小麂、赤麂、黑麂mtDNA序列变异性及反映的进化关系

利用已测定的鹿科麂亚科动物小麂、赤麂、黑麂的线粒体全基因组序列,统计它们各自连接在一起的13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区序列的碱基长度和组成,计算rRNA基因遗传距离,估算分歧时间,比较蛋白编码基因的碱基水平和氨基酸水平上的差异,基于连接在一起的13个氨基酸序列,以羊为外群,通过邻位相连法和最大简约性法构建进化树,探讨小麂、赤麂、黑麂的进化关系。结果表明,小麂是较原始的物种,赤麂和黑麂较为近缘,是从类似小麂的祖先演化而来。     

中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究

目的通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列,对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法从GenBank中已报道的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物,进行PCR扩增,测序。用Blastn与GenBank中七种啮齿类动物的16S基因进行序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和其他啮齿类动物的进化关系,对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列,其碱基组成A、T、C、G分别为40.5%、24.5%、18.7%、16.3%,与其他七种啮齿类动物的碱基含量相比,各碱基含量基本相似。NJ进化树表明,中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支,小鼠与大鼠先聚为一支,东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与传统的分类地位基本吻合。     

中国地鼠线粒体基因组的序列分析与分子进化

目的 获得中国地鼠线粒体基因组序列,为线粒体疾病模型提供分子数据.方法 参照近缘物种的线粒体基因组序列,设计27对特异引物,采用TD-PCR及测序技术获得了中国地鼠的线粒体全基因组序列,分析了其基因组特点和各基因的定位.还结合GenBank中已发表的其他5种啮齿类动物的线粒体基因组序列,探讨啮齿类动物不同科间的系统进化关系.结果 中国地鼠线粒体基因组全长为16 283 bp,碱基组成为33.53％A、30.50％T、12.98％G、22.80％C,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区.中国地鼠和金黄地鼠亲缘关系最近.结论 中国地鼠线粒体基因组各基因长度、位置与典型的啮齿类动物相似,其编码蛋白质区域和rRNA基因与其他啮齿类动物具有很高的同源性,显示线粒体基因组在进化上十分保守.5种动物的分子系统进化树与传统分类地位一致.     

中国地鼠线粒体Cyt b基因测序及其分子进化

目的测定中国地鼠线粒体DNA细胞色素b基因部分序列,分析其分子系统进化关系。方法提取中国地鼠肝脏的总基因组DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增,经检测进行测序。用Blast与GenBank中啮齿类其他常用实验动物的物种细胞色素b基因进行同源序列比较,分析其碱基组成及变异情况,并用邻接法、最大简约法、最小进化法构建了分子系统树,在分子水平上探讨中国地鼠和常用啮齿类实验动物的进化关系。结果获得了中国地鼠线粒体Cytb基因的部分序列,共936bp。结论中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近,与小鼠、大鼠存在的差异相对大,与豚鼠的亲缘关系最远,与传统的分类地位基本吻合。     

猪POU1F1基因部分序列变异和同源性分析

对长白、杜洛克、约克夏、姜曲海、梅山和香猪等六个猪种的POU1F1基因第四、第五和第六外显子分别进行PCR扩增,并对含有第四、第六外显子的PCR产物和含有第五外显子的克隆产物进行测序。结果表明：六个猪种中,POU1F1基因的第四外显子存在碱基突变,为T→C。对该序列进行Nla Ⅲ 酶消化,产生两种不同的基因型(GG和HH);而第五和第六外显子则高度保守,未发现任何突变。将人POU1F1基因第四外显子、POU同源区核苷酸编码序列和氨基酸序列,分别与猪、小鼠、牛的POU1F1基因相应的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较,结果发现：人与猪、小鼠、牛的POU1F1基因第四外显子的核苷酸同源性分别高达93.9%、86.7%、92.1%,而由第四外显子编码的部分POU特异区的氨基酸序列则完全一致;人与猪、小鼠、牛POU同源区的核苷酸同源性分别为91.4%、85.1%、87.9%,氨基酸同源性分别为96.6%、94.8%、90.2%。这说明在哺乳动物中,其POU1F1蛋白的POU同源区和由第四外显子编码的POU特异区部分是高度保守的;猪可作为实验动物,建立人类相关疾病模型,为医学研究提供参考依据。     

金黄地鼠与白化地鼠遗传生化基因位点概貌

目的建立金黄地鼠和白化地鼠遗传生化基因位点。方法选用小鼠和大鼠的遗传生化基因位点,采用蛋白质和同工酶醋酸纤维电泳的方法,对金黄地鼠和白化地鼠进行生化基因位点检测。结果建立了金黄地鼠和白化地鼠25个生化基因位点,分析金黄地鼠和白化地鼠遗传生化基因位点的多态性,为进一步研究金黄地鼠白化突变系的遗传机理奠定基础。结论金黄地鼠生化基因位点存在多态性,白化地鼠与金黄地鼠生化基因位点存在差异。     

