miR-193a-5p促进人胰腺癌细胞体外迁移和侵袭作用的研究

该研究主要探讨了微小核酸mi RNA-193a-5p对人胰腺癌细胞体外迁移和侵袭的促进作用及其机制。采用miR-193a-5p模拟物及mi R-193a-5p抑制剂分别上调和下调miR-193a-5p的表达;采用细胞划痕法和Transwell小室法检测mi R-193a-5p对细胞迁移和侵袭能力的影响;采用TargetScan 7.1数据库预测miR-193a-5p的靶基因;荧光素酶报告法验证miR-193a-5p的靶基因; Western blot和实时荧光定量PCR验证其表达结果。结果表明, miR-193a-5p可显著促进细胞的迁移和侵袭能力。TargetScan 7.1软件预测, Prox1可能为mi R-193a-5p的靶基因,荧光素酶报告实验显示, miR-193a-5p靶向Prox1基因的3′UTR区。实时荧光定量PCR和Western blot结果显示, miR-193a-5p下调了Prox1的mRNA和蛋白水平的表达。研究结果揭示,在胰腺癌中高表达的miR-193a-5p通过下调Prox1,从而使胰腺癌细胞获得高的迁移和侵袭能力,促进胰腺癌的转移。     

lncRNA CBR3-AS1通过调控miR-145-5p影响胃癌HGC-27细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡

为探讨lncRNA CBR3-AS1靶向miR-145-5p对胃癌细胞HGC-27恶性生物学行为的影响,该研究先用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测30例胃癌患者的癌组织及癌旁组织中CBR3-AS1和miR-145-5p的表达水平。然后,将CBR3-AS1干扰表达载体质粒、miR-145-5p模拟物、miR-145-5p抑制剂与CBR3-AS1干扰表达载体质粒转染至胃癌细胞HGC-27;用四甲基偶氮唑盐比色法(MTT)检测细胞活性;流式细胞术检测细胞凋亡流程;Transwell法检测迁移和侵袭的细胞数;双荧光素酶报告实验检测CBR3-AS1和miR-145-5p的靶向关系。实验结果显示,胃癌组织中CBR3-AS1表达水平高于癌旁组织,而miR-145-5p表达水平低于癌旁组织(P0.05)。过表达miR-145-5p或抑制lncRNA CBR3-AS1表达可降低HGC-27细胞活性,减少迁移侵袭细胞数,而提高细胞凋亡率(P0.05)。lncRNA CBR3-AS1靶向调控miR-145-5p;下调miR-145-5p逆转了抑制lncRNA CBR3-AS1表达对HGC-27细胞的作用。因此,抑制lncRNA CBR3-AS1表达可能通过上调miR-145-5p抑制HGC-27细胞的迁移侵袭、增殖,促进细胞凋亡。     

UHRF1通过miR-206调控ERα表达促进甲状腺乳头状癌细胞增殖、侵袭和迁移

该研究探讨了泛素样含PDH和环指域1(UHRF1)对甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)细胞增殖、侵袭和迁移的影响。应用Real-time PCR检测正常甲状腺细胞Nthyori3-1、甲状腺乳头状癌细胞BCPAP和K1中UHRF1 mRNA、miR-206和ERαmRNA的表达水平;Real-time PCR检测UHRF1过表达或干扰对miR-206和ERαmRNA的表达影响;MTT、Transwell检测UHRF1过表达或干扰对Nthy-ori3-1、BCPAP、K1细胞增殖、侵袭和迁移影响;Western blot和双荧光素酶报告实验分析miR-206与ERα的靶向关系。结果表明,与Nthy-ori3-1细胞相比,BCPAP和K1细胞中UHRF1 mRNA和ERαmRNA表达水平显著增高(P<0.05),而miR-206表达水平显著降低(P<0.05);UHRF1过表达或干扰处理细胞后,miR-206表达水平与之变化趋势相反,而ERα表达水平与之变化趋势相同;UHRF1促进Nthy-ori3-1、BCPAP和K1细胞增殖、侵袭和迁移;Western blot和双荧光素酶报告实验证实,miR-206靶向ERα基因并抑制其表达。以上结果说明,UHRF1可通过miR-206调控ERα表达,促进甲状腺乳头状癌细胞增殖、侵袭和迁移。     

lncRNA ROR1-AS1通过靶向miR-758-3p调控神经母细胞瘤SK-N-SH细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡

