低拷贝病毒RNA捕获及多重实时荧光定量PCR检测

摘要 目的：为提高COVID-19检测灵敏度,减少新冠患者临床假阴性检测结果,本研究建立了一种SARS-CoV-2低拷贝假病毒RNA捕获方法。方法：利用链霉亲和素磁珠,设计并合成生物素探针捕获SARS-CoV-2假病毒RNA;对磁珠用量、生物素探针浓度和洗脱次数等捕获条件进行了优化;参考WHO发布的序列,针对SARS-CoV-2病毒基因组的ORF1ab 基因和 N 基因序列合成引物和TaqMan探针,对捕获的SARS-CoV-2假病毒RNA进行反转录实时荧光定量PCR检测。采用一步法和分步法检测、单重和多重实时荧光定量PCR检测,并分别比较检测结果。结果：本研究设计的生物素探针能富集到距离探针结合位点至少1.8 K处的序列,在生物素探针浓度12.5 μM,磁珠的工作浓度333.33 μg/mL时,合并RNA的两次洗脱液,对低拷贝病毒RNA的捕获效率最高。研究得到对低拷贝病毒RNA分步法比一步法、多重比单重实时荧光定量PCR检测更灵敏,进行分步法、多重实时荧光定量PCR检测限低于10 copies/μL,组间和重复实验组之间CT值变异系数均小于1%。所有阴性对照样品在检测中均为阴性。结论：本研究优化的链霉亲和素磁珠-生物素探针捕获法是富集SARS-CoV-2低拷贝假病毒RNA的有效方法,其抽提RNA病毒的结果优于一些商业化试剂盒,分步法、多重实时荧光定量PCR对SARS-CoV-2低拷贝假病毒RNA实现了高效检测,这为临床检测低拷贝RNA病毒提供了一种参考方案。     

基于生活污水监测的诺如病毒分子流行病学研究

为了解生活污水中诺如病毒(Norovirus,NoV)检出情况、基因型分布和分子流行病学特征,进一步探索环境监测技术用于研究病毒性胃肠炎病原区域性流行的必要性,本研究于2016年1～12月在山东省济南和临沂两地采集生活污水,通过阴离子膜吸附洗脱法对收集到的24份污水样品进行浓缩后,提取核酸,经过逆转录-聚合酶链反应扩增NoV VP1基因片段,经TA克隆后测序,进行分型和系统进化树分析。结果显示,监测地区生活污水标本中GⅠ的检出率为100%,GⅡ为95.8%。共获得412条NoV序列,分别属于6个GⅠ基因型和8个GⅡ基因型,其中GⅠ.6(32.3%,133/412)、GⅡ.3(14.1%,58/412)和GⅡ.17(25.7%,106/412)检出数量最多。GⅡ.17检出序列均属于Kawasaki 308变异株,而前些年大流行的GⅡ.4的检出序列占比仅1.0%,属于Sydney 2012变异株。本研究描述了2016年山东省本地流行的诺如病毒基因型分布和序列特征,证明了可以通过对城市污水进行监测来探索人群中循环的诺如病毒的遗传多样性。     

水体中病毒浓缩方法及其条件优化

本研究探讨了在自来水和污水两种不同的水体环境中, 三氯化铝沉淀法和正电荷滤膜法浓缩回收病毒的效率, 并比较应用不同的浓缩条件、洗脱物质时的病毒回收率, 从而建立有效的环境样本中病毒的浓缩方法。结果表明, 三氯化铝沉淀法在两种水体中的回收率均较高, 最高回收率分别达到96.0%和92.0%, 但正电荷滤膜法在两种水体中的回收率差别较大。在自来水中, 正电荷滤膜法的最高回收率为93.9%, 在污水中的最高回收率仅为69.9%, 这说明正电荷滤膜法适用于病毒含量较高且悬浮物等杂质较少的样本。在应用于自来水样时, 两种方法均可起到有效的病毒浓缩作用, 但在悬浮物等杂质较多的污水中, 三氯化铝法具有较好的回收效率。     

