胆总管结扎引起梗阻性黄疸对巴马香猪肠道菌群多样性的影响

目的 研究胆总管阻塞引起的梗阻性黄疸对于巴马香猪肠道菌群优势菌的影响.方法 结扎巴马香猪胆总管制备小型猪梗阻性黄疸动物模型,于结扎前1天及2周后分别取对照组和实验组小型猪粪样,PCR-DGGE法分析巴马香猪胆汁淤积前后肠道菌群总菌的相似性和多样性.结果 多样性分析显示梗阻性黄疸可显著降低巴马香猪肠道菌群总菌的丰富度和多样性指数(P＜0.01),UPGMA聚类分析显示梗阻性黄疸的巴马香猪肠道菌群可以明显的区分于对照组.结论 梗阻性黄疸可导致巴马香猪肠道菌群发生严重紊乱.     

乳果糖联合金双歧对肝硬化合并自发性腹膜炎患者 肠道微生态及黏膜屏障功能的影响

目的探讨乳果糖联合金双歧对肝硬化合并自发性腹膜炎(SBP)患者肠道微生态及黏膜屏障功能的影响。方法选取2017年5月-2019年5月医院收治的60例肝硬化合并SBP患者,采用信封法将其分为常规组和联合组,各30例。常规组实施常规治疗,联合组在常规组基础上实施乳果糖联合金双歧治疗。采集两组患者粪便样本,采用Illumina Miseq测序平台检测并对比治疗前后两组患者肠道菌群多样性,并应用定量PCR技术检测肠道优势菌群相对量;采用口服糖分子探针乳果糖(LAC)、甘露醇(MAN)法评估治疗前后两组黏膜屏障功能的变化。结果治疗前两组多样性(Shannon)指数和丰富度(Chao)指数比较差异无统计学意义(均P0.05),治疗后联合组Shannon和Chao指数均高于常规组(均P0.05);治疗后联合组Shannon指数、Chao指数均高于治疗前(均P0.05),而常规组无变化(均P0.05)。治疗前2组乳杆菌、双歧杆菌、肠杆菌相对数量比较差异均无统计学意义(均P0.05),治疗后联合组双歧杆菌相对数量高于常规组(P0.05),肠杆菌相对数量低于常规组(P0.05),乳杆菌相对数量无变化(P0.05);与治疗前比较,治疗后联合组双歧杆菌相对数量增加(P0.05),肠杆菌减少(P0.05),乳杆菌无变化(P0.05);治疗前后常规组肠道优势菌群数量均无变化(均P0.05)。治疗前两组LAC、MAN排泄率及LAC/MAN比较差异均无统计学意义(均P0.05),治疗后联合组LAC排泄率、LAC/MAN均低于常规组(均P0.05),MAN排泄率高于常规组(P0.05);与治疗前比较,治疗后两组LAC排泄率、LAC/MAN均降低(均P0.05),联合组MAN排泄率升高(P0.05),常规组MAN排泄率无变化(P0.05)。两组临床疗效等级分布比较差异有统计学意义(P0.05),且联合组总有效率高于常规组(P0.05)。结论乳果糖联合金双歧辅助治疗肝硬化合并SBP,有助于调节肠道菌群,改善黏膜屏障功能。     

葛根芩连汤对肠道湿热证泄泻小鼠肠道微生物的影响

目的探讨葛根芩连汤对肠道湿热证泄泻小鼠肠道微生物的影响。方法造模:10只KM雄性小鼠随机分为正常组5只和模型组5只,采用"高糖高脂+高温高湿+白酒复合灌胃冰水"的方法制备肠道湿热证泄泻小鼠模型。治疗:15只KM雄性小鼠随机分为正常组5只和模型组10只,造模成功后将模型组小鼠分为自愈组和治疗组,治疗组小鼠运用葛根芩连汤进行治疗,分别在造模和治疗后无菌采集小鼠肠道内容物进行微生物培养。结果造模后,小鼠出现懒动、肛温升高、体重增长缓慢、黄褐色稀便、肛门污秽等湿热泄泻症状,肠道乳杆菌数高于正常组,而细菌总数、肠杆菌、双歧杆菌、B/E值降低,其中细菌总数以及双歧杆菌数与正常组相比差异有统计学意义(t=14.182,P0.001;t=2.797,P=0.049)。经葛根芩连汤治疗后,小鼠肠道乳杆菌和双歧杆菌数高于正常组,而细菌总数、肠杆菌数低于正常组,且乳杆菌数和肠杆菌数与正常组相比差异有统计学意义(t=-5.210,P=0.033;t=-11.160,P=0.008),B/E值与正常组差异无统计学意义(t=-1.427,P=0.227)。结论造模使小鼠肠道双歧杆菌数显著降低,B/E值下降;葛根芩连汤可促进肠道湿热证泄泻小鼠肠道乳杆菌和双歧杆菌的增生,提高B/E值。     

