2011～2014年中国福建龙岩市Echo 30型病毒分子流行病学特征分析

了解中国福建省龙岩市2011~2014年病毒性脑炎散发病例中Echo 30分子流行病学特征。收集病毒性脑炎或中枢神经系统感染脑脊液标本,细胞培养分离病毒,RT-PCR扩增VP1基因序列全长以鉴定Echo 30血清型及遗传特征分析。2011~2014年共从608例监测病例中分离到168株肠道病毒,其中60株为Echo 30;60例Echo 30相关病例分析显示,Echo 30流行高峰为6~8月;波及年龄范围广,以小于10岁高发(65%);临床症状以发热、头痛和呕吐为主,脑脊液清,细胞和蛋白含量检测多增加。VP1区分析显示,2011~2014年龙岩流行株均属于h基因型,但有两个传播链共同循环;与2011年导致福建省病毒性脑炎暴发毒株高度同源,但2014年龙岩株均在VP1蛋白I 120V出现新氨基酸变异。福建省2011年暴发流行株仍流行于龙岩市,且两个传播链病毒仍共同循环,但2014年病毒株出现了新的变异,持续监测将有利于早期发现病毒变异积累和评估疾病流行的风险。     

河北省儿童病毒性脑炎及脑膜炎埃可病毒30型VP1基因特征分析

为了解河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎患者中埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)流行株基因特征及进化。本研究对2013～2015年间河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎病例中151份鉴定为肠道病毒阳性的脑脊液标本进行血清型鉴定,扩增E30流行株VP1区全基因序列;并与GenBank下载的325株E30的VP1基因序列进行同源性及亲缘关系分析。共获得18条E30 VP1基因序列。亲缘性分析显示E30可分为A～H 8个基因型;我国E30流行株主要为D、E、G和H基因型;本研究中E30流行株均为H基因型。18条E30 VP1基因核苷酸同源性为93.3%～100%,氨基酸同源性为98.2%～100%,与原型株(Bastianni)核苷酸和氨基酸同源性分别为80.9%～81.1%和91.4%～92.4%。该研究中18株E30与我国浙江省和山东省的分离株核苷酸和氨基酸同源性最高。2013～2015年间引起河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎的E30流行株为H基因型,可能存在多个传播链。     

引起甘肃省一起病毒性脑炎疫情的ECHO30全基因组序列分析

为了解引起2015年甘肃省酒泉市瓜州县病毒性脑炎疫情的ECHO30的基因特点,分析其重组变异和进化规律,对从患者脑脊液标本中分离到的3株ECHO30进行全基因序列测定和分析,采用Simplot3.5.1软件进行重组分析,并利用MEGA6.0软件构建系统进化树。结果表明,本次疫情中分离到的ECHO30与E30/SD/2010/CHN株的相似度最高(92%~99%)。重组分析表明甘肃ECHO30株在非结构蛋白区P2区和P3区出现了多处重组现象。由于对当地流行的肠道病毒谱不清楚,虽然发现此次流行的病毒存在重组,但是对重组片段的来源尚不明确,因此需要加强对甘肃省流行肠道病毒的本底调查工作和遗传背景的研究工作。     

引起一起暴发性急性胃肠炎疫情的埃可病毒18型VP1基因特征分析

埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)属于B组肠道病毒(Enterovirus B,EV-B),是引起病毒性脑膜炎的重要病原体。对2019年4月广东省深圳市龙岗区一起急性胃肠炎疫情进行病原学鉴定及病原基因特征分析。此次疫情共有26名患者,均以发热、呕吐、腹泻、腹痛为主要症状。从其中18名病例采集了18份肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)和半巢式聚合酶链反应法以鉴定病原,扩增病毒全长VP1区,测序并进行系统进化分析。结果显示,18份标本中11份肠道病毒核酸阳性,其中8份为E18。病毒分离得到2株病毒,从肛拭子标本直接扩增得到的7条E18全长VP1核苷酸序列,核苷酸相似性为100%,与GenBank中E18参考株的核苷酸及氨基酸同源性分别为79.2%~96.4%和93.3%~99.3%;进化树显示,深圳龙岗E18分离株(GDSZ1902)归属由中国分离株组成的C2a进化分支,在其VP1蛋白中的底部环处发现一处特异的氨基酸变异(D200N)。从流行病学和病原学结果分析,E18是引起本次深圳市龙岗区急性胃肠炎疫情的主要病原,属于中国E18主要流行株的进化分支,这是我国首次发现E18引起急性胃肠炎疫情的报道。     

