柱状田头菇EST-SSR的开发及应用研究

借鉴香菇EST序列设计的40对引物对柱状田头菇进行了EST-SSR引物通用性研究。结果显示,挑选的28对引物中多态性好且稳定的有13对,通用率达46.4%。PCR扩增产物获得具有多态性条带81条,每对引物扩增条带的数目范围为2–14,平均5.86条,扩增片段大小在100–400bp之间。多态信息含量（PIC）在0.3750–0.8032,平均0.7084。研究结果表明,EST-SSR分子标记在食用菌的遗传多样性和比较基因组学研究中起到重要的作用。     

普通小麦SSR和EST-SSR引物对冰草通用性的比较分析

选用定位于普通小麦7个部分同源群的534对SSR引物和351对EST-SSR引物分别对普通小麦品种‘Fukuho’和四倍体冰草‘Z559’的基因组DNA进行扩增,结果显示:有475对(89.0%)SSR引物和314对(89.5%)EST-SSR引物对‘Fukuho’能有效扩增,226对(42.3%)SSR和258对(73.5%)EST-SSR引物对‘Z559’能有效扩增,表明小麦EST-SSR对冰草的通用性明显高于SSR;扩增强带比率SSR和EST-SSR引物分别为76.1%、84.1%,说明小麦EST-SSR在冰草上扩增带的质量亦优于SSR。选择上述在‘Fukuho’和‘Z559’基因组DNA之间有多态性扩增且带谱清晰的SSR和EST-SSR引物各60对,对‘Fukuho’、‘中国春’、‘北京8号’和二、四、六倍体冰草‘Z804’、‘Z559’、‘Z1075’的基因组DNA再行PCR扩增,结果显示,40对(66.7%)SSR和22对(36.7%)EST-SSR引物在‘Fukuho’、‘中国春’和‘北京8号’间扩增产物表现多态性,且前者高于后者;50对(83.3%)SSR和52对(86.7%)EST-SSR引物在冰草‘Z804’、‘Z559’和‘Z1075’间扩增产物表现多态性,两者相当。通用性、多态性和扩增强带比率综合比较表明,普通小麦EST-SSR和SSR经筛选虽都能转用于冰草,但两者相比EST-SSR更优。     

皂荚EST-SSR分子标记开发与分析评价

本研究旨在开发皂荚EST-SSR分子标记,为今后皂荚种质资源评价与分析提供基础。首先通过对已公布的皂荚转录组数据进行拼接得到41003个Unigenes,总长度70.4 Mb,平均长度1716 bp,N50为2533 bp。进一步在7009个Unigenes中检测到8494个EST-SSR位点,其中1200条Unigenes含有2个及以上的SSR位点,复合型SSRs有369个。针对所有EST-SSR位点设计得到6494条特异性引物,随机挑选60个位点进行试验验证与分析,其中44对引物可扩增出特异性片段,17对具有多态性,PIC值范围为0.195~0.742,均值为0.501,且大部分多态性位点位于UTR区域。通过对皂荚近缘种进行跨种PCR扩增试验,结果显示在开发的44对有效引物中,9个近缘种美国皂荚、日本皂荚、绒毛皂荚、滇皂荚、华南皂荚、小果皂荚、野皂荚、肥皂荚和美国肥皂荚分别有32、31、23、24、7、40、25、18和18对引物可获得有效扩增片段,说明EST-SSR标记在皂荚近缘种之间具有良好的通用性。研究表明利用转录组数据挖掘的EST-SSR位点具有扩增稳定、多态性良好、近缘种间通用等优点,是林木物种开发分子标记的有效途径之一。     

棉花2个多标记基因系及其杂交后代AFLP分析

应用AFLP分子标记技术,对陆地棉两个多标记基因系T582和T586及其杂交后代F1等进行了DNA多态性分析。结果表明:在58对EcoRI/MseI引物组合中,筛选出41对引物组合具有多态性,多态性的引物组合占筛选总组合的70.69%。AFLP分子标记具有高度的多态性,非常适于基因组差异较小的(棉花)材料之间的多态性筛选。采用聚丙烯酰胺银染法显带技术,AFLP进行PCR扩增能看到30~80条DNA亮带,且检测灵敏度高,可区别只相差十几个bp甚至几个bp大小的DNA片段。但AFLP标记以显性标记占绝对优势,共显性标记比率极少,故而难以区分种质的杂合和纯合,这是它的惟一不足之处。     

