CD105shRNA对激光诱导的脉络膜新生血管的干预作用及其机制

目的：观察CD105shRNA对激光诱导的大鼠脉络膜新生血管的抑制作用,并初步探讨其作用机制。方法：40只BN大鼠单眼采用半导体激光建立CNV模型。随机取20只大鼠于建模后1天使用Pgenesil-eng2转染大鼠视网膜和脉络膜作为实验组。在建模后第14天行FFA检查,观察实验组与对照组视网膜激光斑的渗漏情况。各取5只实验组和5只对照组大鼠,行脉络膜铺片,检测并比较脉络膜新生血管渗漏面积。另32只BN大鼠任取一眼建立CNV模型,其中任取20只大鼠于建模后次日进行Pgen-esil—eag2转染,作为实验组。12只建模眼作为对照组,未建模眼作为空白对照组。于基因转染后1w,2w,3w和4w各取5只实验组大鼠和3只对照组大鼠眼球,获取每个时间点实验组、对照组和空白对照组的脉络膜组织。检测各组每个时间点CDl05和VEGF在mRNA水平的表达。结果：FFA显示光凝后第14天时,对照组的渗漏率为63．2％,实验组为24．6％。实验组的BN大鼠眼底渗漏点数较对照组少,渗漏强度较弱。两组间比较有显著性差异。脉络膜铺片结果显示：2周时对照组大鼠的CNV面积为（31．22±1．46）×10^3μm2,实验组大鼠的CNV渗漏面积为（14．46±0．82）×10^3μm2,两组间比较有显著性差异。RT—PCR结果显示：实验组VEGFmRNA及CDl05mRNA的表达变化规律与对照组相似,但各个时间点的表达量较对照组均明显下降,其中实验组VEGFmRNA于2w时的表达约为对照组的36．7％;实验组CD105mRNA在第2w时约为对照组的21．68％。结论：通过沉默CD105基因的表达可以抑制大鼠CNV的生成,下调VEGF的表达可能是其作用机制之一。CD105基因有望成为CNV的基础研究热点和临床治疗的新靶点。     

基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

The toxicity test and hypothetical model of Bacillus thuringiensis Cry1Aa helix4

Development of targeted biological agents against agricultural insect pests is of prime importance for the elaboration and implementation of integrated pest management strategies that are environment-friendly, respectful of bio-diversity and safer to human health through reduced use of chemical pesticides. A major goal to understand how Bt toxins work is to elucidate the functions of their three domains. Domains II and III are involved in binding specificity and structural integrity, but the function of Domain I remains poorly understood. Using a Manduca sexta BBMV (brush border membrane vesicles) system, we analyzed its responses to Cry1Aa 15 single-point mutations with altered Domain I helix 4 residues. Light scattering assay showed that toxicity was almost lost in 3 mutants, and we observed significantly reduced toxicity in other 7 mutants. However, 5 mutants retained wild-type toxicity. Using computer software, we simulated the three-dimensional structures of helix 4. Both experimental and bioinform     

粤、闽、贵烟草青枯病菌分离株及其致病力

【目的】从粤、闽、贵3地烟草青枯病株中分离青枯病菌,测定其致病力并探讨判断致病力的方法。【方法】采用氯化三苯基四氮唑(简称TTC)培养基和蛋白质电泳相结合对青枯病菌致病力进行测定,并分析菌株生化型。【结果】已分离出烟草青枯病菌59株,依据致病力进行划分,无致病力菌株5株,有致病力菌株54株。不同致病力菌株蛋白电泳特定条带存在差异。粤、闽、贵3地烟草青枯病菌有致病力菌株均占主导地位,广东有致病力菌株比例略大,福建次之,贵州最小。按生化型划分,59株青枯病菌中1株属于生化型Ⅳ外,其他58株属于生化型Ⅲ或其亚型生化型Ⅲ-1。【结论】烟草青枯病菌致病力存在差异,SDS-PAGE蛋白指纹中的特定条带可作为判定青枯病菌有无致病力的依据。     