该研究旨在探讨ROR1-AS1对神经母细胞瘤细胞SK-N-SH增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响及作用机制。收集67例神经母细胞瘤组织和瘤旁组织,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测组织中ROR1-AS1和miR-758-3p的表达情况。转染ROR1-AS1小干扰RNA、miR-758-3p模拟物或共转染ROR1-AS1小干扰RNA与miR-758-3p抑制剂至SK-N-SH细胞,细胞计数试剂盒-8(CCK-8)法检测细胞增殖,Transwell检测细胞迁移和侵袭,流式细胞术检测细胞凋亡,蛋白质印迹法检测CyclinD1、p21、Bcl-2、Bax、MMP-2和MMP-9的蛋白表达情况。双荧光素酶报告基因实验验证ROR1-AS1和miR-758-3p的调控关系。结果显示,神经母细胞瘤组织中ROR1-AS1的表达明显高于瘤旁组织,而miR-758-3p表达明显低于瘤旁组织。抑制ROR1-AS1表达或过表达miR-758-3p降低了SK-N-SH细胞活性、迁移数和侵袭数及CyclinD1、Bcl-2、MMP-2和MMP-9蛋白表达水平,而提高了细胞凋亡率及p21和Bax蛋白表达水平。ROR1-AS1在SK-N-SH细胞中靶向负调控miR-758-3p表达,干扰miR-758-3p可逆转抑制ROR1-AS1对SK-N-SH细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。这提示抑制ROR1-AS1表达可能通过靶向上调miR-758-3p阻碍SK-N-SH细胞增殖、迁移和侵袭,并促进细胞凋亡,ROR1-AS1有可能成为神经母细胞瘤治疗的分子靶点。     

miR-106b-5p靶向调控SIRT7/SMAD4信号通路对口腔鳞状细胞癌侵袭和迁移的影响机制探究

该文探讨了miR-106b-5p对口腔鳞状细胞癌(OSCC)细胞迁移和侵袭的影响及其机制。采用qRT-PCR检测OSCC组织与细胞系中mi R-106b-5p表达情况,将SCC15、OECM1细胞分为Control组、miR-NC组、miR-106b-5p mimics组、anti-miR-NC组、anti-miR-106b-5p、anti-miR-106b-5p+si-NC组、anti-miR-106b-5p+si-SIRT7组,分别检测各组细胞增殖、迁移及侵袭能力, Western blot检测E-cadherin、N-cadherin、MMP-9、SIRT7、SMAD4蛋白表达情况,双荧光素酶报告基因实验与RIP实验验证miR-106b-5p与SIRT7的靶向关系。结果显示, miR-106b-5p在OSCC组织与细胞中表达水平升高(P<0.05),过表达mi R-106b-5p可显著促进OSCC细胞增殖、迁移、侵袭及EMT,抑制miR-106b-5p表达可显著抑制OSCC细胞增殖、迁移、侵袭及EMT(P<0.05);双荧光素酶报告基因实验与RIP实验证实, miR-...     

