用微卫星DNA标记检测中国主要杂交水稻亲本的遗传差异

选用分布于水稻(OryzasativaL.)12条染色体上的20对SSR(Simplesequencerepeats)引物,分析了具有多种质源和较大应用面积的24个水稻胞质雄性不育系、1个光(温)敏核不育系、3个保持系和5个生产中应用较广的恢复系。在以上33份杂交水稻亲本材料间共检测出102个等位基因(alleles),平均每对SSR引物可检测到5.1个等位基因。PIC(polymorphicindexcontent)值的变动范围为0.274～0.773,平均PIC值为0.554。从56对SSR引物中筛选出5对引物,能够有效地区分所有供试的水稻雄性不育系和恢复系。杂交水稻亲本的聚类分析表明:(1)我国水稻雄性不育系遗传变异丰富,但生产中主要应用的水稻雄性不育系遗传背景比较单一。(2)生产中应用面积较大的水稻雄性不育系遗传变异较恢复系差。(3)生产中主要应用的水稻雄性不育系与恢复系分别聚类于不同的类群,且遗传关系较远。     

56个杂交水稻骨干亲本SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析

以中国56个杂交水稻骨干亲本为研究材料,包括水稻雄性不育系和恢复系。从国标中公布的48对水稻SSR引物中筛选出14对稳定性好、多态性高、杂带少且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,建立56个杂交水稻骨干亲本的SSR指纹图谱,结果表明：14对SSR引物在56份材料中共扩增出48个多态性片段,平均每对引物可以检测3．43个等位基因。聚类分析得出56个品种间的遗传相似性系数在0．63～0．98之间,基本上反映了不同品种间的亲缘关系。     

30个粳稻品种SSR标记遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的64对SSR引物,对江苏省育成以及日本引进的粳稻品种共30份材料进行遗传多样性分析。结果表明,有50对SSR引物在30个品种间表现为多态性。共检测到140个等位基因,每对引物的等位基因数变幅为2～5个,平均为2．8个。有效等位基因为94．336个,平均为1．887。每个SSR位点的多态性信息量（PIC）变化范围为0．064～0．752,平均为0．410。30个品种间的遗传相似系数变幅为0．386～0．956之间,平均值为0．719,且81．4％的供试品种其遗传相似系数在0．600～0．800之间,亲缘关系较近;以遗传相似系数为原始数据,按UPGMA方法将30个品种划分为3大类群,结合系谱分析结果表明,江苏省育成的水稻品种遗传多样性不够丰富,多数品种间的亲缘关系较近,欲进一步提高江苏省水稻产量还需拓宽亲本选择范围,扩大遗传背景。     

陕西省有色稻资源的SSR多态性分析

从水稻12条染色体上筛选出22对有效引物,对陕西省17个有色稻品种的遗传多样性进行分析,共检测到128个等位基因,平均每个标记检测到5.8个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.49-0.89之间,平均值为0.73。聚类分析表明,陕西省17个有色稻品种的遗传相似系数集中在0.24-0.88之间。     

太湖稻区与国内部分香稻SSR指纹图谱构建及遗传多样性初析

以太湖稻区和国内其他地区的39个香稻品种,以及籼型恢复系2个对照品种为研究材料,利用SSR分子标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。从40对国标中公布的水稻SSR引物中筛选出13对核心引物,在41个水稻品种中共检测到36个多态性片段。据此建立41个水稻品种的DNA指纹图谱,进行聚类分析,发现供试41个品种的遗传相似系数在0.58以上,而供试香稻品种的遗传相似系数在0.64以上,基本反映了不同品种间的亲缘关系。     

SSR分子标记在山茶属观赏资源遗传多样性研究中的应用

采用微卫星(SSR)分子标记的方法,利用20对SSR引物对33份山茶属资源(含种和品种)的DNA样品进行了PCR扩增,从中筛选出10对扩增效果较好的SSR引物,并对33份资源进行了遗传多样性分析。结果显示:10对引物在33个植物材料中共检测出123个等位基因,每个SSR位点的等位基因数为3~22个,SSR2引物检测到的等位基因数量最多,达22个,平均每对引物含有12.3个等位基因,平均多态性信息量为0.74,变化范围为0.06~0.96。利用遗传距离矩阵按UPGMA方法进行聚类,结果表明33份植物材料可分为9个分支,很好的区分了品种间的亲缘关系,可为杂交育种的组合选择提供理论基础。不同花型的山茶属植物在10个微卫星位点上共发现42个特异等位基因,可能与不同的花型性状有关。     

宁夏水稻选育品种遗传多样性和亲缘关系分析

选择31份宁夏近年来育成或审定的水稻品种(系),利用分布于12条染色体的36对SSR引物进行遗传多样性和遗传距离分析.共检测到159个等位基因,品种间不同位点等位基因数目不等,平均4.4个.Nei基因多样性指数变幅为0.031 7～0.844 4,平均为0.508 8.按育成或审定年份,把31份水稻分为3组,SSR分析...     

