发酵饲料对生长育肥猪结肠微生物发酵及菌群组成的影响

【目的】研究复合菌发酵饲料对生长育肥猪结肠发酵、结肠黏膜与结肠内容物菌群组成的影响。【方法】采用气相色谱法检测育肥猪结肠内容物中挥发性脂肪酸浓度;采用MiSeq高通量测序方法检测育肥猪结肠黏膜与内容物中细菌菌群组成。【结果】饲喂发酵饲料对结肠黏膜及内容物中菌群多样性无显著影响(P0.05);显著提高了猪结肠黏膜中魏斯菌属和柔嫩梭菌属的相对丰度(P0.05),提高了结肠内容物中魏斯菌属、Subdoligranulum菌属相对丰度(P0.05);饲喂发酵饲料对结肠内容物中pH、乳酸、乙酸、丙酸、异丁酸、戊酸、异戊酸和总挥发性脂肪酸浓度无显著影响(P0.05),但显著提高了结肠内容物中的丁酸水平(P0.05)。【结论】饲喂复合菌发酵饲料可在一定程度上影响育肥猪结肠中细菌菌群的组成,促进丁酸生成,对肠道健康具有改善作用。     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响, 实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明, 不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验: P>0.05), 其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等; 属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等; 但各优势菌群在个体间的丰度差异较大, 且在成虾阶段趋于保守, 属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验: P<0.05)。在门水平上, 优势菌群较为一致, 包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾, 表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上, 成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(Flavobacterium)、拟杆菌属和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga), 这些菌属可以帮助机体进行多种营养代谢, 成虾肠道中与碳水化合物代谢相关的菌群多于幼虾。PICRUSt功能预测显示, 在克氏原螯虾肠道中, 营养代谢功能相关的菌群相对丰度最高, 而成虾肠道菌群代谢碳水化合物的功能显著高于幼虾。实验表明, 在野外虾塘养殖下的克氏原螯虾的肠道菌群不论是在群落多样性、物种丰度还是菌群功能预测上, 都未体现出性别间的差异, 且肠道菌群的个体差异较大; 但在不同生长阶段间, 克氏原螯虾肠道微生物的群落多样性、丰度及功能都有显著差异, 相比于幼虾, 成虾肠道菌群多样性降低, 多种代谢功能升高。     

不同生长性能苏姜猪保育猪肠道菌群差异分析

【背景】苏姜猪是优质瘦肉型新品种猪,断奶仔猪受到多方面应激影响会出现生长性能差异。【目的】研究不同生长性能的苏姜猪保育猪肠道菌群结构的异同。【方法】试验选取了同日龄、体重相近、健康情况良好的的保育仔猪100头,在相同的饲养条件下饲养42 d,试验结束选取体重较轻的为弱仔猪,3头弱仔猪体重为18.43±2.37 kg;体重较大的为健康仔猪,3头健康仔猪体重为27.37±1.36 kg。屠宰后,采集其空肠和盲肠内容物,提取微生物基因组DNA进行高通量测序分析其菌群结构。【结果】苏姜猪仔猪空肠和盲肠在菌群丰度、多样性上有极显著的差异(P<0.01)。苏姜猪仔猪空肠菌群优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)假单胞菌属(Pseudomonas)的非致病性菌株,占比超过90%。苏姜猪仔猪盲肠优势菌门依次为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)。门水平组成结构存在差异,弱仔猪厚壁菌门丰度低于健康仔猪、变形菌门丰度高于健康仔猪。苏姜猪盲肠中普雷沃氏菌属(Prevotella)、疣微菌科UCG-005 (Ruminococcaceae_UCG-005)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)等与纤维消化有关的菌属丰度较高。弱仔猪与健康仔猪盲肠菌群在属水平结构存在显著差异(P<0.05),弱仔猪盲肠中普雷沃氏菌-9 (Prevotella_9)、埃希菌-志贺菌属(Escherichia-shigella)、疣微菌科UCG-005 (Ruminococcaceae_UCG-005)、Norank_f_普雷沃氏菌(norank_f_ Prevotellaceae)高于健康仔猪,健康仔猪盲肠中乳酸杆菌属(Lactobacillus)、普雷沃氏菌-2 (Prevotella_2)、土孢杆菌属(Terrisporobacter)、狭义梭菌属1 (Clostridium_sensu_stricto_1)高于弱仔猪。其中乳酸杆菌属和土孢杆菌属与仔猪健康相关,埃希菌-志贺菌属与疾病相关。【结论】不同生长性能仔猪肠道菌群构成存在显著差异,研究结果为进一步研究苏姜猪肠道菌群的功能提供依据。     