甘草提取物通过调控miR-212-5p/BCL2L2 基因抑制甲状腺肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭

目的探讨甘草提取物GL-1对甲状腺肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响及其分子机制。方法以10、20、30 μg/mL GL-1处理甲状腺肿瘤细胞CAL-62,或在CAL-62细胞中转染miR-212-5p mimics、anti-miR-212-5p、si-BCL2L2、pcDNA-BCL2L2。其中转染pcDNA-BCL2L2细胞并以30 μg/mL GL-1处理。噻唑蓝比色法 (MTT)检测CAL-62细胞增殖,Transwell小室法检测CAL-62细胞迁移和侵袭,实时定量PCR (qPCR)检测CAL-62细胞中miR-212-5p表达,Western blot检测相关蛋白Bcl-2样蛋白2 (BCL2L2)、细胞周期蛋白D1 (Cyclin D1)和基质金属蛋白酶-2 (MMP-2)表达。生物学信息预测miR-212-5p的下游靶基因,双荧光素酶基因报告实验进一步验证。数据采用单因素方差分析、Tukey’s事后检验和t检验。结果与对照组相比,10、20、30 μg/mL浓度GL-1降低CAL-62细胞24、48、72 h的细胞活性 (P < 0.05),并呈剂量、时间依赖性。与对照组相比,10、20、30 μg/mL浓度GL-1干预后,CAL-62细胞侵袭数[(143.56±14.22)个、(100.32±10.23)个、(68.23±6.49)个比(189.65±15.23)个]、迁移数[(198.56±14.35)个、(141.35±12.58)个、(89.56±8.95)个比 (295.36±17.56)个]和BCL2L2蛋白表达量 (0.76±0.08、0.51±0.06、0.24±0.02比1.00±0.12)均降低 (P 均< 0.05),而miR-212-5p水平 (1.61±0.11、1.99±0.13、2.28±0.15比1.00±0.07)升高(P < 0.05),并呈剂量依赖性。过表达miR-212-5p和沉默BCL2L2表达在24、48、72 h时CAL-62细胞活性、细胞迁移数、侵袭数和Cyclin D1、MMP-2蛋白表达量降低 (P < 0.05)。生物学信息预测和双荧光素酶基因报告实验证实BCL2L2是miR-212-5p的靶基因。过表达miR-212-5p抑制BCL2L2蛋白水平,沉默miR-212-5p促进BCL2L2蛋白表达 (P < 0.05)。过表达BCL2L2可逆转GL-1对CAL-62细胞增殖、迁移、侵袭及Cyclin D1、MMP-2蛋白表达的抑制作用。结论 GL-1通过miR-212-5p/BCL2L2抑制甲状腺肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭。     

microRNA-708-5p对骨肉瘤细胞凋亡与迁移的作用及机制

该文主要研究microRNA-708-5p(miR-708-5p)在骨肉瘤细胞中的表达及对细胞凋亡、迁移的影响及机制。该研究利用miRNA基因芯片筛选差异表达miRNA; qRT-PCR(quantitative Realtime PCR)检测miR-708-5p在骨肉瘤细胞株MG63和正常细胞hMSC、HS-5中的表达;通过阳离子脂质体介导法过表达miR-708-5p;分别用Hoechst 33258染色、流式细胞术、划痕实验、Transwell法检测凋亡和迁移;通过qRT-PCR检测miR-708-5p、ZEB1(Zinc?nger E-box binding homeobox 1)的RNA水平; Western blot检测E-cadherin、N-cadherin、ZEB1蛋白表达;利用TargetScan和双荧光素酶报告实验预测并验证miR-708-5p与ZEB1的靶向关系。结果显示, miR-708-5p在MG63中表达下调,恢复miR-708-5p表达水平可诱导MG63细胞凋亡并抑制迁移。Western blot结果显示,过表达miR-708-5p可上调E-cadherin,下调N-cadherin和ZEB1。双荧光素酶报告实验显示, miR-708-5p可直接靶向ZEB1。敲低ZEB1可抑制MG63迁移。该项研究结果表明, miR-708-5p可诱导骨肉瘤细胞凋亡,且通过靶向ZEB1来抑制迁移。     