低出生体重儿肠道菌群及肠道屏障功能的研究

目的研究低出生体重儿的肠道菌群分布情况和肠道屏障功能的变化。方法以低出生体重儿(1 500g≤体重2 500g)为研究对象,采用16SrRNA荧光定量PCR技术和JY-DLT肠道屏障功能分析系统检测低出生体重儿出生后第7天粪便中双歧杆菌、乳杆菌、大肠埃希菌、肠球菌4种细菌的含量以及血清中的二胺氧化酶、D-乳酸和细菌内毒素的浓度,比较正常新生儿与低出生体重儿肠道菌群和肠道屏障功能的差异,分析不同喂养方式、并发症对低出生体重儿肠道菌群及肠道屏障功能的影响。结果 (1)低出生体重儿组粪便中大肠埃希菌、肠球菌、乳杆菌、双歧杆菌含量均明显低于健康新生儿组(P0.05),血清中二胺氧化酶、D-乳酸高于健康新生儿组(P0.05),细菌内毒素水平差异无统计学意义(P0.05)。(2)母乳喂养组低出生体重儿粪便中双歧杆菌和乳杆菌含量明显高于乳制品喂养组(P0.05),且血清中二胺氧化酶和和D-乳酸含量低于乳制品喂养组(P0.05),细菌内毒素水平差异无统计学意义(P0.05)。(3)无并发症组低出生体重儿粪便中乳杆菌和双歧杆菌含量明显高于有并发症组(P0.05),其血清中二胺氧化酶、D-乳酸和细菌内毒素水平均低于有并发症的低出生体重儿(P0.05)。结论低出生体重儿的肠道菌群和肠道屏障功能都与正常新生儿存在差异,母乳喂养有助于肠道有益菌的定植和肠道屏障功能的恢复。     

两种饲料对巴马香猪肠道菌群多样性的影响

目的研究正常混合饲料和玉米面对巴马香猪肠道菌群多样性的影响。方法使用PCR-DGGE技术研究其肠道菌群的多样性,16SDNA测序技术研究其差异性。结果食用同种饲料的巴马香猪DGGE谱带相似性较高,同时存在个体差异;2种饲料食养的巴马香猪肠道菌群丰富度和多样性指数差异无显著性,而均匀度差异有极显著性;16SDNA测序显示,混合饲料组和玉米面组的特异性菌种分别为 Coprococcus eutactus.Clostridium bartlettii 和 B ifidobacterium animalis subsp.Streptococcus infantarius subsp 。结论不同饲料可导致巴马香猪肠道菌群产生差异。     

两种乳酸菌胞外多糖对人体粪便菌群的影响

目的 在体外利用7名志愿者的新鲜粪便作为来源,选择菊粉作为对照,研究干酪乳杆菌LC2W与鼠李糖乳杆菌Y37胞外多糖对人体肠道菌群的影响.方法 利用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)方法分析样品中菌群组成,高效液相色谱分析培养前后胞外多糖组分变化.结果 与菊粉相比,粪便菌群在添加乳杆菌胞外多糖培养后,Parabacteroides类群细菌明显增加,4名志愿者粪便样品中出现明显的双歧杆菌条带,两种乳杆菌胞外多糖对粪便菌群的影响差异无统计学意义;而添加菊粉培养后,Bacteroides类群细菌的条带明显增加.两种乳杆菌胞外多糖中主要是大分子量的部分被利用.结论 干酪乳杆菌LC2W与鼠李糖乳杆菌Y37的胞外多糖在体外有调节粪便菌群的作用.     

