人乳头瘤病毒16型(新疆株)E7基因的克隆与突变研究

目的：克隆分析人乳头瘤病毒16型(HPV16)新疆株的研基因;并对E7基因进行突变改造,以比较野生型与突变型HPV16E7基因的功能。方法：根据从中国新疆维吾尔族妇女宫颈癌活检组织标本中提取的DNA,进行PCR扩增获得HPV16E7基因,然后分别将其克隆到pMD18-T载体上进行DNA序列分析。根据HPV16E7基因的特点,分别设计点突变引物,用PCR的方法进行HPV16E7基因的点突变。结果：PCR检测显示扩增出HPV16(新疆株)E8基因;测序结果表明HPV16-XJ的研基因全长297bp,与德国标准株一致;利用设计突变位点的引物经PCR扩增,经序列测定后,分别得到了第70、172、271位碱基突变的HPV16E7基因;分别构建了野生型与单、双、三点突变的重组质粒pMD18-T-HPV16E7。结论：人乳头瘤病毒16型(新疆株)E7基因结构与德国标准株相同。HPV16E7基因多点突变的改造,为探索HPV16E7基因功能的变化和开展疫苗研究奠定了理论基础。     

兰州地区宫颈癌组织标本中HPV16感染情况的初步分析

人乳头瘤病毒的感染与宫颈癌有密切关系。通过兰州地区宫颈癌患者的HPV感染情况的分析对HPV16与宫颈癌之间的关系进行了研究。采用套式PCR方法,以HPV DNA的早期基因E6,E7和结构基因L1为扩增目的基因,对13份兰州地区宫颈癌组织进行扩增,将扩增阳性片段测序,并与HPV16标准序列进行比较,13份组织中有12份扩增到了HPV的目的基因。证实了HPV与宫颈癌有密切关系。     

宫颈癌组织中人乳头瘤病毒16型E5基因的变异

探讨了HPV16 E5基因突变与宫颈癌发病的关系.应用银染聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析对50份人宫颈癌活检标本进行基因突变的筛查.PCR检测显示,50例宫颈癌组织中HPV16 E5的检出率为30%(15/50),其中6例宫颈癌HPV16 E5扩增片段在行SSCP分析时发现有泳动变位,突变率为40%(6/15).可见HPV16 E5基因的突变在宫颈癌的发生过程中具有重要作用.     

我国人乳头瘤病毒（HPV16Z）基因克隆和鉴定

本文作者采用基因克隆手段,以pAt153为载体,从一份山西襄坦宫颈癌高发区宫颈癌患者的手术标本中,成功地克隆到2株与HPV16同源的基因片段。经PstI、KpnI、TaqvI、PvuII等16种限制性内切酶酶谱分析及其部分基因序列的鉴定,证明这是在国内首次克姓到一株分子量约为8．0kb完整的HPV16型全序列DNA及一株分子量为5．4kb的HPV6基因片段。经实验证明：该基因片段E6、E7及部分LI基因丢失,在750单核苷酸处发生变异,产生一新的BamHI酶切位点。该完整的HPV16基因组被命名为HPV16Z,HPV16基因片段被命名为HPV16F。用新分离到的HPV16Z作分子探针,检测襄坦337份宫颈癌及阴道活检标本的HPV16型同源序列的结果显示,慢性阴道炎阳性率为17．28％（14／81）;宫颈炎为11．89％（17／143）;宫颈癌前病变46．81％（22／47）;宫颈癌为72．73％（48／66）。证明山西宫颈癌高发区宫颈癌前病变及宫颈癌组织中主要为HPV16Z感染。     

中国湖北地区HPV16型E6和E7基因变异和进化发生学研究

研究中国湖北地区宫颈癌患者的人乳头瘤病毒16型E6和E7的变异以及HPV16变异体的分布。从宫颈癌患者手术切除标本提取组织DNA,用HPV16 E6和E7特异性引物进行PCR扩增,对扩增的部分E6和E7产物片段进行测序分析。在80例宫颈癌组织DNA中有41例发生E6基因178位核苷酸的突变,突变频率58.75%,相应核苷酸改变为Asp-Glu,E7 647在31例测序样品中有22例发生核苷酸序列A到G改变,使29位氨基酸由Asn变为Ser,突变频率70.97%,结果显示在E6和E7基因的178位和647位核苷酸存在高频率的碱基变异。对E6和E7基因的进化树分析表明,中国湖北地区流行的HPV16病毒株主要为亚洲型变异体(As),其次为欧洲型(E),没有发现非洲-1型(Af-1),非洲-2型(Af-2)和亚洲美洲型(AA)HPV16变异体,中国湖北地区流行的As变异体是否有更高的致宫颈癌的风险还有待于进一步对不同阶段CIN和正常宫颈上皮样品的E6和E7基因进行序列分析和对变异体蛋白进行功能研究。     