早产儿肠道菌群检测及其与脑损伤的关系CSCD

目的 对早产儿肠道菌群进行检测,并分析肠道菌群与早产儿脑损伤的关系。方法 选取2018年1月至2020年1月本院产科分娩的174例早产儿(胎龄≤34周)为研究对象,所有早产儿均于纠正胎龄40周时行颅脑MRI和早产儿肠道菌群检测,根据早产儿是否发生脑损伤,分为无脑损伤组(136例)和脑损伤组(38例)。分析无脑损伤早产儿和脑损伤早产儿的肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度(Chao1指数)及菌群群落多样性(Shannon指数)的差异,采用Pearson秩相关性法分析早产儿的肠道菌群相对丰度、Chao1指数、Shannon指数与脑损伤程度相关性。结果 脑损伤组早产儿的脑组织TMS评分(13.42分±1.03分)低于无脑损伤组(17.91分±1.81分),差异有统计学意义(t=19.724,P=0.000 1)。脑损伤组早产儿的双歧杆菌属丰度比(23.63%±1.24%)、乳杆菌属丰度比(16.58%±0.94%)、乳球菌属丰度比(15.73%±0.89%)和拟杆菌属丰度比(8.78%±0.64%)均低于无脑损伤组早产儿(28.43%±1.34%,22.43%±1.27%,17.81%±1.10%,9.81%±0.69%),差异均有统计学意义(t=27.163、16.871、20.764、26.917,均P<0.000 1),脑损伤组早产儿的链球菌属丰度比(13.92%±0.84%)、沙门菌属丰度比(5.74%±0.51%)、瓦氏菌属丰度比(4.86%±0.29%)、梭菌属丰度比(6.74%±0.54%)和葡萄球菌属丰度比(8.52%±0.60%)均高于无脑损伤组早产儿(5.81%±0.37%,4.28%±0.32%,3.94%±0.22%,2.18%±0.19%,1.98%±0.16%),差异均有统计学意义(t=34.261、22.914、19.084、24.807、27.043,均P<0.000 1)。脑损伤组早产儿的肠道菌群Chao1指数(281.55±17.71)和Shannon指数(2.74±0.32)均低于无脑损伤组早产儿(397.43±21.58,3.98±0.49),差异均有统计学意义(t=36.812、17.949,均P<0.000 1)。脑组织TMS评分与双歧杆菌属丰度比(r=-0.843)、乳杆菌属丰度比(r=-0.782)、乳球菌属丰度比(r=-0.815)、拟杆菌属丰度比(r=-0.708)、肠道菌群Chao1指数(r=-0.742)和肠道菌群Shannon指数(r=-0.743)呈负相关,与链球菌属丰度比(r=0.871)、沙门菌属丰度比(r=0.903)、瓦氏菌属丰度比(r=0.791)、梭菌属丰度比(r=0.782)和葡萄球菌属丰度比(r=0.793)呈正相关。结论 早产儿的脑损伤发生率仍然较高,与早产儿肠道菌群相对丰度、菌群物种丰富度和菌群群落多样性均有密切的相关性。     

抑郁症患者肠道菌群研究

目的研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况。方法选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例。收集患者新鲜粪便,利用16SrRNA基因测序技术分析患者肠道菌群。结果对159例粪便标本进行16SrRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16SrRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组。在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组。抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关。结论抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比。     

老年类风湿关节炎患者血清25-羟维生素D_3水平与肠道微生态的关系探讨

目的探讨老年类风湿关节炎(RA)患者血清25-羟维生素D_3[25(OH)D_3]水平与肠道微生态的关系。方法回顾性分析2018年8月至2020年4月甘肃中医药大学附属医院风湿骨病科住院收治的83例老年RA患者的临床资料,并选择同期进行体检的80例健康者的体检资料,分别记为A组、B组。对比2组研究对象血清25(OH)D_3水平以及肠道微生物菌群组成;采用Pearson相关性分析,分析老年RA患者血清25(OH)D_3水平与肠道微生物菌群丰富度的相关性。结果 A组患者血清25(OH)D_3水平明显低于B组(t=23.297,P0.05);A组患者肠道微生物菌群Chaol指数、Observed species指数和Shannon指数均低于B组(t=11.258、14.681、22.157,均P0.05);A组患者肠道微生物菌群拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属的相对丰度均高于B组(t=19.472、12.011、27.354、20.304、15.637、24.414,均P0.05),厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度均低于B组(t=10.095、3.663、6.787、12.848、7.786、9.122,均P0.05);RA患者25(OH)D_3水平与厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度呈正相关(r=8.126、8.031、8.415、8.057、8.236、8.467,均P0.05),与拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属呈负相关(r=-7.639、-7.856、-8.135、-8.127、-7.536、-7.865,均P0.05)。结论 RA患者血清25(OH)D_3水平降低,肠道微生物菌群拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、普雷沃菌属、梭状芽胞杆菌属、戈登菌属的相对丰度增加,厚壁菌门、乳杆菌属、类杆菌属、嗜血杆菌属、韦荣球菌属、真杆菌属的相对丰度减少,老年RA患者血清25(OH)D_3水平与肠道微生物菌群分布相关。     

