强直性脊柱炎患者咽部菌群变化

目的探讨强直性脊柱炎患者的咽部菌群变化。方法筛选入组7例强直性脊柱炎患者和7例健康者咽拭子样本,提取咽部DNA,扩增16SrRNA基因,在Illumina平台测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果从ACE指数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数综合来看强直性脊柱炎患者的咽部菌群Alpha多样性差异不大。Beta多样性分析显示两组研究对象咽部菌群样本可被区分。强直性脊柱炎患者咽部菌群组成和含量发生显著改变,主要变化包括:拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)显著降低。拟杆菌门中普雷沃杆菌属(Prevotella)相关的纲目科属水平都显著降低。放线菌门变化落实到属水平,放线菌属(Actinomyces)显著降低,丙酸杆菌属(Propionibacterium)和棒状杆菌属(Corynebacterium)显著增高。厚壁菌门(Firmicutes)中,芽胞杆菌纲(Bacilli)所属的与链球菌属(Streptococcus)相关的纲目科属水平显著增加,而梭状芽胞杆菌纲(Clostridia)包含的韦荣球菌属(Veillonella)、消化球菌属(Peptococcus)显著下降。此外,变形菌门中出现弧菌属(Vibrio)的增加和弯曲菌属(Campylobacter)的降低等变化。结论强直性脊柱炎患者(本次研究样本)的咽部菌群出现紊乱,以普雷沃杆菌属、放线菌属、韦荣球菌属、消化球菌属和弯曲菌属等显著降低,丙酸杆菌属、棒状杆菌属、链球菌属和弧菌属等显著增加为主要特征。     

高通量测序研究浓香型酒醅的细菌菌群多样性及共变性

高通量测序研究河南三个不同酒厂的浓香型酒醅的细菌微生物菌群,逐次在门、纲、目、科和属5个水平上分析入窖酒醅和出窖酒醅的菌群多样性,探究酒醅发酵后菌群的共性变化规律。结果表明:浓香型酒醅在门水平上的优势菌为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、异常球菌 栖热菌门。在属水平上的优势菌有乳杆菌属、肠杆菌属、短波单胞菌属、克罗彭施泰特氏菌属、节杆菌属、糖多孢菌属、葡萄球菌属。浓香型酒醅发酵后细菌菌群的物种多样性降低,厚壁菌门、杆菌纲、乳杆菌目、乳杆菌科、乳杆菌属的相对丰度增加,而变形菌门、γ 变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科、肠杆菌属的相对丰度降低。高通量测序研究充分展示了浓香型酒醅的细菌菌群多样性,显示了浓香型酒醅发酵后细菌菌群的共性变化规律。     

基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~V4区,采用IlluminaMiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52%和25.39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33.16%,其他53种总和仅占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。     

基于16S rDNA测序对茶园土壤细菌群落多样性的研究

土壤细菌群落组成和多样性,对茶园土壤生态系统健康和肥力可持续性具有的重要理论意义。利用Illumina高通量测序技术测定分析16S rDNA,研究云南景迈山、布朗山和南糯山的现代茶园、古茶园(林)和森林土壤的细菌群落结构与多样性。结果表明:古茶园土壤细菌的丰度和多样性高于现代茶园及森林;研究土壤样本细菌共分属47个菌门、89个目,其中变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、厚壁菌门与拟杆菌门是优势类群,它们在森林、现代茶园和古茶园土壤中的相对丰度累计分别达91.86%、82.48%和77.08%;伯克霍尔德氏菌目、根瘤菌目是优势菌群,其平均丰度分别达13.91%和8.17%,黄单胞菌目、红螺菌目、芽孢杆菌目、放线菌目和拟杆菌目等12个目的丰度较高,达2%以上;PCA分析表明:森林、现代茶园和古茶园土壤的细菌群落结构差异明显,除景迈山外,主要优势细菌丰度依次为:古茶园现代茶园森林,古茶园土壤细菌多样性有增强趋势。     

