PRELIMINARY STUDY ON MITOCHONDRIAL CYTOCHROME b DNA SEQUENCES AND PHYLOGENY OF FORMALIN FIXED SISORID FISHES (Teleostei:Siluriformes)

从９种科鱼类的福尔马林标本中获得了３３３ｂｐ的细胞色素ｂ基因片段的序列。这９个种分别代表科鱼类的８个属。３３３ｂｐ的ＤＮＡ序列经ＭＵＳＴ软件排序后,有１０１个变异位点,其中有３９个信息位点。序列在成对物种间的距离为８～４８。平均遗传距离为２４％～１４４％。简约分析产生了最大简约系统树,其步长是１６２（ＣＩ＝０７３５,ＲＩ＝０４９４）。在该系统树上,Ｂａｇａｒｉｕｓ是最原始的属,并与所有其他的物种形成姊妹群。其余８个属形成一个单系类群并分为二个姊妹群。尽管在形态上具有１３个离征,但在分子系统树上,鱼类并未形成一个单系类群。可能的原因是３３３ｂｐ序列中的星系信息位点太少;另外单从福尔马林浸制标本获得的ＤＮＡ序列的可靠性尚有待进一步验证     

用RAPD技术对特化等级裂腹鱼类新缘关系的探讨

为确定特化等级裂腹鱼类的遗传分化关系,对７种２２个裂腹鱿个体进行随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）研究。从所使用的４０个随机引物中,选择了３７个扩增带谱清晰的引物进行分析。根据构建的分子系统树显示,特化等级裂腹鱼类划分为３个属级分类单元较为合适,这与采用形态学特征进行系统分析所得出的结论一致。在２２个个体之间遗传距离矩阵中,最大的跗距离指数达到了９０．３８％,此外,还有较多的跗距离指数也在６０％￣９０     

Zhao科鱼类细胞色素b基因片段的序列测定及其系统发育的初步研究

从９种Ｚｈａｏ科鱼类的福尔马林标本中获得了３３３ｂｐ的细胞色素ｂ基因片段的序列。这９个种分别代表Ｚｈａｏ科鱼类的８个。３３３ｂｐ的ＤＮＡ序列经ＭＵＳＴ软件排序后,有１０１个变异位点,其中有３９个信息位点。序列在成对物各间的距离为８－４８。平均遗传距离为２．４－１４．４％,简约分析产生了晨在简约系统树。其步长是１６２。在该系统树上,Ｂａｎｇａｒｉｕｓ是最原始的属,并与所有其他形成的物种姊妹群。其余８     

冬虫夏草的随机扩增多态DNA及其遗传分化

本文对来自青藏高原３个区域５个具有代表性地方的１３个冬虫夏草样本进行随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）分析。１９个随机引物获得的ＲＡＰＤ谱带清晰并呈现多态,单个引物获得的ＲＡＰＤ片段数在３￣１０个之间。该１９个引物在每个样本中扩增的ＲＡＰＤ片段总数平均约为６５个。基于遗传距离分析,受试的１３个冬虫夏草样本中,来自同一地方的样本间遗传差异甚微,同一区域不同地方的样本间遗传差异较大,不同区域的样本间遗传差     

不同地理区域蛤蚧的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术,对6个不同地域（河池、南宁、桂林、百色、越南、泰国）的蛤蚧（Gekko gecko）进行了遗传多样性和系统发育分析。21个RAPD引物共扩增了218个位点,片段大小在200～2000bD,其中184个是多态位点,占84．4％。地域之间的遗传距离指数在0．0112～0．9631,遗传相似性系数在0．3817～0．9888之间,根据遗传距离指数和遗传相似性系数,用NTSYSpc 2．10软件包中的UPGMA法构建了系统聚类图,结果均显示南宁地区、桂林地区、百色地区和河池地区先聚在一起,再和越南聚在一起,最后和泰国群体聚类。这与形态地理分布特征相一致。     

