鲤鱼mtDNA酶切图谱的构建

采用密度梯度离心法及ＲＮａｓｅ消化法制备并纯化了鲤（ＧｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｏＬｉｎｎａｅｕｓ）肝脏线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）,用１０种限制性内切酶对ｍｔＤＮＡ进行了分析,鲤鱼ｍｔＤＮＡ分子量约１０．１２×１０￣６,约１６．４９ｋｂ．ＳａｌⅠ、ＰｓｔⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＸｂａⅠ、ＢｇｌⅠ、ＰｖｕⅡ、ＸｈｏⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＤｒａⅠ和ＨｉｎｄⅢ分别为１、１、３、３、３、４、１、４、４、和６个切点。根据单酶解及双酶解结果,构建了鲤ｍｔＤＮＡ１０种具酶３０个切点的限制性酶切图谱。     

用RFLP和PCR—RFLP技术研究东北虎和华南虎线粒体DNA多态性

采用ｍｔＤＮＡＲＦＬＰ和ＰＣＲＲＦＬＰ技术研究了东北虎和华南虎的ｍｔＤＮＡ的多态性。在ｍｔＤＮＡＲＦＬＰ研究中,分离纯化了东北虎和华南虎肝、肾和心脏组织的ｍｔＤＮＡ,用２０种识别６碱基对的限制性内切酶消化,结果只有１种限制性内切酶（ＸｂａⅠ）检测到多态性片段,其余１９种限制性内切酶消化产生的限制性格局在东北虎和华南虎完全一致。在ＰＣＲＲＦＬＰ研究中,用ＰＣＲ技术分别扩增了东北虎和华南虎ｍｔＤＮＡ的控制区（ｃｏｎｔｒｏｌｒｅｇｉｏｎ）,用８种识别４碱基对的限制性内切酶分别对扩增产物进行消化,结果只有１种限制性内切酶（ＲｓａⅠ）检测到多态性片段。ｍｔＤＮＡＲＦＬＰ及ＰＣＲＲＦＬＰ的结果均提示东北虎和华南虎之间的遗传距离极小。这可能与下列因素有关：两者分布区间无天然隔离屏障;具有强扩散能力;近几百年才被相互隔离。     

小麦D^2型与K型,V型,T型细胞质雄性不育系线粒体DNA的RAPD比较分析

采用ＲＡＰＤ方法比较新育成的小麦（ＴｒｉｔｉｃｕｍａｅｓｔｉｖｕｍＬ．）Ｄ２型不育系ｍｓＤ２ＣＡ８０５７与Ｋ型、Ｖ型和Ｔ型细胞质雄性不育系的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）。结果表明,ｍｓＤ２ＣＡ８０５７的ｍｔＤＮＡ不同于其它３种类型不育系,而其它类型不育系的ｍｔＤＮＡ彼此也各不相同。这一结果从分子水平上为鉴定该Ｄ２不育系的不育类型提供了证据。实验还发现在胞质来源相同而核背景不同的Ｔ型不育系间存在线粒体基因组多态性,这是关于小麦中Ｔ型不育系ｍｔＤＮＡ在常规回交转育过程中发生变异的直接证据。这种变异在很大程度上可能是受不同核背景影响的结果。     

南方鲇肝脏线粒体DNA的简便分离纯化方法

摸索出可消除南方鲇肝脏ｍｔＤＮＡ制备中出现的白色干扰物的方法,采用该方法处理后的ｍｔＤＮＡ可用于限制性分析。     

胡子鲇mtDNA多态性及限制性酶切图谱

用８种限制性内切酶对胡子鲇（ＣｌａｒｉａｓｆｕｓｃｕｓＬａｃｅｐｅｄｅ）肝脏线粒体ＤＮＡ（ＭｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ,ｍｔＤＮＡ）进行了分析。ＸｈｏⅠ、ＥｃｏＲⅠ、ＰｓｔⅠ、ＢａｍＨⅠ、ＸｂａⅠ、ＨｉｎｄⅢ在ｍｔＤＮＡ分子上分别有２、３、１、１、３和５个切点。胡子鲇种内存在ｍｔＤＮＡ酶切片段长度多态性（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ,ＲＦＬＰ）。经ＢｇｌⅠ、ＢｇｌⅡ酶解,ｍｔＤＮＡ都出现两种酶切类型,Ⅰ型各具２个片段,Ⅱ型各具１个片段。ｍｔＤＮＡ分子量为１０．２４２×１０６ｕ,长度约为１６．６８ｋｂ。用双酶解法建立了胡子鲇ｍｔＤＮＡ的限制性酶切图谱,并对ＲＦＬＰ现象进行了分析。     