罗伊氏乳酸杆菌SL001对AD模型小鼠和C57BL/6小鼠肠道微生物的影响

本研究旨在调查阿尔茨海默症模型小鼠(APP/PS1双转基因小鼠,AD小鼠)与野生型小鼠(C57BL/6小鼠)肠道菌群的多样性差异,以及添食罗伊氏乳酸杆菌SL001 (Lactobacillus reuteri SL001)对两种小鼠肠道微生物菌群结构组成的影响,探讨其是否可对AD小鼠起到积极的改善作用。首先将雄性AD模型和野生型小鼠分别分成添食组和未添食组(每组5只),添食组小鼠每天用0.2 mL浓度为5×10~(11) CFU/mL的L. reuteri SL001菌悬液灌胃,未添食组则每天接受等量的无菌PBS,通过口服管饲法进行给物,周期为45 d。实验结束后,采集小鼠的粪便样本,通过高通量测序技术测定了16S rRNA V3–V4区序列,并对群落结构和多样性进行比较分析。结果显示4个处理组小鼠的肠道微生物OTUs总共包括19个门、40个纲、64个目、104个科和175个属。AD模型小鼠的α多样性大于野生型小鼠,但是两者之间的差异不显著。添食L. reuteri SL001后,两种小鼠的α多样性均增加,AD模型小鼠的增幅较小。在门水平上,4组小鼠的优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),AD模型小鼠中的拟杆菌门丰度低于野生型,厚壁菌门的丰度高于野生型,添食L. reuteri SL001会降低小鼠的厚壁菌门/拟杆菌门的比例(F/B)。在目水平上,AD模型小鼠中的拟杆菌目(Bacteroidales)、乳酸杆菌目(Lactobacillales)、芽胞杆菌目(Bacillales)和双歧杆菌目(Bifidobacteriales)的相对丰度低于野生型小鼠。在属水平上,丰度较高的属有Allobaculum、毛螺旋菌属(Lachnospiraceae_NK4A136_group)、拟杆菌属(Bacteroides)、乳酸菌属(Lactobacillus)。AD模型小鼠的拟杆菌属、乳酸菌属、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)的相对丰度低于野生型小鼠,添食L. reuteri SL001会增加这些属以及拟杆菌目、乳酸杆菌目、芽胞杆菌目和双歧杆菌目在AD模型小鼠中的丰度。AD模型小鼠的丁酸弧菌属(Butyrivibrio)相对丰度也低于野生型,添食L. reuteri SL001后,其相对丰度在两种小鼠中均出现降低。野生型小鼠的优势菌种为杆菌纲(Bacilli)中的乳酸杆菌科(Lactobacillaceae),AD模型小鼠中未发现优势菌群,这一结果与不同比例物种分类树结果相符。文中结果揭示了AD模型小鼠与野生型小鼠肠道微生物多样性差异,也表明添食L. reuteri SL001可以改善小鼠肠道细菌群落结构组成,对AD模型小鼠能够起到一定程度的积极调整作用。     

抑郁症患者肠道菌群研究

目的研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况。方法选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例。收集患者新鲜粪便,利用16SrRNA基因测序技术分析患者肠道菌群。结果对159例粪便标本进行16SrRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16SrRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组。在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组。抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关。结论抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比。     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

喂养方式对西安地区0～2个月婴儿肠道菌群的影响

目的 探讨母乳和混合喂养方式对西安地区婴儿肠道菌群的影响。方法 收集24例0～2月龄西安地区健康婴儿粪便样本,根据婴儿的喂养方式,将样本分为母乳喂养组（17例）和以奶粉为主的混合喂养组（7例）。利用16S rRNA基因测序技术对不同喂养方式的婴儿肠道菌群进行测序,比较不同喂养方式对婴儿肠道菌群多样性和菌群差异的影响。结果 母乳喂养组婴儿粪便样本Ace指数和Chao1指数显著高于混合喂养组（t=4.886, P<0.05; t=6.855, P<0.05）, Shannon指数显著低于混合喂养组（t=2.126,P<0.05）。门水平上,2组样本均以放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门为主,但比例存在差异。相比混合喂养组,母乳喂养组婴儿粪便样本放线菌门和拟杆菌门丰度显著升高（U=6,P<0.05;U=0,P<0.05）,厚壁菌门和变形菌门丰度显著降低（U=24,P<0.05;U=16,P<0.05）。属水平上,母乳喂养组婴儿粪便样本双歧杆菌相对丰度（72.04%）显著升高,同时发现罗氏菌属和葡萄球菌属相对丰度也高于混合喂养组（U=17,P<...     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

