基于全基因组关联分析研究粪肠球菌发酵食品分离株的耐药性

【目的】研究15株分离自自然发酵食品的粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和1株粪肠球菌模式株对15种(1种β-内酰胺类和14种非β-内酰胺类)抗生素的耐药性,并通过菌株耐药表型与基因型的关联分析找到粪肠球菌潜在的耐药基因。【方法】利用微量肉汤稀释法检测试验菌株对15种抗生素的耐药性,运用Scoary软件进行表型与基因型的关联分析。【结果】16株粪肠球菌对卡那霉素、万古霉素、利奈唑胺和红霉素100%敏感;对其余11种抗生素均表现出不同程度的耐药,其中对克林霉素为100%耐药。基因组关联分析发现了9个功能基因与5种抗生素(氯霉素、环丙沙星、甲氧苄啶、新霉素和四环素)存在显著相关关系,其中基因FAM000296和FAM005768与氯霉素、甲氧苄啶和环丙沙星的耐药性有关。进一步分析发现基因FAM000296和FAM005768同被注释为Sec G,但基因FAM005768与基因FAM000296相比在3′端丢失了21个碱基。【结论】分离自自然发酵食品的粪肠球菌对多种抗生素具有耐药性,其基因组中携带有潜在的耐药基因。因此,对分离自自然发酵食品的粪肠球菌需要进行全面的安全性评估后方可考虑应用。     

益生菌对16种抗生素的耐药性分析

目的评估市场常见益生菌对临床常用抗生素的体外耐药情况,为临床预防抗生素相关性肠道菌群紊乱和抗生素相关性腹泻提供参考。方法分离培养9种益生菌制剂中的20株益生菌,采用浓度梯度试条法(E-test)测定益生菌对16种抗生素的最低抑菌浓度(MIC)。结果细菌类益生菌对一些口服抗生素敏感,其中枯草芽胞杆菌、保加利亚乳杆菌、长双歧杆菌、婴儿双歧杆菌和嗜热链球菌对12种以上的抗生素敏感;屎肠球菌只对5种抗生素敏感,而真菌类益生菌如布拉酵母CNCM I-745则对16种抗生素均具有耐药性。结论细菌类益生菌和真菌类益生菌表现出不同的抗生素敏感性,在临床预防和治疗抗生素相关性腹泻时应注意益生菌与抗生素的合理使用。     

双歧杆菌抗生素耐药性研究进展

目前,由于抗生素的广泛、大量使用,耐药菌株急剧增多,加剧了耐药菌对人类健康和生态环境的威胁。有研究表明,益生菌自身含有的耐药基因或耐药质粒等可通过基因水平转移传递给人体肠道中的致病菌,导致耐药菌感染。随着双歧杆菌相关微生态制剂的广泛应用,通常以活菌形式进入人体的双歧杆菌,与肠道内原籍菌群混合生长,致使其携带的耐药性基因片段在肠道菌群中水平转移,从而导致某些致病菌具有耐药性。因此,研究双歧杆菌等益生菌的耐药性基因转移有着十分迫切的意义。本文总结了双歧杆菌的耐药性,分析了双歧杆菌的耐药机理,为进一步筛选安全的双歧杆菌菌株提供理论依据。     

婴儿肠道双歧杆菌多样性的研究进展

双歧杆菌是婴儿肠道中最丰富的微生物,对婴儿肠道微生物的成熟和稳定有显著影响,与婴儿健康紧密相关。大量研究表明,婴儿肠道中最广泛存在的双歧杆菌有长双歧杆菌、短双歧杆菌和两歧双歧杆菌。母婴之间垂直传递可直接影响婴儿肠道中双歧杆菌各种属的早期定植和相对丰度变化,特别是分娩方式和喂养方式会显著影响婴儿肠道双歧杆菌。此外,胎龄和辅食等因素对婴儿肠道中双歧杆菌的组成与多样性也有一定影响。本文对婴儿肠道双歧杆菌的种属组成、相对丰度变化以及影响其多样性的因素进行了综述,为婴儿双歧杆菌群落的认识提供一定的理论依据。     

