三峡库区银鱼生长特点及资源分析

2006年10月-2007年10月对三峡库区香溪河太湖新银鱼、短吻间银鱼资源以及水体的主要理化因子进行调查,对太湖新银鱼、短吻间银鱼的生长特点进行了比较分析,结果表明:(1)香溪河1-3月多年平均气温为8.4℃,2月份多年平均最低10.8℃,适宜银鱼孵化的最佳温度时间为12月至翌年3月。(2)香溪河pH值全年在7.5-9.0之间变动,大多季节稳定在8.5左右,有利银鱼的繁殖生长。(3)太湖新银鱼5-6 cm规格的个体数量占优势,占总数96.2%;太湖新银鱼、短吻间银鱼的肥满度指数分别为(0.004±0.0004)g/cm³、(0.002±0.0003) g/cm³,两种银鱼的肥满度指数差异显著(P＜0.001)。分析探讨了银鱼的时空分布格局、捕捞强度和渔产量对银鱼种群形成与衰退的影响。结果显示:(1)太湖新银鱼、短吻间银鱼在三峡水库湖北库区的各支流河道均有分布,沿江而上,种群规模逐渐减小,渔获量组成以太湖新银鱼为优势类群。(2)以灯光诱捕为主的扳罾网(网片规格为14.7 m × 14.7 m,网目0.3 cm × 0.3 cm)引入库区,使银鱼种群数量急剧下降,规格组成也发生巨大变化。2006年10月,太湖新银鱼种群主要由体长为50-60、60-70 mm的个体组成,在种群中所占的比例分别为62.3%和20.6%,大于70 mm的个体也占14.7%;2007年10月,种群主要由体长为40-50、50-60、60-70 mm的个体组成,在种群中所占的比例分别为20.2%、61.7%、15.8%,大于70 mm的个体极少见。(3)太湖新银鱼垂直活动范围在10 m以上的水层,受河岸底质的影响,山坡陡峭、浸水坡面主要由岩石构成的河岸水质清澈,银鱼数量较大。     

乔氏新银鱼基于细胞色素b序列的种群遗传结构和种群历史

为促进乔氏新银鱼(Neosalanx jordani)种质资源的保护, 采集了长江流域和淮河流域5个乔氏新银鱼地理种群计129个样本, 利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记, 初步分析了乔氏新银鱼种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态。研究结果共检测到18个Cyt b单倍型, 发现和其他鱼类相比, 乔氏新银鱼具有较高的单倍型多样性(h, 0.590±0.047), 但核苷酸多样性较低(π, 0.00088±0.00011)。分子变异分析(AMOVA)表明, 乔氏新银鱼5个地理种群内个体间和流域内种群间均存在显著的遗传差异, 而长江流域与淮河流域之间遗传分化不明显, 显示乔氏新银鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。结果表明乔氏新银鱼目前的遗传格局主要是由于长距离独立的建群事件、基因流限制以及种群的持续扩张的共同作用而形成的。种群历史动态分析结果显示乔氏新银鱼种群为近期扩张种群, 其大部分变异发生在1.897万年之内, 与最后一次冰期全面消退、海平面上升、长江流域及淮河流域中下游大量湖泊(适宜生境)形成的时间相吻合。建议对现存的乔氏新银鱼种群, 特别是遗传多样性较高的那些种群(如鄱阳湖、太湖及洪泽湖种群)分别保护。     

基于四个线粒体基因片段的银鱼科鱼类系统发育

银鱼科鱼类是我国重要的经济鱼类,但其属间系统发育关系与属、种的界定尚存争议。研究使用线粒体12S/16S核糖体RNA、细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列以及NADH脱氢酶亚基1全长序列重建银鱼科属间的系统发育。结果显示银鱼科鱼类是单系群,白肌银鱼属在银鱼系统发育的基部,"大银鱼属+新银鱼属"、"间银鱼属+银鱼属"形成两个单系亚群,但日本银鱼属的位置没有很好解决。基于COI基因序列计算的"短吻-陈氏-太湖-近太湖新银鱼复合群"种间遗传距离为0—0.19%、"乔氏-寡齿新银鱼复合群"种间遗传距离为0%。整合研究结果与前人形态、分子证据,详细地讨论了银鱼的属、种分类。     