基于16S rRNA基因测序比较分析不同抗生素干预对小鼠肠道菌群动态变化的影响

目的探讨不同种类抗生素对小鼠肠道菌群多样性和组成动态变化的影响。方法采用健康SPF级雌性C57BL/6小鼠20只随机分为对照组(CON组)6只、万古霉素组(VAN组)6只和多黏菌素组(PMB组)8只,通过饮用抗生素方式连续处理5周,于3周、5周采集小鼠粪便样本进行16S rRNA基因的V4-V5区测序。结果与CON组相比,VAN组处理3周和5周菌群多样性显著降低,以疣微菌门(阿克曼菌科)、变形菌门(肠杆菌科)及无胆支原体科相对丰度显著增加,拟杆菌门(Muribaculaceae菌科、普雷沃菌科)和毛螺菌科显著减少为特征(P均0.05)。PMB组处理3周后,菌群多样性显著增加,以普雷沃菌科和毛螺菌科相对丰度显著增加,疣微菌门(阿克曼菌科)和Muribaculaceae菌科显著减少为特征。PMB处理5周后,菌群多样性显著降低,以疣微菌门(阿克曼菌科)相对丰度显著增加,而厚壁菌门(毛螺菌科)显著减少为特征(P均0.05)。结论用不同种类的抗生素处理不同时间后小鼠肠道菌群组成不同,但多样性均显著降低,且抗生素处理时间越长菌群多样性降低幅度越大,菌群种类越少。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

老年阿尔茨海默病患者肠道微生态改变及其与认知功能的关系探讨

目的探讨老年阿尔茨海默症患者肠道微生态结构与认知功能的关系。方法将2016年7月-2019年5月医院收治的86例老年阿尔茨海默病患者和73例健康志愿者,分别记为研究组和对照组。采用简易精神状态评价量表(MMSE)进行评分评价两组认知功能,采用高通量测序检测两组肠道微生物多样性。比较两组肠道微生物多样性与MMSE评分,并比较研究组中认知功能正常者与障碍者肠道微生物结构;采用Pearson相关性分析法探讨肠道微生物结构与认知功能障碍者的相关性。结果研究组肠道菌群Chao1指数、Shannon指数、放线菌门、拟杆菌门、放线菌科、乳杆菌科、拟杆菌科、双歧杆菌属、乳杆菌属、拟杆菌属、MMSE评分均低于对照组(均P0.05);研究组厚壁菌门、变形菌门、子囊菌门、梭菌科、假单胞菌科、葡萄球菌科、肠杆菌科、隐球酵母科、梭状芽孢杆菌属、假单胞菌属、葡萄球菌属、变形杆菌属、假丝酵母菌属相对丰度均高于对照组(均P0.05);研究组中认知功能障碍发生率为70.93%,且认知功能障碍者肠道菌群Chao1指数、Shannon指数,门、科、属水平相对丰度与认知功能正常者对比和上述结果一致;研究组与对照组肠道拟杆菌门、子囊菌门、拟杆菌科、梭状芽胞杆菌属、假丝酵母菌属、放线菌门、乳杆菌属、拟杆菌属相对丰度差异具有统计学意义(均P0.05);研究组认知功能障碍与认知功能正常者肠道未分类拟杆菌门、子囊菌门、假单胞菌属、拟杆菌属、变形杆菌属、梭状芽孢杆菌属、拟杆菌门、拟杆菌科、假丝酵母菌属相对丰度差异具有统计学意义(均P0.05);研究组中肠道菌群Chao1指数、Shannon指数,放线菌门、拟杆菌门、放线菌科、乳杆菌科、拟杆菌科、双歧杆菌属、乳杆菌属、拟杆菌属相对丰度与MMSE评分均呈正相关,厚壁菌门、变形菌门、子囊菌门、梭菌科、假单胞菌科、葡萄球菌科、肠杆菌科、隐球酵母科、梭状芽孢杆菌属、假单胞菌属、葡萄球菌属、变形杆菌属、假丝酵母菌属相对丰度与MMSE评分均呈负相关。结论老年阿尔茨海默病患者肠道微生物结构存在异常,且认知功能障碍者更加严重,认知功能与肠道微生物相关。     