一起传染病暴发中肠道病毒血清型鉴定和ECHO30基因特征分析

2003年5～9月,山东省泰安市发生了由肠道病毒(Enterovirus,EV)感染所致的传染病暴发,临床症状以手足口病(HFMD)为主,同时有心肌炎和无菌性脑膜炎等中枢神经系统症状患者也占较大比例。131份病人(粪便、咽拭子、脑脊液)标本中共分离到EV62株,其中ECHO1939株,EV716株,ECHO304株,其它肠道病毒13株。4株ECHO30病毒中的2株分离自2个患者的粪便标本,但用WHO肠道组合血清中和试验未能定出型别。另外2株分离自同一患者的粪便和脑脊液标本。病原学分析表明,ECHO30是引起该患者无菌性脑膜炎的病原。抗E—CHO30标准株的血清中和这4株病毒的滴度低于标准株5～20倍。VP1区全基因序列测定和同源性比较分析表明,4株ECHO30分离株病毒核苷酸同源性在98．0％～98．5％,氨基酸同源性在98．9％～99．3％,提示这4株病毒来源于同一传播链,2003年5～9月ECHO30在该地区可能有局部流行。系统进化树分析表明,ECHO30病毒可以划分为6个基因型,其中基因型1～5为GenBank中已发表的ECHO30分离株,山东分离株与其它5个基因型成员核苷酸差异分别在9．4％～24．4％,在进化树上形成了较独立的分支,是一个新基因型,将其划分为第6基因型。     

龙岩市一起暴发性脑炎疫情分离的埃可病毒6型基因特征分析

对2010年福建省龙岩市长汀县埃可病毒6型(ECHO6)肠道病毒引起的暴发性脑炎,进行病原学分析,为该病的防控提供有价值的信息。对病例脑脊液标本进行荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)、中和鉴定进行病原确认,再经PCR法对其中4株毒株进行VP1片段或全基因组核苷酸序列测定,用DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析,Mega 4.0软件进行进化树分析。经病原学检测方法确认为ECHO6型肠道病毒,VP1片段核苷酸序列分析显示为C2亚型。全基因组序列共7 407个核苷酸,与其他ECHO病毒和CVB(Coxsackie virus B)病毒基因组构成相似,同源性为78.5%~87.3%。此次暴发性脑炎是由肠道病毒ECHO6C2亚型引起,病毒株全基因组序列长度与标准株(U16283)相近,同源性达80.4%。     

2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情的病原学研究

2002～2004年浙江省发生了无菌性脑膜炎暴发疫情,为了及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源,我们采集患者脑脊液和粪便样本271份,用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析。结果从271份样本中分离到埃柯病毒30型(E30)78株;对31株分离株VP1区核苷酸(nt)序列测定,其长度均为876nt,推导编码292个氨基酸(aa)。浙江E30株与原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为84.7%～86.3%和92.1%～94.2%;浙江E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%～99.4%和96.2%～100%。在VP1基因进化树上浙江E30株分别位于G和H基因亚型分支上,与浙江E30G亚型株亲缘关系最近的国内外毒株分别为2003年江苏、山东株和1999年乌克兰株;与浙江E30H亚型株亲缘关系最近的毒株为2008年韩国株。VP4/VP2区同源性与进化分析结果与VP1相似。结果表明2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情由E30G和H二类不同基因亚型流行株引起;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省。     

