一株抗重金属铜镉细菌的分离、鉴定及其16S rDNA的序列分析

从湖北省大冶市矿区土壤中分离到一株高抗铜和镉的菌株,命名为NTG-01。该菌株可以单抗4.5mmol/L的铜和2mmol/L的镉,因此它是研究抗铜或镉机制的重要菌株。对分离到的NTG-01进行了形态学观察和生理生化鉴定以及16S rDNA序列分析。结果显示菌株NTG-01为细菌,革兰氏染色阴性,短杆状,鞭毛周生,菌体大小约为0.8μm×2.0μm,V-P实验阳性,甲基红实验阴性,利用葡萄糖产酸产气;通过对菌株NTG-01的16S rDNA序列进行测定和同源性比对,发现它与产气肠杆菌的16S rDNA有高达99%的同源性,结合形态和生理生化指标,将其鉴定为产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)。通过测定NTG-01对9种重金属的M IC值,可知它对多种重金属具有普遍较高的抗性。     

一株神经节苷脂内切糖苷酶产生菌的分离、鉴定及系统发育分析

从土壤微生物中筛选得到一株产神经节苷脂内切糖苷酶的菌株YW2112, 该酶能特异性水解神经节苷脂中连接神经酰胺和寡糖链之间的糖苷键,是研究神经节苷脂结构与功能的重要工具酶。对分离菌株YW2112进行了形态、生理生化鉴定及16S rDNA序列分析。菌株YW2112为细菌,革兰氏染色阴性,直杆状, 鞭毛周生,菌体大小为(0.6μm～1μm)×(1μm～3μm),V-P实验阳性,甲基红阴性,利用葡萄糖产酸产气。以16S rDNA同源性为基础构建了包括11株相关种属细菌在内的系统发育树,在系统发育树中,分离菌株YW2112 与Enterobacter cloacae 在同一分支,二者的序列相似性为98.6% ,结合形态和生理生化鉴定,将其鉴定为阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae）。     

克氏原螯虾源致病性豚鼠气单胞菌的分离及其生物学特性

从患病的克氏原螯虾体内分离到一株致病菌L2M-A, 经生理生化鉴定和16S rDNA序列分析, 证实菌株L2M-A为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae) (GenBank登录号: KF446251), 其16S rDNA序列与基因库中气单胞菌属菌株的16S rDNA序列有99%100%的同源性, 而且与豚鼠气单胞菌JXZ-3株(GenBank登录号: JF496552)的亲缘关系最近。此外, 菌株L2M-A在pH59内均能够生长良好, 最适生长温度为30℃, 最适生长转速为200 r/min, 但浓度6.25 g/mL的双氟沙星对其生长具有显著的抑制作用, 可作为防治用药的依据。       

一株高耐镉硫酸盐还原菌的分离及脱硫性能研究

本研究从镉污染稻田水稻根际土壤中分离、纯化出一株硫酸盐还原菌SRB1-1,并对该菌株的生理生态特征、镉和盐耐受性、16S rDNA、脱硫性能及影响因子进行了系列分析。结果表明,该菌为革兰氏阴性菌,菌体弧状,对镉离子的耐受浓度可达200 mg/L,在2%的氯化钠浓度下仍可生长。对其16S rDNA的序列分析表明该菌株属于脱硫弧菌属(Desulfovibrio)。单因子实验考察温度、pH及SO_4~(2-)浓度对该菌脱硫效率的影响,正交实验确定了该菌最佳脱硫工艺条件及影响因子顺序。结果表明最佳脱硫工艺条件为pH 7.5、温度40℃、SO_4~(2-)浓度为1 000 mg/L、培养时间56 h。     

一个甲烷氧化菌株的分离、鉴定及其特性研究

实验室自行设计方案分离多株以甲烷为唯一碳源的菌株, 对其中的1株QJ16进行了研究, 根据该菌株形态特征与16S rDNA序列的同源性分析, 证实该菌株是一个与其最近的甲基单胞菌属各成员都不相同的菌株。对该菌株的培养条件和利用甲烷的特性进行研究结果表明, 氮源以氯化铵和硝酸钾共同作用最好, 碳源以甲烷最佳, 最佳生长温度为30℃, 最佳生长pH为6~7; 在批式实验时菌株利用甲烷的最适pH为6.5左右, 微量元素Cu2+的浓度为15 mmol/ L。     