利用宏基因组学技术开展幼女阴道菌群多样性分析

目的利用宏基因组学技术分析成都地区健康幼女阴道菌群多样性,为全面了解健康幼女的阴道微生态环境、制定幼女阴道微生态指标正常值范围奠定基础。方法选取2018年10月至2019年4月在四川大学华西第二医院妇科门诊就诊的4～6岁健康幼女共14例为研究对象,同时收集健康成年女性阴道分泌物标本,通过革兰染色、细菌培养和质谱分析评价2组人群样本菌群状况及差异。采用通用引物对细菌16S rDNA基因的V3-V4区进行扩增,将PCR产物进行变性梯度凝胶电泳,通过对DGGE特征条带切胶回收并进行克隆测序,利用GenBank中的Blast与已知序列比对,鉴定细菌菌种,分析幼女阴道菌群的多样性特征。结果革兰染色及微生物培养表明,健康成人阴道分泌物主要菌群以革兰阳性大杆菌为主,而幼女阴道分泌物主要以革兰阴性杆菌及革兰阳性球菌为主。先农指数和辛普森指数分析发现随着年龄增长,细菌多样性呈现下降趋势。物种丰度热图分析表明,4岁组幼女阴道分泌物主要细菌为不解糖嗜胨菌、埃扎基拉菌、卟啉单胞菌和普雷沃菌;5岁组幼女阴道分泌物主要细菌为假单胞菌、鞘氨醇单胞菌、不动杆菌和肠杆菌;6岁组幼女阴道分泌物主要细菌为假单胞菌、鞘氨醇单胞菌、气单胞菌和头孢菌。基于细菌同源蛋白簇(COG)的功能丰度热图分析,发现随着年龄的增长,细菌功能在不断增加,4岁组和6岁组样本显示出明显的细菌功能差异。结论通过宏基因组学分析发现幼女阴道常见优势菌种为假单胞菌、鞘氨醇单胞菌、不解糖嗜胨菌、普雷沃菌、气单胞菌等,与育龄妇女优势菌有很大差异。随着年龄增长,细菌多样性呈现下降趋势,而菌群功能呈增加趋势。这些发现对全面了解健康幼女的阴道微生态、制定幼女阴道微生态正常值范围具有重要意义。     

不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群的影响

目的 探讨不同分娩方式对晚期早产儿肠道菌群定植的影响。方法 以胎龄(周)为34~(0/7)～36~(6/7)的15例晚期早产儿为研究对象,根据分娩方式分为自然分娩组(n=8)和剖宫产组(n=7)。收集早产儿出生后3 d、7 d、14 d的粪便标本,应用高通量测序技术对细菌16S rRNA可变区中的V4区进行测序,分析肠道菌群多样性及组成结构。结果 (1)自然分娩组晚期早产儿粪便标本菌群多样性指数逐渐上升,剖宫产组的多样性指数较平稳,两组相比差异无统计学意义;(2)45份粪便标本中共检测出10个菌门,均以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门和拟杆菌门为优势菌门,两组晚期早产儿生后变形菌门、拟杆菌门所占比例逐渐降低,厚壁菌门、放线菌门呈增多趋势。两组相比,剖宫产组7 d、14 d时拟杆菌门的相对丰度显著低于自然分娩组(Z=-2.896,P=0.004;Z=-2.120,P=0.040),变形菌门相对丰度仅在7 d时显著高于自然分娩组(Z=-2.190,P=0.030);(3)两组研究对象中,除自然分娩组14 d时以双歧杆菌属为优势菌属外,余下均以肠杆菌属为优势菌属。相比于自然分娩组,在7 d时剖宫产组拟杆菌属所占比例显著降低(Z=-2.806,P=0.005),肠杆菌属所占比例显著升高(Z=-2.199,P=0.030)。结论 剖宫产能显著影响婴儿早期肠道菌群的定植,降低肠道中早期拟杆菌的水平。     