中国落叶松-杨栅锈菌遗传多样性研究

采用SSR分子标记技术对采自全国19个地区、不同年份的落叶松-杨栅锈菌Melampsora larici-populina（简称MLP）36个单孢子堆菌系的遗传多样性和种群遗传结构进行了研究。用5对SSR多态性引物共检测到62个观察等位基因（Na）,有效等位基因数（Ne）为5.42–9.82,平均有效等位基因数为7.05。供试MLP样本在5个SSR位点上的多态性信息量（PIC）变化范围为0.64–0.89,平均值0.79。平均观察杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）分别为0.36和0.86,不同位点的S     

利用SSR标记研究茄子种质资源遗传多样性

本研究利用105个SSR分子标记分析了50份茄子种质资源遗传多样性。105对SSR引物中筛选出的20对多态性含量较高的引物,在50份茄子品种组成的群体中共检测出91个等位基因,平均每个基因位点检测到4.55个等位基因。PIC的变幅为0.202 1~0.735 6,平均为0.401 2。根据遗传距离并结合UPGMA聚类分析可将50份种质分为10个类群。SSR分子标记与品种资源性状聚类分析基本一致。     

38份晾晒烟种质资源遗传关系的SSR分析

利用SSR标记技术对38份晾晒烟种质资源的遗传关系进行了分析。从自己开发的近3000对烟草SSR引物中随机选出30对引物,在38份供试材料中共检测出173个等位基因,每对SSR引物可检测的等位基因数为2~11个,平均为5.77个。38份材料间遗传相似系数（GS）的变化范围为0.165-0.928,平均GS 为0.546。表明38份晾晒烟的遗传多样性丰富,遗传差异较大,亲缘关系较远。聚类分析表明,在L1（GS-0.165）处可将38个品种分为2大类,即晾晒烟类群和美国从烟草起源地收集的烟草（TI：Tobacco Instruction）类群;晾晒烟类群又可进一步分为4组,其聚类结果与所期望的结果基本一致。表明SSR是一种有效、稳定和可靠的分子标记,能较好地从分子水平上揭示烟草(尤其是晾晒烟)种质资源的遗传背景和亲缘关系。     

Genetic Variation of Main Parents of Hybrid Rice in China Was Revealed with Simple Sequence Repeat Markers

Total thirty throe parents of hybrid rice ( Oryza sativa L. ), including twenty five rice male sterile lines, throe maintainer lines and five restore lines, were analyzed by using twenty SSR (simple sequence repeats) primer pairs which disperse on 12 chromosomes in rice. Those primers detected 102 alleles among 33 parents of hybrid rice. PIC (polymorphic index content) values ranged from 0.274 to 0.773. PIC value is 0.554 on the average. Five SSR primer pairs selected from fifty six primer pairs can distinguish individually all of the rice male sterile lines and restore lines in the present study. As results from cluster analysis, it was concluded as follows. (1) Rice male sterile lines have abundant genetic diversity in China. Genetic background was vulnerable among rice male sterile lines used in large scale. (2) In indica rice, genetic variation of the restored lines is larger than that of the male sterile lines. (3) The restored lines were clustered separately from the male sterile lines which are grown widely for production.     

黄淮麦区小麦品种(系)的ISSR位点遗传多样性分析

选用11个ISSR引物,对黄淮麦区96个小麦推广品种（系）进行遗传多样性分析。共检测到96个多态性位点,每个引物多态性位点数平均为8．7个,变幅为3～23个;ISSR引物的多态性信息含量PIC变幅为0．601～0．941,平均0．791,表明ISSR具有较强的品种间区分能力,是研究小麦种质资源遗传多样性的有效分子标记技术之一。96个品种（系）间,Nei’s遗传相似系数变化范围为0．53～0．91,平均为0．60,品种间遗传相似性变幅较大,表明黄淮麦区不同小麦品种（系）间存在着不同程度的遗传多样性差异。根据品种间遗传相似系数聚类,96份材料被聚成8大类群,共14个亚类,类群与系谱和原产地无关。     

