水稻矮缩病毒基因组第八号片段的cDNA克隆序列分析及在大肠杆菌中的表达

从水稻矮缩病毒（ＲＤＶ）中国福建分离物中分离出基因组第八号片段ｄｓＲＮＡ,经逆转录合成ｃＤＮＡ,应用聚合酶链式反应技术扩增了编码区ｃＤＮＡ,并克隆在ｐＧＥＭ３Ｚｆ（一）载体上。该片段编码病毒外层外壳蛋白。对重组子进行限制性内切酶分析,亚克隆及全序列测定,结果表明,克隆片段全长１３５６ｂｐ,含有一个１２６６ｂｐ的阅读框架,编码一个含４２１个氨基酸的多肽。与日本流行株相应片段比较,有核苷酸和氨基酸水平     

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析。结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%。RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定。利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp prote-ase proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性。     

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析.结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%.RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定.利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp protease proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性.     

水稻矮缩病毒最外层外壳蛋白基因（S2）cDNA克隆,序列分析及其在大？…

从水稻矮缩病毒（Ｒｉｃｅｄｗａｒｆｖｉｒｕｓ,ＲＤＶ）中国福建分离物中克隆分离了最外层外壳蛋白基因（Ｓ２）全长ｃＤＮＡ并对其进行序列分析,结果表明ＲＤＶＳ２ｃＤＮＡ全长３５１２ｂｐ,仅含一个３３４８ｂｐ的阅读框架,编码一人含有１１１６个氨基酸的蛋白（Ｐ２）。与基因库中已知基因序列比较,发现它与日本ＲＤＶＨ株系相应片段的核苷酸和氨基酸同源率分别为９４．６％和９５．４％与轮状病毒ＶＰ２氨基酸序列有一定     

甜菜坏死黄脉病毒RNA4 cDNA克隆、序列分析及其编码蛋白基因在大肠杆菌中的表达

以甜菜坏死黄脉病毒(Beet Necrotic Yellow Vein Virus,简称BNYVV)内蒙分离物(NM)RNA为模板,通过反转录和PCR扩增得到了BNYVV RNA4基因组的cDNA克隆pGBF6。序列分析结果表明,pGBF6含有全长RNA4 cDNA插入片段,大小为1465个核苷酸,含有一个849个核苷酸的开放阅读框架,编码产生由282个氨基酸组成的分子量为31kDa的蛋白。与法国F2分离物RNA4相比,其核苷酸序列和由此推导的氨基酸序列同源性分别为97.1％和96.4％,并在5'端非编码区比F2分离物缺失了3个核苷酸。将RNA4编码区cDNA克隆到原核表达载体pFLAG·MAC上,获得融合蛋白表达质粒pFMBF87。所构建的融合蛋白由载体序列编码的14个氨基酸和31kDa蛋白C端的233个氨基酸组成。经IPTG诱导,Westem blotting分析表明,该融合蛋白在大肠杆菌中得到高效表达。本文还对内蒙分离物的株系划分进行了讨论。     

水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析

运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒(southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV)湖南鼎城株系的基因组S10片段(SRBSDV-HuNDCS10),并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp(登录号:JQ337964),含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5’URT与3’URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属(Fijiviruses)氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。     

利用转hpRNA基因水稻抗水稻矮缩病毒

具有发夹结构的双链RNA(hairpin RNA,hpRNA)能高效诱导转录后基因沉默的发生.以水稻(Oryza sativaL.)矮缩病毒(RDV)基因组中第八片段编码区128～754 bp的序列为臂构建hpRNA,并克隆到植物表达载体pROK-2上.通过农杆菌介导的方法转化水稻"中花11".Southern blot分析表明,共获得12株阳性转化体.用带有RDV的叶蝉(Nephotettix cincticeps)接种Tl代转hpRNA水稻,结果表明转基因水稻对RDV具有高抗性或表现为症状延迟.而相同序列的有义链的转基因水稻和空载体的转基因水稻表现为典型的RDV侵染症状.HpRNA在转基因水稻中对RDV高抗性发挥重要作用.     