一株新的胡萝卜软腐欧文氏菌的分离和鉴定

从大白菜软腐组织中分离出一株软腐病细菌BC1,经过形态观察、生理生化特性分析、致病性检测和16S rDNA序列分析,该分离物被鉴定为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种（Erwinia carotovora subsp. carotovora, Ecc）的一个新菌株,编号为BC1。这是首次从16S rDNA序列水平上对在我国分布的软腐欧文氏菌进行鉴定。Ecc BC1的16S rDNA序列与其它软腐欧文氏菌株的16S rDNA序列之间同源性达987%～993%,而且在系统发育树中独立于Ecc其它菌株。序列分析结果表明,Ecc BC1具有至少2种不同的16S rDNA序列,它们都在第459位和473位（相对于大肠杆菌16S rDNA序列）发生碱基突变,同一基因中两个突变位点之间彼此互补,处于16S rRNA螺旋H17颈部,而且这两处碱基变异只存在于BC1菌株中。通过与其它软腐欧文氏菌亚种和菌株16S rDNA序列进行比对分析,还进一步鉴定出一些BC1菌株特异的16S rDNA碱基突变位点。本文报道的Ecc BC1两个16S rDNA序列在GenBank中的登录号分别为AY309068和AY309069。     

一株有脱硅作用的产气肠杆菌的筛选和鉴定

生物选矿以能耗低、污染少、适用于贫矿等优点而日益受到人们的关注。选矿菌种的分离和鉴定是进行生物选矿的首要环节。从菜园土中筛选到菌株S2-1,用该菌对伊利石矿粉进行了浸矿脱硅的实验,测得接种S2-1的溶液中的硅的浓度是对照液中的167.07%,说明S2-1对伊利石有脱硅作用。通过形态特征的观察,生理生化特性的测试,以及16S rRNA序列的比对分析,对菌株S2-1进行了鉴定。结果显示S2-1呈两端钝圆的短杆状,大小约1.3~1.5μm×0.4~0.6μm,革兰氏染色阴性,有端生鞭毛;生理生化特性的多项测试中大多数与产气肠杆菌(E.aerogenes)相同;16S rRNA序列的比对分析与产气肠杆菌(E.aerogenes)AF395913的同源性最高。实验结果表明S2-1属于产气肠杆菌(E.aerogenes)。本文还对产气肠杆菌的脱硅条件进行实验,结果表明,S2-1脱硅的最适条件是温度30℃,起始pH值7.0,装液量60 mL和转速200 r/min。     

越冬沼气池中甲烷螺菌的分离及其系统分类学分析

通过改进的亨盖特(Hungate)厌氧技术,从越冬猪粪发酵沼气池中分离到1株产甲烷菌菌株SH01。该菌呈弯曲杆状,革兰氏阴性,有运动性,形成淡黄色菌落,能利用二氧化碳和甲酸钠作为碳源,但不能利用甲醇、乙酸钠和三甲胺。该菌最适生长pH为6.8～7.2,最适生长温度为35～40℃,最适Na 浓度低于0.1mol/L。通过生理、形态结构特征与16S rDNA序列的同源性分析,表明菌株SH01是甲烷螺菌属中的一个成员,为亨氏甲烷螺菌(Methanospirllum hungatei)。     

微囊藻毒素降解菌的筛选、鉴定及其降解活性研究

采用从巢湖水华蓝藻细胞中提取、提纯的藻毒素（Microcystins,MCs）为微生物生长的唯一碳源和氮源,通过平板分离纯化,从巢湖底泥中分离出5株能够降解藻毒素的菌株,并对其中降解活性较高的一株进行分子鉴定。应用PCR技术克隆到16S rDNA片段,核苷酸序列分析结果表明,该菌的16S rDNA的全序列与吉氏库特菌kurthia gib-soniistrain HC050630C-1的相似性达99%。微囊藻毒素降解实验结果表明,用15mg/L乙醇作为外加碳源时可显著提高菌株M9降解MCs的能力,在48h内对初始浓度分别为17.1mg/L的MC-RR和11.3mg/L的MC-LR的降解率分别达到70.0%和81.6%。而葡萄糖对菌株M9的生长有明显抑制作用。     

