海南罗非鱼无乳链球菌分离鉴定及其特性研究

从海南省患暴发性疾病的罗非鱼(Tilapia)上分离出1株细菌HNLFYL4,对分离菌株进行了鉴定及致病性和药物敏感性研究.通过形态学观察和生理生化鉴定,结果显示,分离菌株为无乳链球菌(Streptococcus agalactiae).对分离菌株的16S rRNA基因进行PCR扩增和测序,所得序列已登录到GenBank,登录号为HQ645983,与GenBank中收录的链球菌16S rRNA 基因进行比对并构建系统进化树,结果表明,分离菌株的16S rRNA基因序列与无乳链球菌同源性高达100%,进一步确定分离菌株为无乳链球菌.人工感染显示分离菌株对小白鼠和罗非鱼均具有致病性,对小白鼠的LD50为1.0×104 CFU/mL,对体重为500g±20g的罗非鱼的LD50为1.729×109CFU/mL.分离菌株对氯霉素、青霉素G、呋喃妥因等敏感,对丁胺卡那、链霉素、卡那霉素等不敏感.     

黄鳝体表溃疡病病原菌的分离与鉴定

研究首次报道从患体表溃疡病黄鳝的肝脏、肾脏、脾脏等分离到1株细菌, 经动物回归试验鉴定其为病原菌。形态学观察、生理生化试验和16S rRNA基因鉴定, 结果证实该病原菌株为温和气单胞菌(Aeromonas sobria)。通过致病性试验证明其对鲤鱼和泥鳅均有致病力;药敏试验结果表明:分离菌株对头孢氨噻肟、头孢曲松钠、丙氟哌酸、洛美沙星、甲氧苄啶、氟哌酸、壮观霉素等高度敏感,而对氨苄青霉素、乙酰螺旋霉素等药物不敏感。       

宽体金线蛭嗜水气单胞菌感染的病原检验

对河北某宽体金线蛭（Whitmania pigra Whitman）养殖场所养殖的宽体会线蛭发生的病害,进行了发病情况、临床表现、病理变化等方面的枪验。同时,择代表菌株进行了16S rRNA基因的分子鉴定,测定了16S rRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性、构建了系统发生树。结果表明所检病例为由嗜水气单胞菌（Aeronmnas hydrophila）所引起的感染。分离后做纯培养的10株嗜水气申胞菌均为同种血清型菌株;代表菌株对健康宽体金线蛭的人工感染试验表明了相应的原发病原学意义;药敏试验结果显示,对供试37种抗菌药物中的头孢噻肟等高度敏感、对链霉素等敏感、对苯唑青霉素等耐药。     

台湾泥鳅源维氏气单胞菌Zy01株的分离鉴定及药敏特性研究

【目的】从患病台湾泥鳅体内分离到一株优势菌Zy01,通过鉴定并筛选敏感药物,为台湾泥鳅维氏气单胞菌病的防控提供参考。【方法】从患病台湾泥鳅肌肉溃烂处分离细菌,经理化特性及16S rRNA基因序列分析对其进行鉴定,通过人工感染试验确定病原,并利用K-B法进行药敏分析。【结果】菌株Zy01为2015年11月引发台湾泥鳅疾病的病原菌,其对台湾泥鳅的LC50为2.0×10~6 CFU/m L。菌株Zy01理化特性与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)基本一致,16S rRNA基因序列与维氏气单胞菌相似性为99%,综合判断该病原菌为维氏气单胞菌。菌株Zy01对环丙沙星、头孢拉定、诺氟沙星、阿奇霉素及庆大霉素等10种抗生素高度敏感;对苯唑西林、青霉素、阿莫西林等9种抗生素不敏感。【结论】分离菌株Zy01对台湾泥鳅有致病性,养殖时可选用庆大霉素及新霉素等药物进行防控。     