基于高通量测序的精神分裂症患者 肠道菌群多样性

目的探讨精神分裂症患者肠道菌群多样性变化。方法收集16例精神分裂症患者(schizophrenia,Sch)与18例健康者(healthy donor,HD)的粪便样本,提取肠道菌群基因组,扩增16SrRNA基因,运用Illumina平台进行测序。对测序结果进行多样性和物种组成差异分析。结果精神分裂症患者组肠道菌群在门、纲、目、科、属、种、分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs)水平的群落种类数目少于健康对照组。Alpha多样性指标中患者组的Ace指数(226.58±31.67)、Chao1指数(222.29±34.45)和Shannon指数(2.66±0.69)明显低于健康对照组(293.63±56.07、302.2±57.99、3.59±0.36),差异均有统计学意义(Ps0.001),而Simpson指数(0.20±0.17)明显高于健康对照组(0.07±0.03),差异有统计学意义(P0.01);Beta多样性分析显示两组研究对象肠道菌群样本可被鉴别区分。精神分裂症患者组与健康对照组样本在门和属水平上肠道菌群组成和含量有差异,其中患者组拟杆菌门和软壁菌门占比明显低于健康组,差异有统计学意义(21.76%vs.27.05%,P=0.008;0.00%vs.0.20%,P=0.033),而放线菌门明显高于健康组(13.52%vs.2.88%,P=0.020),差异有统计学意义;患者组拟杆菌属和柔嫩梭菌属占比明显低于健康组(9.15%vs.20.60%,P=0.031;3.29%vs.9.58%,P=0.005),差异有统计学意义,而双歧杆菌属、普雷沃菌属和巨单胞菌属明显高于健康组(10.89%vs.1.78%,P=0.025;10.88%vs.1.98%,P=0.046;10.78%vs.2.69%,P=0.026),差异有统计学意义。结论基于16SrRNA的高通量测序有助于分析精神分裂症患者肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与精神分裂症的关系提供新的思路和理论依据。     

高通量测序检测肺炎婴幼儿抗生素治疗前后肠道菌群变化

目的了解抗生素对肺炎婴幼儿肠道菌群多样性和结构的影响。方法选取5例1岁以内因轻度社区获得性肺炎住院的患儿,收集抗生素治疗前及治疗后第3~5天的粪便标本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16SrRNA基因V3~V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果抗生素治疗后第3~5天婴幼儿肠道菌群的多样性明显下降。变形菌门的相对丰度在3例婴幼儿的肠道中下降;厚壁菌门的相对丰度在4例婴幼儿的肠道中下降;而拟杆菌门的相对丰度在4例婴幼儿的肠道中上升;厚壁菌门与拟杆菌门的比例下降。肠道内不动杆菌属、喜胆汁菌属、埃格特菌属、肠球菌属、支原体、颤螺菌属、紫单胞菌属、普雷沃菌属和真杆菌属增长1倍以上;奇异菌属、双歧杆菌属、黄杆菌属、乳酸菌属、链球菌属、萨特菌属和韦荣球菌下降超过50%。结论婴幼儿短期使用抗生素治疗肺炎后,肠道菌群的多样性下降,肠道微生态失衡。     