一株引起马来甜龙竹组培污染内生菌的分离与鉴定

【目的】对一株引起马来甜龙竹组培污染内生菌的分离与鉴定。【方法】采用改良的NA培养基分离纯化菌株,并通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及其16SrDNA序列同源性分析对其进行鉴定。【结果】菌株SWFU01的形态特征及生理生化试验结果与解淀粉芽孢杆菌[Bacillus amyloliquefaciens(Fukumoto)Priest et al.]的描述基本相同;16S rDNA序列分析表明,该菌株与解淀粉芽孢杆菌JS在同一系统发育分支,其同源性为99.28%。【结论】综合形态学特征、生理生化特征以及16S rDNA序列分析的研究结果,菌株SWFU01被鉴定为解淀粉芽孢杆菌。     

斑点叉尾(鱼回)一株致病菌的分离鉴定及系统发育分析

从发生急性流行性传染病的斑点叉尾NFDA5肝、肾分离到一高致病性的菌株（CCF00024）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化及16S rDNA序列分析结果表明,其为非发酵型,严格需氧,革兰氏阴性杆菌,极生多鞭毛,对除麦芽糖和甘露糖以外的多种糖类不能利用产酸,氧化酶阴性,DNA酶、蛋白酶、脲酶、赖氨酸脱羧酶阳性,MR阴性。在以该菌16S rDNA序列（GenBank登录号AY970826）和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树中,分离菌CCF00024与嗜麦芽寡养单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia）聚在一簇,特别是与S. maltophilia M51的同源性最高,其序列相似性达99.6%,结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌（Stenotrophomonas maltophilia）。     

一个新的产氢细菌的鉴定及产氢特性的研究

利用Hungate滚管技术从福建省漳州垃圾处理厂厌氧消化器的颗粒污泥中分离到一株产氢的细菌L15。菌株L15为严格厌氧的革兰氏阳性杆菌,菌体大小为0.5μm～0.7μm×2.5μm～5.0μm,以侧生鞭毛运动。在孢肉培养基上产生端生的卵圆形芽孢。温度生长范围15℃～45℃（最适温度30℃～37℃）;pH 范围5.0～8.4（最适pH 6.3～6.8）。该菌株不水解明胶和七叶灵,不还原硫酸盐,牛奶变酸但不凝固,发酵多糖和少数的单糖、双糖和寡糖;发酵葡萄糖的最终产物为乙酸、丁酸、H2和CO2。G+C含量为298mol%。16S rDNA序列分析表明,该菌株属于梭菌的簇Ⅰ,与Clostridium paraputrificum较为接近（相似性为97.1%）。通过生理特征和16S rDNA序列的同源性分析,表明菌株L15应是梭菌属簇Ⅰ中的一个新种,命名为Clostridium defluvii。菌株L15保藏在中国普通微生物菌种保藏中心,保藏号为AS1.3489。菌株L15的最佳产氢温度为34℃、pH为7.0。当葡萄糖浓度为0.4%时,氢气产率可达到1.41mol H2/mol 葡萄糖。该菌可利用下列底物产酸产氢,括号内为产氢率(底物浓度1%)：果糖(1.00mol H2/mol)、麦芽糖(2.17mol H2/mol)、蔗糖(1.69mol H2/mol)、菊糖(4.70mol H2/mol)、糖原(5.49mmol H2/g)、淀粉(7.34mmol H2/g)。     

嗜盐菌HBCC-2的16S rRNA基因测序分析及其培养特性

从连云港台南盐场海盐生产区中分离纯化到一株嗜盐古菌HBCC-2,该菌株经PCR扩增后,测定其16S rRNA基因序列,采用BLAST软件对基因库中基因序列进行同源性比较,选取其相似性序列,采用Clustalx1.8和MEGA3.1软件对其16S rDNA序列进行了系统发育分析研究,结果表明HBCC-2菌株与菌株Halorubrum sp.GSL5.48的相似性达99%,结合其形态观察及生理生化反应特性,初步确定该菌株属于嗜盐红菌属(Halorubrum),菌株HBCC-2的16S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为EF687739.通过比较不同NaCl浓度、pH和培养温度对该菌株生长的影响情况,研究了该菌株的生长特性,结果表明NaCl浓度为4mol/L、温度为35℃和pH为7.0的培养条件下其生长最佳.     

