基于Bioperl实现远程自动获取抗逆基因序列

BioPerl对于现今大量的生物数据来说,具有很好的获取和处理能力,并且NCBI提供了可以直接访问它下属的Entrez数据库（包括PubMed）的编程接口,即E-Utilities。为了从NCBI中自动获取大量抗逆基因序列,使得生物抗逆基因二次数据库得以搭建,该文基于BioPerl设计了远程自动获取大量抗逆基因序列的程序。此程序灵巧、精悍,Perl语言强大的文本处理功能使程序能实现不同类型基因序列的远程获取。     

广义与狭义植物内生生物的定义及其研究进展

本文从比较植物内生生物的概念入手,提出了广义与狭义两种植物内生生物的定义;归纳了植物内生生物的物种多样性、分布、及其代谢特点;分析了植物内生生物与寄主植物的关系;探讨了部分植物内生生物潜在的价值和应用前景。     

两种不同品系小鼠的人源菌群模型的建立与肠道菌群的比较

目的 比较KM(封闭群)和C57 BL/6J(近交系)两种小鼠人源菌群(Human flora-associated,HFA)模型的构建过程中小鼠肠道菌群的动态变化以及定植效果.方法 通过向无菌KM和C57BL/6J小鼠体内同时灌喂同一健康人的新鲜粪便,于灌喂后1、2和4周分别收集小鼠新鲜粪便.采用变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术评价人肠道菌群在两种无菌小鼠体内的定植规律和定植效果.结果 两种小鼠的菌群条带数随时间的推移而明显增加,到第4周,两种品系的小鼠的菌群的一致性均略有增高,趋于稳定.UPGMA聚类分析显示,两种小鼠分别聚在了不同的聚类枝上;并且二者在Shannon-Wiener指数上差异有统计学意义(P＜0.05),在条带数S和与供体人的相似性差异有统计学意义(P＜0.01),且C57BL/6J HFA小鼠模型更接近人.结论 不同遗传背景的小鼠对肠道菌群具有选择性的定植效果,在多样性和与供体菌群的相似性方面,C57BL/6J HFA小鼠模型要优于KM HFA小鼠模型.