优化种植业结构,促进三高农业建设

建设三高农业必须优化种植业结构,结构是农业的基础,包括农业生态系统中的时空结构及季节和环境的配置．优化种植业的时空结构,是建设三高农业的根本,它包括作物的水平结构及垂直结构．而优化作物的物种和时间结构,又是建设三高农业的关键．最后,优先环境结构是建设三高农业的前提．包括气候,水利,土壤肥力,农业技术,交通及信息等．     

受干扰长白山阔叶红松林林分结构组成特征及健康距离评估

通过样地调查对不同干扰方式产生的过伐天然林、次生白桦林和人工落叶松林等群落的结构组成进行分析和分类探讨,并选取能够表征结构完整性和稳定性的一些指标因子,利用健康距离法对长白山阔叶红松林区的森林生态系统健康进行了评估实践,结果按顺序依次为：原始阔叶类0．14<结构转换型0．23<结构保留型0．32<结构破坏型0．33<严重干扰类型0．44<次生白桦林0．53<人工落叶松林0．68．以期对阔叶红松林生态系统的恢复和区域林业可持续发展提供参考．     

洋葱细胞核中类胀泡结构的数目,体积和分布

在电镜下观察了洋葱（Ａｌｌｉｕｍ ｃｅｐａ Ｌ．）根端分生组织细胞核的连续切片并进行了三维重组。发现：１． 类胀泡结构在细胞核中的数目与二倍染色体数有较大差异。在所观察的Ｓ期细胞核中,该结构数为４—１０ 个;在所观察的Ｇ２ 期细胞核中,该结构数为４—９ 个。２． 类胀泡结构的体积变化比较大,大多数的体积在０．１—０．４ μｍ ３ 之间。不同的Ｓ期细胞核中,类胀泡结构总体积较大者是总体积较小者的１．８ 倍;不同的Ｇ２ 期细胞核中,类胀泡结构总体积较大者是总体积较小者的２．１ 倍。３． 类胀泡结构有集中分布在细胞核内一定区域的倾向。讨论了类胀泡结构是否为着丝粒等问题     

蜂毒溶血肽类似物定量构效关系计算分析

采用HyperChem7．0结构分析软件,对蜂毒溶血肽类似物的分予体积等结构参数进行了计算分析．分别利用多元线性回归、BP-神经网络计算法进行统计分析,获得两个相关性好的QsAR（quantitative structure-function relationship）模型．结果显示,蜂毒肽溶血活性与生成热、键合能、表面积、分予体积、极化能、醇水分配系数、水舍能相关．为降低溶血作用,指出在设计蜂毒肽结构时应尽量避免螺旋状结构．少用疏水性氨基酸．     

一种基于主成分分析的混杂人群祖代信息遗传标记选择算法

鉴定群体的结构可以帮助追溯群体的发展史,定位疾病的易感基因．结构相关是一种常用的群体结构鉴定和关联作图方法．结构相关应用中的一个主要问题是它的统计效力高度依赖于所使用的祖代信息遗传标记．目前主要的祖代信息遗传标记选择方法大多要求已知研究样本的祖代信息,但是实际研究中个体的祖代信息大多未知或者难以确定．为了解决这个问题,本研究开发了一种新的基于主成分分析的祖代信息遗传标记选择算法．该方法不需要事先已知研究样本的祖代信息．模拟研究和真实的遗传数据分析提示,与传统的随机挑选祖代信息遗传标记的方法相比,新方法可以显著提高群体结构推断的准确性．本方法可以容易地应用于全基因组数据,挑选出富含群体结构信息的遗传标记．这些遗传标记可被广泛用于鉴定群体的结构和校正关联作图中群体混杂引起的统计偏差．     