动物用芽孢杆菌微生态制剂中蜡样芽孢杆菌的分离及安全性

【背景】芽孢杆菌是仅次于乳酸菌常用于微生态制剂中的菌种,然而部分芽孢杆菌微生态制剂规范不严,应用存在安全隐患。【目的】调查我国在售动物用芽孢杆菌微生态制剂中蜡样芽孢杆菌携带情况,揭示蜡样芽孢杆菌应用的潜在风险。【方法】对微生态制剂预处理,选择性筛选分离蜡样芽孢杆菌,通过全基因组测序测绘细菌毒素基因谱与耐药基因谱,细胞计数试剂盒-8法测定菌株对细胞的毒性,利用微量肉汤稀释法确定菌株耐药值。【结果】从50份微生态制剂产品中筛选分离得到23株蜡样芽孢杆菌群细菌,它们对氨苄西林、林可霉素和泰妙菌素3种抗生素均耐药,主要毒力基因nhe、hbl、cytK、ces的检出率分别为100%、30%、39%和4%,分离株均有溶血性且39%菌株产生热稳定毒素,不同菌株对非洲绿猴肾细胞呈现出不同程度的毒性。【结论】微生态制剂来源的蜡样芽孢杆菌毒性与耐药性严重,携带毒素基因与耐药基因广泛,多株菌株呈高细胞毒性且产生热稳定毒素。芽孢杆菌微生态制剂存在安全性问题,应加强对蜡样芽孢杆菌的质量安全监管力度,规范微生态制剂的市场秩序,杜绝安全隐患。     

双歧杆菌质粒的检测及其对抗生素敏感性

本文应用ＬｅＢＬａｎｃ法提取６种２０株双歧杆菌菌株的质粒,发现共有４个种的６株菌株存在着１～３个质粒,多数质粒的分子量小于６．０ｋｂ。存在质粒的双歧杆菌包括分离自人的短双歧杆菌、青春双歧杆菌、两歧双岐杆菌和婴儿双歧杆菌。用固体培养基滤纸片抑菌圈法测定双歧杆菌对１５种常用抗生素的敏感性,结果表明,测试的２０株双歧杆菌菌株对所检测的１５种抗生素的敏感性无规律可循,而且质粒消除实验表明质粒的存在与所检测的抗生素抗性无相关性。     

健康老年人肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性分析

从31个60岁以上的符合中华医学会老年医学分会健康老年人标准的健康老人中随机选取4例作为研究对象,使用分子生物学方法,对他们的肠道双歧杆菌和乳杆菌种群多样性进行分析.研究结果表明,健康老人肠道中双歧杆菌的优势种群为长双歧杆菌（Bifi∥dobacterium longum）和假小链双歧杆菌（Bifidobacterium pseudocatenulatum）,分别占双歧杆菌种群的55%和45%;而肠道乳杆菌则有唾液乳杆菌（Lactobacillus salivarius）50%、Lactobacillus mocosae 31.1%、口腔乳杆菌（Lactobacillus oris）6.3%、鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）6.3%和瑞士乳杆菌（Lactobacillus helveticus）6.3%,其中唾液乳杆菌、Lactobacillus mocosae为健康老人肠道优势乳杆菌种群.     

儿童呼吸道感染时呼吸道分泌物的病原菌分布及其耐药性分析

【摘 要】目的 了解本地区儿童呼吸道感染病原菌种类、分布特点及其耐药性,为临床合理应用抗菌药物提供参考。方法 对2009年5月至2012年5月间本地区两家医院儿科住院患者送检的共1350份呼吸道分泌物的细菌培养结果及要检出菌的耐药情况,进行回顾性分析。结果 从1350份标本中共分离出384株病原菌,检出率为28.4%,革兰阴性杆菌258株,占67.2%,革兰阳性球菌95株,占24.7%,厌氧菌17株,占4.4%,真菌14株,占3.6%;革兰阴性前三位杆菌肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌和解鸟氨酸克雷白杆菌对氨苄西林、哌拉西林耐药率均大于50%以上,共分离出产ESBLs菌57株,阳性率为43.2%;革兰阳性前三位球菌肺炎球菌、金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌对青霉素、红霉素耐药率达50%以上。结论 本地区儿童呼吸道感染主要病原菌是革兰阴性杆菌,加强细菌培养和耐药性监测对临床合理使用抗生素有重要意义。     