目视化纳米探针检测宫颈癌组织HPV16E6基因的研究

目的：建立目视化纳米探针检测宫颈癌组织HPV16E6基因的方法,为临床降低HPV感染者宫颈癌的发病率提供技术支持。方法：采用固定于硅烷化片基上的捕获探针,特异性结合单链人乳头瘤病毒16型新疆株E6基因(HPV16E6)扩增片断,再与互补的纳米金颗粒标记的探针结合,通过银染加强显色。结果：初步建立了金标银染法快速检测HPV16E6 DNA的技术。结论：金标银染法灵敏,可以快速特异地检测出各类宫颈组织中人乳头瘤病毒的感染,为进一步应用于临床检测降低新疆维吾尔妇女宫颈癌的发病率奠定了基础。     

应用TDI-FP技术分析宫颈癌组织HPV16 E7基因A647G点突变

模板指导的末端碱基掺入反应结合荧光偏振检测技术(template direct dye-terminator incorporation with fluorescence- polarization,TDI-FP) 是SNP检测新技术. 应用TDI-FP方法分析中国陕西HPV16阳性宫颈组织HPV16 E7基因第647位核苷酸A→G热点突变(即A647G),首先在HPV16阳性的91例宫颈癌及49例正常/宫颈炎妇女宫颈DNA标本中,PCR扩增含647位点在内的HPV16 E7部分基因, 然后将紧邻647位点5′端的寡核苷酸探针与PCR产物内的模板杂交,并延伸一个与647位点碱基互补的荧光标记碱基：TAMRA-ddTTP或R110-ddCTP. 用荧光偏振仪读取荧光偏振 (FP) 值,根据升高的相应FP值判断647位点碱基. 结果表明,宫颈组织HPV16 E7 A647G的总体检出率为35.71% (50/140). 宫颈癌组的A→G突变率为42.86% (39/91),显著高于正常/宫颈炎组22.45% (11/49) 的突变率 (x2 = 5.778, P = 0.016),两组间的OR值为2.59 (95% CI = 1.17~5.71). 提示TDI-FP 可用于HPV有意义点突变的分析;我国陕西地区妇女HPV 16 A647G突变率及其对宫颈癌的警示性与其他地区相比有明显差异,该地区携带此突变病毒株的妇女患宫颈癌的风险可能较高     

HPV16 变异体在新疆地区宫颈癌及癌前病变中的分布研究

目的:研究新疆地区HPV16 E6、E7、LCR基因突变情况,分析HPV16变异体在宫颈癌及癌前病变发生发展中的作用。方法:选择HPV16阳性的宫颈癌及癌前病变患者,提取基因组DNA,利用PCR扩增HPV16 DNA E6、E7基因及LCR区核苷酸片段,正反向测序。与HPV16基因序列分析比对,分析核苷酸突变位点。结果:E6基因突变率为80.00%(92/115)主要突变位点T350G(59.78%)、T178G(18.47%);E7突变率为54.78%(63/115),主要突变位点A647G(33.33%)、T846C(26.98%);LCR突变率为23.48%(27/115),主要突变位点为C24T(74.07%)、C13T(25.92%)。维吾尔族T350G突变率较汉族妇女显著升高,而汉族A647G、T846C、C24T突变率显著高于维吾尔族,差异具有统计学意义(P0.05)。维吾尔族宫颈癌组T350G突变率显著高于炎症组(P0.05),且随病变严重程度增加突变率上升,汉族T350G、A647G、T846C、C24T突变率炎症组、宫颈病变组显著高于宫颈癌组(P0.05),维吾尔族C24T突变率炎症组显著高于宫颈癌组(P0.05),差异均具有统计学意义(P0.05)。结论:HPV16E6、E7突变可能与宫颈病变进展有关,T350G突变可能是维吾尔族宫颈癌高发的原因之一。     

不同地区HPV16E7基因的克隆及序列差异分析

采用PCR扩增、pGEM-T载体克隆和核苷酸序列分析的方法对一 例武汉地区及两例五峰县高发区宫颈癌患者体内HPV16型的E7基因编码区进行序列分析并与 野生型(德国标准株)及已发表的HPV16湖北株(HPVHB)进行了比较.结果发现武汉地区HPV16 型E7基因仅第54位出现一个同义突变,而高发区HPV16型E7基因存在差异,第77位氨基酸由 精氨酸(Arg)变为半胱氨酸(Cys),第96位由谷氨酰氨酸(Gln)变为精氨酸(Arg),E7蛋白的二级 结构及亲、疏水性也相应改变,与野生型有较大差异.     

