药用真菌子实体多糖SEC-HPLC图谱的相似度定量评价研究

目的:对灵芝属Ganoderma下4个种共7个菌株及灰树花Grifola frondosa和云芝Trametes versicolor共9种子实体粗多糖进行了体积排阻HPLC色谱(SEC-HPLC),并分析了相似度.方法:各样品水提物的HPLC图谱用平方欧氏距离法计算了相似度,用离差平方和法进行聚类分析.结果:灵芝属内各样品聚类距离为8,灰树花与云芝的聚类距离为16,它们与灵芝属的距离为25,说明同一灵芝属内的不同种及同种不同菌株所产生的多糖分子量分布近似度远高于来自树花菌属的灰树花或栓菌属的云芝.结论:此方法可量化描述不同多糖间SEC-HPLC的相似关系,有作为真菌多糖样品质量控制手段的潜在能力.     

药用真菌子实体多糖SEC—HPLC图谱的相似度定量评价研究

目的：对灵芝属Ganoderma下4个种共7个菌株及灰树花Grifola ffondosa和云芝Trametes versicolor共9种子实体粗多糖进行了体积排阻HPLC色谱（SEC—HPLC）,并分析了相似度。方法：各样品水提物的HPLC图谱用平方欧氏距离法计算了相似度,用离差平方和法进行聚类分析。结果：灵芝属内各样品聚类距离为8,灰树花与云芝的聚类距离为16,它们与灵芝属的距离为25,说明同一灵芝属内的不同种及同种不同菌株所产生的多糖分子量分布近似度远高于来自树花菌属的灰树花或栓菌属的云芝。结论：此方法可量化描述不同多糖间SEC—HPLC的相似关系,有作为真菌多糖样品质量控制手段的潜在能力。     

基于信息论k—modes聚类法的基因表达数据分析

k-均值聚类算法是一种广泛应用于基因表达数据聚类分析中的迭代变换算法,它通常用距离法来表示基因间的关系,但不能有效的反应基因间的相互依赖的关系。为此,提出基于信息论的k-modes聚类算法,克服了以上缺点。另外,还引入了伪F统计量,一方面,可以对空间中有部分重叠的点进行有效的分类;另一方面,可以给出最佳聚类数目,从而弥补了k-modes聚类法的不足。使其成为一种非常有效的算法,从而达到较优的聚类效果。     

一种基于信息理论的距离系数

给出了一种基于信息理论的距离系数,这一新的信息系数是通过对信息论中的离散增量系数改进而得,并证明其满足距离系数的三个性质．将其应用于一组同源辅助蛋白的聚类分析,表明是可行的．与离散增量系数及经典的欧氏距离系数的聚类结果进行比较,应用相干系数对聚类结果进行评价,结果表明由新信息距离系数所确定的聚类结构与聚类数据问的拟合程度最好.     

广西常绿阔叶林的聚类分析

本文用聚类分析法对取自广西不同地区的30个常绿阔叶林的样地资料进行了分类。样地间相似性的计算采用了Bray—Curtis距离和Euclidian距离公式。聚合策略是用最近邻体法、最远邻体法,中线法、形心法、组平均法、可变组平均法、可变法以及平方和增量法等八种聚合方法。结果证明,用聚类法所划分的类型与按优势种划分的类型既有相似之点,又有不同之处。但是聚类分析法可以对样地进行更为仔细的分离,即不但可把取自不同地区而优势种相同的归为一类,有时还可把它们划分开来;同时也会把优势种不同而地区相同的样地归并到一起。这反映了与地区的纬度、海拔等生境条件相联系的区系组成的变化。根据聚类分析结果把25个样地划分出7种类型,并在其中5类中找出了它的标志种,此外还对8种聚类法和等级划分阈值进行了讨论。     

AFLP引物组合数量对准确研究竹子系统关系的影响

利用AFLP技术对26个竹子种类进行了多样性分析,以探索引物组合数量对准确研究竹子类群系统关系的影响。实验共随机选取10对AFLP引物,并对所得10组AFLP标记数据随机组合后进行Nei氏遗传距离/UPGMA聚类分析。每对AFLP引物扩增数据为一组,随着用于聚类统计的AFLP标记数据随机组合数量的增加,26个竹子种类的聚类关系趋向一致。这提示我们,在系统学研究中,足够数量的引物组合是获得供试材料间准确聚类关系的基础,应采用对各AFLP引物组合数据随机累加后进行聚类分析的方法,以聚类关系为标准来确定用于分析供试品种的最少引物组合数量。     