牛山湖两种不同生境小型鱼类的种类组成、多样性和密度

研究了2003年春季浅水草型湖泊牛山湖小型鱼类空间分布（种类组成、多样性和密度等）与生境异质性之间的关系.根据水生植被状况、离岸距离和水深,选择了两种差异较大且有代表性的生境类型,即近岸沉水植物茂密的生境A和远岸沉水植物稀疏的生境B.使用围网（180 m²）在这两种生境中进行小型鱼类的采样,采用多次标志回捕法和Zippin去除法估算了围网内小型鱼类的密度.结果表明,两种不同生境中小型鱼类的种类组成、多样性度量值和密度估算值均存在一定程度的差异：1）生境A中的渔获物由5科14种小型鱼类组成,优势种类为生活在中、下水层的高体鳑鲏、彩副鱊和麦穗鱼;生境B中的渔获物由3科9种小型鱼类组成,优势种类为生活在湖底的子陵吻鰕虎鱼和小黄黝鱼.2）生境A和生境B小型鱼类群落间的Bray-Curtis指数为0.222,结构相似性较低;但二者的物种等级丰度分布则无显著差异,均属于对数级数分布.3）生境A中高体鳑鲏、彩副鱊、麦穗鱼等9种小型鱼类的总密度值为8.71 ind·m^-2,生境B中子陵吻鰕虎鱼、小黄黝鱼等5种小型鱼类的总密度值只有3.54 ind·m^-2.小型鱼类在这两种不同生境中的空间分布差异可能与其逃避捕食、觅食和繁殖等生态习性的生境需求有关,因此,水生植被生境对小型鱼类资源合理开发和多样性保护具有重要意义.     

江湖阻隔对短吻间银鱼空间发生格局的影响

基于2001–2003年长江流域86个水体短吻间银鱼资源的连续调查,本文报道了短吻间银鱼(Hemisalanxbrachyrostralis)在流域尺度上的分布格局和年度动态,分析了其时空分布格局与湖泊面积和隔离因子间的关系,探讨了流域江-湖水网系统破碎化对短吻间银鱼种群结构和动态的影响。结果显示短吻间银鱼仅分布于葛洲坝以下的长江中下游,发生率低(年均21.3%),空间发生格局年度变动频率高,种群稳定性低。调查湖泊内目标种发生率、种群稳定性均与湖泊面积呈正相关关系,而与湖泊隔离系数呈负相关关系;三年的发生格局始终极显著地正相关于湖泊的面积因子,同时负相关于湖泊的隔离因子。表明江湖阻隔所引发的湖泊水面缩减和湖间隔离度增大对短吻间银鱼资源产生了深刻的影响,对其空间格局的形成贡献显著。     

中国银鱼的多样性及其保护对策

中国是世界银鱼（银鱼科Salangidae的简称）的起源地和主要分布区,在中国东部近海和各大水系的河口共分布有世界17种银鱼中的15种,其中特有种6种。银鱼营养价值和经济价值均很高,是重要的经济鱼类。银鱼生活周期短、世代离散、生殖力和定居能力强。作为典型的r对策者,银鱼对环境变化敏感且反应迅速,种群消长快,在漫长的进化过程中形成了其种间食性、生长和繁殖等生物学和生态学特征的丰富的多样性。然而我国的银鱼天然资源却因围湖造田、过度捕捞、环境污染和生境破碎化等多种因素的影响而持续衰退,各种银鱼的天然资源都不同程度地下降,物种分布范围显著缩小,个别物种渐危。本文在综述我国银鱼生物学、生态学和生物多样性研究的基础上,分析了我国银鱼研究及其物种多样性和种质资源保护工作中所面临的问题;呼吁审视银鱼移植增殖的生态效应,加强银鱼的基本生态学研究和生物多样性保护,并提出我国银鱼资源保护和可持续利用的对策。     