HPV16/18感染导致宫颈癌的分子机制研究

目的探讨高危型HPV16/18感染对宫颈组织中抑癌基因Rap1GAP的影响,揭示HPV16/18感染导致宫颈癌的分子机制。方法收集因子宫肌瘤手术切除的正常宫颈组织20例和宫颈癌组织20例。检测HPV16/18感染情况后,Trizol法提取组织总RNA,RT-PCR检测组织中Rap1GAP mRNA;提取基因组DNA,PCR检测Rap1GAP第11和19号外显子(E11、E19)。SPSS 18.0软件进行统计学分析。结果 (1)正常宫颈组织中,不论是否HPV16/18感染,均能检出Rap1GAP mRNA,检出率为100%。宫颈癌组织中,HPV16/18感染标本Rap1GAP mRNA的检出率为0%,未感染标本检出率为60%,HPV16/18感染和Rap1GAP mRNA检出率呈负相关(P0.05)。(2)正常宫颈组织和宫颈癌中E11、E19的检出率均分别为100%、90%,两组比较差异无统计学意义(P0.05)。宫颈癌HPV16/18感染标本E11和E19的检出率均为87%,未感染标本检出率均为100%,两组比较差异无统计学意义(P0.05)。结论 HPV16/18感染下调Rap1GAP mRNA表达可能是其导致宫颈癌的机制之一。     

不同地区HPV16 E7基因的克隆及序列差异分析

采用PCR扩增、pGEM T载体克隆和核苷酸序列分析的方法对一例武汉地区及两例五峰县高发区宫颈癌患者体内HPV16型的E7基因编码区进行序列分析并与野生型 (德国标准株 )及已发表的HPV16湖北株 (HPVHB)进行了比较。结果发现武汉地区HPV16型E7基因仅第 5 4位出现一个同义突变 ,而高发区HPV16型E7基因存在差异 ,第 77位氨基酸由精氨酸 (Arg)变为半胱氨酸 (Cys) ,第 96位由谷氨酰氨酸 (Gln)变为精氨酸 (Arg) ,E7蛋白的二级结构及亲、疏水性也相应改变 ,与野生型有较大差异     

表达人乳头瘤病毒16型E6/E7融合蛋白的非复制型重组痘苗病毒的构建及免疫效果观察

采用基因工程方法将HPV16E6、E7基因融合后插入痘苗病毒载体,通过同源重组构建表达人乳头瘤病毒16型E6/E7融合蛋白的非复制型重组痘苗病毒疫苗,用C57BL/6小鼠观察其免疫原性和抗肿瘤移植情况。测序结果表明融合的HPV16E6、E7基因序列与设计相符;构建的非复制型重组痘苗病毒经Dot blot鉴定,显示有E6、E7融合基因的插入;Western blot检测表明该重组病毒在鸡胚成纤维细胞中能表达HPV16型E6/E7融合蛋白。动物免疫试验表明,该重组病毒在小鼠体内可诱发E6、E7特异性抗体;被免疫小鼠能抵抗TC-1肿瘤细胞的攻击。此结果为将来进一步研制HPV16、18型联合疫苗打下了基础。     

Genetic Variation of Human Papillomavirus Type 16 in Individual Clinical Specimens Revealed by Deep Sequencing

Viral genetic diversity within infected cells or tissues, called viral quasispecies, has been mostly studied for RNA viruses, but has also been described among DNA viruses, including human papillomavirus type 16 (HPV16) present in cervical precancerous lesions. However, the extent of HPV genetic variation in cervical specimens, and its involvement in HPV-induced carcinogenesis, remains unclear. Here, we employ deep sequencing to comprehensively analyze genetic variation in the HPV16 genome isolated from individual clinical specimens. Through overlapping full-circle PCR, approximately 8-kb DNA fragments covering the whole HPV16 genome were amplified from HPV16-positive cervical exfoliated cells collected from patients with either low-grade squamous intraepithelial lesion (LSIL) or invasive cervical cancer (ICC). Deep sequencing of the amplified HPV16 DNA enabled de novo assembly of the full-length HPV16 genome sequence for each of 7 specimens (5 LSIL and 2 ICC samples). Subsequent alignment of read sequences to the assembled HPV16 sequence revealed that 2 LSILs and 1 ICC contained nucleotide variations within E6, E1 and the non-coding region between E5 and L2 with mutation frequencies of 0.60% to 5.42%. In transient replication assays, a novel E1 mutant found in ICC, E1 Q381E, showed reduced ability to support HPV16 origin-dependent replication. In addition, partially deleted E2 genes were detected in 1 LSIL sample in a mixed state with the intact E2 gene. Thus, the methods used in this study provide a fundamental framework for investigating the influence of HPV somatic genetic variation on cervical carcinogenesis.     