板齿鼠线粒体DNA的研究

本文应用ＡｐａＩ、ＢａｍＨＩ、ＢｃｌＩ、ＢｇｌＩ、ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ、ＥｃｏＲＶ、ＨｉｎｄＩＩ、ＰｓｔＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｃＩ、ＳｃａＩ和ＸｂａＩ等１３种限制性内切酶对板齿鼠线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行限制性片段长度多态（ＲＦＬＰ）分析,并用双酶解法构建其限制性内切酶图谱。结果表明板齿鼠存在３种ｍｔＤＮＡ单倍型,可通过限制酶ＰｖｕＩＩ、ＨｉｎｄＩＩ和ＡｐａＩ区分,呈现ＤＮＡ多态性和种内遗传变异。与小家鼠、褐家鼠ｍｔＤＮＡ限制性片段的数据相比较,板齿鼠和这两种鼠ｍｔＤＮＡ存在明显差异。板齿鼠ｍｔＤＮＡ限制性内切酶图谱的建立,为进一步系统研究鼠科动物的遗传分化提供了依据。     

烟草黑胫病菌株亲缘关系的RAPD分析

从２２０个ＲＡＰＤ（ＲａｎｄｏｍＡｍｐｌｉｆｉｅｄＰｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ＤＮＡｓ）随机引物中所选出的多态扩增性强的２１个引物对来源不同的刀个烟草黑胫病菌株进行全基因组ＤＮＡ遗传多样性分析和指纹构建。选用引物对受试菌株进行ＲＡＰＤ－ＰＣＲ扩增,共产生２４３条ＤＮＡ标记图带,其中１９１条为多态性图带,多态检测率为７８．６％。利用ＵＰＧＭＡ（ＵｎｗｅｉｇｔｈｔｅＰａｉｒ－ｇｒｏｕｐ　ＭｅｔｈｏｄＷｉｔｈＡｒｉｔｈｍｅｔｉｃ　Ａｖｅｒａｇｅ）软件对受试菌株间的遗传距离进行聚类分析构建系统树状图,受试对个菌株被划分为５个遗传聚类组即（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ）。结果证明供试菌株具有丰富的遗传多样性,虽各自的遗传背景差异显著,但其亲缘关系相近,遗传聚类组的划分与菌株的地理来源未有明显的相关性。     

凉水国家自然保护区天然红松林遗传变异的RAPD分析

采用随机扩增多态ＤＮＡ（ｒａｎｄｏｍ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ ＲＡＰＤ）技术,研究了凉水国家自然保护区天然红松林的遗传变异水平及其分布规律。１６个１０ｂｐ长度的随机引物在８个实验样地内７２个个体中共检测了９６个位点,其中５５个是多态位点。在种水平上,红松的多态位点比率为Ｐ＝５８．５１％;Ｎｅｉ’ｓ遗传变异指数为Ｈ＝０．２８６８;Ｓｈａｎｎｏｎ’ｓ指数为Ｉ＝０．３６５４,所     

日本产和中国产中华细鲫的RAPD分析

使用20个随机引物对日本和中国辽宁产中华细鲫、日本产Hemigrammocypris sp.和中国产衡有Ju鲫各个4个个体的随机扩增,得到了大量DNA多芯片段。通过Rapdplot程序将DNA的多态片段转换成遗传距离(d=1-S,S=2NxNy/Nx Ny）。该遗传距离的矩阵经Phylip软件包中Neighbor程序计算,生成了四个物种的相互关系分支图。从图中可以看出,分布于日本和中华细鲫有较近的遗传距离,然后是Hemigrammocypris,最后是稀的Ju鲫。该结果说明分布于日本和中国的中华细鲫是同一个物种。日本的Hemigrammocypris是一个独立的物种。     

中国对虾16 S rRNA基因序列多态性的研究

利用ＰＣＲ技术扩增获得中国对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体ＤＮＡ的１６Ｓ ｒＲＮＡ基因片段,通过测定该基因片段的序列,分析了取自我国烟台、长岛近海和宁波养殖的１７只中国对虾遗传多态性。结果发现,不同地理种群存在丰富的ＤＮＡ序列多态性,１７只个体具有１７种基因型,在扩增的长为５２３ｂｐ的基因片段中,共检测到３７个多态性核苷酸位点（７．０７％）。ＵＰＧＭＡ法构建的分子系统树表明不同地理     

胶孢炭疽菌的种内遗传多样性研究*

应用RAPD分析对广东不同果树上的胶孢炭疽菌的种内遗传多样性进行研究。结果表明:除部分芒果上的菌株外,20个来源于不同果树上的胶孢炭疽菌都以较高的相似系数聚为一个大群(群I)。说明尽管胶孢炭疽菌具有复合种的性质,但在一定的地理范围内,其遗传背景还是相近的,表现出种的典型特征。6个芒果菌株组成3个小群,且与群I的亲缘关系较远,其分类地位有待进一步明确。     