蛋白质复合物结构预测的集成分子对接方法

蛋白质分子间相互作用与识别是当前生命科学研究的热点,分子对接方法是研究这一问题的有效手段．为了推进分子对接方法的发展,欧洲生物信息学中心组织了国际蛋白质复合物结构预测（CAPRI）竞赛．通过参加CAPRI竞赛,逐步摸索出了一套用于蛋白质复合物结构预测的集成蛋白质一蛋白质分子对接方法HoDock,它包括结合位点预测、初始复合物结构采集、精细复合物结构采集、结构成簇和打分排序以及最终复合物结构挑选等主要步骤．本文以最近的CAPRI Target 39为例,具体说明该方法的主要步骤和应用．该方法在CAPRI Target 39竞赛中取得了比较好的结果,预测结构Model 10是所有参赛小组提交的366个结构中仅有的3个正确结构之一,其配体均方根偏差（L_Rmsd）为0．25nm．在对接过程中,首先用理论预测和实验信息相结合的方法来寻找蛋白质结合位点残基,确认CAPRI Target 39A链的A31TRP和A191HIS,B链的B512ARG和B531ARG为可能结合位点残基．同时,用ZDock程序做不依赖结合位点的初步全局刚性对接．然后,根据结合位点信息进行初步局部刚性对接,从全局和局部对接中挑出了11个初始对接复合物结构．进而,用改进的Rosetta Dock程序做精细位置约束对接,并对每组对接中打分排序前200的结构进行成簇聚类．最后,综合分析打分、成簇和结合位点三方面的信息,得到10个蛋白质复合物结构．竞赛结果表明,A191HIS,B512ARG和B531ARG三个结合位点残基预测正确,提交的10个蛋白质复合物结构中有5个复合物受体一配体界面残基预测成功率较高．与其他参赛小组的对接结果比较,表明HoDock方法具有一定优势．这些结果说明我们提出的集成分子对接方法有助于提高蛋白质复合物结构预测的准确率．     

二聚体蝎钠通道毒素的1.4(A)分辨率晶体结构:反常非脯氨酸顺式肽键及其内在结构因素

报道了以二聚体存在的dimo-BmK M1的1．4A分辨率晶体结构．蛋白质中的肽键是局部双键,不可旋转,因此具有顺式（cis）和反式（trans）两种构型,它们不能通过旋转操作相互转换．非脯氨酸顺式肽键是指形成该肽键的氨基是由脯氨酸以外的氨基酸提供的（Xaa-nonPro）,这类肽键的顺式构型的自由能远比反式高,因此极少出现在天然蛋白质结构中．事实上,在长时间中,多肽链的“反式肽键连接”被视为蛋白质结构的一条基本规则,把顺式肽键视为不可能．随着高分辨率精确蛋白质结构数量的增加,近年来有详细的统计分析揭示,非脯氨酸顺式肽键（Xaa-nPro）在蛋白质结构中出现的几率为0．03％～0．05％,而且大多存在于功能敏感的结构区域,可能具有重要意义．但由于所用的基本结构数据都来自晶体结构,对这种反常肽键是否由结晶环境影响而形成,存在疑问．此前曾在以单体形式存在的蝎神经毒素mono-BmK M1的高分辨率结构中发现其中肽键Pr09-His10是非脯氨酸顺式肽键,并详细分析了其结构．功能意义．以二聚体存在的dimo-BmK M1的1．4A分辨率晶体结构表明,它与mono．BmK M1有不同的空间群、不同的分子堆积方式,不同的晶体环境．结构模型被高度精化,Rcryst达到0．109．dimo-BmK M1结构显示,在不对称单位中的两个M1分子在同一位置（残基9．10之间）都清晰地存在顺式肽键．立体化学分析显示,这一肽键的几何参数和局部结构与mono．BmK M1中的（9．10）顺式肽键基本相同．这一结果表明,非脯氨酸顺式肽键9．10的存在与结晶环境无关,是BmK M1分子的固有结构特征．在此基础上,综合分析了与顺式、反式肽键相关的结构元素,发现与残基（8．19）序列模体-KPXNC-（X为任意氨基酸）所决定的特征回折结构可能是分子内在的主要结构因素,其中第8位残基是Lys或Asp对决定肽键是顺式还是反式有关键作用．近来的突变实验及其晶体结构测定已证实,Lys8／Asp8是（9-10）肽键顺式／反式异构的结构开关,它们对该类分子与不同种属钠通道作用的专一选择性具有重要作用．通过BLAST搜索,发现在其他18个蛋白质中也存在相同的序列模体．KPXNC-,推测在这些蛋白质的相应肽键位置也可能存在反常的脯氨酸顺式肽键。     