滇池产太湖新银鱼食性与摄食行为的初步研究

太湖新银鱼Ｎｅｏｓａｌａｎｘ ｔａｉｈｕｅｎｓｉｓ Ｃｈｅｎ于１９７９年移植滇池,现已成为滇池鱼类的优势种和渔业主体,据１９９０年１０月至１９９１年８月的标本（全长２４－８５ｍｍ）分析结果表明,该银鱼为典型的浮游动物食性鱼类,食物组成不随个体大小而变化。同时表明,太湖新银鱼的摄食有明显的选择性,主要依浮注入动物的个体大小选食,而浮游动物的逃跑能力,运动方式和可见度等则对太湖新银鱼的摄食行为影响不大     

线粒体缺陷与阿尔采末病

阿尔采末病（Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ,ＡＤ）存在线粒体氧化磷酸化异常与线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）缺陷,主要表现为;线粒体呼吸链复合体Ⅳ（细胞以素ｃ氧化酶,ＣＯＸ）活性在ＡＤ患者血小板,培养的皮肤成纤维细胞及脑中显著下降。其可能则遗传性ｍｔＤＮＡ突变与自由基介导的体细胞ｍｔＤＮＡ突变的共同作用,也可能继发于其它改变。     

普通小麦三种细胞质雄性不育系线粒体DNA的比较研究

对细胞质分别来源于粘果山羊草（Ａｅ．ｋｏｔｓｃｈｙｉ）、偏凸山羊草（Ａｅ．ｖｅｎｔｒｉｃｏｓａ）、提莫菲维（Ｔ．ｔｉｍｏｐｈｅｅｖｉ）的３种普通小麦雄性不育系,其相应保持系和共有的一种恢复系的ｍｔＤＮＡ进行了ＲＦＬＰ比较分析。发现Ｋ型和Ｖ型不育系的ｍｔＤＮＡ在组织结构上不同于Ｔ型,说明Ｋ、Ｖ型不育系是有别于Ｔ型的两种新不育类型。Ｋ型、Ｖ型不育系的ｍｔＤＮＡ与保持系和恢复系显著不同,推测ｍｔＤＮＡ与小麦细胞质雄性不育性有关。实验同时发现Ｔ型不育系与其保持系的ｍｔＤＮＡ非常相似,对这种相似性的原因进行了讨论。     

贵州汉族,苗族,布依族和水族人群线粒体DNA多态性研究

本文运用１６种限制性内切酶对来自贵州的汉族、苗族、布依族和水族的１５０个样本进行了ｍｔＤＮＡ的限制性片段长度多态性（ＲＦＬＰ）分析。共检测到３１种限制性格局（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎ）,其中ＨａｅＩＩ－１３型、ＥｃｏＲＶ－３型和ＰｓｔＩ－４型３种限制性格局为新报道综合这些限制性格局,共得出２８种ｍｔＤＮＡ类型（ｍｔＤＮＡｔｙｐｅ）。运用ＵＰＧ法和简约法分析了各ｍｔＤＮＡ类型之间、各人群之间的聚类关系,结果表明：水族人群的ｍｔＤＮＡ变异度较大;汉族和苗族的亲缘关系最近,布依族和水族有着较远的亲缘关系。     

