。结果表明: 3种鸟类均利用黄河流域湿地作为迁徙途中的停歇地, 其中一部分白琵鹭幼鸟利用黄河流域湿地作为度夏地, 一部分东方白鹳利用黄河三角洲湿地作为越冬地; 3种水鸟在黄河流域内的土地利用情况存在差异, 斑头雁对草地(49.0%)、裸地(26.2%)与水体(22.5%)的利用率较高, 白琵鹭对农田(42.1%)、草地(19.8%)和湿地(19.6%)的利用率较高, 东方白鹳对湿地(49.8%)、农田(34.5%)和水体(4.6%)的利用率较高; 斑头雁核心的50%家域被现有保护区完全覆盖, 而白琵鹭和东方白鹳核心的50%家域被现有保护区的覆盖度分别为1.6%和0, 表明后2种水鸟的栖息地极大可能存在保护空缺; 同时对覆盖范围内土地类型自身占比进行分析, 发现3种鸟类对于裸地、草地和农田的利用偏向于被动选择, 而对于湿地和水体的利用表现为主动选择。基于卫星追踪获得的高频数据可以准确反映3种水鸟在黄河流域的停歇情况、土地利用情况及潜在栖息位点。在黄河流域自然保护区的进一步规划中, 应关注白琵鹭和东方白鹳适宜生境的保护状况, 并建立覆盖全面的保护区。     

东方白鹳在山东省适宜栖息地的分布预测

东方白鹳(Ciconia boyciana)隶属鹳形目(Ciconiiformes)鹳科(Cioniidae)鹳属(Ciconia),被IUCN濒危物种红色名录列为濒危(EN),主要繁殖于俄罗斯远东地区与中国东北三江平原,在长江中下游鄱阳湖等沿海内陆湖泊越冬。山东省从2003年开始有东方白鹳繁殖记录,黄河三角洲为该物种在山东省的主要繁殖地。以在黄河三角洲自然保护区收集到的位点数据、物种分布数据库(GBIF)提取的位点数据和山东省环境气候因子为基础数据,基于最大熵(Maxent)模型和地理信息系统(ArcGIS)技术平台,预测东方白鹳在山东省的潜在适生区。结果表明在该物种在黄河三角洲及附近地区存在较集中的高适宜区,庙岛群岛和微山湖地区存在少量高适宜区,高适宜区总面积为1359.27km²;北至河北边界,南至微山县,沿黄河支流至西到达聊城市、菏泽市,存在1893.82km²较适宜区和3955.63km²低适宜区。潜在适宜生境总和为7208.72km²,占比为研究区域的0.89%。新出现的较为集中的较适宜...     

挠力河流域东方白鹳生境质量变化景观模拟

挠力河流域是濒危水禽东方白鹳主要繁殖区域。基于东方白鹳主要生境因子与景观植被类型之间的关系,利用GIS技术,以其生境类型图为基础,通过建立HSI模型,模拟评价了近40年来东方白鹳生境质量变化过程。结果显示（1）该流域湿地面积丧失了87％;（2）两种重要生境类型完全丧失,湖泊数量丧失93％左右,岛状林湿地数量丧失66％;（3）湿地景观的这些变化以及地理隔离导致了东方白鹳最佳适宜生境面积减少了95％,最小繁殖生境面积减少了97％;（4）东方白鹳种群数量迅速下降,20世纪80年代后其繁殖种群逐渐消失;（5）研究也显示,东方白鹳潜在的生境质量使该区依然具有恢复一定种群数量的能力。     

SSCP analysis of pig mitochondrial DNA D-loop region polymorphism

The sequence polymorphism that occurs in the mitochondrial DNA (mtDNA) displacement (D)-loop region is useful as a cytoplasmic DNA marker. We cloned the mtDNA D-loop regions of five breeds of pig by polymerase chain reaction (PCR) and determined their sequences. The sequence diversities in D-loop regions among five breeds of pig were located in the starting area of heavy-strand replication. From these sequences, we designed primers for PCR-mediated single-strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) analysis that amplified the most polymorphic 227 bp fragment of the D-loop region. The results of PCR-SSCP analysis clearly showed that four types of polymorphism (A to D) are found in Landrace (A), Large White (A, B), Duroc (A), Göttingen miniature pig (B) and Meishan (C, D). The same polymorphisms were also detected from each porcine embryo by this method. Our results show that PCR-SSCP analysis is useful in detecting polymorphisms in the D-loop region of pigs and pig embryos.     

浙江省地方鸡种的遗传多样性研究

测定了浙江省5个地方鸡种及来航鸡（对照）线粒体D－环区的部分序列（539bp）,构建了鸡种的分子系统树。在所测序列中共有24个变异位点,变异率为4．45％。结果显示,浙江省地方鸡种分为两支,有两个母系来源,一支为仙居鸡,它和外来品种来航鸡关系较近,有共同的母系祖先。另一支为灵昆鸡、白银耳鸡、乌骨鸡和萧山鸡,它们有着共同的母系祖先,其中灵昆鸡,白银耳鸡、乌骨鸡较近,萧山鸡与此3种鸡关系较远。     

Fecal collection, ambient preservation, and DNA extraction for PCR amplification of bacterial and human markers from human feces