长江三峡库区蝶类群落的物种多样性

报道了多样性指数、丰富度和均匀度.各小生境物种丰富度的变化在0～28之间,其下限值的数理分布范围主要在0与5之间,而上限值的分布主要在9、11和12.物种多样性指数的变化范围是：样本间0～4.9285,小生境间0～2.1143,生境类型间0～1.7091和植被型0.9740～1.3143;而物种多样性指数最高的样本（4.9285）在1500～1500m针阔混交林的小生境中,物种多样性指数最高的小生境（2.1143）是1000～1500m阔叶林,物种多样性指数最高的生境类型是阔叶林灌丛（1.4373）,物种多样性指数最高的植被型是灌丛（1.3143）;而灌丛各生境类型的物种多样性指数最高,从1.2773到1.4373;草地居第二位1.0588～1.2402,森林最低,0.8088～0.9618（仅分布在一个海拔梯度的生境类型除外）;就整体有而言,物种多样性指数居前5位的生境类型都是灌丛.可见,三峡库区灌丛是最适宜于蝴蝶繁衍的植被型;完全成片的森林与纯粹的农田均不太适合蝴蝶生存.因环境的复杂性,物种多样性指数的最高值（4.9285）和最低值（0.0）均出现森林植被型,样本间物种多样性指数变异系数最大的也是森林植被型,表明它给蝴蝶生存的影响,也将是最复杂的.海拔高度对物种多样性指数的影响明显,最高的物种多样性指数出现在海拔1000～1500m（1.2363）,最低是2000m以上（0.2536）,但没有显著的规律性.灌丛和森林各个小生境的蝴蝶均匀度与物种多样性的变化趋势基本是一致的,表明这两种植被型内各小生境的物种多样性指数主要受物种均匀度变化的影响;农田和草地两种植被型的物种多样性指数的变化除受均匀度影响外,还较大程度地受物种丰富度的影响.在生境类型的水平上,蝴蝶均匀度与物种多样性指数、丰富度间有着比较复杂的关系.这些结果反映了三峡库区蝶类生存环境的多样性和破碎化,从而影响了蝴蝶分布的丰富度、多样性和均匀性.     

三峡库区丰都江段鱼类早期资源现状

2014 年47 月鱼类主要繁殖季节于三峡库区(重庆丰都县)进行鱼类早期资源调查, 以了解三峡库区鱼类早期资源现状, 四大家鱼在库区是否仍有产卵场等问题。调查共采集到鱼类50 种, 分属5 目9 科。采集时, 卵汛出现在6 月后流速较高的时段, 其中贝氏的数量最多, 占86.24%。仔鱼出现的高峰期为6 月上旬至7 月中旬, 太湖新银鱼的数量最多, 占58.36%, 其次为子陵吻虎鱼, 占27.04%。在仔鱼中, 种类组成呈明显的月份差异, 4 月鲤、鲫占数量优势;5 月太湖新银鱼、子陵吻 虎鱼占数量优势;6 月后鲌亚科、鳅科、鳜等种类开始出现, 种类明显增多。通过估算, 调查期间流经丰都断面的鱼卵总量为4.37108 粒, 四大家鱼鱼卵为0.21107 粒;仔鱼总量为111.98108 尾, 四大家鱼仔鱼为0.21108 尾。通过产卵场的推算, 丰都断面采集的四大家鱼来自涪陵城区江段和三峡库区上游的重庆巴南区至朱沱镇江段的产卵场。通过对卵苗漂流密度的昼夜规律分析, 6 月之前夜间仔鱼密度显著高于白天, 而6 月后仔鱼昼夜漂流密度无显著差异。本研究表明, 从三峡库尾进入三峡水库的鱼类早期资源丰富, 大部分鱼类繁殖发生在6 月以后水温较高、入库流量大、库区流速较高的时段, 库尾部分江段在流速较高时期, 仍存在四大家鱼的产卵场。       

亚高寒草甸植物群落的中性理论验证

 该文以物种组成较为复杂的青藏高原东部亚高寒草甸为背景,结合最新的群落中性理论,以解释亚高寒草甸草本植物群落的物种分布格局和生物多样性的维持机制。通过对阴坡、阳坡和滩地3个生境进行随机取样调查,用中性模型对所得多样性数据进行拟合,并分别应用置信区间检验、拟合优度检验和多样性指数检验3种方法对拟合效果进行检验。研究结果表明,在拟合优度检验中,3个生境中中性理论预测和实际物种多度分布之间没有显著差异(p>0.05);实际观测值基本全部落入模型预测分布的95%的置信区间之内（仅滩地草本植物群落的63个物种中的1个以及阴坡草本植物群落75个物种中的2个偏离95%的置信区间）;对群落多样性的预测也和实际观测没有显著差异,其中丰富度预测拟合得最好(0.49相似文献   