miR-670-5p对肺癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响

目的: 探讨miR-670-5p对肺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响,分析其调控WW结构域氧化还原酶基因(WWOX)的机制。方法: 收集2016年1月至2017年10月收治的28例肺癌组织和对应癌旁组织,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测肺癌组织、癌旁组织中miR-670-5p的表达水平。将肺癌细胞A549分为anti-miR-NC组(转染anti-miR-NC)、anti-miR-670-5p组(转染anti-miR-670-5p)、anti-miR-670-5p+si-NC组(转染anti-miR-670-5p与si-NC)、anti-miR-670-5p+si-WWOX组(转染anti-miR-670-5p与si-WWOX)。转染48 h后,RT-qPCR或蛋白质印记(Western blot)检测转染效果。细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞活力;Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力;Western blot检测P21、上皮细胞钙粘蛋白(E-cadherin)和基质金属蛋白酶2(MMP-2)蛋白的表达水平。双荧光素酶报告基因实验和Western blot验证miR-670-5p和WWOX的靶向关系。结果: 肺癌组织中miR-670-5p的表达水平较癌旁组织显著升高(P＜0.05)。抑制miR-670-5p可抑制MMP-2蛋白表达(P＜0.05),促进P21和E-cadherin表达(P＜0.05),抑制A549细胞增殖、迁移和侵袭(P＜0.05)。WWOX是miR-670-5p的靶基因,miR-670-5p负调控WWOX表达。抑制WWOX可部分逆转anti-miR-670-5p对A549细胞增殖、迁移和侵袭的影响(P＜0.05)。结论: miR-670-5p通过靶向WWOX能够促进肺癌细胞增殖、迁移、侵袭。     

miR-138转录可下调p33ING1在衰老细胞中的表达

p33ING1参与了多种生物学过程,包括细胞生长抑制、凋亡、DNA损伤修复、染色质重塑等．近来研究显示,p33在细胞衰老过程中表达降低,这可能与衰老细胞的抗凋亡有关．但p33在衰老细胞中表达下调的分子机理仍不清楚．我们发现,在衰老细胞中miR-138表达升高与p33基因的表达降低密切相关．以下实验结果支持如此结论：(1)与年轻细胞相比,带p33ING1 3′UTR 报告载体荧光素酶活性在衰老细胞中降低;突变3′UTR上的miR-138结合位点可升高报告载体荧光素酶在衰老细胞中的活性;(2)在衰老细胞中miR-138的表达升高;(3)在年轻细胞中,过表达miR-138不仅可抑制带p33ING1 3′UTR 报告载体荧光素酶活性,而且下调细胞内p33ING1基因mRNA和蛋白水平.与此相反,抑制miR-138活性可升高带p33ING1 3′UTR 报告载体荧光素酶活性,并且上调细胞内p33ING1基因mRNA和蛋白水平．这些结果表明,p33ING1基因是miR-138的靶基因;在衰老过程中,miR-138表达升高, 由此导致该基因的表达降低．     

Mirtron类microRNA6894-5p过表达促进胃癌细胞的迁移、侵袭和增殖

该文主要探讨Mirtron类micro RNA6894-5p过表达对胃癌细胞迁移、侵袭和增殖的影响。将miRNA6894-5p的模拟物分别转染进入胃癌MGC803和SGC7901细胞中,构建miRNA6894-5p过表达的细胞系;实时荧光定量PCR测miRNA6894-5p的RNA表达;Transwell实验检测细胞迁移侵袭能力;Cell Counting Kit 8实验检测细胞的增殖能力;荧光素酶报告基因实验检测miRNA6894-5p与肝配蛋白A3的靶向关系;实时荧光定量PCR和蛋白质印迹法进一步检测miRNA6894-5p过表达后EFNA3的m RNA和蛋白的变化。结果显示,成功构建miRNA6894-5p过表达模型的胃癌细胞系;与相应阴性对照组相比,过表达miRNA6894-5p可提高细胞迁移侵袭能力(P0.05)和增强细胞增殖能力(P0.05);荧光素酶报告基因实验证实,miRNA6894-5p靶向作用于肝配蛋白A3,过表达miRNA6894-5p后肝配蛋白A3的m RNA及蛋白水平显著下降(P0.05)。该研究结果显示,Mirtron类miRNA6894-5p在人胃癌细胞中过表达可促进胃癌细胞的迁移、侵袭和增殖。     

