甘肃省武威市胃癌患者肠道菌群分布

目的通过比较甘肃省武威市胃癌患者和健康对照人群肠道菌群的分布,探讨胃癌患者肠道菌群的变化与胃癌发生发展的关系,并寻找可能作为该地区胃癌患者的潜在生物标志物。方法收集24例胃癌患者和24例健康对照人群的粪便样本,提取DNA,采用16S rRNA基因高通量测序进行肠道菌群分析。结果分析2组研究对象肠道菌群的Alpha多样性,发现胃癌患者组和健康对照组肠道菌群的Chao1指数差异无统计学意义(Z=-0.907,P=0.364),胃癌患者组的Simpson指数升高且差异具有统计学意义(Z=-3.258,P=0.001),表明武威市胃癌患者肠道菌群多样性增加;物种差异分析表明,2组人群在门水平上,Fusobacteria、Patescibacteria、Synergistetes的相对丰度变化差异具有统计学意义(均P0.05),在属水平上,Bacteroides(拟杆菌属)、Lachnospiraceae_UCG-008、Lachnoclostridium、Blautia、Roseburia等34个菌属的相对丰度变化差异具有统计学意义(均P0.05)。通过菌属微生物关联网络图发现,在34个差异菌属中,Streptococcus、Erysipelotrichaceae_UCG-003等菌属的节性重要性较高;通过LEfSe分析和组间秩和检验分析发现,Lac_Lachnospira、Lachnospiraceae_UCG-004在健康对照组和胃癌患者组之间是显著差异的菌属。结论与健康对照组人群的肠道菌群比较,胃癌患者组的菌群多样性增加,胃癌患者肠道菌群的改变主要以Lachnospiraceae等益生菌属的相对丰度减少和Alloprevotella、Desulfovibrio等致病菌属的相对丰度增加为主。Lac_Lachnospira、Lachnospiraceae_UCG-004可能为武威市胃癌患者潜在生物标志物。     

测序平台在母婴肠道菌群结构分析中产生的可能偏倚

目的将两个不同的二代测序平台及其生物信息学流程进行的相同标本的微生物群分析结果的异同进行比较。方法在同一实验室采用相同的生物信息学分析方案,使用两个不同的测序平台(Ion Torrent S5-xl和Illumina HiSeq 2500)对56个(28对)母婴粪便样本进行16S rRNA扩增子测序,采用相关性分析、主成分分析(PCA)、主坐标分析(PCoA)以及MRPP分析比较两个平台产生的微生物群落结构的异同。结果 Alpha多样性除Shannon指数外,Chao1指数(t=1.96,P=0.001 1)、Observed species指数(t=2.13,P0.001 0)、PD_whole tree指数(t=2.07,P0.001 0)、Simpson指数(t=1.87,P=0.003 1)和Good coverage指数(t=2.32,P0.001 0)差异存在统计学意义。对不同分类水平下的菌群相对丰度进行分析,测序和注释的细菌种类越多,两个平台间建立的细菌相对丰度的相关性越低。PCA结果显示,超过87%的样本被聚类。通过PCoA结果将两个平台的56个样本分为两个集群(cluster),两个平台之间的重叠率为71.43%。MRPP差异分别显示了两个测序平台的菌群数据在科水平、属水平上差异存在统计学意义(A=0.094 1,P=0.001 0;A=0.085 2,P=0.002 1)。当考虑样本来源时,在科水平上,母亲组的菌群组成没有明显的测序平台差异(A=0.006 3,P=0.149 1),新生儿组差异则有统计学意义(A=0.035 2,P=0.006 1);在属水平,母、婴组的菌群组成有显著的测序平台差异(A=0.021 6,P=0.004 2;A=0.098 1,P=0.001 0)。结论相同样本在不同平台进行扩增子测序,其菌群结构相对丰度基本相似,但其多样性和相关性仍然有很大差异。为了队列研究数据的可重复性和可靠性,建议使用相同的测序平台和分析流程以减少菌群分析中的偏倚。     

