一个新的家蚕转录相关锌带蛋白基因的克隆及序列分析

锌带蛋白(zinc ribbon protein )是锌指类蛋白的一种,它的Cys4 Zn(2+)结合位点由3个β₂片层折叠而成,而不是α螺旋结构。锌带结构与锌指结构同为转录因子结合核酸的结构域,锌带蛋白作为转录相关因子在调节基因表达活性等方面具有重要作用。在对家蚕 Bombyx mori蛹cDNA文库测序中,发现一个新的编码家蚕锌带蛋白基因的EST序列（GenBank 登录号DY230964）,以此序列为信息探针检索家蚕EST数据库,通过同源筛选,获得一个新的家蚕锌带蛋白基因cDNA全序列并经RT-PCR检测和克隆、测序验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。我们将其命名为 BmZNRD1 (Zinc Ribbon Domain Containing 1)（GenBank登录号DQ432055）。该基因全长为675 bp,由363 bp的开放阅读框序列(ORF)、10 bp的5′端非翻译区序列(5′UTR)和302 bp 的3′端非编码区序列(3′ UTR)组成,其编码的120个氨基酸序列与其他真核生物间具有较高的同源性（达60%左右）,预测分子量为13.54 kD, 等电点为6.8。BmZNRD1编码的氨基酸序列是一种锌带蛋白,推测有2个功能结构域,分别是位于N-端的Cx₂Cx₁₄Cx₂C和C-端的Cx₂Cx₂₄Cx₂C,其中C-端保守氨基酸序列Cx₂Cx₆Yx₃QxRSADEx₂TxFx₂Cx₂C在生物进化中保守性很高,从酵母、果蝇、线虫到两栖类、哺乳类都有发现该结构域的存在,与酵母RNA聚合酶A亚单位9和转录相关蛋白有很高的相似性,推测其具有相同的功能。将BmZNRD1基因cDNA序列与家蚕基因组序列进行比对,结果表明该基因具有3个外显子,2个内含子,外显子/内含子边界符合经典的GT-AG规则。 关键词： 家蚕; 锌带蛋白基因; 电子克隆; 基因克隆; 序列分析     

羊FSHR基因5′端转录启动调控区生物学特性

文章对小尾寒羊、滩羊和澳洲绵羊等繁殖性状不同的3种绵羊与排卵有关的FSHR基因5′端转录启动调控区进行了克隆和分析,通过对FSHR基因的15个转录调控元件序列进行比较,结果表明,羊不同品种FSHR基因的转录调控元件序列之间没有差异。这说明绵羊的品种与FSHR基因5′端转录启动调控区的相关性不强,排除了因转录调控元件突变而影响转录调节能力的可能性。      

西葫芦CpWRKY2基因的分离、鉴定及其对非生物胁迫分析

为了解西葫芦(Cucurbita pepo)的WRKY2的功能，通过转录组测序技术从叶片中分离到1条长度为1 071 bp的c DNA，并对其进行序列分析。结果表明，该序列包含1个840bp的开放读码框，预测编码279个氨基酸，与中国南瓜(Cucurbita moschata,XM＿023091218.1)的WRKY核苷酸序列相似性为98.51%，命名为CpWRKY2 (GenBank登录号:XM＿023676898.1)。CpWRKY2定位于细胞核内，CpWRKY2蛋白包含有1个保守的WRKY结构域(第201～267位)，206～266位为WRKY蛋白DNA结合区域，锌指结构域(第232～264位)为C2H2型，且含有1个保守RTGHARFRRAP (第76～86位)氨基酸序列，属于典型的Ⅱd亚类WRKY家族蛋白。CpWRKY2基因上游启动子区域(ATG前的1 513 bp的序列)含有ARE、ABRE、MBS、TCrichrepeat和W-box等可能的胁迫响应顺式作用调控元件。CpWRKY2具有组织表达特异性，在花中表达量最高，其次为根和茎，在叶片和果实中的表达量较低。经5℃、10...     