钙周期素结合蛋白促进胃癌细胞迁移侵袭和MMP-2、MMP-9、p-ERK1/2、p-AKT水平上调

目的探讨钙周期素结合蛋白(calcyclin binding protein/Siah-1-interacting protein, CacyBP/SIP)对胃癌细胞侵袭迁移的影响和潜在机制。方法采用免疫组织化学和Western blot方法检测不同T分期胃癌组织中CacyBP/SIP水平;Western blot检测胃癌细胞中CacyBP/SIP水平;MKN-45细胞转染si-CacyBP/SIP与Ad-CacyBP/SIP后,细胞划痕实验检测细胞迁移情况,Transwell细胞侵袭实验检测细胞侵袭情况,Western blot检测MMP-2、MMP-9和p-ERK1/2、p-AKT水平。结果 CacyBP/SIP在胃癌组织和胃癌细胞中高表达;胃癌组织中CacyBP/SIP表达水平与T分期呈正相关;敲减CacyBP/SIP抑制MKN-45细胞的迁移侵袭能力和MMP-2、MMP-9、p-ERK1/2、p-AKT蛋白表达水平;过表达CacyBP/SIP促进MKN-45细胞迁移侵袭能力和MMP-2、MMP-9、p-ERK1/2、p-AKT蛋白表达水平。结论 CacyBP/SIP对胃癌转移侵袭能力的促进作用可能与其上调MMP-2、MMP-9、p-ERK1/2、p-AKT水平有关。     

POU1F1基因的遗传变异对南阳牛生长发育性状的影响

利用PCR-RFLP技术首次研究了南阳牛群体100个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明,南阳牛群体POU1F1基因座的451bp的PCR产物被限制性酶Hinf Ⅰ消化后表现多态性,它们的等位基因A／B频率为：0．465／0．535,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时,南阳牛群体POU1F1-Hinf Ⅰ基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明：南阳牛群体内BB与AB基因型个体在初生重、断奶前平均日增重、六月龄体重、体斜长和胸围以及十二月龄的体重、体高、体斜长和胸围指标上有显著差异,且BB〉AB（P〈0．05）;群体内BB型个体在十二月龄体重指标上显著高于群体的AA型个体,即BB〉AA（P〈0.05）,在其他各年龄段的各项体重和体尺指标上同样呈现出B等位基因高于A等位基因的一种趋势。初步认为BB基因型为优势基因型,相应地B为优势等位基因,对选择有正向效应,提示POU1F1基因的占等位基因可能与高生长发育性状有关。     

Effect of Genetic Variations of the POU1F1 Gene on Growth Traits of Nanyang Cattle

PCR-RFLP was applied to analyze the effect of the genetic variations of the POU1F1 gene on growth traits of 100 Nanyang cattle. The results showed that the 451 bp PCR product digested with Hinf I demonstrated polymorphism in the population, which was at Hardy-Weinberg equilibrium. Moreover, the frequencies of alleles A/B in the Nanyang population were 0.465/0.535. The association of the variations of the POU1F1 gene with the growth traits in the population was analyzed. The following parameters were greater in individuals with a genotype BB than in those with an genotype AB: birth weight, average weight increase before ablactation, body height at 12 months, body weight, body length, and chest girth at 6 months and 12 months (P<0.05). The body weight at 12 months was higher in the BB individuals than in the AA individuals (P <0.05). The body weight and body sizes also showed a trend of allele B> allele A in the other age groups. Therefore, the genotype BB maybe a dominant genotype and the allele B may be a dominant allele. These results imply that the allele B of the POU1F1 gene is likely to positively affect the growth traits.     