菌种1137116S rRNA序列分析及鉴定

通过PCR方法扩增菌种11371的16S rRNA基因并测序,将序列提交GenBank(登录号:DQ531606),并与其他链霉菌属种进行比较,通过DNAStar软件得到菌种16S rRNA基因序列进化树。同时采用插片法、显微镜观察等方法对株菌11371进行形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明,11371的16S rRNA序列与其他链霉菌具有一定的同源性,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定菌种为不吸水链霉菌一株新亚种(Streptomyces ahygroscopicus subsp.wuzhouensis n.sub-sp.),菌株11371 16S rRNA序列为GenBank中首例Streptomyces ahygroscopicus的16S rRNA序列。     

一株分离自美国龙虾的麦氏弧菌的鉴定及其低温状态下细胞脂肪酸的变化

[目的]对从美国龙虾(Homarus americanus)中分离的菌株F5-1进行种属鉴定并分析其低温状态下脂肪酸组成变化.[方法]通过VITEK 2 Compact全自动微生物鉴定仪分析菌株的生理生化特征和进行药敏试验;16S rRNA基因序列同源性分析确定该菌株的系统发育学地位;通过气相色谱和质谱联用法(GC-MS)分析菌株的全细胞脂肪酸.[结果]菌株F5-1为革兰氏阴性菌,对弧菌抑制剂O/129敏感,对青霉素有耐药性;生理生化特征与麦氏弧菌(Vibrio metschnikovii)的相似性为96％,16S rRNA序列与麦氏弧菌(GenBank No.HQ658055)的相似性为99％;菌株的主要脂肪酸组成为C12∶0、C14∶0、C16∶0和C16∶1(n-7),不饱和脂肪酸(棕榈油酸)相对含量达34％,低温培养状态下,不饱和脂肪酸(棕榈油酸)相对含量增加至40％.[结论]将美国龙虾中分离的菌株F5-1鉴定为麦氏弧菌,该菌对多种药物敏感,菌细胞脂肪酸组成与来源于俄罗斯海参威某饮用水水库中分离的麦氏弧菌有较大差异.     

代表性差异分析比较两株来自不同地区的猪源Lactobacillus菌株

[目的]对分离自猪肠道的乳酸杆菌S1菌株进行鉴定,并比较该菌株与同种的001T菌株的基因差异.[方法]对S1菌株进行16S rRNA基因序列分析和种特异PCR检测,并且对S1菌株和Lactobacillus sobrius 001T进行代表性差异分析(Representational difference analysis,RDA).[结果]16S rRNA基因序列分析表明,与S1菌株最相似的已知菌为L.sobrius.变性梯度凝胶电泳分析显示,仔猪空、回肠细菌图谱中有一与S1菌株有相同迁移位置的优势条带,克隆、测序鉴定表明,与该条带相匹配的16S rRNA基因克隆(Clone S)的最相似已知菌也为L.sobrius.16S rRNA基因系统进化分析表明,S1菌株与Clone S和L.sobrius 16S rRNA基因序列同源性分别为99.8%和99.6%.L.sobrius特异性引物也可以扩增S1株菌的16S rRNA基因的特定片段.因此S1菌株可被确定为Lsobrius.RDA对菌株S1和同种的猪源L.sobrius 001T菌株的基因差异进行分析,未发现这两株菌的基因组差异.[结论]猪肠道乳杆酸菌S1菌株属于L.sobrius,其与猪源L sobrius 001T菌株为相似菌株.     