抗生素和高脂饮食对大鼠肠道乳杆菌多样性的影响

【目的】对正常、高脂、抗生素处理大鼠肠道内乳杆菌进行定性和定量分析,比较不同处理组大鼠肠道乳杆菌的多样性。【方法】应用纯培养和非培养技术(16S r RNA基因序列分析、变性梯度凝胶电泳、实时荧光定量PCR)对大鼠肠道乳杆菌进行分离鉴定和多样性分析。【结果】16S r RNA基因序列同源性分析结果显示,正常组大鼠肠道内分离出的乳杆菌包括约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)、鼠乳杆菌(Lactobacillus murinus)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、肠道乳杆菌(Lactobacillus intestinals)、动物乳杆菌(Lactobacillus animalis)和阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis);但L.animalis在高脂处理组大鼠肠道内未分离到,L.intestinals和L.vaginalis在抗生素处理组大鼠中未分离到。DGGE结果显示3个组别大鼠肠道中乳杆菌构成差异明显,同一组内样品间相似性较高;相较于正常组和高脂组,抗生素组的丰度较差;且正常组大鼠肠道内乳杆菌的多样性高于高脂组和抗生素组。q-PCR结果显示正常组大鼠肠道乳杆菌的数量明显高于高脂组和抗生素组,高脂组的数量也明显高于抗生素组,且3个组别之间存在显著差异(P0.01)。【结论】高脂饮食及抗生素的使用会减少肠道内乳杆菌多样性。     

四氯化碳一过性处理对巴马香猪肠道菌群的影响

目的探讨四氯化碳（CCl4）一过性处理对巴马香猪肠道菌群的影响,评估CCl4诱导处理的肝损伤动物模型能否用于肠道微生态研究。方法选取3头雄性巴马香猪,一次性按每千克体重腹腔注射0.25 ml[0.25ml/（kg·bw）]40%CCl4橄榄油溶液。于注射12 h之后的第1、2、3、4、7和10天连续采集粪便,以注射CCl4溶液之前所采集粪便样作对照。分别提取粪样总DNA,采用变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）对CCl4一过性处理后巴马香猪肠道菌群的多样性变化进行动态监测。结果PCR-DGGE法分析表明,巴马香猪肠道菌群组成在注射CCl4前后差异无显著性（P〉0.05）。相似性聚类分析结果表明,菌群组成在注射CCl4前后相似度在65%以上。结论CCl4一过性处理后巴马香猪肠道菌群组成未发生显著变化。表明CCl4处理诱导的肝损伤动物模型可以用来研究相关疾病与肠道菌群之间的关系。     

痛泻要方对肝气乘脾泄泻小鼠肠道微生物的影响

目的探讨痛泻要方对肝气乘脾泄泻小鼠肠道微生物的影响,为肝气乘脾泄泻及中医经典药方治疗泄泻的机制提供实验依据。方法SPF级昆明小鼠随机分为正常组10只和模型组15只,造模成功后,取正常组和模型组各5只,将剩余模型组小鼠随机分为自然恢复组和痛泻要方干预组各5只,痛泻要方干预组灌胃痛泻要方治疗3 d,分别在造模成功和治疗后取肠道内容物进行微生物培养,然后记录内容物中各种菌的数量。结果造模后,模型组小鼠细菌总数、大肠埃希菌、双歧杆菌、乳杆菌的数量均有上升趋势,与正常组相比只有细菌总数[(23.9±3.51)vs(1.35±0.30),10⁸ CFU/g]差异有统计学意义(t=-11.061,P=0.008)。治疗后,痛泻要方干预组小鼠恢复了肝气乘脾泄泻引起的肠道微生物失衡,其中与自然恢复组相比痛泻要方治疗对大肠埃希菌的影响最明显[(1.63±1.19)vs(8.47±0.84),10⁶ CFU/g;t=8.124,P=0.001],细菌总数、双歧杆菌、乳杆菌数量均受影响,但差异无统计学意义(P>0.05)。肝气乘脾造模组小鼠的肠道微生物定植抗力(B/E值)降低,而痛泻要方干预组的趋近于正常组。结论肝气乘脾泄泻小鼠肠道细菌总数、大肠埃希菌、双歧杆菌、乳杆菌等的数量增加,B/E值降低,痛泻要方干预能够恢复肝气乘脾泄泻引起的肠道微生物失衡,并通过调节肠道微生物以提高B/E值来治疗泄泻。     