隐马尔可夫模型-改进的预测蛋白质二级结构方法

引入蛋白质二级结构预测的新方法：隐马尔可夫模型,其中将蛋白质的二级结构分成三类：H(指α-螺旋),E(β-折叠)及O(包括转角,卷曲及其结构)．该方法属于统计方法,但考虑了相邻氮基酸之间的相互作用(体现在状态传输概率)．通过模型的改进及参数的确定后,我们编制了程序HMMPS．用它来预测蛋白质二级结构,具有很高的准确度．其中关于H,F和O的准确率分别达到80．1％．72.0％和63．2％这表明．我们的方法是较为可靠的。     

鼎湖山马尾松群落演替过程物种变化之研究

在永久样地定位调查的基础上,研究鼎湖山森林植被马尾松群落在十几年演替中种群结构和群落结构的变化．研究结果表明,随着演替的进展,其群落中的乔木种类增多,由４种增至７种．群落的组成结构趋向优化：群落的多样性趋于增加,物种多样性指数由０．５８增到１．６０;群落增加其均匀度,均匀度指数由０．２９增大至０．６９;生态优势度指数由０．８３变为０．３８．十四年的演变明显地改变群落中的优势种的种群结构．先锋性的群落发生种马尾松种群尽管仍是优势种,但消亡的趋势明显;地带性的顶极建群种,如荷木等大大的发展,群落加速向混交林的方向发展演变．     

名刊浏览

日研究人员用胚胎干细胞培育出视网膜雏形结构 日本研究人员利用实验鼠的胚胎干细胞人工培育出了视网膜的雏形结构．这是迄今人工培育出的最为复杂的生理组织。研究人员在一种特殊的培养介质中．将来自实验鼠的胚胎干细胞逐渐自动形成了名为视杯的结构（视杯是胚胎发育初期的视网膜结构）．     

南方山地人工草地群落结构组建及其与环境因子的关系

采用CCA排序技术,定量分离了刈割和放牧下环境、空间、生物和随机因素对亚热带山地人工草地群落结构组建的贡献,分析了不同管理制度下的群落．环境关系．放牧和刈割条件下,与环境因素有关的群落结构变化分别为27．4％、25．9％(其中环境因素独立作用分别为18．9％、19．8％),空间因素解释的变化分别为32．5％、24．2％,生物及随机因素造成的变化分别为48％、56％．说明放牧削弱了生物学过程(主要是物种相互作用和种子扩散)对群落结构组建的作用,增强了空间因素的影响．空间因素主要是通过与环境因素耦合(改变直接环境的空间分布)对群落结构组建起作用、刈割条件下,群落结构和物种多度沿环境变化呈梯度分布．放牧条件下,环境因素与群落、物种的关系比较复杂,不同干扰程度的群落小斑块向不同方向演替．     

湖北四湖流域景观结构变化对汛期湖泊水位影响的模拟分析

借助于水文学对不同下垫面状态的产流模式研究的成果,建立了计算四湖流域两个调蓄湖泊汛期洪峰水位的模型。模拟分析的结果表明,在4种同样的降雨条件下,景观结构变化使长湖汛期日水位平均增加0．0831—1．3223m,最大增加0．1579—1．8583m,使洪湖汛期日水位平均增加1.0810一2．3008m,最大增加1．4101—2．4864m。证明景观结构变化是引起洪涝灾害加剧的重要原因且景观结构变化对湖泊洪峰水位的影响存在一种累加效应。景观结构的调整也是控制洪涝灾害的重要途径。     

综述: 串联质谱寡糖结构解析方法评介

糖组学的研究与发展对生命科学及生物医药的发展具有重要的推动作用．寡糖结构的解析是糖组学中重要的研究课题之一．串联质谱分析技术以其具有高特异性及高灵敏度的特点成为了广为使用的寡糖结构解析方法．本文首先概述了串联质谱寡糖结构解析的研究背景;然后介绍了现有的寡糖结构解析策略及基于每种策略的经典解析方法,并对所列方法的原理和算法进行逐一分析讨论;最后,总结现有方法的优缺点,对串联质谱寡糖结构研究领域进行了研究展望．     

杉木CCoAOMT蛋白的生物信息学分析与同源模建

利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水／亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明：该蛋白共有255个氨基酸,等电点为5．56,二级结构中α螺旋占37．65％,β折叠片占19．61％,无规卷曲占42．75％。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。     

