一种表征蛋白质可分泌性的结构融合度特征

选择适宜的信号肽是实现外源蛋白高效分泌表达的一个重要因素。本研究利用生物信息学方法分析信号肽与外源蛋白之间的相容程度,将其定义为结构融合度,并从数学角度分析拼接信号肽与目的蛋白邻近残基之间的相互作用,提出了信号肽拼接区域与目标蛋白之间的数学模型,利用该模型进行结构融合度特征提取,以此来表征外源蛋白质的可分泌性。模拟结果显示结构融合度特征能有效区分枯草芽孢杆菌宿主的可分泌和不可分泌蛋白。研究结果有助于信号肽的选择,对目的蛋白分泌表达的优化具有一定的指导意义。     

复杂生物数据集的聚类数自动确定方法

聚类数目是影响聚类效果的关键参数,通常需要人工确定,对于较难获得这一先验知识的复杂生物数据集,聚类分析会因此受到限制。针对这一问题,文章提出一种自动确定最佳聚类数目的方法,该方法利用体现"类内紧凑类间离散"思想的优化聚类算法来执行主要计算,结合目标函数二阶差分的判定准则,通过聚类算法的自学习来确定最佳聚类数。实验结果显示,该方法能在复杂数据集上自动得到合理的聚类数目。     

不同海拔细叶亚菊挥发油成分的比较

采集不同海拔的细叶亚菊地上部分为原料，采用水蒸馏法提取挥发油。用GC-MS对挥发油进行化学成分分析，通过SPSS 22.0统计软件分析共有成分与海拔高度的相关性。不同海拔高度细叶亚菊中挥发油成分差异明显，共有成分5种，分别为樟脑、α-蒎烯、β-蒎烯、桉叶油素、（-）-4-萜品醇。各海拔挥发油中含量最高的化学物质依次为桉叶油素、樟脑、邻-异丙基苯、樟脑、桉叶油素。各海拔相对含量在5%以上的化合物相同的只有桉叶油素。相关性分析结果显示这5种共有成分的含量与海拔并无显著相关性。海拔高度对挥发油中共有成分含量的变化无规律性影响。