Feces contain intestinal bacteria and exfoliated epithelial cells that may provide useful information concerning gastrointestinal tract health. Intestinal bacteria that synthesize or metabolize potential carcinogens and produce anti-tumorigenic products may have relevance to colorectal cancer, the second most common cause of cancer deaths in the USA. To facilitate epidemiological studies relating bacterial and epithelial cell DNA and RNA markers, preservative/extraction methods suitable for self-collection and shipping of fecal samples at room temperature were tested. Purification and PCR amplification of fecal DNA were compared after preservation of stool samples in RNAlater (R) or Paxgene (P), or after drying over silica gel (S) or on Whatman FTA cards (W). Comparisons were made to samples frozen in liquid nitrogen (N2). DNA purification methods included Whatman (accompanying FTA cards), Mo-Bio Fecal (MB), Qiagen Stool (QS), and others. Extraction methods were compared for amount of DNA extracted, DNA amplifiable in a real-time SYBR-Green quantitative PCR format, and the presence of PCR inhibitors. DNA can be extracted after room temperature storage for five days from W, R, S and P, and from N2 frozen samples. High amounts of total DNA and PCR-amplifiable Bacteroides spp. DNA (34%+/-9% of total DNA) with relatively little PCR inhibition were especially obtained with QS extraction applied to R preserved samples (method QS-R). DNA for human reduced folate carrier (SLC19A1) genomic sequence was also detected in 90% of the QS-R extracts. Thus, fecal DNA is well preserved by methods suitable for self-collection that may be useful in future molecular epidemiological studies of intestinal bacteria and human cancer markers.     

Retrospective Estimation of Genetic Diversity of an Extinct Oriental White Stork (Ciconia boyciana) Population in Japan Using Mounted Specimens and Implications for Reintroduction Programs

The Japanese regional population of the Oriental white stork (Ciconia boyciana) became extinct in 1986. Mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region from 20 mounted specimens preserved at public facilities in Toyooka City, Hyogo Prefecture, Japan and its vicinity (n = 17), the area inhabited by the last of the Japanese population, and samples originating from China (n = 3) which were kept at a zoo was analyzed. After extracting DNA from small pieces of skin from mounted specimens, a 1210-bp region of the mtDNA D-loop region was analyzed. The haplotypes among 11 specimens of storks captured or found dead at Toyooka City just before the population became extinct were completely identical. Four haplotypes observed among the mounted specimens preserved in the vicinity of Toyooka City were differentiated from those of captive storks originating from China and Russia in a previous study. Therefore, the last Japanese population might have been a genetically unique group. However, phylogenetic analysis using the maximum likelihood method showed that haplotypes found in the Japanese regional population were closely related to the Chinese and Russian lineages (sequence difference = 2.1%). One mounted specimen collected in 1935 at Izushi village, in the vicinity of Toyooka City, showed the same haplotype as the captive storks from China, suggesting that genetic flow may have historically occurred between the populations of Japan and the continent. Recently, reintroduction for the Oriental white stork has been planned in Toyooka City. The planning for the recovery of extinct populations should not only involve translocation of species to the range from which it disappeared, but also reconstruction of regional populations while considering the genetic lineage between the extinct and introduced populations.     

广西华珊瑚蛇线粒体基因组全序列测定与分析

本研究对眼镜蛇科广西华珊瑚蛇（Sinomicrurus peinani）线粒体基因组序列进行测定与分析,并探究其与近缘种的系统发育关系。结果表明,广西华珊瑚蛇线粒体基因组是一条全长19 477 bp的环状DNA,基因组碱基构成为A（33.4%）、T（28.1%）、C（26.6%）和G（11.9%）。共编码38个基因,包含2个核糖体RNA（rRNA）基因、22个转移RNA（tRNA）基因、13个蛋白质编码基因及1个线粒体基因控制区（D-loop）。13个蛋白质编码基因均采用AUG作为起始密码子,UAA和UGA作为终止密码子;蛋白质编码基因编码频率较高的氨基酸分别为亮氨酸（Leu）、异亮氨酸（Ile）、苏氨酸（Thr）和丝氨酸（Ser）;相对密码子使用度（RSCU）频率最高的4个密码子依次是CGA、UGA、CUA和CCA。22个tRNA,除tRNASer（一臂两环）外其他均可形成典型三叶草结构。基于眼镜蛇科线粒体基因组系统发育分析结果表明,与广西华珊瑚蛇关系最密切的是中华珊瑚蛇（Sinomicrurus macclellandi）,其次是孟加拉眼镜蛇（Naja kaouthia）与眼镜王蛇（Ophiophagus hannah）。     

中国大鲵幼体的性别分子鉴定与性腺形态

为探明中国大鲵(Andrias davidianus)雌雄幼体的性腺发育特征,确定适合的性别分子鉴定方法,对15尾5月龄和17尾17月龄养殖个体进行形态测量、解剖观察、性腺组织切片及PCR扩增雌性特异DNA片段。结果发现,引物adf225和adf340的扩增效果好,判定5月龄个体8雌7雄;17月龄个体8雌9雄,与依据性腺形态结构区分的结果一致。体视显微镜下5月龄幼体中肾腹侧有两条半透明细条状的原始生殖嵴;组织切片显示生殖细胞形态分化不明显。17月龄卵巢波浪状弯曲,有颗粒感,精巢呈光滑的白条状,形态分化明显;组织切片显示,卵巢分化出体积较大的卵母细胞,同时保留原始卵泡,精巢分化出生精小叶和精原细胞、支持细胞。外形测量显示,5月龄与17月龄性二型不明显,不能根据外形判断性别。本研究确定了大鲵幼体性别分子鉴定的最佳引物,可用于养殖过程中雌雄选配,以节约资源。     

川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。