系统性红斑狼疮小鼠肠道微生物与抗dsDNA抗体水平的相关性

目的探讨系统性红斑狼疮(简称狼疮)TC小鼠肠道微生物菌群结构与抗ds DNA抗体之间的关系。方法 ELISA法检测狼疮TC小鼠血清抗ds DNA抗体,然后分别收集ds DNA阳性组和阴性组的小鼠粪便,利用Illumina Hi Seq 2500高通量测序,进行粪便样本16S测序,比较两组之间的肠道微生物菌群结构与抗ds DNA抗体水平之间的关系。结果通过ELISA检测抗体结果和小鼠粪便高通量测序结果显示,ds DNA阳性组TC小鼠的物种群落多样性显著低于ds DNA阴性组;同时,两组TC小鼠肠道微生物分别在门水平Chloroflexi(绿弯菌门);纲水平Betaproteobacteria(β变形菌纲)、Deltaproteobacteria(δ变形菌纲)和Ktedonobacteria(纤线杆菌纲);目水平Burkholderiales(伯克氏菌目)、Desulfovibrionales(脱硫弧菌目)和Ktedonobacterales(纤线杆菌目);科水平Alcaligenaceae(产碱菌科)和Desulfovibrionaceae(脱硫弧菌科);属水平Parasutterella(副萨特氏菌属)和Desulfovibrio(脱硫弧菌属)上差异有显著性(P0.05)。结论狼疮TC小鼠肠道微生物菌群结构与抗ds DNA抗体高度相关,本研究为进一步阐明肠道微生物菌群与系统性红斑狼疮发病机制的关系提供依据。     

脑卒中后抑郁症患者粪便微生物种群多样性和均衡性分析CSCD

目的分析脑卒中后抑郁症患者粪便中的微生物种群多样性和均衡性。方法选择我院2018年10月至2020年10月神经内科住院部收治的68例脑卒中后抑郁症患者为试验组。在同一时期选择我院体检中心的68例健康体检者作为对照组。采用第二代高通量测序技术对其粪便中的微生物种群多样性和均衡性进行分析。结果(1)两组对象粪便样本微生物种群Good′s Coverage指数差异无统计学意义(P>0.05),而试验组OTU种类、Chao 1指数和Ace指数高于对照组(均P<0.05)。(2)两组对象粪便样本微生物种群Shannon指数、Simpson指数和Evenness指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。(3)两组对象粪便样本微生物种群均包括变形菌门、拟杆菌门、梭杆菌门以及厚壁菌门,其中试验组厚壁菌门相对丰度显著低于对照组,而其他3种菌门则高于对照组(均P<0.05)。(4)试验组患者粪便样本微生物种群理研菌科、氨基球菌科、梭杆菌科、Erigeronaceae、肠杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度较高,而瘤胃菌科、普雷沃菌科、毛螺菌科以及单毒丝菌科的相对丰度较低(均P<0.05)。(5)在属水平上,试验组对象粪便样本微生物种群有11种菌属的相对丰度高于对照组,有3种菌属的相对丰度低于对照组(均P<0.05)。结论脑卒中后抑郁症患者粪便中微生物种群与健康人群存在较大差异。     

不同“肠型”人群肠道菌群结构

目的为了发挥饮食对肠道菌群的有益调节作用,预防代谢性疾病的发生,特研究不同肠型人群肠道微生物组成和对饮食的代谢情况。方法随机招募志愿者(n=102),排除病患和近1个月内有抗生素药物史的志愿者。剩余志愿者(n=70)收集晨便、晨尿样本,通过Illumina HiSeq 2500测序仪对粪便样本中肠道菌群V3-V4区进行16S rDNA测序,分析肠道菌群的结构;通过高分辨质谱仪开展尿液代谢组分析。结果通过肠道菌群可将志愿者分成2种肠型:A和B,A肠型志愿者F/B值(肠道优势菌厚壁菌门与拟杆菌门丰度比例)低于B肠型。A肠型志愿者结肠拟杆菌科、韦荣球菌科、肠杆菌科、消化链球菌科的丰度高于B肠型,而瘤胃菌科、普雷沃菌科、紫单胞菌科和理研菌科的丰度低于B肠型。结论结果表明研究人群肠道中至少存在着2种肠型,在菌群结构上具有显著的差异。     

云南文山铝土矿区微生物多样性初步研究

目的对云南文山铝土矿区矿石样品中的细菌多样性进行研究。方法采集云南文山铝土矿矿石样品,利用16SrRNA高变基因序列构建细菌基因文库,建立系统发育树,初步探究该矿区细菌多样性。结果文山铝土矿区矿石样品中细菌的主要菌群包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,其中优势菌群为变形菌门的细菌。结论云南省文山铝土矿区的矿石样品中存在丰富的细菌,且种群多样性较好。