3种小麦细胞质雄性不育系及其杂种线粒体DNA的RFLP分析

对细胞质分别来源于提莫菲维（Ｔ．ｔｉｍｏｔｈｅｅｖｉｉ）,粘果山羊草（Ａｅ．ｋｏｔｓｃｈｙｉ）,偏凸山羊草（Ａｅ．ｖｅｎｙｒｉｃｏｓａ）的３种普通小麦的雄性不育系,相应保持系和恢复系及其上的ｍｔＤＮＡ用１２个线粒体基因探针进行了ＲＦＬＰ分析,结果为：⑴Ｔ、Ｋ、Ｖ型不育系的ｍｔＤＮＡ在组织结构上存在显著差异;⑵Ｔ、Ｋ、Ｖ不育系的ｍｔＤＮＡ与共同的保持系间显著不同,失测ｍｔＤＮＡ与小麦ｃｍｓ有关;⑶在     

太湖新银鱼移植对(鳖)早期摄食和生长的影响

研究选择长江中游西洞庭湖水系太湖新银鱼移植水体(黄石水库)和未移植水体(蒙泉水库),研究太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis Chen)移植对浮游动物食性鱼类(Hemiculter leucisculus Basilewsky)早期生长和摄食的影响。2009年7月下旬和8月中旬共采集稚鱼157尾,其中7月下旬采集稚鱼在14—23日龄之间,两水体间生长差异不显著;8月中旬采集稚鱼在20—49日龄之间,黄石水库生长率显著小于蒙泉水库。对样品耳石日轮分析发现25日龄之前两水体稚鱼生长率相似,之后黄石水库稚鱼较蒙泉水库生长慢。食性分析发现25日龄前两水体稚鱼食物组成相似,主要摄食轮虫、小型枝角类和桡足类;25日龄后黄石水库稚鱼食性没有显著变化,而蒙泉水库稚鱼则转食大型枝角类、昆虫及鱼卵和仔鱼。两水体气候条件、营养状况、鱼类区系组成上基本相同,是否有太湖新银鱼移植是两水体间的主要差别。太湖新银鱼春群在1—5月间繁殖,而的繁殖在6月下旬之后。因此在早期生活史阶段与太湖新银鱼的食物竞争会主要发生在转食大型浮游动物之后。太湖新银鱼摄食使黄石水库大型浮游动物饵料资源短缺,稚鱼在25日龄后不能转食,是导致黄石水库幼鱼在25日龄后生长减慢的重要因素。     

滇池太湖新银鱼的生长特性与资源量关系的研究

为了滇池中太源新银鱼（ＮｅｏｓａｌａｎｘｔａｉｈｕｅｎｓｉｓＣｈｅｎ）达到稳产,高产,优质,高效的目的,管理部门急需寻求一个合理的资源平衡点,经３１个月的连续采样调查,应用ＶｏｎＢｅｒｔａｌａｎｆｆｙ生长方程,得到太湖新银鱼１９８９年和１９９０年生长方程分别为：Ｌ＝６．７０（１－ｅ＾－０．１９８（ｔ－０．２２５）,Ｗ＝１．７８（１－ｅ＾－０．１９８（ｔ－０．２２５））＾３和Ｌ＝７．４８（１－ｅ＾－     

A modified procedure for quantitative analysis of mtDNA, detecting mtDNA depletion

Quantitative analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) is crucial for proper diagnosis of diseases that are caused by or associated with mtDNA depletion. However, such a quantitative characterization of mtDNA is not a simple procedure and requires several laboratory steps at which potential errors can accumulate. Here, we describe a modified procedure for quantitative human mtDNA analysis. The procedure is based on using two PCR-amplified, fluorescein-labeled DNA probes, complementary to mtDNA (detection probe) and chromosomal 18S rDNA (reference probe), both of similar length. Thus, equal amounts of these probes can be used and, contrary to previously published procedures, no mtDNA purification (apart from total DNA isolation) or 18S rDNA cloning is necessary for probe preparation. Two separate hybridizations (each with one probe) are suggested instead of one hybridization with both probes; this decreases background signals and enables adjustment of the strength of specific signals from both probes, which is useful in the subsequent densitometric analysis after superimposing of both pictures. Using different DNA amounts for reactions, we have proved that the procedure is quantitative in a broad range of sample DNA concentrations. Moreover, we were able to detect mtDNA depletion unambiguously in tissue samples from patients suffering from diseases caused by dysfunction of mtDNA.     