利用苹果EST-SSR分析木瓜属种质遗传多样性北大核心CSCD

利用苹果属的EST-SSR标记对33份木瓜种质资源进行遗传多样性研究,以分析引物在木瓜属中的通用性。筛选出15对引物进行PCR扩增,其中9对引物显示多态性,共扩增出71条带,其中多态性条带59条,多态性条带比率83.10%,并且可成功区分不同种。PIC多态性信息含量平均值为0.45,Nei’s基因多样性(H)、Shannon指数(I)的平均值分别为0.45、0.71。根据EST-SSR数据的UPGMA聚类分析将材料分为五大类,木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好地将5个种植物区分,显示出单系性。研究结果表明,苹果属的EST-SSR标记在木瓜属上具有高度的可转移性,可应用于木瓜属植物的资源评价及遗传关系研究。     

利用苹果EST-SSR分析木瓜属种质遗传多样性

利用苹果属的EST-SSR标记对33份木瓜种质资源进行遗传多样性研究,以分析引物在木瓜属中的通用性。筛选出15对引物进行PCR扩增,其中9对引物显示多态性,共扩增出71条带,其中多态性条带59条,多态性条带比率83.10%,并且可成功区分不同种。PIC多态性信息含量平均值为0.45,Nei’s基因多样性(H)、Shannon指数(I)的平均值分别为0.45、0.71。根据EST-SSR数据的UPGMA聚类分析将材料分为五大类,木瓜属的不同基原样本各聚为一支,能很好地将5个种植物区分,显示出单系性。研究结果表明,苹果属的EST-SSR标记在木瓜属上具有高度的可转移性,可应用于木瓜属植物的资源评价及遗传关系研究。     

梅EST-SSR标记的开发及利用

利用MISA软件对10 123条梅EST序列进行SSR位点查找,得到含SSR位点的序列935条,SSR位点1233个,平均每100条EST序列中含有12.18个SSR位点.2核苷酸、3核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占35.52%和41.36%.设计了40对EST-SSR引物并进行扩增,有24对引物能扩增出理想的PCR 产物,其中17对引物具有较好的扩增多态性.测序后发现13对引物中有73.08%的片段具有相应的SSR位点,对杏DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明了是梅扩增出的相应的SSR位点.根据本研究含有SSR位点的测序结果推算,从梅EST中开发真实SSR位点的数目为901.随机选择13对引物对杏和梅进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果发现,来源于梅的EST-SSR引物在杏中有很高的通用性,这些引物把梅和杏分成了两大群体,说明他们是遗传差异明显的两种植物.     

不同类型油菜EST-SSR标记的通用性及其应用研究

以10个甘蓝型油菜、11个芥菜型油菜和7个白菜型油菜品种为材料,选用已报道的14对白菜EST-SSR引物和8对油菜EST-SSR引物,探索其在3种类型油菜中的通用性,并利用筛选出的在3类油菜中有通用性和多态性的EST-SSR标记对供试油菜品种进行聚类分析.结果表明:(1)选用的14对白菜EST-SSR引物和8对油菜EST-SSR引物,在供试的3种类型油菜中都有扩增,完全可用.(2)在白菜型、甘蓝型和芥菜型油菜品种中扩增显示出多态性的引物数分别为18、16 和14对,其中有10对引物在3种类型油菜品种间扩增产物具有多态性.(3)利用这10对扩增多态性EST-SSR引物对供试油菜品种聚类分析,结果显示,在遗传相似系数为0.67时,3种类型油菜品种分别独自聚为一大类,表明开发和建立不同类型油菜间可通用的EST-SSR标记是可行且有应用价值的.     

向日葵品种鉴定和纯度分析的AFLP研究

从杂交油葵A15及其亲本的1/2粒干种子中提取基因组DNA,选用17对引物组合进 行AFLP分析,构建了它们的指纹图谱。17对引物在A系与R系当中共扩增出1125条扩增产物,其中144条带表现出多态性,平均每对引物扩增66条带,不同引物组合产生的DNA片段数目在50～70之间,大小分布于100bp～500bp,多态性比率为12.8%。从中筛选出的2对引物E_AAC/M_CTC和E_ACG/M_CTG可将亲本和子代区分开：引物对E_AAC/M_CTC在A系中扩增出440bp、190bp、160bp 3条特征谱带,在R系中扩增出380bp、350bp、225bp、180bp 4条特征谱带,E_ACG/M_CTG在A系中扩增出了2条特征带480bp和265bp,在R系中扩增出490bp、220bp、205bp、125bp 4条特征谱带,且上述谱带均在子代中出现。用引物组合E_ACG/M_CTG对A15、双亲以及与A15外型十分相似的10个常用油葵杂交种进行AFLP分析,不仅表现出良好的多态性,并能够清楚地将它们加以区分。以其对50粒A15杂交种子进行纯度鉴定,得到与大田纯度检测一致的结果,说明使用AFLP标记检测油用向日葵的品种和纯度是可行的。对现行种子纯度和品种鉴定的方法进行了讨论。     