大熊猫肠道芽孢杆菌的分离鉴定及部分生物学特性

【目的】分析大熊猫肠道中芽孢杆菌的种类、纤维素分解能力、抗微生物作用和常用抗生素药物敏感性。【方法】利用芽孢耐高温特性分离菌株,基于16S r RNA基因序列构建系统发育树,通过测量芽孢杆菌在刚果红纤维素培养基上的分解圈分析其纤维素分解能力,采用牛津杯法测定芽孢杆菌的抑菌能力,结合软件分析抑菌能力和进化树之间的关系,通过PCR调查芽孢杆菌的抗菌肽分布规律,最后通过药敏试验检测芽孢杆菌是否对常用抗生素敏感。【结果】共分离得到21株芽孢杆菌;进化树显示,这些芽孢杆菌分为6个类别(Category);羧甲基纤维素钠水解结果显示,所有菌株均能分解纤维素;大部分芽孢杆菌菌株对3种肠道病原菌有较强的抑制能力,聚类分析表明,菌株的抗菌能力与基于16S r RNA基因的分类有一定的关联性;66.67%(14/21)的菌株中可以检测到2个或3个抗菌肽基因;药敏试验结果显示,菌株整体药物耐受率低,仅为7.54%(19/264),但仍有少数菌株对抗生素耐受。【结论】分离菌株种类丰富,分布平均,且均具有纤维素分解能力。21株菌株都含有抗菌肽基因,代谢产物对3种肠道病原菌具有明显抑制作用。常用抗生素耐受性低,对规范临床用药具有指导性。     

副猪嗜血杆菌安徽株血清型、基因型及耐药性

【背景】副猪嗜血杆菌(Haemophilusparasuis,HPS)是猪革拉瑟氏病(Gl?sser’sdisease)的病原体,由于长期使用抗生素产生的耐药性以及灭活疫苗缺乏交互免疫保护力,目前对该病无法形成有效防控。【目的】了解安徽地区副猪嗜血杆菌血清型、基因型及耐药性特征,为猪革拉瑟氏病的有效防控提供科学依据和技术支撑。【方法】针对2008–2017年安徽地区分离的44株HPS,利用PCR反应鉴定血清型,应用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)进行基因分型,通过微量稀释法测定最小抑菌浓度(minimalinhibitoryconcentration,MIC)。【结果】44株HPS共检测出6种血清型(1、4、5、7、13、14),血清型4型和13型为优势血清型,各占40.91%;9种ST型(ST241、ST267、ST268、ST269、ST270、ST271、ST272、ST273和ST274)中ST267和ST268为优势基因型,各占40.91%;对庆大霉素、青霉素的敏感率分别为100%和93.2%,86.4%的分离株呈现多重耐药,耐药谱型有33种,其中以甲氧苄啶/磺胺甲噁唑-四环素构成比最大,为42.4%。【结论】安徽地区HPS流行血清型和基因型呈现多元化,具有较高的遗传异质性,多重耐药现象严重,血清型、ST型与耐药性之间无明显相关性。     

广州南沙湿地公园候鸟源肠杆菌科耐药性及产超广谱β-内酰胺酶基因监测调查

[背景]耐药基因可通过水平转移在环境、动物和人体间发生转移,而远距离传播则主要通过候鸟的迁徙.耐药基因可通过水平转移和候鸟迁徙跨地区传播至禽畜和人类,引起公共卫生问题.[目的]分离广州南沙湿地公园候鸟粪便中肠杆菌科细菌,并鉴定菌种类别,研究其对常见抗生素的耐药性及携带的主要超广谱β-内酰胺酶(extended-spec...     