AFLP 引物组合数量对准确研究竹子系统关系的影响

利用AFLP技术对26个竹子种类进行了多样性分析, 以探索引物组合数量对准确研究竹子类群系统关系的影响。实验共随机选取10对AFLP引物, 并对所得10组AFLP标记数据随机组合后进行Nei氏遗传距离/UPGMA聚类分析。每对AFLP引物 扩增数据为一组, 随着用于聚类统计的AFLP标记数据随机组合数量的增加, 26个竹子种类的聚类关系趋向一致。这提示我们,在系统学研究中, 足够数量的引物组合是获得供试材料间准确聚类关系的基础, 应采用对各AFLP引物组合数据随机累加后进行聚类分析的方法, 以聚类关系为标准来确定用于分析供试品种的最少引物组合数量。     

岷江流域王百合和通江百合多酚氧化酶同功酶的研究

应用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳技术,对岷江流域王百合3个采样点的14个样品和通江百合4个采样点的4个样品的多酚氧化酶(PPO)同功酶进行了研究。结果表明,两种百合的多酚氧化酶在种间和种内均有一定差异。酶谱的聚类分析在遗传相似系数约0.5处,将两种百合18个样品分成5个类群,其中王百合的13个样品聚成了4类,样品12则与通江百合的4个样品聚成了1类;5个类群在外部形态上也呈现出相似性。     

中药材分类中的聚类分析

本文应用聚类分析中的系统聚类法与模糊聚类法,对植物药材百合的18个样品进行了聚类．结果不仅两法所得的结论相一致,而且与传统分类的情况相符合．     

利用分子标记和形态学性状检测的陆地棉栽培品种遗传多样性

利用RAPD,ISSR和SSR3种分子标记方法和2年田间实验对国内外36个陆地棉栽培品种的遗传多样性进行了研究,以3种分子标记在36个品种之间扩增的282条多态性位点所赋值的0,1数据,采用Nei和Li的方法,计算的品种成对相似系数从0．5745到0．9291,其品种平均数从0．6547到0．7524,又以2年品种表现的性状平均数经正态标准化后,采用欧氏距离计算了成对品种的遗传距离。分别以相似系数和传距离矩阵,采用类平均法进行聚类分析,其聚类结果把供试品种大致分为国外品种,新疆品种,早熟类型品种和我国的中熟棉品种等几个类群,类内进一步分组表明,分子标记确定的传关系基本上与品种系谱的种质系统一致,但并不能按系谱或种植生态区域简单地归属,尽管分子标记数据计算的相似系数矩阵和表现型计算的遗传距离矩阵存在极显著的相关关系（r=-0.335),但以遗传距离进行聚类分析的类内分组的组间特征不明显,分子标记是检测类内品种间遗传差异的有效方法,研究结果为棉花育种亲本选配提供了理论依据。     

生物序列的聚类分析

通过不同的聚类方式,对公共数据库中生物序列数据进行生物信息的挖掘,以达到在更广泛和更深入的框架中了解它们之间的相互关系的目的。以帕金森病相关基因所对应的mRNA序列为例,使用双序列比对的得分值作为序列之间的距离定义。同时为解决不同聚类分析之间的差异,分别采用模糊聚类和层次聚类两种不同的方法进行聚类分析。并由不同聚类方法得到的一致分类聚类的结果为基因功能分类提供支持,为进一步揭示生物序列所蕴涵的生物学知识和生物学规律提供可参考的依据。     

多个SPF鸡品系的RAPD分析

目的用RAPD方法分析三个品系SPF鸡的遗传变异,以指导SPF鸡群的育种工作.方法对三个SPF鸡品系F、M及B系和对照H纯系分别采血样30个,等量混匀为三个混合样,提取DNA,筛选随机引物,优化反应体系后进行PCR扩增,计算品系内平均相似系数,根据品系间遗传距离进行聚类分析并绘制树状聚类图.结果60个随机引物中有13个产生清晰稳定的多态条带,B系品系内平均相似系数为0.903,F系和M系分别为0.673和0.755,H系为0.968;聚类分析的结果是每个品系的三个样品先聚为一类,然后F系与M系、B系与对照H系分别聚为一类.结论F系和M系的纯合程度均较低,而B系较高;F系与M系的遗传距离较近,而与B系之间距离较远,三者亲缘关系以F系与M系较近,这与各个品系的引种背景相一致.     

基因型值多次聚类法构建作物种质资源核心库

采用合适的遗传模型无偏预测基因型值,用基因型值进行聚类分析,采用马氏距离计算遗传材料间的遗传距离,并用不加权类平均法（ＵＰＧＭＡ）进行聚类,根据树型图,从遗传变异相似的每组二个遗传材料中随机选取一个遗传材料,如组内只有一个遗传材料,则选取该遗传材料,对所取的所有遗传材料再次聚类、取样,直至所取遗传材料的数量为总遗传的２０％￣３０％,这些遗传材料作迷为核心聚类。用方差同质性测验、均值ｔ测验评核心资源     