盐胁迫对不同品系杨树幼苗生长、细胞超微结构和离子稳态的影响

以欧美杨（Populus canadensis）南杨1号和南杨2号为实验材料,研究了NaCl胁迫对其幼苗生长、细胞超微形态结构和离子分配等的影响。结果发现,低盐（75mmol·L^–1NaCl）胁迫对南杨1号生长的抑制显著高于南杨2号;高盐（150mmol·L^–1NaCl）胁迫对2种品系生长的抑制则差异不显著。低盐胁迫下,南杨1号叶片细胞结构破坏程度明显高于南杨2号;南杨2号根中所有细胞,新生枝条表皮、皮层及木质部细胞,叶片上表皮、栅栏和海绵组织细胞均维持较低的Na＋含量,同时叶片栅栏和海绵组织细胞维持较高的Mg2＋含量,从而表现为向枝条和叶片的Na＋流量显著偏低。维持细胞内的离子稳态可能是南杨2号耐盐性高于南杨1号的重要原因。     

牛α辅肌动蛋白(α-Actinin)1 基因遗传变异与产犊数性状的相关性

为了探讨辅肌动蛋白1(α-actinin1)基因对母牛产犊数的影响,以鲁西单胎牛,鲁西双胎牛,南阳牛,晋南牛,荷斯坦牛,三河牛和延边牛为研究对象,以α-actinin1为影响产犊数的候选基因,分别扩增418 bp和505 bp 2个片段,采用直接测序,RFLP-RsaⅠ和RFLP-Apa Ⅰ方法检测α-actinin1基因的多态性,并将其与产犊数性状进行了关联分析.在内含子15 第227 nt处的碱基发生G→A突变,和内含子10第3 124 nt处发生A→G突变,使其产生酶切多态.对2个酶切多态位点进行基因型分型,χ2检验表明：在G227A位点,除了鲁西单胎牛外,其他群体都已达到Hardy-Weinberg平衡;在A3 124G位点,除了鲁西双胎牛外,其余群体都已经达到Hardy-Weinberg平衡.SAS 9.0的最小二乘拟和一般线性模型分析结果表明：A3 124G位点的AG基因型的产犊数的最小二乘均数极显著（P＜0.01）高于基因型AA;而单倍型组合G G的产犊数的最小二乘均数显著高（P＜0.01）于其它3种单倍型组合.α-actinin1基因有可能作为产犊数性状的候选分子的遗传标记.     

牛POMC基因多态性及其与南阳牛生长性状的相关分析

为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡调控中发挥重要作用, 文章采用PCR-SSCP结合DNA测序方法, 对秦川牛、南阳牛、郏县红牛、晋南牛、鲁西牛、安格斯牛和荷斯坦奶牛共计480头个体POMC基因的多态性进行研究, 并分析了多态位点与南阳牛生长性状的相关性。结果表明, 牛POMC基因3个位点中, 在3′侧翼区P3位点新发现3个连锁存在的SNP(811845 C>T、811821 T>C和811797 A>G, 与NW_928357对照)。POMC基因3′侧翼区多态位点与南阳牛6月龄体重和0~6月龄平均日增重显著相关, BB型个体显著大于AA型(P<0.05)。     