我国华南沿海海水养殖鱼类病原菌美人鱼发光杆菌(Photobacterium damselae)分离株的毒力基因和耐药性分析

[目的] 为探讨我国华南沿海海水养殖鱼类病原菌美人鱼发光杆菌的非典型毒力基因和耐药性的时空变化,解析影响其毒力和耐药性变化的可能环境因素,为该菌所引起的病害防控提供建议。[方法] 本研究以分离自我国广东和海南沿海患病海水鱼的35株美人鱼发光杆菌为研究对象,利用普通PCR扩增技术,分析5个非典型毒力基因在菌株中的分布情况,并采用纸片扩散法（K-B）分析菌株对15种抗生素的耐药性。[结果] 19株菌含有1–2个被检测的非典型毒力基因,尤其是hlyA和vvh的检出率均高于20%。35株菌多重耐药指数为0.00–0.67,表现出27种耐药谱,多重耐药率（菌株耐抗生素种类>3）达到60.00%,尤其对万古霉素、阿莫西林、麦迪霉素和利福平的耐药率均高于50%,但对庆大霉素、诺氟沙星、环丙沙星、氯霉素和氟苯尼考的耐药率均低于10%。非典型毒力基因含量和耐药性,呈现一定的随年份增加而增强以及海南>广东的时空差异,尤其是耐药性中的谱型丰富度、多重耐药率、某一菌株的最多耐药数量以及多重耐药指数,海南（分别是1.00,69.23%,10,0.32）均大于广东（分别是0.82,54.55%,9,0.25）。[结论] 美人鱼发光菌的非典型毒力基因可能是通过水平基因转移获得,海南与广东区域美人鱼发光菌毒力基因与耐药的差异主要受到温度和抗生素使用的影响。     

一株林可霉素降解菌的筛选鉴定及其降解机制

【背景】抗生素污染越来越引起人们的关注。利用微生物处理抗生素污染被认为是一种环境友好型的方法。【目的】筛选林可霉素高效降解菌并研究其降解机制。【方法】经形态学观察、生理生化鉴定和16S rRNA基因测序分析进行鉴定;通过PCR技术和质谱分析技术对该菌抗性基因和降解产物等进行分析。【结果】从林可霉素菌渣堆肥样本中获得一株高效降解林可霉素的假单胞菌(Pseudomonas RST-1),该菌在林可霉素浓度为3.0 g/L的牛肉膏蛋白胨培养基上培养40 h后,林可霉素降解率高达57.3%。该菌含有intI1、sul1、sul2等抗性基因,降解产物为去甲基林可霉素和2-丙基-N-甲基脯氨酸。【结论】菌株RST-1具有高效降解林可霉素的能力,推测可能的降解机制为去甲基化和酰胺键水解作用,该菌株降解特性及降解机制研究为林可霉素降解工程菌及其高效降解菌剂的研制奠定了基础。     

耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌的临床分布及基因组流行病学分析

[背景]鲍曼不动杆菌是造成临床感染的重要病原菌之一,其对碳青霉烯类抗生素的耐药形势日益严重,利用基因组测序技术解析其临床分布特征和流行病学规律有助于临床感染的有效防治.[目的]研究沧州市中心医院2018年检出的200株耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baum...     