新疆无苞芥锌指蛋白基因的克隆及表达分析

利用同源克隆法从新疆无苞芥中克隆获得1个锌指蛋白基因(OpZFP)。序列分析表明,OpZFP基因的开放阅读框为684bp,推测编码含227个氨基酸的蛋白质。生物信息学分析显示,OpZFP蛋白含有1个典型的C2H2型锌指结构,在C端含有一个可能具有转录抑制功能的EAR结构域。系统进化树分析表明OpZFP编码产物与拟南芥AtZFP1、琴叶拟南芥AlZFP1的进化关系较近。分离了OpZFP基因2 095bp的启动子序列,发现该启动子与拟南芥AtZFP1基因的启动子序列只有84.4%的相似性,启动子分析表明二者存在多处不同的顺式作用元件。半定量RT-PCR分析表明,OpZFP在根、茎、叶、花和果荚中均有表达,在根中的表达量最高。OpZFP基因受高盐、干旱和低温等胁迫的诱导表达,表明该蛋白涉及多种胁迫相关的信号传导途径。     

核糖体蛋白RPL15 cDNA序列在真骨鱼类系统进化研究中的价值 &

应用RT-PCR, 从真骨总目（Teleostei）5目15种鱼类中首次克隆了核糖体大亚基蛋白L15 (RPL15, ribosomal protein L15) 的完整cDNA序列。以海鲢形亚组（Elopomorpha）的鳗鲡作为外类群, 对这些真骨鱼类的核糖体蛋白L15 cDNA序列进行了系统发育分析, 结果表明: (1)RPL15基因在真骨鱼类等许多真核生物进化中高度保守; (2)系统树中各物种之间的关系与形态分类一致。RPL15编码区适合于真骨鱼类目以上分类阶元的分子系统学研究。      

大豆GmDAO1基因的功能预测及表达分析

本研究通过在大豆基因组数据库中检索拟南芥AtDAO1在大豆中的同源基因,获得了GmDAO1基因序列。通过对GmDAO1基因编码的氨基酸序列及启动子序列进行生物信息学分析,我们发现GmDAO1基因CDS序列全长951bp,编码316个氨基酸。GmDAO1编码的蛋白为亲水性蛋白,具有1个N-糖基化位点、3个激酶磷酸化位点与1个豆蔻酰化位点。结构域分析表明GmDAO1含有双加氧酶与2OG-Fe(II)加氧酶结构域,是2-酮戊二酸依赖性双加氧酶基因(2-ODD)家族的成员。GmDAO1预测的启动子区域含有与激素、胁迫、光应答、生物钟调控和转录因子结合相关的顺式作用元件。系统进化分析结果表明DAO1在豆科植物进化过程中比较保守。组织特异性表达分析结果显示GmDAO1在叶片中表达量最低,在根中表达量最高。因此我们推测其可能参与生长素的代谢途径。     

眼镜王蛇泛素融合蛋白基因和核糖体蛋白L30基因的克隆及分析

从广西产眼镜王蛇（Ophiophagus hannah）毒腺中抽提总RNA,经mRNA纯化后构建眼镜王蛇毒腺cDNA文库。从所构建的cDNA文库中,随机筛选200个克隆测序,得到两个在进化上高度保守的基因：泛素融合蛋白基因（GenBank登录号为AF297036）和核糖体蛋白L30基因（GenBank登录号是AF297033）。前者cDNA的开放阅读框为387bp,后者为348bp。前者编码128个氨基酸残基组成的泛素融合蛋白前体;后者编码115个氨基酸残基组成的核糖体蛋白L30前体。由cDNA序列推导出的氨基酸序列分析表明,泛素融合蛋白前体包括N-末端的泛素结构域（76个氨基酸残基）和C-末端的核糖体蛋白L40结构域（52个氨基酸残基）。该蛋白为一高碱性蛋白,C末端含有一个“锌指”模式结构。与16个物种比较的结果表明,眼镜王蛇与脊椎动物的泛素融合蛋白氨基酸序列相似度较高,具有高度的保守性。     

两个棉花Rac蛋白基因的克隆与表达分析

为研究棉花纤维起始和伸长的分子机理,在棉花纤维EST序列分析的基础上,从棉花纤维中扩增并克隆了2个棉花Rac蛋白的cDNA基因,分别命名为GhRacA和GhRacB。GhRacA cDNA长959bp,推测的编码蛋白包含211个氨基酸。GhRacB cDNA长920bp,编码195个氨基酸的蛋白。GhRacA和GhRacB蛋白均含有GTP／GDP结合和激活区域、Effector区和碱性氨基酸区。GhRacB的C末端有保守的异戊烯基化位点CSIL,而GhRacA没有明显的异戊烯基化位点。序列比较分析表明,GhRacA和GhRacB是2个新的棉花Rac蛋白。RT-PCR分析表明,GhRacA和GhRacB在根、下胚轴、茎、叶和纤维中都有表达,但均在棉花纤维起始和伸长时期有优势表达,推测2个基因在棉花纤维的早期发育中可能有重要的功能。     