洪泽湖大银鱼和太湖新银鱼的生长、死亡参数及资源利用状况

2015年7月至2016年6月采用银鱼拖网对洪泽湖大银鱼和太湖新银鱼进行周年逐月采样, 确定单位水体面积(1 km2)捕捞渔获量, 估算种群生长和死亡相关参数; 利用平衡产量模型评估获得最高单位补充量渔产量时的最适开捕时间, 并设定为优化的管理方案; 构建单位补充量产卵群体生物量(Spawner biomass per-recruitment; SBR)模型, 评估洪泽湖银鱼资源在当前和优化管理方案下的捕捞利用状况, 为其资源管理提供指导。研究结果表明, 大银鱼体长和体重分别为29.0—182.6 mm和0.10—34.79 g, 世代周期中存在2个快速生长阶段, 即4—6月和8—11月; 最适生长方程为von Bertalanffy方程, L_t=173.35×[1–e–1.972(t–0.092)]; 捕捞死亡系数和自然死亡系数分别为8.583/year和3.292/year。太湖新银鱼体长和体重分别为20.4—82.7 mm和0.04—3.40 g, 整个世代周期持续生长, 最适生长方程为Logistic方程, L_t=66.82/[1+e–5.386(t–0.124)]; 捕捞死亡系数和自然死亡系数分别为7.006/year和1.146/year。平衡产量模型结果显示, 当大银鱼开捕年龄为0.593 year, 太湖新银鱼开捕年龄为0.420 year时, 即将银鱼开捕时间由现行的8月9日, 推迟20d, 并取消现行的5月一周捕捞, 可以获得最大总渔产量。SBR模型评估结果显示, 在当前管理模式下, 大银鱼SBR残存量相当于未开发状态的20.23%, 优化管理方式后可达到36.72%, 能有效缓解大银鱼的捕捞压力; 在优化管理方式后, 大湖新银鱼的SBR残存量从现行管理方式下相当于未开发状态的7.50%, 提升至12.86%, 但仍低于20%。     

草鱼和鲤鱼线粒体 DNA 的分离纯化及其 COI 基因的分子克隆

本文报道配合使用差速离心和DNaseI核酸酶处理等步骤,从草鱼和鲤鱼新鲜肝组织分离线粒体DNA(mtDNA)的实验方法。这种方法经济简便,纯化的mtDNA产率多,纯度高,经限制性内切酶消化后进行琼脂糖凝胶电泳分离,可以得到清晰的DNA片段谱带,并可直接用于构建酶切图谱和线粒体基因的分子克隆。用这样的mtDNA,我们已克隆了草鱼和鲤鱼的细胞色素氧化酶亚基I基因(COI基因)。     

Procedures for a dynamical system on {0,1}n with DNA molecules

In this paper, an improved form of DNA representations of elements in {0,1}n, which was first proposed by Fujiwara et al. [Fujiwara, A., Matsumoto, K., Chen, W., 2004. Procedures for logic and arithmetic operations with DNA molecules. Int. J. Found. Comput. Sci. 15, 461-474], is given. Using this improved representations, a procedure for cycling shift is proposed, and this procedure can be implemented in O(1) lab steps theoretically. Based on the operation for cycling shift, dynamic behavior of an operator on {0,1}n is investigated by DNA molecules.     

Simultaneous extraction of nuclear and mitochondrial DNA from human blood

A method of simultaneous isolation of nuclear DNA (nDNA) and mitochondrial DNA (mtDNA) from human blood has been proposed by improvising Lahiri's method of isolation of nuclear DNA. The approach presented here provides selectively enriched fractions and eliminates the need for two different methods or separate reagent sets for the extraction of nDNA and mtDNA. It employs an initial nuclear/ cytoplasm partitioning, followed by the similar procedural steps for the two fractions separately. It gives good quality and quantity of the nDNA as well as the mtDNA, suitable for processes like PCR amplification and sequencing and may prove to be useful for people studying population genetics and evolution using molecular markers maximizing the available resources, especially in cases where a large database needs to be generated from limited amount of blood sample. From 3 ml of blood, the yields of mtDNA salvaged from the supernatant were sufficient to set approximately 4x10(5) reactions (starting with 250 fg DNA per reactions) of mtDNA loci which otherwise would have been discarded as per original Lahiri's procedure. The quality of mtDNA from the mitochondrial fraction was suitable for all major downstream processes as confirmed by locus specific PCR amplifications and sequencing. Through this procedure, the wastage of nDNA can be avoided when mtDNA loci is studied.     