感染性心内膜炎与肠道菌群的相关性研究

目的探讨感染性心内膜炎与肠道乳杆菌、双歧杆菌和大肠埃希菌的临床相关性。方法选择2008年4月至2016年4月湖州市第一人民医院心内科病房收治的单纯感染性心内膜炎患者67例为观察组,选择同期来院体检结果正常者65例为对照组。分别收集观察组患者治疗前1天、治疗第3天和治疗1周后3个不同时间节点的粪便标本,同时收集对照组的粪便标本,通过FISH实验检测粪便中双歧杆菌和乳杆菌的含量差异,同时通过16SrRNA/DNA荧光定量PCR技术进一步明确观察组患者3个时期肠道双歧杆菌、大肠埃希菌和乳杆菌与对照组的数量差异。结果观察组患者治疗前1天双歧杆菌值为6.2%±0.56%,治疗第3天为4.3%±0.34%,治疗1周后为8.7%±0.56%,对照组双歧杆菌值为9.4%±0.98%。观察组患者治疗前1天乳杆菌值为5.4%±0.86%,治疗第3天为4.9%±0.24%,治疗1周后为6.1%±0.72%,对照组乳杆菌值为8.3%±0.51%。治疗前1天与治疗1周后,观察组患者双歧杆菌和乳杆菌值与对照组相比,差异均有统计学意义(P0.05)。16SrRNA/DNA荧光定量PCR检测表明,观察组患者在3个治疗时期中肠道乳杆菌、双歧杆菌和大肠埃希菌数量的对数值与对照组比较差异均有统计学意义(P0.05)。其中观察组患者双歧杆菌和乳杆菌数量在治疗第3天较低,1周后有所回升;大肠埃希菌数量在治疗第3天亦较低,但1周后没有明显回升。结论感染性心内膜炎患者肠道菌群数量与健康人相比有所下降,肠道乳杆菌、大肠埃希菌和双歧杆菌失调可能影响其发病和转归。     

茶多酚对ApoE~(-/-)小鼠肠道菌群多样性的影响

目的以高脂饲料饲养的SPF级C57 BL/6 ApoE-/-小鼠作为动物模型,研究茶多酚采食对其肠道菌群多样性的影响。方法通过随机饮水的方式给予ApoE-/-小鼠0.4、0.8和1.6 g/L的茶多酚,处理14 d时用PCR-DGGE分析对照组(CK)和茶多酚组小鼠新鲜粪便中肠道菌群的相似性和多样性。结果 UPGMA聚类分析表明,低剂量茶多酚组(LTP)、中剂量茶多酚组(MTP)这两组与对照组(CK)、高剂量茶多酚组(HTP)聚为两大簇。PCA分析显示,LTP组与CK组、MTP组、HTP组分别聚集在不同位置,有明显界限;多样性数据分析显示:CK组DGGE图谱的丰富度和Shannon-Wiener指数(H')与茶多酚组差异无统计学意义(P0.05);CK组与MTP组的均匀度(E)差异存在统计学意义(P0.05,P=0.015),说明中剂量茶多酚作用14 d后与对照组肠道菌群的菌群分配相比均一性显著下降。结论连续处理14 d时CK组与LTP组、MTP组小鼠肠道菌群差异有统计学意义,即茶多酚对ApoE-/-小鼠肠道菌群多样性有显著影响。     