不同土壤深度对宁夏石嘴山盐碱地细菌菌群多样性的影响

宁夏自治区是我国受到土壤次生盐渍化危害的重点区域,然而对该地区盐碱化形成机制及影响因素的研究资料较少。在宁夏石嘴山地区采集土壤样本,采用基于16S rRNA的PCR-DGGE技术对不同深度土壤的细菌群落多样性和优势种群进行分析,以期从土壤生态角度探索该地盐渍化成因及改良措施。带谱相似性和UPGMA聚类结果表明,表层(D20 cm)土壤和底层(D80 cm)土壤样本中细菌菌群相似程度较高;而中间层(20 cmD80 cm)土壤样本中细菌菌群相似程度很低。多样性指数分析显示,随着地层深度的增加,菌落的丰富度和多样性均趋于下降;而均匀程度变化幅度不大。对其中5个优势条带进行测序比对的结果表明,该地区土壤可识别优势细菌菌群为变形细菌门Proteobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes,但大部分条带未可识别。结果表明该地区盐碱土壤中的细菌菌群多样性程度较高,且优势菌群不尽相同;土壤深度与细菌菌落多样性在一定程度上存在线性关系。为深入研究次生盐渍化土壤的形成机制以及影响因素提供理论参考。     

肠道菌群与孤独症谱系障碍儿童功能性便秘的关系

目的 探讨孤独症谱系障碍（autism spectrum disorder,ASD）儿童肠道菌群组成与功能性便秘之间的关系,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择101例2～7岁ASD儿童和82例年龄、性别相匹配健康儿童为研究对象,采用罗马Ⅳ标准评估便秘,将所有儿童分为ASD便秘组（ASD constipated,AD-C）、ASD非便秘组（ASD non-constipated,AD-NC）、正常便秘组（neurotypical constipated,NT-C）、正常非便秘组（neurotypical non-constipated,NT-NC）。对所有粪便样本中细菌16S rRNA基因V3-V4高变区进行测序,检测肠道菌群。结果 与NT组相比,AD组儿童肠道菌群α多样性指数（Chao1）显著升高（t=2.258,P=0.006）,组间β多样性差异有统计学意义（R=0.210,P<0.001）。AD组儿童肠道优势菌群为双歧杆菌属、柯林斯菌属、脱硫弧菌属等。与NT-NC组相比,AD-NC组患儿肠道菌群Chao1指数显著升高（t=2.170,P=0.021）,组间β多样性差异有统计...     

CVTree在454高通量测序分析菌群结构中的应用

目的探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法。方法对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用454高通量方法获得16S rRNA基因的V3区的测序数据,用CVTree的方法进行菌群结构的比较分析。结果通过选取合适的短串长度,CVTree的方法能准确检测到各样本间的聚类关系,其结果与之前文献报道的基于Unifrac算法的结果相一致。结论CVTree能快速、有效地处理16S rRNA基因的454高通量测序数据,实现对不同菌群结构相似性的比较分析。     

基于高通量测序的精神分裂症患者 肠道菌群多样性

目的探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法收集16例精神分裂症患者(schizophrenia,Sch)与18例健康者(healthy donor,HD)的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16SrRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数(226.58±31.67)、Chao1指数(222.29±34.45)和Shannon指数(2.66±0.69)明显低于健康对照组(293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36),差异均有统计学意义(Ps0.001),而Simpson指数(0.20±0.17)明显高于健康对照组(0.07±0.03),差异有统计学意义(P0.01);Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义(21.76%vs.27.05%,P=0.008;0.00%vs.0.20%,P=0.033),而放线菌门明显高于健康组(13.52%vs.2.88%,P=0.020),差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组(9.15%vs.20.60%,P=0.031;3.29%vs.9.58%,P=0.005),差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组(10.89%vs.1.78%,P=0.025;10.88%vs.1.98%,P=0.046;10.78%vs.2.69%,P=0.026),差异有统计学意义。结论基于16SrRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