山东省柯萨奇病毒B1型VP1区全基因序列分析

为了解柯萨奇病毒B1型(Coxsackievirus B1,CV-B1)山东地方株的分子流行病学特征,本研究对1994年至2015年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统、环境污水监测和无菌性脑膜炎病例标本中分离到的CV-B1病毒进行了VP1序列测定、系统发生学分析和同源性分析。共分离到CV-B1病毒53株,其中AFP监测、污水和及脑炎标本各分离到41株、4株和8株。基于VP1完整编码区序列的系统发生学分析显示CVB1山东株与国内其他分离株属于一个大的分支,该分支内无国外分离株,国外分离株构成了其他两个分支。山东株之间的VP1核苷酸同源性为84.4%~100.0%,与其他国家分离株的同源性为77.9%~85.0%。研究结果表明,中国CV-B1分离株与国外株相比有较大的遗传差异,需要加强相关手足口病病毒学监测,关注不同传播链的新的基因亚型的肠道病毒的输入。     

安阳地区2013年手足口病柯萨奇病毒A6 VP1基因特征研究

为了解2013年安阳地区手足口病病原谱组成特点及柯萨奇病毒A6(CV-A6)VP1基因特征,采用实时荧光逆转录PCR方法对全年采集的临床手足口病例的479份粪便标本进行检测和分型,统计各型肠道病毒阳性标本数量及比例。对10份CV-A6阳性标本VP1基因进行扩增测序以获得全序列。使用BIOEDIT 7.2和MEGA 5.1软件对获得序列和NCBI数据库中检索到的参考序列进行VP1基因核苷酸、氨基酸相似性及系统发育分析。研究结果显示,检出肠道病毒阳性标本共429份,其中CV-A6阳性标本为90份,占全部阳性标本的比例为20.98%,这是安阳地区首次记录非CV-A16和EV-A71型肠道病毒列居手足口病病原谱第二位,成为手足口病主要病原之一。将成功获得的10条VP1序列与CV-A6原型株Gdula比较,发现安阳序列与Gdula VP1基因的核苷酸、氨基酸序列差异皆较大。与河南历史株HN421(2011)比较,发现有4条本地序列与HN421的核苷酸、氨基酸序列差异较大,其余6条与HN421差异较小。系统发育树显示,全部49条CV-A6序列共形成A、B、C、D四个分支。其中D分支可进一步分为D1和D2两个亚分支。安阳地区获得的10条CV-A6序列中,有6条属于D1亚分支,4条属于D2亚分支。     

2014年安徽省柯萨奇病毒A组16型分离株VP1基因特征研究

研究2014年安徽省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿中分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsachivirus A 16,CVA16)毒株VP1区基因特征。收集安徽省2014年1月至11月期间413份HFMD患儿咽拭子标本接种敏感细胞分离肠道病毒,用荧光定量RT-PCR鉴定细胞培养物,对CVA16阳性培养物进行毒株VP1区RT-PCR扩增及核苷酸序列测定和基因特征分析,并与国内外参考序列构建基因亲缘性关系树。共分离鉴定出肠道病毒阳性培养物97份,其中CVA16病毒分离株17株,人肠道病毒71型(Human enterovirus 71,HEV71)分离株76株,其它肠道病毒分离株4株,总体病毒分离率为23.49%(97/413)。CVA16基因亲缘性关系分析显示:安徽省2014分离的17株CVA16毒株都属于B1基因型B1b一个分支,它们之间在核苷酸和氨基酸水平上的同源性分布为分别为95.30%~100%和98.70%~100%,但在B1b分支内形成几个传播链。17株CVA16毒株VP1区核苷酸序列与国内云南、湖南、广东、西藏和江苏地区病毒分离株同源性较高,亲缘性关系近,其中与湖南2013年和广东深圳2014年CVA16病毒分离株同源性最高,为96.40%~99.70%。2014年安徽省分离的CVA16病毒分离株属于B1基因型B1b亚型,为优势流行株;在B1b分支内形成多个小的病毒传播链共同流行。     