向日葵品种鉴定和纯度分析的AFLP研究

从杂交油葵A15及其亲本的1/2粒干种子中提取基因组DNA,选用17对引物组合进行AFLP分析,构建了它们的指纹图谱,17对引物在A系与R系当中共扩增出1125条扩增产物,其中144条带表现出多态性,平均每对引物扩增66条带。不同引物组合产生的DNA片段数目在50-70之间,大小分布于100bp-500bp,多态性比率为12.8%。从中筛选出的2对引物E-AAC/M-CTC和E-ACG/M-CTG可将亲本和子代区分开;引物对E-AAC/M-CTC在A系中扩增出440bp,190bp,160bp3条特征谱带,在R系中扩增出380bp,350bp,225bp,180bp4条特征谱带,E-ACG/M-CTG在A系中扩增出了2条特征带480bp和265bp,在R系中扩增出490bp,220bp,205bp,125bp4条特征谱带,且上述谱带均在子代中出现,用引物组合E-ACG/M-CTG对A15,双亲以及与A15外型十分相似的10个常用油葵杂交种进行AFLP分析,不仅表现出良好的多态性,并能够清楚地将它们加以区分,以其对50粒A15杂交种子进行纯度鉴定,得到与大田纯度检测一致的结果。说明使用AFLP标记检测油用向日葵的品种和纯度是可行的,对行种子纯度和品种鉴定的方法进行了讨论。     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

利用SSR标记鉴定西瓜杂交种纯度的研究

以2个西瓜杂交品种(系)的种子黑公子和04-17及其亲本为材料,用SSR标记技术研究杂种与其双亲之间的扩增谱带多态性,以甄别真假杂种.结果发现,所试验的52对SSR引物中有13对引物分别在2个西瓜杂交种和其双亲之间存在扩增条带的多态性,表现为:多数SSR引物对自交系的扩增只出现1条带,但部分引物在某些自交系中扩增出2条带,杂交种条带均为父母本的互补型,很适合做杂交种纯度鉴定.用引物CMCT134b对黑公子和引物CMGA165对04-17进行了各100粒单种子SSR鉴定,所测纯度分别为96%和100%,与田间纯度95.6%和99.7%非常接近,表明SSR标记技术在西瓜杂交种子纯度室内快速检测中的应用前景.     

Genetic diversity among cultivars of spring barley revealed by random amplified polymorphic DNA (RAPD)

RAPD (random amplified polymorphic DNA) polymorphism was studied in 23 malting and non-malting spring barley cultivars included in the official list of Polish cultivated varieties. Twenty-four 10-mer primers were tested in each cultivar, giving altogether 149 amplification products, 45% of which were polymorphic. The number of polymorphic bands revealed by one primer ranged from 1 to 6, with an average of 2.8. Genetic distance for all pairs of compared varieties was estimated and a dendrogram was constructed using unweighted pair group method of arithmetic means. The genetic distance between cultivars ranged from 0.11 for cvs. Apex and Bryl to 0.62 for cvs. Orthega and Madonna. Of the seven malting cultivars only two (Brenda and Stratus) formed one group at D = 0.25. The genetic distance between cvs. Brenda and Scarlett, especially recommended for brewery, was equal to 0.34. The detected polymorphism appeared to be sufficient for assessing genetic distances between cultivars, but on the basis of this polymorphism groups of malting and non-malting cultivars were not clearly distinguished.     