籼型杂交稻光合特性的配合力分析

以6个籼型杂交稻三系不育系和5个恢复系按不完全双列杂交设计配制的30个杂交稻组合及其亲本品种为材料,对其光合性状进行了测定和分析,结果表明:(1)杂交稻组合的光合特性存在显著或极显著的组合间遗传差异,光合特性的遗传变异主要来自基因的非加性效应;(2)胞间CO2浓度、蒸腾速率、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量受不育系的影响大于恢复系,而气孔导度、叶绿素a+b含量受恢复系的影响大于不育系;(3)杂交稻光合性状的广义遗传力均大于狭义遗传力,各性状主要受基因互作及环境的影响。狭义遗传力的大小依次为叶绿素b、叶绿素a+b、叶绿素a、气孔导度、胞间CO2浓度、类胡萝卜素和蒸腾速率,这些性状具有中等遗传力;(4)9个光合性状杂交稻F1表型值与父母本一般配合力效应值之和的相关系数均达极显著水平。因此,可以根据父母本一般配合力效应值之和来预测杂交稻组合光合性状的表现,有利于高效选育高光效杂交稻组合。     

利用产量位点标记分析中国水稻骨干恢复系与南亚及东南亚恢复系的遗传多样性

利用47个根据已报道的QTL位点或者已被精细定位或克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的产量位点标记,对来自中国、印度和越南等国的58份水稻恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:(1)在中国恢复系中,47个产量位点标记中有36个具有多态性,共检测到90个等位基因,每个标记检测到等位基因2~4个,平均为2.500个;有效等位基因共62.905个,平均每个标记1.747个;36个有效标记的Shannon信息指数平均值为0.632,变幅为0.271~1.266。(2)在来自国外的材料中,47个产量位点标记均具有多态性,共检测到131个等位基因,每个标记检测到的等位基因数为2~6个,平均2.787个;有效等位基因数共82.686个,平均1.759个;47个标记的Shannon信息指数平均值为0.649,变幅为0.109~1.110。(3)聚类分析显示,在遗传相似系数为0.73水平上,参试资源聚为三大类群,中国资源多聚在第Ⅰ类群下的第1、2、3亚群,越南资源多聚在第Ⅰ-4亚群,孟加拉资源多聚在第Ⅲ-3亚群。由此表明,中国资源遗传基础较为狭窄,而其他国家的恢复系具有较远的亲缘关系。     

河北省绿子叶黑豆种质资源表现型和ISSR标记遗传多样性分析

为了揭示河北省绿子叶黑豆种质资源的遗传多样性,为其研究利用提供理论根据,以46份原产河北省的绿子叶黑豆种质资源为试验材料,对其基于表型性状及ISSR标记鉴定结果进行了聚类分析,结果表明:7个ISSR引物共检测出60个等位变异,平均每个位点有8.6个等位变异,变幅为5～17个;ISSR引物的多态性信息量PIC变幅为0.721～0.927,平均0.820;利用表型性状和ISSR标记数据进行品种间遗传多样性分析,遗传相似系数变化范围分别为0.07～0.53和0.43～1.00,平均为0.284和0.704,遗传相似性变幅较大,河北省不同绿子叶黑豆品种间存在着丰富的遗传多样性。聚类结果显示,类群与品种来源地有关。     

基于SSR标记的贵州薏苡种质资源遗传多样性?分析

利用SSR标记研究了22份薏苡种质的遗传多样性,用11对扩增带型稳定的SSR引物从供试材料中检测出105个等位基因变异,每对引物检测等位基因4～20个,平均9.55个。SSR引物的PIC介于0.3048～0.9238,平均多态性信息量为0.8255。利用UPGMA聚类分系法将供试自交系划分为4类,该划分结果与根据地理来源、种质系谱的分类结果基本一致。SSR分子标记辅助的种质改良是薏苡品种改良的重要途径。     

A genetic linkage map of microsatellite,gene-specific and morphological markers in diploid <Emphasis Type="Italic">Fragaria</Emphasis>

Knowledge of the genetic diversity of a species is important for the choice of crossing parents in line and hybrid breeding. Our objective was to investigate European winter triticale using simple sequence repeat (SSR) markers and the coancestry coefficient (f) with regard to genetic diversity and grouping of germplasm. Three to five primer pairs for each of the 42 chromosomes were selected to analyse 128 European winter triticale varieties and breeding lines. SSR analysis resulted in the identification of 657 alleles with an average of 6.8 alleles per primer pair. The average polymorphism information content (PIC) for polymorphic markers was 0.54. Correlation between f and genetic similarity (GS) estimates based on Rogers Distance was low (r_f×GS(ABDR)=0.33). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 84.7% of the total variation was found within breeding companies, and 15.3% among them. In conclusion, SSR markers from wheat and rye provide a powerful tool for assessing genetic diversity in triticale. Even though no distinct groups within the European winter triticale pool could be detected by principal co-ordinate analysis, this study provides basic information about the genetic relationships for breeding purposes.Electronic Supplementary Material Supplementary material is available in the online version of this article at Communicated by H.C. Becker