应用ELISA和ELFA定量检测牛奶中葡萄球菌肠毒素A方法的建立

探讨了Tecra SEs SET(ELISA法)和Vidas SET2(ELFA法)两种葡萄球菌肠毒素定性检测试剂盒用于定量检测牛奶中葡萄球菌肠毒素A(SEA)的可行性。根据GB/T27404-2008《实验室质量控制规范食品理化检测》的要求,对两种方法应用于定量检测时的检出限、校正曲线范围、相关系数和加标回收率指标进行了分析比较。实验结果显示,Tecra SEs SET对牛奶中SEA的检出限为0.79 ng/mL,校正曲线范围为0.79~10 ng/mL,相关系数r=0.997,SEA加标浓度为0.80、2.5和10 ng/mL时的回收率分别为110%、81%和100%。Vidas SET2的检出限为0.09 ng/mL,校正曲线范围为0.09~1.0 ng/mL,相关系数r=0.998,SEA加标浓度为0.1、0.25和1.0 ng/mL时的回收率分别为90%、95%和104%。上述结果结合对阳性样品的检测表明:这两种定性检测试剂盒能满足牛奶中SEA定量检测的要求。     

超高效液相色谱-串联质谱法测定血浆中烷基间苯二酚

目的：建立超高效液相色谱-串联质谱法测定血浆中2种全麦食品生物标志物烷基间苯二酚（ARs）的方法。方法：血浆加入内标，经丙酮提取，离心取上清液过滤，滤液吹干异丙醇定容，使用实心核色谱柱（2.1mm×100mm，1.6μm）为分离柱，以异丙醇∶乙腈=30∶70为流动相，等度洗脱，质谱采用电喷雾负离子模式，多反应监测模式进行检测，用内标法定量。结果：2种ARs在2~200ng/mL浓度范围内线性良好，r2>0.998 0。方法检出限为0.1ng/mL，定量限为0.3ng/mL，加标回收率为88.2%~110%，相对标准偏差为2.48%~13.2%（n=6）。结论：该方法快速准确、灵敏度高、前处理简单，能够有效测定血浆中2种ARs的含量。     

七重呼吸道病毒液相芯片核酸检测技术的初步建立

由呼吸道病毒引起的疾病严重威胁着人类的生命健康，为了建立一种快速高通量的呼吸道病毒核酸检测方法，本研究将多重PCR技术同液相芯片技术结合起来，针对呼吸道合胞病毒A型和B型、乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系、甲型流感病毒H1型和H3型以及新冠病毒等常见的七种呼吸道病毒，初步建立了七重呼吸道病毒液相芯片核酸检测技术，评价了方法的特异性、敏感性和重复性，并使用来自安徽省疾控的25份临床急性期样本核酸对方法进行验证。结果显示，建立起的基于液相芯片多重核酸检测方法可特异性识别七种目标呼吸道病毒的靶基因序列，与包括副流感病毒在内的9种非目标呼吸道病毒无交叉反应。对七种病毒核酸进行十倍稀释液相检测，其中H3、BV、RSVB可以检出10²拷贝/μL,BY、RSVA和SARS-CoV-2可以检出10³拷贝/μL，对H1的检测限为10⁴拷贝/μL。25份样本核酸检测结果与实际相符。结果表明，本研究建立的七重呼吸道病毒液相芯片核酸检测技术具有特异性强、敏感性高、稳定性好等特点，可用于临床样本的快速检测，为呼吸道类传染病的液相...     