蓖麻蚕线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基Ⅲ的序列及其分子进化分析

测定了蓖麻蚕Samia cynthia ricini线粒体基因组(mtDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ(COX3)、tRNA-Gly和部分的NADH亚基Ⅲ(ND3)基因的DNA片段序列。COX3基因编码框包含789个核苷酸,编码262个氨基酸的蛋白质。通过同源性比较,发现COX3基因的3′端比5′端要保守,其编码的蛋白在C端有两个保守序列存在。COX3的下游为66 bp的tRNA-Gly基因。蓖麻蚕的COX3与家蚕COX3同源性最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是80.2%和85.6%。根据COX3氨基酸序列进行了12种无脊椎动物的分子进化树分析,认为在采用线粒体基因序列进行分子进化分析时,应该综合考虑物种的繁殖模式及生态特点。     

基于线粒体基因组探讨鲸偶蹄类七种动物的系统发育关系

利用作者已测定的赤麂(Muntiacus muntjak)线粒体全基因组序列和从GenBank检索到的鲸偶蹄类有代表性的长须鲸、河马、奶牛、绵羊、猪、羊驼6种动物的线粒体全基因组序列,按顺序分别连接各自的13个蛋白编码基因、13个氨基酸序列、2个rRNA基因和22个tRNA基因成一个氨基酸序列或核苷酸序列,用DNASTAR软件统计碱基长度和组成;分析奶牛、绵羊和赤麂两两之间蛋白编码基因的序列差异;用MEGA计算7种动物12S和：16S rRNA基因的遗传距离;基于连接在一起的13个蛋白编码基因的氨基酸序列,用NJ法构建系统关系树。结果显示：①偶蹄目反刍亚目牛科的绵羊和同亚目鹿科的赤麂先聚为一亚支,然后与该亚目牛科的奶牛并为一支;猪形亚目猪科的猪和胼足亚目驼科的羊驼并为一支;鲸目须鲸亚目须鲸科的长须鲸和偶蹄目猪形亚目河马科的河马并为一支。②赤麂与绵羊的亲缘关系更近。③推测赤麂与绵羊和奶牛的分歧时间分别约在14．7和16．0百万年前。     

牛Pbx-1基因的电子克隆及生物信息学分析

新基因全长cDNA序列很难获得,但电子克隆却提供了基因克隆的一种策略.利用小鼠Pbx-1基因编码序列(NM_183355)为种子序列进行电子克隆获得牛Pbx-1基因完整编码序列.然后,用生物信息学方法分析了牛的Pbx-1基因的结构,密码子偏性和氨基酸的同源性等.结果表明:该基因cDNA全长1 754 bp,无内含子,最大开放阅读框1 305 bp.编码434个氨基酸.预测其编码的蛋白分子量为47 189.5 Da,与小鼠的同源性为81%.     

基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较

以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系。无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的;与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异。通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系。     

大绒鼠解偶联蛋白1基因部分序列扩增与分析

解偶联蛋白1（Uncoupling protein 1,UCP1）是位于褐色脂肪组织线粒体内膜上的一种解偶联蛋白,该蛋白可以诱导质子漏从而产热。通过设计简并引物进行RT-PCR从大绒鼠BAT中获得UCP1基因cDNA核心序列,RTPCR所得产物长约458 bp,包含的开放阅读框（open reading frame,ORF）为456 bp,编码151个氨基酸。通过BLAST搜索,所得大绒鼠UCP1基因cDNA氨基酸序列与黑线仓鼠、橙腹草原田鼠、金黄仓鼠、小家鼠和褐家鼠等哺乳动物的UCP1氨基酸序列同源性均在80%以上,而与鱼类和两栖类的氨基酸序列同源性在61%以下。研究结果表明UCP1在哺乳类中高度保守。同时,通过NJ方法以UCP1序列构建系统进化树表明大绒鼠与橙腹草原田鼠聚成一支,构成田鼠类分支。     

社鼠（Niviventer confucianus）线粒体基因组全序列分析

社鼠（Niviventer confucianus）属于啮齿目（Rodentia）、鼠科（Muridae）、白腹鼠属（Niviventer）,关于该物种的分子系统学研究极少。为获取社鼠线粒体基因组全序列,提取其基因组总DNA,参照近缘物种线粒体基因组全序列设计34对特异性引物,利用PCR扩增全部片段后进行测序,之后对其基因组组成及结构特点进行了初步分析。结果表明,社鼠线粒体基因组全序列长16 281 bp（GenBank收录号：KJ152220）,包含22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区;基因组核苷酸组成为34.0%A、28.6%T、24.9%C、12.5%G。将所得序列与社鼠近缘物种（川西白腹鼠、小家鼠、褐家鼠）的线粒体全基因组进行比较,结果显示,四个物种的线粒体基因组虽然在基因组大小、部分tRNA二级结构、部分蛋白质编码基因的起始或终止密码子及控制区长度和碱基组成上有差异,但基因组结构和序列特征方面都具有较高的相似性。四个物种线粒体全基因组间的遗传距离显示,社鼠与川西白腹鼠距离最近,而与小家鼠距离最远。该研究为利用线粒体全基因组信息进行啮齿类分子系统学研究提供了有价值的资料。     