2010年浙江省部分地区急性出血性 结膜炎暴发疫情病原学研究

为查明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎(AHC)暴发疫情的病因,并对病原进行分子溯源。本研究采用荧光RT-PCR方法直接从患者眼拭子样本中检测肠道病毒(EV)和柯萨奇病毒A24变异株(CA24v)核酸;用Hep-2细胞分离病毒,对阳性分离物提取病毒核酸后进行VP1全基因和3C蛋白酶区(3C)扩增和测序,同源性与进化分析。结果13份眼拭子样本中EV和CA24v核酸均阳性8份,分离到CA24v6株。选取4株病毒测序,获得VP1全长均为915个核苷酸(nt),3C区全长495nt,VP1和3C区均没有nt插入和缺失。2010年浙江4株CA24v分离株之间在3C区和VP1区核苷酸和氨基酸(aa)高度同源,2010年浙江CA24v分离株与原型株EH24/70在3C区的nt和aa同源性分别为85.2%～85.8%和96.2%～96.7%,与2002～2008年浙江、云南和广东CA24v株的同源性分别为93.4%～96.2%和96.7%～99.3%;浙江2010年CA24v株在3C区进化树的GⅣ基因亚型C4分枝上(GⅣ-C4),在VP1基因进化树的人类肠道病毒C组(EV-C)CA24v分枝上。研究表明引起2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发流行的病原为CA24v,GⅣ基因亚型,与引起2002～2008年浙江AHC流行的CA24v株(GⅣ)具有密切的亲缘关系,推测CA24v病毒自2002年以来一直在本地低强度循环,2010年又导致了浙江AHC的暴发。     

我国新分离ECHO30病毒VP1序列分析

测定了引起2003年苏北地区无菌性脑膜炎暴发流行的病因病毒FDJS03分离株的VP1基因序列,并与国外同型流行毒株做比较,以了解本流行株的分子生物学特点及遗传变异规律。随机选取FDJS03分离毒株中的4株,用肠道病毒、VP1序列的特异性引物008／011进行RT-PCR,扩增产物经凝胶纯化后测序。将序列输入GenBank,用BLAgr程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取32株不同地区不同年代的ECHO30分离毒株,在PHYLIP3．573C和TREE-PUZZLE5．0中构建进化树,比较它们完整VP1序列(876nt)的进化关系。核苷酸和氨基酸同源性比较结果证明：4株分离病毒均为ECHO30。进化树分析显示：本次FDJS03分离株与欧美20世纪70、80年代流行株亲缘关系最近,但自成一簇,与国外毒株仍然有地区差别。ECHO30的VP1基因进化有时间效应,但存在地区差异。本次流行的病原可能是单一基因型的ECHO30病毒。     

肠道病毒71型北京分离株VP4基因序列及蛋白抗原性分析

为探讨肠道病毒71型(EV71)VP4基因序列与手足口病(HFMD)不同临床类型之间的关系,分析重组蛋白EV71 VP4的抗原性,并初步探讨其与柯萨奇病毒A16(CA16)重组蛋白VP4是否存在交叉反应性,对2007~2009年从北京患HFMD儿童标本分离到的10株EV71的VP4基因进行克隆测序,运用生物学软件对测序结果进行比较分析,并选择其中1株与1株同期分离的CA16的VP4分别进行原核表达;用表达产物对189份正常体检的成人及来首都儿科研究所就医的非HFMD患儿血清中的IgG进行Western Blot检测,并分析14份确诊为EV71感染和12份CA16感染患者急性期血清中的IgM抗体。分析表明这10株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.20%~100.00%,所推导的氨基酸序列则完全相同,从重症与轻症患儿分离的毒株之间VP4的核苷酸序列未见一致性的差异,基于EV71 VP4基因核苷酸序列的进化树分析表明2007~2009年北京地区所流行的毒株均属于C4亚型;本研究中EV71和CA16的VP4核苷酸序列的同源性为69.60%,所推导的氨基酸序列的同源性为78.60%,在运用Western Blot检测189份血清中的VP4特异性IgG时,EV71 VP4的血清阳性率为38.10%,说明其具有良好的抗原性,CA16 VP4的血清阳性率为58.20%,两者差别具有显著统计学意义(2χ=15.30,P<0.01),提示EV71 VP4与CA16 VP4没有交叉反应性;在用表达的VP4检测已确诊为相应病毒的特异性IgM时,两者皆为阴性,提示感染后机体对VP1和VP4产生不同的反应。     