似鲶高原鳅温和气单胞菌的分离鉴定及其感染的病理损伤

2013年9月,四川雅安某似鲶高原鳅养殖场发生以体表出血、皮肤溃疡、内脏器官肿大、出血与坏死为特点的疾病。从自然发病的似鲶高原鳅肝与肾分离到1株G-短杆菌(XJJ130928),其在BHI平板上28℃培养24 h,形成灰白色、表面光滑、边缘整齐、半透明状微隆的圆形菌落,人工感染证实其为本次似鲶高原鳅发病的病原菌。根据分离菌株的形态学和生理生化检测结果初步判定其为温和气单胞菌Aeromonas sobria;进一步的16S rRNA和gyrB基因序列分析表明,分离株的16S rRNA与gyrB基因序列(GenBank登录号:KF761305与KJ139988)在GenBank中进行Blast比对与A.sobria同源性最高。在以分离株16S rRNA和gyrB基因序列及GenBank中同源性较高的序列构建的系统发育树上,分离株与A.sobria聚为一族,其同源性分别为96.0%~99.0%与94.5%~98.0%,结合生理生化特性鉴定分离菌为A.sobria。该菌对头孢西丁、亚胺培南、强力霉素、氟苯尼考和氧氟沙星等敏感,对磺胺甲基异恶唑、洛美沙星、环丙沙星中度敏感,对氨苄青霉素、链霉素、卡那霉素耐药。组织病理学观察发现,A.sobria感染似鲶高原鳅对多组织器官都造成明显的病理损伤,尤其是肝、肾、脾、肠的损伤较为严重,表现为明显的淤血、出血,变性,坏死及炎症细胞浸润。     

广东与海南养殖罗非鱼无乳链球菌的分离、鉴定与特性分析

从中国广东、海南罗非鱼主养区发生爆发性疾病的多个养殖场的罗非鱼病鱼体上,分离到多株致病菌株。人工感染试验显示分离菌株具有较强的致病力,有多株经腹部注射分离细菌浓度为1×106CFU/mL时可使100%的受感染鱼死亡,选择其中7株强毒株进行药物敏感性实验与鉴定。不同菌株对药物敏感性存在一定的差异但与菌株来源无相关性,29种抗生素中对13种敏感、7种不敏感、9种存在菌株的差异。各分离菌株均为革兰氏阳性菌,呈β溶血。采用链球菌快速鉴定系统ID32STREP、Lancefield分析及多项补充生理生化鉴定结果,初步判断为无乳链球菌Streptococcus agalactiae。PCR扩增16S rRNA基因和GBS-specific gene cfb(CAMP factor)基因的全长序列,BLAST分析显示所有菌株的16S rRNA基因与GenBank上登录的无乳链球菌的相应序列高度同源(99.8%),各分离菌株间的16S rRNA基因序列也高度同源(≥99.9%?100%)。各菌株cfb基因序列高度同源(100%),BLAST显示与已知无乳链球菌的相应序列也具有高度同源性(≥99.0%)。综合上述实验结果,可判定广东与海南罗非鱼主养区2009年夏季发生的罗非鱼爆发性疾病的病原菌为无乳链球菌。     

鳜源致病性荧光假单菌的分离与鉴定

为确定导致鳜（Siniperca chuatsi）细菌性感染死亡的病原,从患病濒死的鳜肝中分离出一株优势菌B01,经人工回感实验确定其分离菌的致病性,并利用VITEK-2全自动微生物鉴定仪及16S rRNA序列分析对纯培养细菌进行鉴定。此外,对分离的菌株进行药敏实验。研究结果表明,菌株B01对鳜鱼具有致病性。经VITEK-2全自动微生物鉴定仪鉴定菌株B01为荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）（表1）,并在紫外灯可以产生荧光（图1）。进一步的16S rRNA基因序列和系统发育树分析表明,该菌与荧光假单胞菌同源性达到了97%以上,并和（图2）。药物敏感性实验结果显示,该分离株对恩诺沙星、诺氟沙星、链霉素和四环素药物等6种药物高度敏感（表2）。     