gamma-Glutamyltransferase activity of different sections of the vertebrate brain

The activity of gamma-glutamyl transferase (GGTF; EC 2.3.2.2) has been measured in the cerebral hemispheres, cerebellum, hippocamp and brain stem of mature wild and laboratory rodents (Oryctolagus cuniculus, Cavia porcellus, Rattus norvegicus, var. alb., Ochotona pusilla, Mesocricetus auratus, Clethrionimus glareolis, Mus musculus. var. alb.), as well as in homogenates of the whole brain of the tortoise Testudo horsfieldi, frog Rana temporaria and loach Misgurnus fossilis. In wild rodents the activity of GGTF was found to be higher than in laboratory ones. GGTF activity in the brain of warm-blooded animals is higher than that in the brain of the tortoise, frog and loach.     

双翅目昆虫与脊椎动物内含子丢失和获得的比较分析

内含子插入和丢失的进化动力及机制尚存有许多疑问。我们拟通过对真核生物的604个同源基因的蛋白高度保守区域内含子-外显子的结构研究, 对人Homo sapiens、大鼠Rattus norvegicus、小鼠Mus musculus、黑腹果蝇Drosophila melanogaster、冈比亚按蚊Anopheles gambiae和拟南芥Arabidopsis thaliana中的12 585个内含子、3 074个保守内含子进行分析, 推断出不同系统中内含子进化趋势。结果显示在进化中双翅目昆虫丢失了约850多个内含子, 脊椎动物获得了1 600多个内含子, 而双翅目昆虫获得的内含子及脊椎动物丢失的内含子则较少。在内含子分布上, 除酵母有明显5′末端倾向性外, 双翅目昆虫也显示出内含子分布倾向于基因的5′端, 而在脊椎动物及拟南芥中则没有这种分布的倾向性。这可能是由于双翅目昆虫丢失的内含子大多位于基因的3′端造成的。通过对现在脊椎动物内含子分布及获得的内含子的插入相的研究, 发现内含子的获得可能在一定程度上导致了现存基因的内含子中插入相0的内含子最多这一倾向。     

西藏农区鼠害调查初报

2007年4月和6月在西藏山南、日喀则地区及拉萨市农区进行鼠密度和鼠种调查.采用铗夜法,共捕鼠169只,隶属2科4属5种,分别为小家鼠、黄胸鼠、白尾松田鼠、藏仓鼠和长尾仓鼠.白尾松田鼠为该区农田优势种,其组成比例为93.44%;黄胸鼠为山南地区农舍区的优势种,组成比例为82.35%.在日喀则农舍区则只捕获有小家鼠.山南和日喀则地区4月农田的平均捕获率分别为2.06%和7.43%;农舍区的平均捕获率分别为9.77%和9.15%.6月山南地区农田的平均捕获率为5.37%,显著高于该地4月的捕获率.西藏农区的白尾松田鼠在4月开始进入繁殖期.     

Species-related difference in calcium accumulation by cardiac mitochondria.

1. Mitochondria isolated from the ventricles of Cavia porcellus, Mesocricetus auratus, Rattus rattus and Mus musculus accumulate calcium in an energy-linked process. 2. Measurements of the initial velocity of accumulation by dual-wavelength spectrophotometry show species-dependent variation, with Cavia demonstrating the fastest rate and Rattus the slowest rate of accumulation. 3. Total amount of calcium accumulated per unit protein varied in a manner similar to rate of accumulation, with Cavia accumulating the greatest amount of calcium and Rattus the least.     

Comparative studies on sex chromosomes in different species

InLocusta migratoria (XO),Mus musculus, Rattus norvegicus, Mesocricetus auratus, Cricetulus griseus andHomo sapiens typical sex vesicle structures are visible in early meiotic prophase stages up to pachynema. The structures include whole sex chromosomes or parts thereof. The heterologous parts and the solitary X chromosome ofLocusta pass diplonema, diakinesis and first metaphase nearly in mitotic shape. Entirely heterologous sex chromosomes are kept together by a unilateral and achiasmatic end connection. The sex vesicle is interpreted as a special structure of allocyclic sex chromosomes or parts of them, corresponding in early meiotic stages to the chromocenters of mitotic interphase nuclei. The formation of the sex vesicle is independent of the orthoploidy of nuclei and of the DNA ratio between autosomes and sex chromosomes. Heteropycnotic behaviour of sex chromosomes in spermatids is interpreted as a condition capable of blocking genetic activity, like in the Barr bodies of female somatic nuclei, giving equal chances of fertilization to both types of gametes.Based on a paper read at the XI International Congress of Genetics, of which an abstract has appeared in the congress proceedings, Genetics Today, Vol. 1, p. 299 (1963).