基于裸磁珠体系检测血清淀粉样蛋白A浓度方法的建立与效果评估

传统链霉亲和素磁珠体系及酶促发光体系中通常存在生物素干扰强、发光率低、特异性差的缺陷。基于此，以裸磁珠为载体偶联血清淀粉样蛋白A（serum amyloid A, SAA）抗体，以吖啶酯作为发光标记物，依据双抗夹心原理，建立了一种快速测定SAA的方法，并对该方法的检测性能（包括：空白限、检测限、线性范围、精密度验证、干扰试验、HOOK效应、方法学比较等）进行了评估。结果表明，SAA抗体与裸磁珠成功偶联；该方法空白限为0.6 mg·mL^-1，检出限为1.0 mg·mL^-1；线性范围为1~100 mg·mL^-1 （R²＞0.990）；在精密度方面，以CV表示的重复性、室内精密度均<10%；血红蛋白、胆红素、甘油三酯对临床样本的干扰检测结果相对偏差均<10%。Bland-Altman偏倚分析表明，该方法检测值与西门子试剂的测量值差异基本在95％CI的一致性界限内波动，回归分析结果显示有较好的相关性（R²=0.987）。上述结果表明，研究所建立的裸磁珠-吖啶酯发光检测体系性能参数可满足临床检测要求，适用于血清中SAA的快速检测。     

Folin-Ciocalteu比色法测定桦褐孔菌多酚的条件优化

以没食子酸为标准品,通过正交试验和单因素实验研究了Folin-Ciocalteu 比色法测定桦褐孔菌中多酚含量的适宜条件。结果表明,优化后的显色条件为Folin-Ciocalteu试剂用量0.3mL、10% Na2CO3溶液0.6mL,25℃时避光反应30min,于750nm处测定其吸光值。多酚质量浓度在0.0032－0.0256mg/mL范围内与吸光值有良好的线性关系。根据拟合的线性回归方程对桦褐孔菌多酚进行定量测定,野生桦褐孔菌和人工培养桦褐孔菌中多酚含量最高分别为（72.05±0.08）mg/g、（52.76±0.06）mg/g（n=6）。不同加标水平的加标回收率测定实验获得的平均回收率为98.95%,RSD为1.27%。该法测定桦褐孔菌多酚具有快速、准确,稳定性强,重现性好,精密度高的特点,可应用于实际样品的测定。     

关于新型冠状病毒动物宿主和动物感染的研究进展

新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2）是一种全新的病毒,是继严重急性呼吸综合征冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（Middle East Respiratory Syndrome Syndrome Coronavirus, MERS-CoV）之后引起人类大范围感染的第三种冠状病毒。目前不少研究提示SARS-CoV-2可能来源于动物,动物在疫情的发生与传播过程中起着重要作用。这篇综述总结了目前关于SARS-CoV-2动物宿主和动物易感性的最新研究进展。现有研究提示,SARS-CoV-2很可能起源于蝙蝠,穿山甲是中间宿主。恒河猴,水貂、白尾鹿,动物园里的老虎、狮子,以及宠物猫、狗等动物可能在暴露后发生SARS-CoV-2感染,此外实验室动物感染实验也证明了一些动物对SARS-CoV-2易感,提示下一步需要加强对动物宿主中的SARS-CoV-2监测,为病毒溯源、变异进化规律与传播机制分析...     

水体病毒浓缩方法的建立和优化研究

采用氯化钙(CaC l2)、聚乙二醇(PEG,pH7.0)、聚乙二醇(PEG,pH11.5)、三氯化铝(A lC l3)沉淀、Am icon Utcra超滤离心装置和硝酸纤维素吸附膜6种浓缩方法,浓缩人工添加于水体的1型脊髓灰质炎疫苗病毒(PV1),并对浓缩实验条件进行选择和优化。结果表明,CaC l2和聚乙二醇(pH7.0)沉淀法适用于浓缩大容量水体中的病毒,而超滤离心管浓缩法适用于小容量水体,这3种浓缩方法的病毒回收率均达到100%。     

基于超高效液相色谱法快速测定短链脂肪酸方法的建立

建立了采用超高效液相色谱法全面快速分析粪便与发酵液中短链脂肪酸的方法。以InertSustain AQ-C18色谱柱对粪便与发酵液中短链脂肪酸进行分离,流速为0.5 mL/min,波长为210 nm,流动相为20 mmol/L NaH_2PO_4(pH 2.2)与乙腈进行梯度洗脱。结果表明:该方法能在10 min内快速分离11种短链脂肪酸,加标培养基中各短链脂肪酸回收率为95.15%～107.01%,精密度为0.58%～7.33%,加标粪便样本中各短链脂肪酸回收率为98.43%～105.14%,精密度为1.13%～5.20%。该方法可用于粪便、发酵液中短链脂肪酸的检测,具有快速、简单及全面等优点。     