南水北调中线工程水源地南阳市生态安全评价研究

以南水北调中线工程水源地南阳市为研究区，结合统计数据与遥感数据，基于GIS平台和压力-状态-响应（Pressure-State-Response，PSR）模型，选取了16个关键指标，从生态压力、生态状态和生态响应3个方面构建了生态安全评价体系。对2000年、2010年和2015年南阳市-丹江口水库汇水区-水渠缓冲区3个维度的生态安全水平进行评价，并对其时空演变特征进行分析。结果表明：（1）2000年、2010年和2015年，南阳市生态安全指数（Ecological Security Index，ESI）均值分别为48.88、49.76、50.60，丹江口水库汇水区ESI均值分别为51.52、52.80、53.70，干渠周边ESI均值分别为47.98、49.57、51.02，均呈现缓慢增加的趋势，总体上南阳市生态安全水平有所改善。（2）从空间来看，南阳市生态安全水平总体上呈现出西北高、东南低的空间分布特征。2000—2015年，南阳市西部地区整体呈现增加趋势，而东部地区整体呈减小趋势。（3）南阳市各行政单元生态安全水平具有明显的区域差异。2000—2015年，ESI均值最大的是淅川县，最小的是新野县，处于一般安全的区县共6个，较低安全水平的县区共6个。淅川县、内乡县、邓州市和市辖区生态安全水平有所提高，社旗县生态安全水平明显下降。（4）南阳市生态安全水平与生态状态指标的相关性整体较高，与生态响应指标的相关性较低。研究结果可为南水北调水源区其他城市的生态安全建设和规划提供参考。     

A novel SNP of the <Emphasis Type="Italic">Hesx1</Emphasis> gene in bovine and its associations with average daily gain

As an essential repressor, the homeobox gene Hesx1/HESX1 is required within the anterior neural plate for normal forebrain development. Mutations within the Hesx1 gene have been associated with GH deficiency or combined pituitary hormone deficiency. We detected the polymorphism of Hesx1 gene by PCR-SSCP and DNA sequencing methods in 702 individuals from four Chinese cattle breeds. A novel single nucleotide polymorphism (SNP) (IVS1 + 382T > C) was detected. The frequencies of genotype TC in four breeds were 0.000–0.222. Polymorphism of the Hesx1 gene was shown to be associated with growth in the Nanyang breed. Individuals with genotype TC was significantly lower average daily gain than TT at 18 months (P < 0.05).     

Sequence variants in the bovine nucleophosmin 1 gene, their linkage and their associations with body weight in native cattle breeds in China

The nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23, numatrin) gene (NPM1, previously known as nucleophosmin/nucleoplasmin family, member 1) encodes a multifunctional nucleolar phosphoprotein that plays a crucial role in cell growth and homeostasis. Seven sequence variants (SVs) were identified in the coding region of bovine NPM1, five of which were in complete linkage disequilibrium. Eight different haplotypes were identified, of which two major haplotypes have a frequency of 23.2% and 20.4%. Three SVs were significantly associated with body weight in the Nanyang population as analysed at different ages. No significant association was detected between 18 combined genotypes and body weight at five different ages. Our results suggest that some polymorphisms in NPM1 are associated with body weight at some ages and may be used as candidates for marker-assisted selection and management in beef cattle breeding programmes.     

Novel SNPs in the bovine Transmembrane protein 18 gene, their linkage and their associations with growth traits in Nanyang cattle

Transmembrane protein 18 (TMEM18) gene is expressed in the central nervous system that has recently been linked to human obesity and body mass index (BMI) in genome wide association studies (GWAS). In this study, two novel single nucleotide polymorphisms (SNPs), g.3835 G > A (aa. Gly > Ser) and g.3865 A > G were detected in cattle TMEM18 gene by DNA sequencing. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and forced PCR-RFLP methods were used to genotype the two SNPs in 1218 Chinese native cattle individuals. The association between novel SNPs and growth traits (especially on body weight and body height) in Nanyang cattle showed that individuals with GG genotype was higher than those with AA genotype at g.3835G>A locus (P < 0.05) in Nanyang cattle. Significant association also revealed that individuals of AA genotype at g. 3865 A>G locus were higher in terms of body weight, average daily gain, chest circunmference, body length (P < 0.05), body height and hucklebone width (P < 0.01) than GG genotypes in Nanyang cattle. Moreover, the effect of XspI-MluI combinations with growth traits in Nanyang cattle revealed that AAGG type had higher body weight, body length, chest circumference and average daily gain (P < 0.05) than GGAG in Nanyang cattle aged at 6 months.