蚕豆萎蔫病毒2号山西分离株的全基因组序列测定与分析

本试验在生物学接种的基础上,利用非序列依赖性PCR扩增（sequence-independent amplification,SIA）对感病青椒（Capsicum annuum）进行了分子鉴定. 序列测定及分析发现,侵染青椒的病毒为蚕豆萎蔫病毒2号（Broad bean wilt virus 2, BBWV2）. 为明确BBWV2青椒分离物（BBWV2 Ca）的分类地位,对BBWV2 Ca的全基因组序列进行了分段克隆、序列测定和分析. BBWV2-Ca RNA1全长5 929 bp,含有1个ORF. BBWV2 Ca RNA2全长3 559 bp,含有1个ORF,编码3种蛋白：VP53/VP37、外壳蛋白大亚基（large coat protein, LCP）和外壳蛋白小亚基(small coat protein, SCP). 全序列核苷酸同源性分析显示,BBWV2-Ca RNA1与BBWV2其它分离物核苷酸同源性在77.9%～93.7%之间|RNA2与BBWV2其它分离物核苷酸同源性在80.2%～93.8%之间. 全序列系统进化分析显示,BBWV2-Ca RNA1与BBWV2-XJ14-3以及BBWV2-RP3株系聚为一簇,亲缘关系最近|RNA2与BBWV2-Am形成一个独立分支,亲缘关系最近.     

水稻矮缩病毒第11号组分基因序列和编码蛋白的功能分析

水稻矮缩病毒(Rice Dwarf Virus-RDV)广泛分布于中国、日本及东南亚地区,侵染水稻和禾本科其它一些作物,是造成水稻减产的主要原因之一,对农作物危害极大。RDV属于呼肠孤病毒科(Re-oviridae)中的植物呼肠孤病毒属(Phytoreovirus)成员,其病毒粒子直径70nm,为20面体,有双层     

三浅裂野牵牛NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析

NBS类植物抗病基因保守结构域的克隆为利用简并引物扩增抗病基因同源序列提供了可能.根据抗病基因Gro1-4、Gpa2、N等的P-loop和GLPL保守结构域设计简并引物,分离甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛NBS类型抗病基因同源序列,共获得6条相关序列,核苷酸序列的相似性为48%~97%,推测氨基酸序列的相似性在25.2%~95.1%之间.系统进化分析表明,6条三浅裂野牵牛RGA序列可分为2个不同的类群:TIR-NBS和non-TIR-NBS.三浅裂野牵牛RGA序列与源自甘薯的RGA序列有很高的相似性,这在一定程度上反映了三浅裂野牵牛与甘薯之间的亲缘关系.分离的6条RGA序列分别命名为ItRGA1~ItRGA6,GenBank登录号分别为DQ849027~DQ849032.     

Isolation and complete nucleotide sequence of the measles virus IMB-1 strain in China

The complete nucleotide sequence of the measles virus strain IMB-1, which was isolated in China, was determined. As in other measles viruses, its genome is 15,894 nucleotides in length and encodes six proteins. The full-length nucleotide sequence of the IMB-1 isolate differed from vaccine strains (including wild-type Edmonston strain) by 4%–5% at the nucleotide sequence level. This isolate has amino acid variations over the full genome, including in the hemagglutinin and fusion genes. This report is the first to describe the full-length genome of a genotype H1 strain and provide an overview of the diversity of genetic characteristics of a circulating measles virus.     

RNA-binding domain of the key structural protein P7 for the Rice dwarf virus particle assembly

The Rice dwarf virus (RDV) P7 structural protein is the key protein in the RDV particle assembly. The P7 protein was digested partially or completely by Staphylococcus aureus V8 protease and/or Pseudomonasfragi Asp-N protease. The molecular mass and the N-terminal amino acid sequence of the polypeptide fragments of the P7 protein were determined by SDS-PAGE and the Edman degradation method, respectively. Then the polypeptides were located in the deduced amino acid sequence of the RDV P7 protein based on the nucleotide sequence information, with the knowledge of the specific cleavage sites of the Staphylococcus aureus V8 and Pseudomonasfragi Asp-N protease, and the two RNA-binding domains in the P7 protein were identified. Domain 1 was located in the residue 128-249 containing 122 amino acids and domain 2 was located in the residue 325-355 containing 31 amino acids. Thus, these two domains may play an important role in the virus particle assembly by contributing to the packaging of viral dsRNAs inside the particles. The two domains may be novel RNA-binding domains, because no amino acid sequences highly similar to the conservative sequences of known dsRNA-binding domains reported so far. The similarity between the motif of domain 1 and the motif of the DNA-binding protein suggests that the DNA-binding activity of the RDV P7 protein may be due to this sequence. The similarity between the motif of domain 1 and the motif of the RNA polymerase domain suggests that the P7 protein may also play a role in RNA synthesis, besides its function in the assembly and subsequent packaging of viral dsRNA into core particles.