饮酒对健康成年男性肠道菌群的影响

目的寻找饮酒与不饮酒的成年男性肠道菌群的差异,探讨饮酒对健康成年男性肠道菌群的影响。方法收集前往湖北省人类精子库进行捐精前精液质量筛查的健康成年男性的粪便样本50例(饮酒组37例,不饮酒组13例),提取DNA后进行16S rRNA基因扩增子测序。结果饮酒组的肠道菌群α多样性与不饮酒组的差异无统计学意义但β多样性差异有统计学意义(PERMANOVA,F=0.544 9,P=0.014 0)。饮酒组中出现放线菌门和双歧杆菌科的显著富集,且出现了科与属水平种类的减少,相比不饮酒组少了12个菌科和27个菌属。通过差异性菌群分析发现放线菌门下Bifidobacterium spp.和厚壁菌门下的Blautia spp.、Dorea spp.和Ruminococcus spp.在饮酒组富集。结论饮酒可能会改变健康成年男性的肠道菌群,饮酒组与不饮酒组人群的肠道菌群在群落结构上存在差异。     

基于16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘患者肠道菌群的变化

目的 运用16S rRNA高通量测序技术分析福州地区慢传输型便秘(STC)患者肠道菌群变化的特征.方法 纳入60例STC患者和健康志愿者20例,留取新鲜粪便样本,冰块运送至实验室并存放于-80度冰箱,应用16S rRNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成.结果 测序后共得到1 702 004 524...     

MRSA感染性创面菌群结构分析

目的探究耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)感染性创面与创面旁菌种组成的差异并寻找可能的有益菌,为从皮肤微生态角度治疗MRSA感染性创面提供理论依据。方法采集湖南省人民医院MRSA感染性创面及创面旁的皮肤样本,其中创面部位样本22份为D组,创面旁样本11份为N组,提取样本DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区测序并进行生物信息学分析。结果根据Alpha多样性分析,D组的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数明显低于N组(Z=62, P=0.023 8；Z=66, P=0.035 9；Z=30, P=0.000 2),而Simpson指数明显高于N组(Z=211, P=0.000 3)。Beta多样性分析显示2组皮肤菌群组成具有差异,表明分组合理(R=0.584 3、0.467 3, P=0.001 0)。D组葡萄球菌属(Staphylococcus)及韦荣球菌属(Veillonella)丰度显著性升高(Z=213, P=0.000 5；Z=48.5, P=0.004 8),其他常驻菌群均下降。N组的乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度均值较D组高(Z=38, P=0.000 8)。结论MRSA感染性创面的菌群结构较创面旁组具有一定变化,Lactobacillus为皮肤有益菌,可能对创面的恢复有益。     

16S rDNA高通量测序分析腹膜透析胃肠功能障碍患者肠道菌群特征

目的 采用16S rDNA高通量测序技术分析腹膜透析（PD）胃肠功能障碍患者的肠道菌群变化特征,探讨肠道菌群在腹膜透析胃肠功能障碍中的具体作用。方法 收集25例PD胃肠功能正常者（PDGF组）、25例PD胃肠功能障碍者（PDGD组）和13例健康者（Normal组）的粪便样本,提取肠道菌群基因组,应用16S rDNA高通量测序技术对各组测序结果进行菌群多样性、物种组成差异和菌群功能分析。结果 3组的Observed species指数（H=6.905,P=0.032）和Shannon指数（H=6.993,P=0.030）差异具有统计学意义。与Normal组相比,PDGD组Shannon指数显著降低（P=0.027）,PDGF组Observed species指数显著升高（P=0.044）;与PDGF组相比,PDGD组Observed species和Shannon指数显著降低（P<0.05）。PCoA结果显示3组各自聚集,区分较明显。UPGMA聚类分析结果显示3组大部分样本均在本组中聚类后再与其他组进一步合并。LEfSe分析结果显示,Normal组优势菌群包括颤螺菌目（Oscill...