北京地区宫颈癌HPV16上游调控序列、E6、E7癌基因序列初步分析

为检测HPV16上游调控序列(Upstream regulatory region, URR)、E6、E7癌基因变异在北京地区宫颈癌患者癌组织中的分布特征, 探讨该地区宫颈癌发生同HPV16变异株间的相关性, 文章以提取的31例HPV16检测阳性宫颈癌组织DNA为模板, 设计针对性引物扩增URR、E6、E7 3个目的片段, PCR产物直接测序并通过GenBank对比分析变异和分支鉴定情况。在所分析的宫颈癌组织中, URR是突变频率最高的片段, 其次为E7, 最保守的序列为E6。共发现热突变位点8个, 分别为URR序列上G7521A(100%)、C7435G(96.77%)、C24T(45.16%)、A7729C(45.16%)、G7839A(45.16%); E6序列上T178G(41.94%); E7序列上A647G(45.16%)、T846C(45.16%)。HPV16分支分布频率最广的是As型(54.84%), 其次为E型(45.16%)。研究结果提示, HPV16URR序列上G7521A、A7729C、G7839A, E6序列上T178G、T350G, E7序列上A647G、G658A等位点的变异可能与病毒致癌潜能及宫颈癌的发生相关。北京地区宫颈癌患者中As和E型可能是两种最主要的HPV16分支, 这有可能会为HPV疫苗的研制和感染治疗提供有价值的信息。As型和E型病毒在不同年龄组和不同肿瘤分期组的患者中分布频率有差异, 这可能会为揭示宫颈癌年轻化趋势提供新的线索。     

HPV基因的进化分析

目的:HPV有许多类型,其大致可分为高危型和低危型,高危型HPV感染是导致宫颈癌发生的首要原因,在HPV基因组中,E6基因是促进宫颈细胞癌变的关键基因,本文主要研究HPV中的E6基因在各种不同型别的HPV中的进化关系,并对E2基因碱基替换率进行分析,探讨高危型HPV与低危型HPV的区别.方法:本文对不同类型HPV E6氨基酸序列构建系统发生树,探讨识别高危型HPV可能的一致序列,对E6基因其中一处能导致恶性程度增加的突变进行分析.并对HPV16与其位于同一颗树的HPV35和HPV31计算相对碱基替换率.结果:高危型HPV均源自同一株病毒株的进化.各种HPV型别中,高危型HPV E6蛋白对应于HPV16E6蛋白的第83位氨基酸为缬氨酸更为保守,HPV中除E2以外的其他基因的非同义替换率均小于同义替换率.结论:HPV E6蛋白对应于HPV16E6蛋白的第83位氨基酸为缬氨酸能更好地实现HPV E6蛋白的致癌作用.HPV基因中除E2以外的基因在进化过程中都较为保守,是HPV增殖生长的关键基因,而E2部分区域非同义替换率大于同义替换率,说明E2这部分区域的突变能够更好的促进HPV的增殖和生长.     

HPV16+治疗性无佐剂蛋白疫苗—HPV16Z- Hsp65-E6/E7的构建、表达及纯化工艺研究

目的：研制针对我国宫颈癌高危相关的HPV16型的治疗性无佐剂蛋白疫苗。方法：应用PCR技术自我国山西宫颈癌高发现场分离到的毒株-HPV16z中获得E6/E7转化基因片段,自卡介苗菌株中克隆获得Hsp65基因片段,对E6/E7基因片段定点突变修饰,构建pET28a-Hsp65-E6/E7表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达融合蛋白,并研究重组蛋白的纯化方案和工艺。结果：成功构建pET28a-Hsp65-E6/E7重组表达载体,E6/E7突变位点正确,融合蛋白在亲和层析柱上正确复性和初步纯化,经阴离子交换色谱纯化后蛋白纯度达到95%。结论：该研究为无佐剂治疗性重组蛋白疫苗Hsp65-E6/E7的进一步功能研究奠定了基础。