用RAPD技术对特化等级裂腹鱼类亲缘关系的探讨

为确定特化等级裂腹鱼类的遗传分化关系 ,对 7种 2 2个裂腹鱼个体进行随机扩增多态DNA(RAPD)研究。从所使用的 40个随机引物中 ,选择了 37个扩增带谱清晰的引物进行分析。根据构建的分子系统树显示 ,特化等级裂腹鱼类划分为 3个属级分类单元较为合适 ,这与采用形态学特征进行系统分析所得出的结论一致。在 2 2个个体之间遗传距离矩阵中 ,最大的遗传距离指数达到了 90 38% ,此外 ,还有较多的遗传距离指数也在 6 0 %～ 90 %之间。通过分析 ,认为用RAPD标记技术来分析属级或属级以上分类单元的亲缘关系 ,具有一定的适用性。对于一些遗传差异较大的类群 (如裂腹鱼类 ) ,应用属级或属级以上分类单元的亲缘关系 ,很可能会出现个体之间遗传距离接近或达到 10 0 %的情况 ,从而无法探讨其相互之间的亲缘关系。     

黄颡鱼属物种的RAPD分子鉴定及杂种遗传分析

使用20个随机引物研究了4种黄颡鱼的RAPD图谱,其中6个可以用来准确鉴别4个种,分别是S1、S2、S5、S7、S8、S17。同时也分析了4种黄颡鱼之间的亲缘关系,发现种间遗传距离D值在0.5000左右波动,黄颡鱼-叉尾黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼-光泽黄颡鱼之间的D值最小,分别是0.4816和0.4017。聚类图显示,黄颡鱼和叉尾黄颡鱼属同一分支;瓦氏黄颡鱼和光泽黄颡鱼属另一分支,说明它们之间分别有更近的亲缘关系。另外,采用黄颡鱼作母本,瓦氏黄颡鱼作父本,获得了杂交F1代,对F1代进行RAPD分析,发现了杂种遗传图谱的三种变化情况:叠加、叠加-变异、叠加-弱化,表明F1代DNA多态性增强,杂合性提高,预示着杂种优势的可能性。       

链格孢属小孢子种的RAPD分析*

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternariasolani、A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0.44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0.25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0.31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassicicola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

RAPD重建的大豆属植物的亲缘关系

利用８种ＲＡＰＤ引物（ＯＰＨ－２、ＯＰＨ－３、ＯＰＨ－５、ＯＰＨ－１２、ＯＰＨ－１５、ＯＰＨ－１６、ＯＰＨ－１８和ＯＰＨ－２０）对大豆属的２１份植物材料,其中包括Ｇｌｙｃｉｎｅ亚属的１０个种和Ｓｏｊａ亚属的３个种,进行了基因组指纹图谱构建。通过对获得的基因组指纹图谱的量化分析,利用Ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄｐａｉｒｇｒｏｕｐｗｉｔｈｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｖｅｒａｇｅ（ＵＰＧＭＡ）对大豆属中的各个种进行了亲缘关系重建。重建的亲缘关系表明：Ｇ．ｔｏｍｅｎｔｅｌｌａ种中存在３种不同的进化类型,其分化距离已大于某些种种间的分化距离,它们可能是被形态遮蔽的３个种。Ｓｏｊａ亚属内３个种的分化关系同前人的研究推断相同,其亲缘关系很近,这一结果支持将这３个种归并为一个种的观点。但是重建的亲缘关系未能显示出大豆属两个亚属的划分格局。     

Use of RAPD analyses to estimate population genetic parameters in the alfalfa leaf-cutting bee, Megachile rotundata.