抗生素和肠道细菌对小菜蛾适合度的影响

【目的】小菜蛾是危害十字花科蔬菜的世界性重要害虫。通过分析抗生素对小菜蛾的毒性效应,了解肠道细菌对小菜蛾适合度的影响,有助于更好地阐明小菜蛾肠道细菌的功能。【方法】利用抗生素处理含有高丰度肠道细菌的萝卜苗饲养品系(FZss)小菜蛾幼虫,同时利用抗生素处理饲料饲养的无肠道细菌(SLss)小菜蛾幼虫,分析抗生素及肠道细菌对小菜蛾适合度的影响。【结果】抗生素处理FZss品系小菜蛾导致了小菜蛾发育历期延长,虫重、蛹重、化蛹率、产卵量和成虫寿命降低。利用抗生素处理无肠道菌的SLss品系小菜蛾幼虫,小菜蛾化蛹率和单雌产卵量均显著降低,而对发育历期、虫重和蛹重则无影响。【结论】综合两个研究的结果发现抗生素处理后宿主适合度的降低一方面是由于抗生素的毒性效应导致,另一方面是由于小菜蛾肠道细菌的缺失引起。抗生素的毒性效应主要表现为对化蛹率和单雌产卵量的影响,而肠道细菌则对小菜蛾的发育历期、虫重、蛹重以及成虫寿命具有重要的促进作用。     

牦牛源产细菌素屎肠球菌的分离鉴定和益生特性

【背景】抗生素的滥用导致牦牛肠道常见病原菌耐药性增加,益生菌作为对抗耐药性细菌的新型武器,应用前景广阔。【目的】获取益生特性优良的牦牛源益生菌。【方法】将20份牦牛粪便样本在含0.5%CaCO3的MRS培养基上分离纯化,以大肠杆菌和金黄色葡萄球菌为指示菌,用牛津杯法筛选有抑菌活性的菌株;排除酸和过氧化氢后,经耐酸耐热试验和蛋白酶敏感试验筛选产细菌素菌株,用形态学和16S rRNA基因序列分析鉴定;通过对大肠杆菌、沙门氏菌等腹泻病原菌体外抑菌试验、耐模拟胃肠液、测定自聚集能力和疏水性及抗生素敏感试验分析益生特性。【结果】从20份牦牛粪便样本中共分离出11株产生溶钙圈的菌株,其中6株对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌抑菌效果显著,经复筛得到2株产细菌素的乳酸菌SC6和SC9,经鉴定均为屎肠球菌(Enterococcus faecium)。其中SC9对腹泻病原菌抑菌效果明显,有良好的耐受性和肠道黏附能力,对5种常用抗生素均敏感。【结论】屎肠球菌SC9有一定的抗逆性和潜在的益生能力,具备作为益生菌的潜力。     

一株污水源多重耐药大肠杆菌的耐药性检测及全基因组测序分析

【背景】水体环境分布广、流动性强,是耐药菌和耐药基因传播的主要媒介。【目的】了解北方污水厂大肠杆菌携带的耐药基因及可移动遗传元件情况。【方法】从北方污水厂筛选出一株多重耐药大肠杆菌,通过药敏试验进行耐药性检验,采用96孔板法测定菌株的最小抑菌浓度,利用酶标仪探究亚抑菌浓度抗生素对菌株生长的影响,并对菌株进行全基因组测序,对其携带的耐药基因及可移动遗传元件进行预测。【结果】大肠杆菌WEC对四环素、环丙沙星、诺氟沙星和红霉素具有耐药性,亚抑菌浓度的四环素、环丙沙星和诺氟沙星能够延缓或抑制菌株的生长。WEC菌株的基因组中包含一条大小为4 782 114 bp的环状染色体和2个大小分别为60 306 bp (pWEC-1)和92 065 bp (pWEC-2)的环状质粒。菌株共携带129个耐药基因,其中128个位于染色体上,在染色体上预测到原噬菌体、基因岛及插入序列的存在,部分可移动遗传元件携带有耐药基因。质粒pWEC-1中无耐药基因,pWEC-2含有1个耐药基因,在质粒基因组中预测到原噬菌体和插入序列。【结论】污水源大肠杆菌WEC是一株多重耐药菌株,其基因组中携带耐药基因和多种可移动遗传元件...     