SPF级KM小鼠与BALB/c小鼠肠道总菌多样性的比较

目的分析SPF级封闭群KM小鼠及近交系BALB/c小鼠的肠道菌群总菌多样性,比较两个不同遗传背景肠道总菌的丰富度、Shannon-Wiener指数和均匀度。方法收集SPF级KM小鼠和BALB/c小鼠新鲜粪便,提取粪便总菌DNA,用基于细菌16S rDNA序列的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析粪便总菌多样性。结果 SPF级KM小鼠及BALB/c小鼠粪便总菌多样性差异无统计学意义(P0.05),品系内不同性别之间粪便总菌多样性差异亦无统计学意义(P0.05)。结论选择SPF级小鼠进行微生态学相关研究时,封闭群KM小鼠及近交系BALB/c小鼠均可作为选择对象,同时可忽略菌群的性别差异。     

Analysis of Fecal Lactobacillus Community Structure in Patients with Early Rheumatoid Arthritis

The objective of this study was to analyze human fecal Lactobacillus community and its relationship with rheumatoid arthritis. Samples taken from rheumatoid arthritis (RA) patients and healthy individuals were analyzed by quantitative real-time PCR. Bacterial DNA was extracted from feces, and amplicons of the Lactobacillus-specific regions of 16S rRNA were analyzed by denaturing gradient gel electrophoresis. The richness, Shannon-Wiener index, and evenness of gut microbiota of both groups were analyzed to compare fecal Lactobacillus community structures. Results of this study demonstrated that fecal microbiota of RA patients contained significantly more Lactobacillus (10.62 ± 1.72 copies/g) than the control group (8.93 ± 1.60 copies/g). Significant increases were observed in RA patients in terms of the richness, Shannon-Wiener, and evenness measures, indicating more bacterial species, and increased bacterial diversity and abundance. These results suggest a potential relationship between Lactobacillus communities and the development and progression of rheumatoid arthritis.     

水溶性壳聚糖对小鼠肠道菌群的影响

目的应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术研究水溶性壳聚糖对正常小鼠肠道菌群的影响。方法使用SPF级昆明小鼠18只,随机分为3组,每组6只,依次为正常对照组(NC)、水溶性壳聚糖高(WSC-H)和低浓度组(WSC-L),灌服对应药物30d后收取鼠便,细菌基因组DNA提取,PCR-DGGE电泳得到肠道菌群图谱,计算菌群结构多样性指数,聚类分析相似性并鉴定优势条带序列。结果水溶性壳聚糖处理后小鼠肠道菌群结构发生改变,多样性指数、丰富度和均匀度较低,乳杆菌成为肠道中的优势菌型。结论水溶性壳聚糖能够增加肠道中乳杆菌的种类和数量,起到益生元的作用来调节肠道微生态平衡。     

Bacterial population in traditional sourdough evaluated by molecular methods

AIMS: To study the microbial communities in artisanal sourdoughs, manufactured by traditional procedure in different areas of Sicily, and to evaluate the lactic acid bacteria (LAB) population by classical and culture-independent approaches. METHODS AND RESULTS: Forty-five LAB isolates were identified both by phenotypic and molecular methods. The restriction fragment length polymorphism and 16S ribosomal DNA gene sequencing gave evidence of a variety of species with the dominance of Lactobacillus sanfranciscensis and Lactobacillus pentosus, in all sourdoughs tested. Culture-independent method, such as denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of the V6-V8 regions of the 16S rDNA, was applied for microbial community fingerprint. The DGGE profiles revealed the dominance of L. sanfranciscensis species. In addition, Lactobacillus-specific primers were used to amplify the V1-V3 regions of the 16S rDNA. DGGE profiles flourished the dominance of L. sanfranciscensis and Lactobacillus fermentum in the traditional sourdoughs, and revealed that the closely related species Lactobacillus kimchii and Lactobacillus alimentarius were not discriminated. CONCLUSIONS: Lactobacillus-specific PCR-DGGE analysis is a rapid tool for rapid detection of Lactobacillus species in artisanal sourdough. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This study reports a characterization of Lactobacillus isolates from artisanal sourdoughs and highlights the value of DGGE approach to detect uncultivable Lactobacillus species.     