产γ-氨基丁酸屎肠球菌的鉴定及其谷氨酸脱羧酶酶学性质

目的:鉴定1株产γ氨基丁酸(γ-aminobutyric acid,GABA)的乳酸菌HS3,并研究了其谷氨酸脱羧酶(Glutamate decarboxylase,GAD)粗酶酶学性质。方法:根据形态培养特征、生理生化特征和16S rDNA序列比对及系统发育分析对菌株HS3进行了鉴定。采用菌体细胞破碎后的粗酶液,研究了温度、pH和金属离子对酶活的影响。结果:菌株HS3的形态培养和生理生化特征符合肠球菌属(Enterococcus)特征,其16S rDNA序列与Enterococcus faecium(EU717962)16S rDNA序列同源性达99%,鉴定菌株HS3为屎肠球菌(Enterococcus faecium),菌株HS3 GAD最适作用温度为40℃,最适作用pH4.5。酶的热稳定较好,50℃处理4h,在pH3.5～6.0酶活基本稳定。Ca2+对酶有激活作用,5mmol/L和50mmol/L浓度酶活分别提高了37.41%和17.43%。Ba2+和Zn2+在5mmol/L浓度时激活作用明显,而Mg2+在5mmol/L浓度激活作用较好。结论:菌株HS3的GAD活力较高,稳定性较好,为生物合成GABA提供了新的微生物菌种资源。     

斑点叉尾鮰一株致病菌的分离鉴定及系统发育分析

从发生急性流行性传染病的斑点叉尾肝、肾分离到一高致病性的菌株(CCF00024),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。对该菌的形态、生理生化及16S rDNA序列分析结果表明,其为非发酵型,严格需氧,革兰氏阴性杆菌,极生多鞭毛,对除麦芽糖和甘露糖以外的多种糖类不能利用产酸,氧化酶阴性,DNA酶、蛋白酶、脲酶、赖氨酸脱羧酶阳性,MR阴性。在以该菌16S rDNA序列(GenBank登录号AY970826)和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16S rDNA序列构建的系统发育树中,分离菌CCF00024与嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonasmaltophilia)聚在一簇,特别是与S.maltophiliaM5-1的同源性最高,其序列相似性达99.6%,结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia)。     

兼性厌氧纤维素菌的分离与系统发育分析*

从四川卧龙中国保护大熊猫研究中心提供的野外放归大熊猫“祥祥”的粪样中,分离到一株产纤维素酶的兼性厌氧菌株。该菌株经初步生理生化鉴定为肠杆菌科沙雷氏菌(Serratia),命名为Serratia JF-1116。用PCR技术扩增了该菌的16S rDNA全序列,并对其进行了克隆和测序,对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,所有与该序列高度同源的序列均为肠杆菌科的16S rDNA基因序列,选取同源性高的菌株的16S rDNA基因序列进行系统发育分析,菌株与3株Serr     

极端污染环境草甘膦抗性菌株的分离、鉴定及特性

[目的]筛选高抗草甘膦菌株并对其进行鉴定和特性研究.[方法]从草甘膦极端污染土壤中分离高抗草甘膦菌株,并检测其草甘膦耐受能力,最适生长pH和抗生素抗性.通过生理生化特征和分子生物学特征的测定对该菌株进行鉴定.[结果]从草甘膦极端污染土壤中分离到一株高抗草甘膦的菌株SL06500,该菌株最高耐受草甘膦浓度为500 mmol/L,并且在200～500 mmol/L之间,菌株生长迅速,最适生长pH为4.0,具有氨苄青霉素、卡那霉素、四环素和氯霉素抗性.用16S rDNA的通用引物,经PCR扩增、测序得到SL06500的16S rDNA序列,该序列在GenBank的登录号为EU006066.将此序列经NCBI Blast进行核苷酸比对发现SL06500与无色杆菌属(Achromobacter)和产碱杆菌属(Alcaligenes)的Identity值均为99%.按照1994年版伯杰氏鉴定细菌学手册的命名规则,结合生理生化指标测定的结果,将菌株命名为木糖氧化产碱杆菌木糖氧化亚种SL06500 (Alcaligenes xylosoxidans subsp.xylosoxidans SL06500).[结论]该菌株的较高草甘膦抗性和嗜药性的特点值得我们进行进一步的研究.更重要的是,这是首次关于木糖氧化产碱杆菌木糖氧化亚种草甘膦抗性的报道.     