鹌鹑源鼠伤寒沙门氏菌的分离鉴定与耐药性分析

【背景】在鹌鹑养殖过程中,抗菌药物和消毒剂的不规范使用加剧了耐药菌株在动物、场所和食品之间的相互传播,因此,掌握致病菌株在养殖动物中的耐药状况至关重要。【目的】检测北京周边地区鹌鹑蛋源致病菌株的耐药特征和耐药基因的流行情况。【方法】在天津市武清区部分鹌鹑养殖场采集鹌鹑泄殖腔粪便、鹌鹑蛋表、养殖环境和鹌鹑饮水的样品,通过细菌分离培养、菌落形态观察、染色镜检、生化鉴定、血清分型、沙门氏菌inv A基因序列测定等方法对分离菌株进行鉴定。同时进行小鼠攻毒试验,测定小鼠半数致死量(median lethal dose, LD50)。再通过药敏试验和PCR方法对分离菌的耐药表型、耐药基因及毒力基因进行检测。【结果】分离菌株菌落颜色、镜检形态和生化试验结果符合沙门氏菌特性,沙门氏菌inv A基因序列测定与鼠伤寒沙门氏菌参考株相似度为99.44%,鉴定为鼠伤寒沙门氏菌,血清型为1,4,[5],[12]:i:l,2。该菌株对小鼠有致病作用,小鼠LD50为2.10×107 CFU/mL;药敏试验结果显示该菌株对氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、头孢噻呋、链霉素、磺胺甲啞唑、磺胺异啞唑、诺氟沙星、环丙沙星表现耐...     

大麦虫及其肠道微生物对聚乙烯的生物降解

【背景】废旧塑料聚乙烯因具有较高的化学惰性,不易被自然降解而形成长期污染。【目的】探究聚乙烯泡沫塑料对大麦虫生长发育的影响,为大麦虫作为降解聚乙烯泡沫塑料的昆虫推广提供理论依据。【方法】以大麦虫幼虫为研究对象,选用常见的泡沫塑料(聚乙烯),采用4种不同的饲喂方式T1 (麦麸)、T2 (泡沫塑料)、T3 (泡沫塑料+麦麸)、T4 (不饲喂)进行驯化,处理30 d后对大麦虫进行解剖,取肠道内容物于LB培养基中进行富集培养,将富集培养后的菌液加入以聚乙烯(polyethylene,PE)为唯一碳源的LCFBM培养基进行选择性培养,从中筛选分离得到对PE塑料有降解能力的菌株。【结果】取食泡沫塑料30d后,与单一饲喂PE相比,麦麸和PE混合饲喂后大麦虫幼虫的存活率为76%。采用傅里叶变换红外光谱检测发现虫粪组分中主要官能团中峰值明显变化,表明PE长链有断裂现象,并从肠道中分离得到3株可以对PE薄膜边缘造成明显侵蚀的菌株。【结论】大麦虫可取食并消化PE塑料,其肠道内的微生物对PE塑料的降解起到关键作用,研究结果为塑料污染的生物降解提供了科学证据。     

通辽地区犊牛腹泻大肠杆菌耐药性检测及一株多重耐药菌全基因组测序分析

【背景】大肠杆菌(Escherichia coli)是引起犊牛腹泻的最主要病原菌,其耐药性菌株的不断出现引起广泛关注。【目的】了解内蒙古自治区通辽市犊牛腹泻大肠杆菌耐药性及耐药基因流行情况。【方法】从通辽市多个旗县采集犊牛腹泻样品40份,经细菌分离纯化及16S rRNA基因测序,最终鉴定出20株大肠杆菌。采用药敏试验和PCR方法对分离菌进行耐药性及耐药基因检测分析,并对其中1株多重耐药菌株进行全基因组测序。【结果】20株分离菌均具有多重耐药性,对链霉素、环丙沙星、恩诺沙星和复方新诺明的耐药率达80%以上。所检耐药基因中,aphA1、strB、TEM-1和qnrS检出率达100%。通过对代表性菌株TL-13全基因组测序发现,其基因组大小为4897185bp,GC含量为50.68%,同时携带2个质粒,大小分别为108288bp(pTL13-1)和64018bp(pTL13-2)。质粒中共携带18个可移动耐药基因。【结论】通辽地区犊牛腹泻大肠杆菌多重耐药性普遍存在,4种常见耐药基因普遍流行。