长江江豚杀鲑气单胞菌的分离鉴定及生物学特性分析

本文通过细菌的分离培养,首次从临床症状表现为溃疡、腐烂的患病江豚表皮分离到一株杀鲑气单胞菌XJ-JT株。通过细菌理化性质鉴定、遗传进化分析、药敏试验、致病性试验对其生物学特性进行分析,结果表明：菌株XJ-JT为革兰氏阴性短杆菌,两端钝圆,无芽孢;细菌分离鉴定的结果显示分离菌株为杀鲑气单胞菌;系统进化分析揭示其基因序列与银鲫源性杀鲑气单胞菌分离株高度同源;20种抗生素的药敏试验结果表明分离菌株对阿米卡星、克拉霉素、克林霉素等8种药物敏感,对头孢噻肟、头孢曲松、卡那霉素中介,对阿莫西林、氨苄西林、四环素等9种药物耐药;人工感染试验,结果显示分离菌对鲫鱼有较强的致病性。     

一个锂品种线粒体基因片段序列保守性

在红锂、镜锂和野锂中进行线粒体１６rRNA和Ｃytb基因片段的序列测定。结果发现,３个鲤品种在多达８５９个碱基长度上无变异,但是与已报道的鲤全序列中的同源序列则有约１．５％的趋异。这个结果提示３个鲤品种可能在起源中是独立的一支。并且分化极低。     

Host species as a strong determinant of the intestinal microbiota of fish larvae

We investigated the influence of host species on intestinal microbiota by comparing the gut bacterial community structure of four cohabitating freshwater fish larvae, silver carp, grass carp, bighead carp, and blunt snout bream, using denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of the amplified 16S and 18S rRNA genes. Similarity clustering indicated that the intestinal microbiota derived from these four fish species could be divided into four groups based on 16S rRNA gene similarity, whereas the eukaryotic 18S rRNA genes showed no distinct groups. The water sample from the shared environment contained microbiota of an independent group as indicated by both 16S and 18S rRNA genes segments. The bacterial community structures were visualized using rank-abundance plots fitted with linear regression models. Results showed that the intestinal bacterial evenness was significantly different between species (P<0.05) and between species and the water sample (P<0.01). Thirty-five relatively dominant bands in DGGE patterns were sequenced and grouped into five major taxa: Proteobacteria (26), Actinobacteria (5), Bacteroidetes (1), Firmicutes (2), and Cyanobacterial (1). Six eukaryotes were detected by sequencing 18S rRNA genes segments. The present study suggests that the intestines of the four fish larvae, although reared in the same environment, contained distinct bacterial populations, while intestinal eukaryotic microorganisms were almost identical.     

草鱼的一种急性细菌性传染病病原的分离鉴定及致病性研究

草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的细菌性疾病是草鱼人工养殖过程中经常出现的疾病。文章对河南一草鱼养殖场2009年8月出现的暴发性细菌性传染病进行了研究。该渔场饲养的草鱼成鱼和鱼苗出现了体表溃烂、局部出血, 肠系膜充血、出血, 腹腔积水等症状, 并大量死亡。从濒死草鱼的内脏中分离到3株细菌, 经形态学、生理生化特性及16S rDNA序列分析, 鉴定为霍乱弧菌(Vibrio cholerae)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和柱状黄杆菌(Flavobacterium columnare)。其中, 从患病鱼苗体内分离到霍乱弧菌; 从成鱼分离到嗜水气单胞菌和柱状黄杆菌。回归试验证明3株细菌均能使草鱼致死, 其中霍乱弧菌和嗜水气单胞菌对草鱼的半数致死量(LD50)分别是0.15104 cfu/g和0.96103 cfu/g。从草鱼中分离到致病性霍乱弧菌是首次报道。药敏试验表明, 在所试的17种抗生素中, 霍乱弧菌仅对利福平、左旋氧氟沙星、链霉素、奥复星、庆大霉素等5种抗生素敏感; 嗜水气单胞菌仅对菌必治、奥复星、庆大霉素等3种抗生素敏感; 而柱状黄杆菌则对其中的氨苄青霉素、利福平、左旋氧氟沙星等10种抗生素均敏感。       