一株茶碱降解菌的分离和鉴定

从制药废水生物处理系统的活性污泥中经富集分离到一株能以茶碱作为唯一碳、氮源生长的茶碱降解菌Tcn3,该菌株可以利用茶碱的最高浓度为3 000 mg/L。当茶碱浓度为1000 mg/L时被彻底降解的时间仅需48 h。Tcn3菌株降解茶碱的最适pH为80。K＋是该菌株降解茶碱的必需元素。采用16S rDNA序列分析法及传统的生理生化特征鉴定法对该菌株进行鉴定,结果表明,Tcn3的16S rDNA的核苷酸序列与善变副球菌(Paracoccus versutus) ATCC 25364的同源性为997%,在细菌系统发育分类学上属于变形菌α亚类,Rhodobacter组：副球菌属,善变副球菌。     

人肠道产柚苷酶菌株分离、鉴定及其对柚皮苷的转化特性

【目的】从健康人肠道微生物菌群中分离能将柚皮苷高效转化为柚皮素的特定细菌菌株,对分离得到的菌株进行菌种鉴定并研究菌株对柚皮苷转化特性,目的是为柚皮素的高效生物合成提供新细菌资源。【方法】取健康人新鲜粪样,在厌氧工作站内培养24 h后进行梯度稀释并涂板,从板上挑取单菌落与底物柚皮苷进行厌氧培养,用高效液相色谱检测底物被转化情况。根据16S rDNA序列及相关生理生化特性分析,对所分离的柚皮苷转化菌进行菌种鉴定,并测定转化菌株对底物柚皮苷的转化动态和转化能力。【结果】从人肠道菌群中分离得到4株能将柚皮苷转化为柚皮素的细菌菌株,分别命名为AUH-JLD3、AUH-JLD7、AUHJLD104和AUH-JLD109。根据16S rDNA序列分析,结合形态学及相关生理生化特性等,将其分别鉴定为布劳特氏菌(Blautia sp.AUH-JLD3)、肠球菌(Enterococcus sp.AUH-JLD7)、拟杆菌(Bacteroides sp.AUHJLD104)和巴氏链球菌(Streptococcus pasteurianus subsp.AUH-JLD109)。转化动态研究结果表明,所分离的4株细菌菌株均能在12 h内将0.2 mmol/L底物柚皮苷转化为柚皮素;转化能力测定结果显示,菌株AUHJLD3、AUH-JLD7、AUH-JLD104及AUH-JLD109能够高效转化底物柚皮苷的最大浓度分别为0.2 mmol/L(平均转化率66.67%)、0.8 mmol/L(平均转化率86.49%)、0.2 mmol/L(平均转化率73.68%)以及1.6 mmol/L(平均转化率93.20%)。【结论】本研究首次从人肠道菌群中分离得到4株能将柚皮苷转化为柚皮素的细菌菌株,其中巴氏链球菌AUH-JLD109对底物柚皮苷转化能力最强。     

云南省德宏州含羞草β-根瘤菌多样性及系统发育研究

【目的】通过对分离自云南德宏州的含羞草β-根瘤菌进行遗传与表型多样性研究,揭示我国含羞草β-根瘤菌的物种多样性。【方法】应用16S rDNA PCR-RFLP、全细胞蛋白SDS-PAGE电泳及16S rDNA全序列分析对分离得到的60株含羞草根瘤菌进行多样性研究。【结果】16S rDNA PCR-RFLP及全细胞蛋白SDS-PAGE图谱分析将供试菌株分为2个遗传型群和2个表型群,分别与贪铜菌属(Cupriavidus)和伯克霍尔德菌属(Burkholderia)参比菌株聚群。经16S rDNA全序列分析,供试菌株被归到台湾贪铜菌(Cupriavidus taiwanensis)、含羞草伯克霍尔德菌(Burkholderia mimosarum)及结瘤伯克霍尔德菌(Burkholderia phymatum)等3个种群。【结论】云南德宏州的含羞草β-根瘤菌主要为贪铜菌及伯克霍尔德菌类群,其中贪铜菌占绝对优势,且存在遗传和表型的丰富多样性,该研究揭示了含羞草β-根瘤菌的物种多样性并丰富了我国β-根瘤菌菌种资源。