应用TDI-FP技术分析宫颈癌组织HPV16 E7基因A647G点突变

模板指导的末端碱基掺入反应结合荧光偏振检测技术(template direct dye-terminator incorporation with fluorescence- polarization,TDI-FP) 是SNP检测新技术. 应用TDI-FP方法分析中国陕西HPV16阳性宫颈组织HPV16 E7基因第647位核苷酸A→G热点突变(即A647G),首先在HPV16阳性的91例宫颈癌及49例正常/宫颈炎妇女宫颈DNA标本中,PCR扩增含647位点在内的HPV16 E7部分基因, 然后将紧邻647位点5′端的寡核苷酸探针与PCR产物内的模板杂交,并延伸一个与647位点碱基互补的荧光标记碱基：TAMRA-ddTTP或R110-ddCTP. 用荧光偏振仪读取荧光偏振 (FP) 值,根据升高的相应FP值判断647位点碱基. 结果表明,宫颈组织HPV16 E7 A647G的总体检出率为35.71% (50/140). 宫颈癌组的A→G突变率为42.86% (39/91),显著高于正常/宫颈炎组22.45% (11/49) 的突变率 (x2 = 5.778, P = 0.016),两组间的OR值为2.59 (95% CI = 1.17~5.71). 提示TDI-FP 可用于HPV有意义点突变的分析;我国陕西地区妇女HPV 16 A647G突变率及其对宫颈癌的警示性与其他地区相比有明显差异,该地区携带此突变病毒株的妇女患宫颈癌的风险可能较高     

宫颈癌组织人乳头瘤病毒的荧光偏振基因分型

采用荧光偏振人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)分型新方法探讨了8种常见型别HPV在陕西宫颈癌患者中的流行情况。首先,用HPV GP5 ／GP6 通用引物PCR扩增65例早期宫颈癌(Ⅱa期内)和72例慢性宫颈炎病变组织DNA粗提物,继之将模板指导的末端延伸反应与荧光偏振检测技术结合(TDI-FP),用GP5 ／GP6 扩增区内的HPV6、11、16、18、31、33、35和58型特异性探针与PCR产物杂交后,荧光素标记的特异碱基(TAMRA-ddTTP或R110-ddGTP)在GP5 ／GP6 产物中相应的模板指导下,掺入延伸至相应探针末端,致使对应的TAMRA或R110 FP值升高,从而对扩增的HPV阳性产物进行HPV分型。65例宫颈癌患者中检出HPV57例,阳性率87．69％,72例慢性宫颈炎患者中检出HPV28例,阳性率38．89％,两组间HPV阳性率有显著性差异。宫颈癌与慢性宫颈炎患者中4种最常见的HPV型别分别是HPV 16(45．6％)、HPV 18(22．8％)、HPV 58(17．5％)、HPV 31(7．02％)和HPV 16(35．7％)、HPV 11(32．1％)、HPV 6(21．4％)、HPV 18(10．7％)。慢性宫颈炎患者中检出的HPV型别57．14％属高危型。HPV 16在两组中均最为多见。中国陕西宫颈疾病患者中HPV感染有其特点,世界范围内少见的HPV 58在陕西宫颈癌与慢性宫颈炎患者中均较为多见,在进行HPV新诊断方法及疫苗研制时应考虑到这种特点。