肠道病毒ECHO13中国分离株的基因特征

为研究ECHO13病毒中国分离株的分子特征及其与世界其它分离株之间的基因关系,对1998年、2000年从中国福建省分离到2株ECHO13病毒进行基因序列对比分析.2株病毒分别命名为Fujian98-1和Fujian00-1,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因全长861个核苷酸片段并进行序列测定,将2株ECHO13病毒的VP1序列与所有已发表的ECHO13病毒VP1基因全长进行同源性比较.结果显示,福建分离株之间核苷酸同源性为79.6%,氨基酸同源性为93.4%;与遗传距离最近的法国CF1089-91(AJ537604)毒株的核苷酸同源性分别为80%和88%,与代表株Del Carmen的核苷酸同源性分别为75.8%和77.9%.通过VP1基因分析,福建2株病毒均属于ECHO13病毒,与血清中和试验鉴定结果一致.下载所有已发表的ECHO13病毒VP1序列并构建进化树,发现福建2株病毒分属不同的分枝,提示这2株病毒来自不同的病毒传播链.进一步分析发现,整个ECHO13病毒可划分为3个不同的基因型:A、B和C基因型.福建Fujian98-1和Fujian00-1分别被划分在基因型B和C中,各基因型之间的核苷酸差异均大于20%.为验证该分型方法,将26株来自不同国家和时间的ECHO13病毒和2株福建分离ECHO13病毒部分VP1基因序列进行对比分析,建立进化树.结果显示,所有ECHO13病毒被分在A、B和C3个基因型中,而2株福建分离病毒仍然被分在B和C基因型中.除了B基因型1株病毒以外,所有3个基因型之间的核苷酸差异均大于15%,与VP1全长分型结果基本一致,说明部分VP1序列的基因分析也能用于对ECHO13病毒进行规律和分子流行病学的研究中.该研究首次报道了ECHO13病毒中国分离株的VP1蛋白基因全长序列,并推荐按VP1基因全长核苷酸差异≥20%作为划分基因型的标准,将已知的ECHO13病毒划分为A、B和C3个基因型.同时也可用病毒VP1基因5′端部分序列替代VP1全长序列来划分基因型.     

2007年北京市急性出血性结膜炎的病原与分子进化分析

2007年北京市发生了急性出血性结膜炎(Acute Hemorrhagic Conjunctivitis,AHC)疫情。为鉴定引起这次疫情的致病病原体,采集北京市门诊就诊的AHC患者眼结膜拭子标本共57份,使用PCR或RT-PCR法分别检测临床标本中腺病毒、人肠道病毒70型(Human Enterovirus 70,HEV70)和柯萨奇病毒A组24型变种(CoxsackievirusA24 variant,CVA24v)的基因,其中有38份检测结果为CVA24v阳性,阳性率为66.7%,而腺病毒和HEV70检测结果均为阴性,说明引起本次AHC流行的病原体是CVA24v。使用HEp-2细胞共分离到9株病毒,通过分子定型均鉴定为CVA24v,对9株CVA24v进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定和分析后,发现除0744/BJ/CHN/2007株之外,其它8株在全长VP1区核苷酸水平和氨基酸水平上差异都很小,同源性分别大于99.6%和100.0%,而0744/BJ/CHN/2007株与其它8株CVA24v的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.8%~97.2%和99.7%。进化树图显示,2007年北京CVA24v分离株与...     