家蚕MYST组蛋白乙酰转移酶基因Bm-mof的克隆表达和转录活性检测

MYST组蛋白乙酰转移酶(histone acetyltransferase, HAT)广泛存在于从酵母到人的真核生物中,在真核生物的转录调控中起着重要的作用。利用NCBI已登录的其他物种该基因的氨基酸序列与家蚕的基因组框架图和表达序列标签（expressed sequence tags, EST）数据库进行电子克隆,获得了家蚕中的同源基因。该基因长1 575 bp（GenBank登录号为DQ442997）,开放阅读框(ORF)长1 326 bp,无内含子。基因编码442个氨基酸,预测蛋白质的分子量为51.4 kD。序列中有HAT核心结构域、锌指结构域和染色质域3个保守的结构域,与其他物种同源基因具有较高的序列相似性。RT-PCR结果表明该基因在本实验所检测的家蚕各时期和组织中均有表达。将该基因用亚克隆的方法导入到pET50b载体中并成功地进行了原核表达,表达出了带有6个组氨酸和1个Nus·Tag标签的重组蛋白。     

DREB转录因子研究进展

DREB转录因子即干旱应答元件结合蛋白质,它能特异结合启动子中含有 DRE/CRT 顺式元件,激活许多逆境诱导基因的表达,增强植物对逆境的忍耐力。介绍DREB转录因子与DRE顺式作用元件的关系,DREB 转录因子与 DRE 元件的结合特异性,DREB 的结构特点和功能,DREB 转录因子的表达调控,DREB 转录因子的克隆及鉴定等方面的研究进展,简述 DREB 转录因子对调控逆境诱导基因的表达具有非常重要的作用,在提高植物综合抗逆性方面将有巨大的应用前景。同时,指出 DREB 转录因子在信号转导、作用机理及基因表达等方面的复杂性。      

Molecular cloning and characterization of a novel RING zinc-finger protein gene up-regulated under in vitro salt stress in cassava

Cassava (Manihot esculenta Crantz) is one of the world’s most important food crops. It is cultivated mainly in developing countries of tropics, since its root is a major source of calories for low-income people due to its high productivity and resistance to many abiotic and biotic factors. A previous study has identified a partial cDNA sequence coding for a putative RING zinc finger in cassava storage root. The RING zinc finger protein is a specialized type of zinc finger protein found in many organisms. Here, we isolated the full-length cDNA sequence coding for M. esculenta RZF (MeRZF) protein by a combination of 5′ and 3′ RACE assays. BLAST analysis showed that its deduced amino acid sequence has a high level of similarity to plant proteins of RZF family. MeRZF protein contains a signature sequence motif for a RING zinc finger at its C-terminal region. In addition, this protein showed a histidine residue at the fifth coordination site, likely belonging to the RING-H2 subgroup, as confirmed by our phylogenetic analysis. There is also a transmembrane domain in its N-terminal region. Finally, semi-quantitative RT-PCR assays showed that MeRZF expression is increased in detached leaves treated with sodium chloride. Here, we report the first evidence of a RING zinc finger gene of cassava showing potential role in response to salt stress.     

大豆C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1的克隆及功能分析

锌指蛋白是一类具有手指型结构的蛋白质,其中一些锌指蛋白是转录因子,对真核生物的生长发育及非生物逆境胁迫的耐受能力都有着重要作用。文章从大豆(Glycine max(L.)Merr.)中克隆了一个新的C2H2型锌指蛋白基因SCTF-1(GenBank登录号:JQ692081),该基因包含一个699 bp的开放阅读框,编码233个氨基酸,无内含子,有两个典型的C2H2型锌指结构。锌指结构中有植物锌指蛋白特有的保守氨基酸序列QALGGH。经软件预测分析,其等电点pI=8.33,分子量24.9 kDa。农杆菌介导的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验结果表明,SCTF-1蛋白能够定位到细胞核中。通过RT-PCR检测发现该基因在大豆叶和花中的表达量较高,在茎和根的表达量相对较低。在对大豆幼苗的低温胁迫中,SCTF-1基因的表达量明显增加。将SCTF-1基因转入烟草(Nicotiana tabacum L.)中,发现SCTF-1基因的过量表达能够明显提高转基因烟草的耐冷能力。     

水稻TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207的克隆和表达分析

锌指蛋白是一类重要的转录因子, 广泛参与植物的生长发育和胁迫应答过程。文章使用生物信息学方法从水稻中预测并克隆了一个TFⅢA型锌指蛋白基因ZFP207(GenBank 登陆号: AK063147.1), 该基因包含一个567 bp的开放阅读框, 编码一条188个氨基酸组成的多肽,其编码产物的预测分子量为20.72 kDa, 等电点为9.67。锌指蛋白ZFP207含有一个典型的TFⅢA型锌指结构, 并且在C端含有一个可能具有转录抑制功能的EAR-motif, 但不具有任何已知的核定位信号。系统发生分析结果表明, ZFP207与植物中已经发现的单锌指蛋白亲缘关系较近。通过RT-PCR方法分析了ZFP207基因在成株期水稻不同组织中的表达, 发现ZFP207在茎和叶中表达量较高, 而在穗和根中表达量较低。在酵母中的转录激活实验结果显示, ZFP207在酵母中不具有转录激活功能。     