RAPD analyses were performed on five geographically isolated populations of Megachile rotundata. We used haploid males of the alfalfa leaf-cutting bee, M. rotundata, to overcome the limitation of the dominance of RAPD markers in the determination of population genetic parameters. Sixteen primers gave rise to 130 polymorphic and 31 monomorphic bands. The unbiased estimators calculated in this study include within- and between-population heterozygosity, nucleotide divergence, and genetic distance. The genetic diversity (H = 0.32-0.35) was found to be about 10 times that of previous estimates (H = 0.033) based on allozyme data. Contrary to the data obtained at the protein level, our results suggest that Hymenoptera do not have a lower level of genetic variability at the DNA level compared with other insect species. Regardless of the different assumptions underlying the calculation of heterozygosity, divergence, and genetic distance, all five populations showed a parallel interrelationship for the three parameters. We conclude that RAPD markers are a convenient tool to estimate population genetic variation in haploid M. rotundata and that with an adequate sample size the technique is applicable to the evaluation of divergence in diploid populations. Key words : Megachile rotundata, RAPD, heterozygosity, genetic distance, nucleotide divergence.     

Characterization of Erwinia amylovora strains using random amplified polymorphic DNA fragments (RAPDs)

The genetic diversity among 16 strains of Erwinia amylovora, chosen to represent different host plant origins and geographical regions, was investigated by RAPD analysis. One strain of Erwinia herbicola and one of Agrobacterium vitis were used as outgroups. Ninety-eight different RAPD fragments were produced by polymerase chain reaction amplification with six different 10-mer primers. RAPD banding profiles were found that enabled the Erw. amylovora strains to be distinguished from one another. Cluster analysis based on the number of RAPD fragments shared between strains showed that strains of Erw. amylovora isolated from subfamily Pomoideae formed a single group, whereas two strains from Rubus (subfamily Rosoideae) formed a second group. Two strains isolated from Asian pear on Hokkaido, Japan, formed a third group. Sets of RAPD fragments were identified that enabled each of the two host-range groups and one geographical region (Hokkaido) of Erw. amylovora strains to be unambiguously distinguished from one another and from the outgroups. This study shows that strains of Erw. amylovora exhibit genetic diversity detectable by RAPD analysis, and that molecular and statistical analysis of RAPD fragments can be used both to distinguish between strains and to determine relatedness between them.     

弯孢类炭疽菌菌株的RAPD分析与分类研究

通过RAPD分析对38个不同寄主来源的弯孢类炭疽菌菌株的系统发育及分类进行研究。结果表明:许多引物的RAPD扩增带型在种内是相似或一致的,而种间差异较大。UPGMA聚类分析的结果表明:38个弯孢类炭疽菌菌株被聚为6个类群,群内菌株之间遗传相似性较高,而群间遗传相似性较低;群与群之间分界明显,表明种的分界相当明显。因此,RAPD分析所反映的种间亲缘关系,将有助于疑难种分类地位的确定和近似种的区分。RAPD分析的结果还揭示了一些近似种的分类关系,如按传统方法分别鉴定为Colletotrichumtruncatum、C.circinans和辣椒炭疽菌C.capsici的许多菌株聚类在同一群内,有很高的遗传相似性,实验结果支持它们为同一个种。实验中还发现5条辣椒炭疽菌的特有片断,分别由引物OPE-14、OPH-15(2条)、OPM-12和OPM-20扩增产生。这些特异带的发现对该菌的快速检测和鉴定具有重要意义。     

鄱阳湖区泥鳅遗传多样性研究

采用同工酶电泳、RAPD引物PCR扩增和线粒体DNA细胞色素b基因全序列3种方法,对鄱阳湖3种斑纹泥鳅的遗传结构进行分析。同工酶电泳显示3种斑纹泥鳅在LDH、MDH和EST这3种同工酶之间存在群体和组织差异;RAPD试验结果显示6条RAPD引物在18尾鄱阳湖泥鳅个体中共扩增出了169条不同分子量的RAPD标记,其中多态性带101条,多态性带的比例为59.56%,平均每个引物产生9.39条带和5.61条多态性带,不同斑纹泥鳅的遗传多样性指数显示3种斑纹泥鳅的遗传水平处于较高水平。以特异性引物进行PCR扩增,获得了1140bp的细胞色素b基因全序列。结果显示,3种不同斑纹泥鳅中检测出了1个共有单倍型和3个特有单倍型。与共有单倍型相比,大花斑泥鳅特有单倍型有91个变异位点,而小花斑泥鳅与无花斑泥鳅特有单倍型的变异位点为20和24个。基于单倍型构建的NJ树和MP树,显示大花斑泥鳅的特有单倍型EU145023处于独立的分支上,这反映出鄱阳湖地区不同斑纹的泥鳅之间在线粒体DNACytb基因中出现了一定距离的分化。