用RAPD标记评估我国棉花品种遗传多样性

利用ＲＡＰＤ标记对１７个不同来源的我国棉花品种（系）进行遗传多样性评估。２００个随机引物扩增出１１３条多态性片段。１７个品种（系）依据染色体组的不同可以分为３大类。它们之间遗传相似性系数从０．２０００到０．８４５１。３个大面积推广品种鄂荆１号,中棉所１２号和苏棉３号遗传基础十分相近。陆地棉与阔叶棉杂交产生的野生种质系７５８１,与其他陆地棉品种（系）遗传差异显著。不同育种单位在育种过程中种质使用具有     

中国主要黑芝麻品种的遗传多样性分析

利用SRAP和SSR各23对引物对20个中国主要黑芝麻品种进行了遗传多样性分析。结果显示,23对SRAP引物共扩增出DNA带672条,其中多态性带152条,比率为22.62%,平均每对引物扩增总带数和多态性条带分别为29.22条和6.61条。23对SSR多态性引物共扩增出DNA带92条,每对引物扩增出3~6条,平均4.00条;每对引物扩增出多态性带1~5条,平均3.09条,多态性带比率平均为77.17%。20个黑芝麻品种间的遗传相似系数为0.8547~0.9804,遗传距离为0.0159~0.0921,遗传多样性匮乏,遗传基础狭窄。聚类结果表明,来自主产区江西的11个品种明显聚在一起,且江西黑芝麻品种的遗传相似系数高于其他省份品种,遗传距离低于其他省份品种,与其他省份品种的差异均达到极显著水平。加强资源引进和利用是拓宽中国黑芝麻品种遗传基础的迫切要求。     

AFLP analysis of genetic diversity and relationship among some Chinese domestic ducks and wild ducks

The amplified fragment length polymorphic(AFLP)technique was used to analyze the genome DNA polymorphism among 8 breeds of domestic ducks and 2 species of wild ducks.Nine of the 17 selected primers pairs gave reproducible polymorphic DNA amplification bands.The amplified bands ranged from 44 to 83 per primer pair.Of the 513 AFLP markers obtained.498 were polymorphic.The proportion of polymorphic loci was 97.1%.The genetic distance(D)and similarity coefficients(GS)were calculated based on the polymorphic data.Between domestic ducks D ranged from 0.331 to 0.589,while between domestic ducks and the wild ducks,it ranged from 0.298 to 0.520(vs.Anas Platyrhynchos)and from 0.316 to 0.522(vs.A.Poecilorhyncha),respectively.The variance analysis showed no significant difference between the two groups of data,which indicated that both mallard and spot-billed ducks made contributions to domestic duck evolution.A dendrogram was constructed according to the D value.     

Genetic diversity evaluation of some elite cotton varieties by RAPD analysis

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was used to evaluate the genetic diversity of elite commercial cotton varieties. Twenty two varieties belonging to Gossypium hirsutum L. and one to G. arboreum L. were analyzed with 50 random decamer primers using the polymerase chain reaction (PCR). Forty nine primers detected polymorphism in all 23 cotton varieties, while one produced monomorphic amplification profiles. A total of 349 bands were amplified, 89.1% of which were polymorphic. Cluster analysis by the unweighted pair group method of arithmetic means (UPGMA) showed that 17 varieties can be placed in two groups with a similarity ranging from 81.51% to 93.41%. G. hirsutum L. varieties S-12, V3 and MNH-93 showed a similarity of 78.12, 74.46 and 69.56% respectively with rest of the varieties. One variety, CIM-1100, showed 57.02% similarity and was quite distinct. The diploid cotton G. arboreum L. var. Ravi was also very distinct from rest of its tetraploid counterparts and showed only 55.7% similarity. The analysis revealed that the intervarietal genetic relationships of several varieties is related to their center of origin. As expected, most of the varieties have a narrow genetic base. The results obtained can be used for the selection of possible parents to generate a mapping population. The results also reveal the genetic relationship of elite commercial cotton varieties with some standard “Coker” varieties and the diploid G. arboreum L. var. Ravi (old world cotton). Received: 12 July 1996 / Accepted: 26 July 1996     

利用IRAP标记分析烤烟品种间遗传差异

利用基于反转录转座子(IRAP)的分子标记技术分析了59份烤烟品种间遗传差异。结果表明,根据烟草反转录转座子Tnt1、Tto1、Tnd-1序列设计的5个引物共扩增出151条带,其中多态性带145条。每个引物检测到多态性带10~51条,平均为29条。供试材料间遗传相似系数变幅为0.140~0.760,平均为0.540。通过聚类分析可将参试品种分为14个类群,国内大多数推广品种、育成品种被聚在类群,说明其遗传基础比较狭窄;地方品种翠碧1号、小黄金1025、黄苗榆和净叶黄等各自聚为独立的类群,可利用它们作为杂交亲本来拓宽烤烟品种的遗传基础。