新型冠状病毒肺炎的诊断、治疗和预防

新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019，COVID-19）是一种由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）引发的传染病. 此种病毒传染性强，患者感染后会出现严重的急性呼吸道感染症状，部分患者感染后预后极差甚至死亡，其严重地影响到人们的正常生活. 现阶段各个国家正在积极地进行相关研究，并对疫情爆发后所要采取的应对方案进行了深入探讨. 本文围绕SARS-CoV-2的病原学特点、致病机理和检测方法以及COVID-19的治疗和预防等方面进行重点讲述.     

用于饮料中山梨酸钾快速测定的负压液芯波导增强拉曼光谱技术研究

以Teflon AF材质的液芯波导管为核心部件,构建了负压液芯波导增强型拉曼检测系统,可以高效消除液芯光路中液体样品的气泡干扰,有效保障液芯波导长光程的拉曼增强作用。在此基础上,开发了功能饮料中食品添加剂山梨酸钾的现场快速检测方法,最低检出限（LOD）为0.05g/kg,加标回收率在98%~105%之间。同时,为了进一步降低负压液芯波导增强型拉曼检测系统对山梨酸钾的LOD,本研究利用冷冻富集技术对样品进一步浓缩,加入20.5g/kg氯化钠后,经过静态冷冻30min、离心冷冻10min的冷冻富集处理,山梨酸钾的LOD可以达到0.005g/kg,方法的日内和日间稳定性（RSD）在3%~4%之间,实际样品检测的加标回收率在94%~106%之间。     

新型冠状病毒N蛋白单克隆抗体制备及双抗体夹心ELISA抗原检测方法的建立

由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染引起的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）自暴发以来,严重威胁着人类健康。建立一种快速、可靠、易操作的可用于SARS-CoV-2感染早期诊断的检测方法,对于疫情防控至关重要。SARS-CoV-2核衣壳蛋白（Nucleocapsid protein,NP）是抗原检测的理想靶点。为了建立一种可快速对SARS-CoV-2 NP进行定量检测的诊断方法,本研究通过免疫山羊制备羊抗SARS-CoV-2多克隆抗体并作为包被抗体,通过杂交瘤细胞技术制备鼠抗NP单克隆抗体并作为检测抗体,建立了双抗体夹心ELISA抗原检测方法。对反应条件进行优化,并验证其线性范围及检测下限、敏感性、特异性、稳定性及准确度。结果显示,建立的方法检测线性范围为1 000 ng/mL～7.8 ng/mL,R2>0.99,检测下限为3.9 ng/mL;敏感性为96.875%,特异性良好,与Vero细胞、SARSCoV-2刺突蛋白、流感病毒等不发生交叉反应;批内和批间变异系数分别为2.1%～11.7%和4.3%～11.8%;检测样品回收率在94.3%～104.8%之间。结果表明,该方...     

花生中白藜芦醇和白藜芦醇苷的提取及含量测定

建立高效液相色谱紫外法同时测定花生中白藜芦醇和白藜芦醇苷含量的方法。以85%乙醇水溶液为提取剂,采用直接超声提取、高速匀浆提取和固相萃取3种不同提取方法处理花生样品,对提取剂使用量和提取方法进行比较研究,高效液相色谱法进行含量测定。结果表明：当提取剂使用量为40mL时,固相萃取提取法效果最好,白藜芦醇的加标回收率为96.00%~109.55%,相对标准偏差（RSD）为1.64%~2.17%,检出限为0.016mg/kg;白藜芦醇苷的加标回收率为91.82%~104.67%,相对标准偏差（RSD）为1.73%~2.81%,检出限为0.052mg/kg。测定的山东省210个花生样品中白藜芦醇含量为0.17~11.39mg/kg,含量最低的是花育22,最高的是白玉品种;白藜芦醇苷含量为0.22~1.44mg/kg,含量最低的是春甜,最高的是山花9号品种。该方法适合于花生样品中白藜芦醇和白藜芦醇苷含量的测定。     