利用PCR-DGGE未培养技术对中国白酒高温和中温大曲细菌群落结构的分析

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究了5种高温和中温白酒大曲细菌群落结构,通过优势条带切胶鉴定确定了大曲中优势细菌种属信息。结果表明,Weissella cibaria、Lactobacillus helveticus、L.fermentum、L.panis等乳酸菌普遍存在于5种大曲中,Ther-moactinomyces sanguinis仅存在于高温曲酱曲中,同时DGGE检测到了传统方法未能分离鉴定的Staphylococcus xylosus、Klebsiella oxytoca。不同工艺大曲细菌群落结构存在明显差异,随着制曲温度的升高,大曲细菌多样性指数有下降趋势。PCR-DGGE技术是一种能够快速有效地研究白酒大曲细菌群落结构的技术。     

Comparative composition of bacteria in the human intestinal microflora during remission and active ulcerative colitis

Ulcerative colitis is a severe, relapsing and remitting disease of the human large intestine characterised by inflammation of the mucosa and submucosa. The main site of disease is the sigmoid/rectal region of the large bowel but the aetiology remains unknown. There is considerable evidence to indicate that the components of the resident colonic microflora can play an important role in initiation of the disease. The present study was aimed at characterising the faecal microflora of ulcerative colitis patients in remission and active phases to determine profile differences. Faecal samples were obtained from 12 patients, 6 with active colitis and 6 in remission. The samples were analysed for populations of lactobacilli, bifidobacteria, clostridia, bacteroides, sulphate-reducing bacteria (SRB) and total bacteria using culture independent fluorescence in situ hybridisation (FISH). Lactobacillus-specific denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) was then performed to compare the species present. Numbers of lactobacilli were significantly lower (p<0.05) during the active phase of the disease but the other populations tested did not differ. DGGE analysis revealed that Lactobacillus salivarus, Lactobacillus manihotivorans and Pediococcus acidilactici were present in remission, but not during active inflammation. These results imply that a reduction in intestinal Lactobacillus species may be important in the initiation of ulcerative colitis.     

基于PCR DGGE的小鼠肠道菌群基因组提取方法的建立

通过比较4种小鼠粪便细菌总DNA提取方法对基于PCR-DGGE检测的肠道菌群多样性分析的影响,旨在建立适于PCR—DGGE的小鼠肠道微生物宏基因组提取的稳定、经济、快捷的方法。采用SDS裂解法、某国产市售粪便DNA提取试剂盒、改进的化学裂解法、改进的溶菌酶法4种方法提取小鼠粪便细菌总DNA,通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法、细菌16S rRNAV3区PCR扩增结合DGGE对提取结果进行比较分析。SDS裂解法和国产市售试剂盒2种方法提取粪便细菌总DNA均未得到理想结果,另2种方法均能够检测到粪便中20种左右的细菌。改进的化学裂解法和改进的溶菌酶提取法的建立为基于PCR—DGGE进行肠道菌群结构的定量及定性分析提供了可靠的前提基础和实验保障。     

两个国内小型猪品种GH基因部分序列的多态性分析

目的对西藏小型猪和广西巴马小型猪生长激素基因（GH基因）部分序列的多态性进行分析。方法采用内切酶ApaI和Hin6I对西藏小型猪（108头）和广西巴马小型猪（132头）GH基因-119 bp～＋486 bp之间的区域进行PCR-RFLPs分析。结果 （1）从ApaI酶切产生的结果来看,ApaI酶切产生A（449 bp＋101 bp＋55bp）,B（316 bp＋133 bp＋101 bp＋55 bp）两种等位基因。等位基因A的频率高于等位基因B,等位基因A为优势基因。AA基因型频率高于AB和BB基因型频率;（2）从Hin6I酶切产生的结果来看,Hin6I酶切产生G1（605bp）、G2（498 bp＋107 bp）、G3（449 bp＋156 bp）、G4（449 bp＋107 bp＋49 bp）四种等位基因。等位基因G4的频率高于等位基因G1、G2、G3。等位基因G1频率很低。基因型G2G3、G2G4、G3G4、G4G4的频率较高。（3）由酶切产生的基因和基因型多态性,发现西藏小型猪与广西巴马小型猪在该基因部分序列差异不显著（P〉0.05）。结论国内的优质实验用小型猪,如西藏小型猪和广西巴马小型猪等位基因A频率均较高。