Markov过程在森林资源结构动态预测中的应用──以福建省南平地区的树种结构为例

根据马尔可夫决策过程理论和森林资源连续清查的固定样地调查资料,对南平地区的树种结构进行了预测与调整,结果表明,按现状发展,针阔比例将日趋严重,并且毛竹、经济林的占有率呈下降趋势,最终达到以杉木２８．０５％、马尾松１６．６３％、阔叶树１９．０１％、毛竹５．４３％、经济林２．２６％、其它类２８．７１％的树种结构．经调整后稳定状态的树种结构基本趋于合理,即各树种的占有率分别为杉木１８．７２％、马尾松１３．２４％、阔叶树２６．９８％、毛竹１０．８４％、经济林５．４５％、其它类２４．７７％．     

中国关于生物技术发明的专利保护

众所周知．生命科学和生物技术是当今科技创新中最活跃的领域之一．由生命科学和生物技术引领的生物经济将引起全球经济结构的深刻变化和经济结构的重大调整．我国生物技术发展较快．创新活跃．专利申请和授权数量也逐年递增．为此有必要讨论一下中国关于生物技术发明的专利保护．下面将从三个方面对这个问题进行阐述。     

酰基苯肼化合物的结构与小麦锈病疗效的关系

1．合成了75种不同结构的酰基苯肼化合物,测定了其对小麦锈病的疗效．发现以、NHNHC—R 为基本结构的一些化合物是优良的小麦锈病化学治疗剂,其中有20种化合物在0．05—0．1％的浓度时,对小麦锈病有优良的防治效果。 2．比较了化合物结构与疗效之间的关系,结果表明结构的改变对疗效有很大的影响。 3．经过温室和田阆的反复药效测定,证明在酰基苯肼化合物中,p一甲酰苯肼(H40)疗效最好、药害轻微、结构简单、原料易得、制造与应用均较方便,是一个高效低毒的小麦锈病化学治疗剂。     

松林节肢动物群落结构相似性分析

应用系统聚类、模糊聚类和主成分分析法,研究湿地松纯林、湿地松一木荷混交林 和湿地松-大叶相思混交林节肢动物群落结构的相似性．结果表明,２种混交林节肢动物群 落结构比较相似,而纯林与混交林相异;林冠层亚群落与灌木一草本届亚群落的结构也不 相同．分析结果能较好地反映不同林分和不同层次的节肢动物群落结构的差异性与连续 性．模糊聚类的分析方法优于系统聚类．     

DRSP：蛋白质单残基替换结构数据库

蛋白质残基替换是基因突变的产物之一,它可能改变蛋白质三维结构,对其生物学功能产生重大影响,因此研究蛋白质残基替换与结构改变的关系具有重要意义．随着实验解析蛋白质结构的数量迅猛增长,越来越多的野生型-突变体被应用于结构生物学的比较研究中．本研究从蛋白质三维结构数据库(PDB)出发,收集和计算了大量结构特征数据,构建了一个目前已知最大的野生型-突变体(单残基差异)的结构对数据库DRSP,展示出氨基酸类型和主链偏好性对结构保守性的相关性．DRSP的开放使用可为高精度的蛋白质结构分析预测提供有用信息,它的数据库网址是http://www.labshare.cn/drsp/index.php．     

拟南芥高丝氨酸激酶HSK的分子结构与同源建模研究

高丝氨酸激酶（EC2．7．1．39）是拟南芥中合成甲硫氨酸和苏氨酸的关键酶之一。作者利用DNAMAN软件分析高丝氨酸激酶的氨基酸组成和等电点;利用生物信息学在线网站预测分析其疏水性、二级结构、跨膜结构域、信号肽区域、PEST序列、化学修饰位点及亚细胞定位等;利用SWISS—MODEL软件进行同源建模,使用Chimera（V1．8．1）做结构修饰处理,最后利用Molprobity4及ERRAT（V2．0）对建模结果进行结构质量分析。结果发现：HSK预测等电点为8．48,平均亲水性0．267;二级结构中α-螺旋占34．32％,不规则卷曲占48．11％,延伸链占17．57％;高丝氨酸激酶的预测模型经验证具有稳定的空间结构,符合立体化学规则。