太湖新银鱼线粒体D-loop和Cytb片段序列结构与进化速率比较

共获得49个太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)全序列和控制区(D-loop)部分序列。所测线粒体D-loop部分序列长度变化范围为648～680bp,识别到位于前端的一个串联重复序列、一个终止相关序列(ETAS),3个中央保守区保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D)及一个保守序列区保守序列(CSB-1),结构与其他鱼类的研究结果类似。太湖新银鱼线粒体Cyt b和D-loop片段的相对进化速率的比较研究结果表明,太湖新银鱼D-loop总的序列多态性位点的比例为0.83%,低于线粒体Cyt b部分总的序列多态性位点的比例(1.31%)。假设太湖新银鱼Cyt b基因平均进化速率相对值为1,贝叶斯(Bayes)MCMC模拟给出Cyt b基因的相对速率区间估计为1.000±0.131,而D-loop基因的相对速率为0.859±0.261,表明太湖新银鱼D-loop基因的进化速率低于Cyt b基因,同时,后验概率分布的变异方差也比较大。说明Cyt b基因比D-loop基因具有相对较高的进化速率,也相对更接近分子钟假设。因此,可以认为Cyt b基因比D-loop基因更适于太湖新银鱼种内及近缘种间相关分子生态及系统地理格局的研究。     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.     

Enterovirus 71 3C proteolytically processes the histone H3 N-terminal tail during infection

Highlights
1. The N-terminal tail of histone H3 is specifically cleaved during EV71 infection.
2. Viral protease 3C is identified as a protease responsible for proteolytically processing the N-terminal H3 tail.
3. Our finding reveals a new epigenetic regulatory mechanism for Enterovirus 71 in virus-host interactions.     

Detection of EBV and HHV6 in the Brain Tissue of Patients with Rasmussen’s Encephalitis

Rasmussen’s encephalitis (RE) is a rare pediatric neurological disorder, and the exact etiology is not clear. Viral infection may be involved in the pathogenesis of RE, but conflicting results have reported. In this study, we evaluated the expression of both Epstein-Barr virus (EBV) and human herpes virus (HHV) 6 antigens in brain sections from 30 patients with RE and 16 control individuals by immunohistochemistry. In the RE group, EBV and HHV6 antigens were detected in 56.7% (17/30) and 50% (15/30) of individuals, respectively. In contrast, no detectable EBV and HHV6 antigen expression was found in brain tissues of the control group. The co-expression of EBV and HHV6 was detected in 20.0% (6/30) of individuals. In particular, a 4-year-old boy had a typical clinical course, including a medical history of viral encephalitis, intractable epilepsy, and hemispheric atrophy. The co-expression of EBV and HHV6 was detected in neurons and astrocytes in the brain tissue, accompanied by a high frequency of CD8⁺ T cells. Our results suggest that EBV and HHV6 infection and the activation of CD8⁺ T cells are involved in the pathogenesis of RE.     

Perinatal Vertical Transmission of Chikungunya Virus in Ruili,a Town on the Border between China and Myanmar

正Dear Editor,Chikungunya virus (CHIKV), an arbovirus in the family of Togaviridae, genus Alphavirus, is transmitted by the A.aegyptii or A. albopictus mosquito, and causes disease in humans characterized by fever, rash, and arthralgia (Silva and Dermody 2017; Suhrbier 2019). It was first reported in 1953 in Tanzania, and caused only a few outbreaks and sporadic cases in Africa and Asia in last century. However, in the epidemic in 2004, CHIKV acquired mutations that conferred enhanced transmission by the A. albopictus mosquito(Schuffenecker et al. 2006). Since then, it has successively caused outbreaks in Africa, the Indian Ocean, South East Asia, the South America, and Europe (Zeller et al. 2016).     

Development of a Novel Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Method for Rapid Detection of SARS-CoV-2

In conclusion, the novel visual RT-LAMP assay is a simple, rapid, and sensitive approach for detection of SARS-CoV-2, and it is ready for application in primary care and community hospitals or health care centers, and even patients' own houses in response to the current SARS-CoV-2 epidemic because the assay does not require sophisticated equipment and skilled personnel. Furthermore, it is also ready to be used in fields for screening samples from wild animals and environments to facilitate the identification of potential intermediate hosts that mediate the cross-species transmission of SARS-CoV-2 from bats to humans.