天津市致病毒性脑炎柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

肠道病毒是我国病毒性脑炎(Viral encephalitis,VE)的主要病原体。本文研究对4株引起VE的天津柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)分离株进行Illumina MiniSeq高通量测序,并对其全基因组特征、进化及重组特点进行分析。结果提示,4株CV-B5天津分离株的全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.5%~100.0%和98.1%~100.0%,与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为83.2%~96.5%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.4%。基于全基因组的系统进化分析将CV-B5流行株分为A-D四个基因型,其中天津与国内流行株均属于C基因型。C基因型进一步分为3个进化分支,而天津分离株处在两个不同的分支上。基于基因组各区段序列的系统进化与SimPlot重组分析结果显示,天津分离株15-39N、15-41N与埃可病毒30型(Echovirus 30,E-30)原型株在P3区3B、3C、3D区域均检测到重组信号。本研究有助于了解CV-B5的全基因组特点和重组规律,为相关疾病的防控提供依据。     

病毒性脑炎病例中埃可病毒11型病毒的基因特征分析

分析埃可病毒11型(Echovirus 11,ECHO 11)福建龙岩分离株的分子生物学特征。收集龙岩市第一医院2011年1~12月临床诊断为病毒性脑炎或中枢神经系统感染的住院病例脑脊液标本进行病毒分离鉴定,从7株经血清中和鉴定的ECHO 11分离株中,选取4株测定VP1完整编码区序列,与GenBank上已发表的ECHO 11型病毒VP1区进行同源性比较及遗传进化分析。4株ECHO 11分离株VPl区序列长度为600个核苷酸,编码200个氨基酸;4株之间的核苷酸同源性为100%,氨基酸同源性为99%~100%;与1953年Gregory原型株之间的核苷酸同源性为75%~76%,氨基酸同源性为90%;与2007年荷兰株(GU393773)之间核苷酸的同源性为94%~95%,氨基酸同源性为98%~99%,同源性最高;与国内2010年山东株之间核苷酸的同源性为74%,氨基酸同源性为88%~89%。系统进化树分析显示,4株龙岩分离株同属D5型,其与D5型病毒株(GU393713)之间核苷酸的同源性为93%,氨基酸同源性为99%。国内分离株之间相对较低的相似性提示国内ECHO 11病毒可能存在不同的传播链。     

小鼠诺如病毒分离鉴定及病毒衣壳蛋白基因序列分析

目的了解广东地区小鼠诺如病毒（murine norovirus,MNV）的分子遗传特征和进化来源。方法采用小鼠巨噬细胞系RAW264.7细胞对RT-PCR检测为阳性的小鼠样本进行病毒分离,通过细胞病变、RT-PCR、间接免疫荧光试验、测序方法对病毒分离株进行鉴定。应用RT-PCR技术针对15株MNV分离株的VP1基因的1626个核苷酸片段进行基因扩增,将扩增产物连接在pMD18-T载体后转化到大肠杆菌中进行克隆。通过氨苄青霉素平皿筛选,将鉴定为阳性的克隆菌进行核苷酸序列测定及序列分析。将这15株MNV分离株与从GenBank获得的19株MNV参考株进行序列比较分析,基于VP1基因的1626核苷酸片段构建系统发生进化树,一起进行分子流行病学研究。结果从80个小鼠样本中分离到了15株MNV病毒,通过细胞病变试验、RT-PCR试验、间接免疫荧光试验和测序分析鉴定确认分离到的病毒为MNV。序列分析结果显示MNV分离株的VP1蛋白基因全长均为1626个核苷酸,广东地区15株MNV分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别在89.7%~100%和94.8%~100%之间,15株MNV分离株与其他19株MNV参考毒株核苷酸和氨基酸同源性分别在87.5%~92.9%和92.4%~98.2%之间。进化树分析表明来自设施A和设施D的13株病毒之间的亲缘关系较近,同属一个进化分支。来自设施B的ZD-1毒株和设施C的ZYY-163毒株与来自广东（K162）、日本（S7-P2、S7-PP3）、韩国（K4）和德国（Berlin/04/06/DE、Berlin/05/06/DE）同属另一个进化分支。结论成功分离到15株MNV病毒。遗传进化分析表明广东地区的MNV分离株来源并不相同,来自设施B和设施C的MNV分离株与国外分离株的亲缘关系较近,而来自设施A和设施D的13株MNV分离株可能是本地固有的毒株。     