Rice <Emphasis Type="BoldItalic">ZFP15</Emphasis> Gene Encoding for a Novel C2H2-type Zinc Finger Protein Lacking DLN box,is Regulated by Spike Development but not by Abiotic Stresses

A novel C2H2-type zinc finger protein gene, ZFP15, was cloned from rice by RT-PCR approach. The ZFP15 gene encodes a protein of 144 amino acid residues with a predicted molecular mass of 15 kDa. The ZFP15 protein comprises two C2H2-type zinc finger domains, a putative nuclear localization signal (NLS) at its N-terminus but the DLN-box identified in all reported plant C2H2-type zinc finger proteins was not found. A homology search revealed that ZFP15 gene was localized within a cluster of C2H2-type zinc finger genes in BAC clone OJ1754_E06 mapped on chromosome 3. All three members in the cluster encoded proteins showed high identities in amino acids and might contribute to a co-regulation. The RT-PCR assay revealed that ZFP15 mRNA was not regulated by cold, salt, drought and ABA stresses, though CRT/DRE and ABRE elements were found in the promoter region of ZFP15 gene. The expression profiling also showed that ZFP15 mRNA was expressed with a lower level in leaves and roots, but not detected in stems. Besides, ZFP15 was shown to accumulate much more in flowering spike than in immature spike. Thus, ZFP15, as the first characterized C2H2-type zinc finger protein in rice, might play a regulatory role on rice spike development.     

逆境相关植物锌指蛋白的研究进展

锌是植物必需的营养元素,锌指蛋白因其具有指状结构特征且能结合Zn2 而得名,植物锌指蛋白包含特有的QALGGH保守结构,可能涉及调控植物特有的生物学功能。人们已经从拟南芥(Arabidopsis thaliana)、矮牵牛(Petunia hybrida Vilm)、水稻(Oryza sativa)、大豆(Glycine max)、棉花(Gossypium hirsutum)等植物中克隆了许多编码锌指蛋白的基因,并对其结构及功能进行了研究。利用转基因技术,将一些与逆境胁迫相关的锌指蛋白基因在目标植物中过量表达后,能对植物起到增强抗逆性的作用,说明锌指蛋白在增强植物逆境抗性方面有着广阔的应用前景。     

Genomic organization and characterization of human PEX2 encoding a 35-kDa peroxisomal membrane protein

Peroxins are proteins involved in peroxisome biogenesis and are encoded by PEX genes. The human PEX2 gene encodes a 35-kDa peroxisomal integral membrane protein which is a member of the zinc finger protein family. Mutations in the PEX2 gene are the primary defect in a subset of patients with Zellweger syndrome and related peroxisome biogenesis disorders. The role of zinc finger proteins in peroxisome assembly and function is poorly understood. Here we report the cloning and characterisation of the human PEX2 structural gene. PEX2 was assigned to human chromosome 8q13-q21 and its murine homologue to mouse chromosome 3. The gene is approximately 17.5 kb in length, and contains four exons. The entire coding sequence is included in one exon, exon 4. The 5'-flanking region has features of housekeeping genes (GC enrichment, two Sp1 sites) and tissue-specific, inducible genes (two CCAAT boxes). In more than 1.5 kb of 5'-flanking sequences we did not identify consensus peroxisomal proliferator responsive elements (PPRE).     

Isolation and initial characterization of a novel zinc finger gene, DNMT3L, on 21q22.3, related to the cytosine-5-methyltransferase 3 gene family

We have isolated the DNMT3L gene that is related to the cytosine-5-methyltransferase 3 (DNMT3) family. The gene is located on chromosome 21q22.3 between the AIRE and the KIAA0653 genes and spans approximately 16 kb of genomic sequence. The encoded protein of 387 amino acids has a cysteine-rich region containing a novel-type zinc finger domain that is conserved in DNMT3A and DNMT3B but also in ATRX, a member of the SNF2 protein family. The novel domain, called an ADD (ATRX, DNMT3, DNMT3L)-type zinc finger, contains two subparts: a C2C2 and an imperfect PHD zinc finger. Expression of the DNMT3L mRNA was not detectable by Northern blotting; however, RT-PCR amplification revealed that it is expressed at low levels in several tissues including testis, ovary, and thymus.