具抗肿瘤活性放线菌菌株YIM 90022的分离和系统发育分析

从青海盐碱土壤样品中分离到一株兼性嗜碱放线菌YIM 90022,该菌株的发酵产物具有很强的体外抗胃癌、肺癌、乳腺癌、皮肤癌、肾癌和子宫癌肿瘤细胞株活性。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,菌株YIM90022属于拟诺卡氏属(Nocardiopsis)的成员,与该属的4个有效发表种N.exhalansDSM 44407T,N.prasinaDSM43845T,N.metallicusDSM 44598T和N.listeriDSM 40297T系统发育关系最密切,与其分别以98.8%,98.5%,98.4%和97.8%的16S rRNA基因核苷酸序列相似性聚为一簇。但菌株YIM 90022不与这4个有效种中任何一个单独相聚,形成了一个独立亚分枝。结合形态特征、生理生化特性、细胞化学分类特征,以及rep-PCR基因指纹分析等方面的研究结果,菌株YIM 90022可能为拟诺卡氏菌属的一个潜在新种。菌株YIM 90022在大多数培养基上生长良好,气生菌丝和基内菌丝丰富,在酵母膏麦芽膏琼脂、燕麦片琼脂等培养基中产生可溶性色素。生长pH范围6.0~12.0,最适pH 8.5;能在含0~15%NaCl(W/V)的培养基上生长。     

Chromosomal loci for 16S ribosomal RNA in Escherichia coli

Summary Genetic loci for 16S ribosomal RNA (rRNA) on the Escherichia coli chromosome were determined using the K-sequence, a characteristic oligonucleotide of strain K12, as a genetic marker. Oligonucleotide analyses of 16S rRNA from various recombinants between strain K12 and strain B(H) showed that the loci for 16S rRNA containing the K-sequence were near the metB locus which was at 77 min. on the chromosome map.     

MORPHOLOGICAL AND 16S rRNA GENE EVIDENCE FOR RECLASSIFICATION OF THE PARALYTIC SHELLFISH TOXIN PRODUCING APHANIZOMENON FLOS‐AQUAE LMECYA 31 AS APHANIZOMENON ISSATSCHENKOI (CYANOPHYCEAE)1

A taxonomic reevaluation of the paralytic shellfish toxin (saxitoxins) producing cyanobacterium Aphanizomenon flos‐aquae Ralfs ex Born. & Flah. LMECYA31 was done using morphology and 16S rRNA gene sequences. We found that strain LMECYA31 was incorrectly identified as Aph. flos‐aquae based on (a) lack of bundle formation in trichomes, (b) shape of terminal cells in the trichomes, (c) lower similarity (<97.5%) in the 16S rRNA gene sequences relative to those of Aph. flos‐aquae, and (d) comparison within a phylogenetic tree of 16S rRNA gene sequences. The shape of the terminal trichome cells and the shape and size of the vegetative cell, heterocyst, and akinete in strain LMECYA31 match characters of Aph. issatschenkoi (Ussachew) Proschkina‐Larvernko. 16S rRNA gene sequences and phylogenetic clusters constructed from 16S rRNA gene sequences support our conclusion that strain LMECYA31 should be Aph. issatschenkoi.     

一株番茄青枯菌拮抗菌的鉴定及抗病效果初探

从形态、生理生化、16S rDNA3个方面确定了番茄青枯菌拮抗菌株3-1-16的分类地位。光学显微镜下观察到菌体为杆状细胞,革兰氏染色均匀,并可见菌体染成蓝紫色。透射电镜进一步观察到细胞内有许多颗粒状物质,无伴胞晶体。Biolog鉴定,3-1-16与巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)具有最高相似率为98%。16S rRNA分析,3-1-16与巨大芽孢杆菌MO31同源性最高为99.4%。聚类分析显示3-1-16与3株巨大芽孢杆菌聚成一支,支持度为100%。生理生化特征及培养特征测定结果表明,菌株3-1-16鉴定为巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)。盆栽试验表明该菌株对番茄青枯病防病效果达到81.3%。