2010年云南省1株ECHO-9病毒全基因序列的遗传特性分析

为了解云南省手足口病患者标本中分离到的一株ECHO-9病毒基因组特征,对2010年云南省ECHO-9病毒分离株MSH-KM812-2010全基因组序列测序,并与GenBank中其它ECHO-9病毒株基因组序列比对和分析。MSH-KM812-2010基因组长为7 424bp,编码2 203个氨基酸,其结构基因区与其它ECHO-9病毒核苷酸和氨基酸的同源性高于其它型别肠道病毒;而在非结构区,与其它肠道病毒血清型的同源性高于ECHO-9病毒株。VP1系统进化分析显示ECHO-9病毒株可形成A、B和C三个进化分支,MSH-KM812-2010株以及其它中国分离株属于C簇。三个分支之间核苷酸序列的差异大于15.0%可将ECHO-9病毒分为三个基因型。通过重组检测软件3(RDP3)和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析,发现在非结构区可能存在重组。本文首次对我国分离的ECHO-9病毒全基因组序列的测定和分析,对了解ECHO-9病毒遗传特性具有重要意义。     

2007―2008年肠道病毒71型北京地区分离株的VP4基因序列分析

为了解2007 ― 2008 年北京地区流行的肠道病毒71 型( EV71) 是否存在基因序列变异及其与病毒毒力的关系, 我们选择2007 年分离的3 株EV71( 其中1 株分离自重症手足口病患儿的咽拭子标本, 其余2 株分离自普通手足口病患儿咽拭子标本) 和2008 年分离的5 株EV71( 其中3 株分离自重症手足口病患儿的咽拭子或鼻拭子标本, 2 株分离自普通手足口病患儿的疱疹液标本) , 提取基因组RNA, 经反转录-聚合酶链反应( RT-PCR) 扩增得到VP4 基因片段, 并进行核苷酸序列测定, 使用生物信息软件与GenBank 中的EV71 VP4 基因进行序列及病毒型别分析。结果表明, 所测得的8 株EV71 VP4 基因全长均为207 bp, 编码69 个氨基酸, 理论相对分子质量( Mr) 为7 ×10³。8 株EV71 病毒VP4 基因的核苷酸同源性在94% ～100% , 与GenBank 中其他EV71 病毒株VP4 的核苷酸同源性为82% ～100% , 与阜阳、深圳和台湾等地区流行的EV71 VP4 的核苷酸同源性比其他地区高。除了与印度报道的VP4 编码的氨基酸在第7 和54 位不同外( 印度株: 7 位蛋氨酸, 54位苏氨酸; 其余株7 位苏氨酸,54 位丙氨酸) , 这8 株EV71 VP4 编码的氨基酸序列之间以及与其他EV71 VP4编码的氨基酸同源性均为100%。8 株EV71 病毒VP4 与文献报道的3 株重症感染病毒株VP4 ( BrCr、MS 和NCKU9822) 核苷酸有较大差别, 而8 株病毒株中从重症感染( BJ97、BJ110B、BJ110Y 和BJ4243) 与轻症感染( BJ25、BJ47、BJ65 和BJ67) 分离到的毒株之间VP4 基因序列未见明显改变, 只有几个核苷酸存在差别。VP4 核苷酸序列的进化树分析表明, 这8 株EV71 均属于C4 亚型, 显示2007 ― 2008 年北京地区流行的EV71的VP4 基因相当保守, 分离自伴有神经系统感染的重症手足口病和普通手足口病患儿的EV71 的VP4 基因之间在核苷酸水平未出现同样的变异。结果提示, 近2 年来北京地区所流行的EV71 属C4 亚型。