Intracellular glycation of nuclear DNA, mitochondrial DNA, and cytosolic proteins during senescence-like growth arrest

To investigate the accumulation of intracellular advanced glycation end products (AGEs), a method was established for the simultaneous analysis of glycation products of cytosolic proteins, nuclear DNA, and mitochondrial DNA (mtDNA). Nuclear DNA, mtDNA, and cytosolic proteins were simultaneously isolated from one cell lysate by differential centrifugation and combined mechanical and chemical cell disruption methods. The major DNA-AGE N(2)-carboxyethyl-2'-deoxyguanosine (CEdG) was quantified in nuclear DNA and mtDNA by ELISA, whereas the protein-AGEs N(?)-(carboxymethyl)lysine (CML) and N(?)-(carboxyethyl)lysine (CEL) were determined by western blot. The method was used to analyze NIH3T3 fibroblasts. In untreated cells, CEdG levels of mtDNA (14.84?±?3.07?pg CEdG/μg mtDNA) were significantly higher compared with nuclear DNA (4.40?±?0.64?pg CEdG/μg DNA; p?相似文献   

海南产桶形芋螺线粒体基因组DNA提取条件的优化

提取海南产桶形芋螺线粒体基因组完整DNA (mtDNA),并对提取条件进行优化。以桶形芋螺腹足肌肉、毒腺和肝胰脏三个不同组织为材料,分别采用改进高盐沉淀法、细胞器/磁珠法和试剂盒提取三种方法,提取桶形芋螺mtDNA,并利用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计对提取mtDNA的纯度和浓度进行测定。以coxⅠ-rRNA小亚基基因和α-芋螺毒素基因设计引物,通过PCR反应来确证所提取的DNA确实是mtDNA。试剂盒法提取肝胰脏、高盐沉淀法提取肝胰脏和腹足肌肉组织这三种方法的产率很高,分别为44.4μg/mg、43.3μg/mg和32.6μg/mg。A260/280比值表明,改进高盐沉淀法提取毒腺和腹足肌肉组织,细胞器磁珠法提取腹足肌肉组织的mtDNA纯度很高。综合比较,采用改进高盐沉淀法,利用桶形芋螺腹足肌肉组织所提取的mtDNA产率高、质量好、纯度高。高质量芋螺mtDNA的获取为利用分子生物学方法对芋螺进行遗传进化分析和系统分类提供了基础。     

太湖新银鱼m tDNA COII和Cytb基因的克隆与序列分析

设计了5对特异性引物,扩增、拼接并测定出太湖新银鱼线粒体tRNAAsp-COII-tRNALys和tRNAGlu-Cytb-tRNAThr两段基因序列片段。基因定位和序列分析发现,太湖新银鱼线粒体COII基因全序列长度为691 bp,序列AT含量为52.80%,编码230个氨基酸;线粒体Cytb基因序列全长为1141 bp,AT含量为48.90%,它编码380个氨基酸。分别位于线粒体COII和Cytb基因两翼的4个tRNA基因(tRNAAsp、tRNALys、tRNAGlu和tRNAThr)同时被测定出来。将太湖新银鱼与有明银鱼、小齿日本银鱼的同源序列进行比对分析,并基于线粒体COII Cytb基因合并数据的核苷酸和氨基酸两种序列形式,以黑斑蛙为外群,对10种鱼类进行分子系统树的构建,结果一致表明:小齿日本银鱼与有明银鱼的亲缘关系近于太湖新银鱼;鲱科与鲑科的亲缘关系近于银鱼科鱼类;此外在本研究硬骨鱼类的4个科中,白鲟科作为原始而古老的类群,是在系统进化的过程中首先分化出来的一支。