生物传感器法测定麦芽汁中赖氨酸含量的研究

本研究利用固定化赖氨酸氧化酶和生物传感器,建立了麦芽汁中赖氨酸含量的测定方法。研究了该方法的线性范围、检出限、最适pH值范围、稳定性及专一性。以大生产麦芽汁为样品,与其它检测方法进行了比较。结果表明,生物传感器法测定赖氨酸含量操作简单而准确,加标回收率为97．41％～103．23％,RSD为2．23％;线性范围为2～100 mg/100 mL,检出限为2 mg/100 mL;稳定性及专一性强,不受其他氨基酸的干扰,能够用于氨基酸种类复杂的麦汁赖氨酸的检测。本方法与氨基酸分析仪、DBL、HPLC等方法相比较,测定结果无显著差异（P＞0．05）。     

宁夏地区5株GI型诺如病毒的全基因组序列分析

为分析宁夏地区GI型诺如病毒全基因组序列，了解其基因结构特点及进化特征。对2019-2021年宁夏腹泻患者粪便标本进行GI/GII型诺如病毒初筛，GI型阳性样本扩增其聚合酶（RdRp）-衣壳蛋白（Capsid）区基因，利用BLAST及诺如病毒在线分型网站进行型别鉴定后，选取Ct≤30的样本进行全基因组序列测序，使用MEGA-7、Simplot和BioEdit等软件进行相关分析。本研究共收集腹泻患者粪便标本4 249份，检出GI型诺如病毒阳性样本57份，获得RdRp-Capsid区基因序列11株及全基因组序列5株。11株GI型诺如病毒鉴定后分别属于GI.3[P13]、GI.3[P10]、GI.5[P4]和GI.6[P11]4种型别。5株全基因组株中，SZS21-047和HY21-029在靠近ORF1与ORF2重叠区发生重组，3个GI.3型及1个GI.5型毒株与各型原型株之间在衣壳蛋白P2区存在多处位点变异。宁夏地区GI型NoV型别多样，重组和变异频繁，故应加强本地区诺如病毒监测，为疫情防控提供理论依据。     

PEG／（NH4）2SO4双水相体系在加杨叶总黄酮萃取分离中的应用

目的：寻找加杨叶粗提液中的总黄酮的有效方法。方法：利用双水相体系萃取分离、紫外分光光度法直接测定。结果：萃取分离加杨叶总黄酮的最佳双水相体系是25％PEG400与12％（NH4）2SO4,最佳萃取条件为：pH=9,NaCl的添加量为3％,粗提液3mL,温度25℃。结论：该方法的相对标准偏差（RSD）≤0．28％（n=5）,具有良好的精密度和选择性,为黄酮类化合物萃取分离的一种有效方法。     

甘肃口岸输入性新型冠状病毒全基因组测序和基因特征分析

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）作为一种单链RNA病毒，可引起人类严重的呼吸道综合征。本研究对2020年3月至2021年1月甘肃口岸入境人员中经RT-PCR检测SARS-CoV-2核酸阳性的8份样本进行全基因组测序，并用MEGA11软件以邻接法构建系统发育树，以揭示甘肃口岸输入性SARS-CoV-2基因组特征和遗传进化关系。全基因组测序获得8条长度为29 252bp～29 833bp的SARS-CoV-2基因组序列，基因组覆盖度97.82%～99.77%。与武汉参考株（GISAID号：EPI＿ISL＿402119）相比，共检测到64个错义突变，31个同义突变，3个移码突变和5个非编码等位基因。按照Pangolin分型法，8株输入性毒株属于B.1和B.4谱系。系统发育树分析显示来自伊朗的2例毒株聚集于同一进化支，其他6例毒株分布于不同的进化支中，与目前全球流行的关注变异株和武汉参考株均位于不同进化分支。值得注意的是，一株2020年10月份从俄罗斯输入的B.1.1.523谱系毒株出现时间早于文献报道的2021年3月份，说明该谱系可能在2020年10月或更早就已在俄罗斯流行。