EMBOSS和EMBnet

笔者撰写的“EMBOSS软件包序列分析程序实例”一文,已经在《生物信息学》期刊2021年第19卷第1期发表。此文介绍欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite, EMBOSS)。EMBOSS是欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network, EMBnet)于上世纪九十年代末启动的以欧洲国家为主的国际合作项目,是生物信息学领域中较早投入使用的大型开源软件包。本文基于笔者亲身经历,回顾EMBOSS项目的来龙去脉,讲述EMBnet三十多年来的发展历程,及其对生物信息开发、服务和教育培训等方面的贡献,从某个侧面为读者特别是年轻读者展示生物信息学发展早期的一段历史。     

The toxicity test and hypothetical model ofBacillus thuringiensis Cry1Aa helix4

Development of targeted biological agents against agricultural insect pests is of prime importance for the elaboration and implementation of integrated pest management strategies that are environment-friendly, respectful of bio-diversity and safer to human health through reduced use of chemical pesticides. A major goal to understand how Bt toxins work is to elucidate the functions of their three domains. Domains II and III are involved in binding specificity and structural integrity, but the function of Domain I remains poorly understood. Using a Manduca sexta BBMV (brush border membrane vesicles) system, we analyzed its responses to Cry1Aa 15 single-point mutations with altered Domain I helix 4 residues. Light scattering assay showed that toxicity was almost lost in 3 mutants, and we observed significantly reduced toxicity in other 7 mutants. However, 5 mutants retained wild-type toxicity. Using computer software, we simulated the three-dimensional structures of helix 4. Both experimental and bioinformatic analysis showed that residues in Cry1Aa Domain I helix 4 were involved in the formation of ion channels that is critical for its insect toxicity.     

GSDS: 基因结构显示系统

构建了一个用于绘制基因结构示意图的网站系统(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)。用户可提交核酸序列、NCBI核酸序列号或基因外显子位置信息, 得到基因结构示意图; 并可指定在基因结构图上标注某些特定区域。系统允许用户同时输入多个基因, 并指定输出次序和标注区域。结果可用位图和矢量图两种图形格式显示。点击位图格式结果, 可以查看相应序列。系统提供中英文两种用户界面。     

菜花烙铁头核型的初步报道

菜花烙铁头（Ｐｒｏｔｏｂｏｔｈｒｏｐｓｊｅｒｄｏｎｉ）属蝰科（Ｖｉｐｅｒｉｄａｅ）蝮亚科（Ｃｒｏｔａｌｉｎａｅ）原矛头蝮属。本属已知的种均为毒蛇类,且主要分布于中国西部和南部地区以及印度北部。虽然前人（张服基,１９９３）对菜花烙铁头作过形态等方面的研...     

格尔德霉素抑制高致病性禽流感病毒增殖及其所介导炎性反应研究

对高致病性禽流感病毒感染最为有效的治疗应采用抗病毒和抗炎症的联合治疗．本试验用流感病毒H5N1感染不同细胞株(A549细胞和MDCK细胞),采用不同浓度格尔德霉素对病毒感染细胞培养物作用不同时长,检测流感病毒滴度;ELISA检测格尔德霉素作用于流感病毒H5N1感染A549细胞12 h、24 h促炎性细胞因子IFN-α、TNF-α和IL-6水平．结果显示,流感病毒H5N1感染A549细胞和MDCK细胞,格尔德霉素极显著地抑制了流感病毒H5N1在细胞培养物的增殖(P < 0.01),而在病毒感染36 h和48 h,格尔德霉素并没有显著抑制流感病毒在MDCK细胞上的增殖(P > 0.05)．促炎性细胞因子分析结果显示,格尔德霉素在流感病毒感染A549细胞12 h和24 h均显著降低了促炎性细胞因子IFN-α、TNF-α和IL-6的分泌(P < 0.05)．上述实验结果显示,格尔德霉素具有抑制流感病毒H5N1增殖及其所介导的炎性反应的双重效应,为格尔德霉素成为应对流感病毒流行的备选药物提供基础科学依据．     

酵母基因上游区与内含子可能的短程和长程转录协同增效作用

根据实验观察到的DNA成环和弯折机制,以140bp为分界点,探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用（synergy）。用与随机序列做对比的方法,抽提出最近距离在140bp以下的寡核苷酸对,以及最近距离在140bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分,发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110bp以下,位于上游区的CCAA是一个很明显的特征;而长程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离集中在250-400bp,并且在多数寡核苷酸对中,位于上游区的寡核苷酸是GC丰富的正调控元件。