复杂生物数据集的聚类数自动确定方法

聚类数目是影响聚类效果的关键参数,通常需要人工确定,对于较难获得这一先验知识的复杂生物数据集,聚类分析会因此受到限制。针对这一问题,文章提出一种自动确定最佳聚类数目的方法,该方法利用体现"类内紧凑类间离散"思想的优化聚类算法来执行主要计算,结合目标函数二阶差分的判定准则,通过聚类算法的自学习来确定最佳聚类数。实验结果显示,该方法能在复杂数据集上自动得到合理的聚类数目。     

辣(甜)椒种质资源的RAPD分析

用RAPD技术对我国的34个辣(甜)椒品种进行了分析,22个随机引物共扩增出119条带,其中67条具多态性。采用Nei、Jaccard和欧氏距离3种方法计算各品种间的遗传距离矩阵,分别根据3个遗传距离矩阵进行UP-GMA聚类分析,得出3个树形聚类图。聚类结果表明,IBPGR将辣椒种划分为4个变种的建议更为合理,Nei方法与Jaccard方法的结果均认为圆锥椒与灯笼椒的亲缘关系较近．而欧氏距离法的结果则认为所有辛辣类型的亲缘关系较近。研究还发现,栽培及育种活动在变种的发展过干旱中起到了重要作用。     

蒙古沙拐枣种群形态和同工酶变异的比较研究

调查和测定了中国西北荒漠地区的蒙古沙拐枣(Calligomum mongolicum Turcz)5个种群的形态学指标,应用方差分析(MANOVA)、主成分分析(PCA)和聚类分析,对种群间及种群内的形态性状进行研究。结果表明,种群间的形态变异差异显著。植株高度、种子刺毛长度和种子重量指标具有较强的形态差异性分析意义。形态差异(欧氏距离)与种群间基因流动(地理距离)间没有发现相关关系。聚类分析结果表明,种群M1与M2亲缘关系最近,种群M5与其他种群的亲缘关系相对较远;采用垂直板聚丙烯酰胺电泳技术对5个种群的3个酶系统进行了遗传多样性分析,结果表明,种群M5与其他种群的遗传一致度稍低(0．8197～0．8902)以外,其余各种群遗传一致度较高(0．8480～0．9505),体现其亲缘关系较近。依据Nei的遗传距离进行聚类,结果与形态聚类结果有一定的相似性。     

应用聚类分析方法研究鲤亚科鱼类的系统发育

本文把聚类分析方法与分支分类学的特征分析方法相结合,以单源群内各分类单元之间具有共同离征的多少作为聚类的依据,逐步把全部单元聚在一起。因聚类依据为共同离征的多少,因此,在一定程度上,聚类所得分浓图即为该单源群的系统发育图。按上述原理,应用于鲤亚科鱼类的系统发育研究,所得分支图与按分支分类学的简约性原则推导的分支图吻合,但应用聚类分析方法后,可使系统发育关系的推导建立在一定的数学基础上。     

聚类分析在黄霉素发酵过程中的应用

【目的】将聚类分析的方法应用于黄霉素摇瓶发酵条件的优化过程中。【方法】通过系统聚类算法、K均值聚类算法和模糊C均值聚类算法对不同批次黄霉素发酵的摇瓶数据的聚类分析进行比较,发现模糊C均值聚类算法优于其他聚类算法,确定了以模糊C均值聚类算法对黄霉素摇瓶发酵数据进行聚类分析。【结果】然后利用模糊C均值聚类算法选取优质组样本,并利用优质样本优化了黄霉素摇瓶发酵的控制参数分布范围。【结论】这充分证明了聚类分析在发酵过程的优化过程中有良好的实用性。     

系统聚类分析在细菌全细胞脂肪酸模式识别中的应用

用欧氏距离系数和指数相关系数,结合8种常用的系统聚类算法,对用毛细管柱气相色谱祛绘制的34株莫拉氏菌(Moraxella)及其类属菌和13株嗜肺军团杆菌(Legionella pneumo-phila)的全细胞脂肪酸气相色谱图,进行了聚类分析。比较了欧氏距离系数的8种系统聚类算法所得的聚类树状谱。结果表明,奠拉氏菌与嗜肺军团杆菌可以明确区分。在奠拉氏菌中,我国分离的两个新种与目前该属的主要标准株也能明确区分。两种相似系数中,欧氏距离系数的聚类结果较好;8种系统聚类算法中,最长距离法和类平均法的聚类结果较好。     

AFLP技术在天麻遗传变异研究中的初步应用

为探讨AFLP技术在天麻遗传变异研究的应用,选取11对AFLP引物对11份不同来源天麻品种之间遗传关系进行AFLP分析的结果表明,11对引物共扩增出543条扩增带,每个引物组合在个体间扩增条带的数目有33~83条,平均为49.5。采用UPGMA法聚类分析得到的天麻各品种之间遗传距离为0.0792~0.6004。UPGMA聚类图显示,11份样品分为两大组群,其中的贵州天麻一群又分为2个组群。