硫酸锌对人体肠道菌群的体外影响

研究硫酸锌对人体肠道菌群结构及代谢产物的体外影响,为锌盐的临床应用提供肠道菌群方面的理论依据。借助体外发酵、宏基因组测序及气相色谱技术研究硫酸锌对肠道菌群及短链脂肪酸的影响。结果发现,硫酸锌显著提高克雷伯氏菌属（Klebsiella）、欧文氏菌属（Erwinia）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）、丙酸杆菌属（Propionibacterium）、担子菌门（Basidiomycota）和拉恩氏菌属（Rahnella）等的相对丰度,显著降低巨单胞菌属（Megamonas）、新月形单胞菌科（Selenomonadaceae）和厚壁菌纲（Negativicutes）等的相对丰度。种水平上硫酸锌显著提高肺炎克雷伯氏菌（Klebsiella pneumonia）、长双歧杆菌（Bifidobacterium longum）、Scandinavium goeteborgense、类肺炎克雷伯氏菌（Klebsiella quasipneumoniae）、产气克雷伯菌（Klebsiella aerogenes）、马氏棒杆菌（Corynebacterium matruchotii）、人葡萄球菌...     

癫痫及伴腹泻癫痫患儿肠道菌群失衡的相关性研究CSCD

目的探究癫痫和伴腹泻癫痫婴幼儿的肠道菌群特征。方法选取2019年5月至2020年6月在西北妇女儿童医院儿童神经内科就诊的0到1岁婴儿10例,其中癫痫病例5例,伴腹泻癫痫病例5例。另选取同期在本院儿保科体检的健康婴儿作为正常组。留取所有受试者的粪便标本提取总DNA,对样本16S rRNA基因V3-V4区进行PCR扩增、测序,对扩增子测序结果进行生物信息学分析。结果癫痫患儿肠道菌群多样性显著低于正常婴儿(P<0.05),腹泻对肠道菌群均匀度分布无显著影响(P>0.05)。癫痫、伴腹泻癫痫患儿及正常婴儿肠道菌群组成和群落结构存在明显差异(P<0.05)。优势菌群主要由放线菌门、变形菌门和厚壁菌门等组成。其中癫痫患儿变形菌门相对丰度显著下降(P<0.05);伴腹泻癫痫患儿变形菌门相对丰度显著升高(P<0.01),为最优势菌门,放线菌门相对丰度显著下降(P<0.01)。属水平中,癫痫患儿肠道双歧杆菌属相对丰度显著升高(P<0.05);伴腹泻癫痫患儿大肠埃希志贺菌属相对丰度显著升高(P<0.01),双歧杆菌属相对丰度显著下降(P<0.01)。对婴儿肠道菌群组间显著性差异物种分析显示,乳杆菌属、嗜血杆菌属在健康婴儿肠道中丰度较高;Lachnospiracea_incertae_sedis在癫痫患儿肠道中相对丰度较高;Clostridium_sensu_stricto、克雷伯菌属、肠球菌属在伴腹泻癫痫患儿肠道中相对丰度较高。结论肠道菌群的失调与癫痫症状的发生、发展存在关联,其中双歧杆菌属和Lachnospiracea_incertae_sedis可能与癫痫症状存在相关性,而埃希志贺菌属、Clostridium_sensu_stricto可能与伴腹泻癫痫患儿症状存在相关性。癫痫与菌群失衡的因果关系需要进一步研究。     

基于16S rDNA高通量测序技术对克罗恩病患儿肠道菌群变化的研究

目的研究克罗恩病(Crohn′s disease, CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。方法纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。     

不同饲料饲育的家蚕幼虫肠道细菌的多样性分析

【目的】为研究饲料对不同家蚕Bombyx mori品种肠道微生物菌群的影响。【方法】以筛选到的家蚕广食性品种GS和普通品种1015为研究对象,收集从收蚁开始分别饲育桑叶(GS. m和C1015. m组)和人工饲料(GS. b组)至4龄盛时期的家蚕肠道样本,采用高通量测序的方法对其肠道微生物16S r DNA的V3-V4区进行测序分析,比较它们之间肠道微生物的差异。【结果】在门水平上,所测家蚕肠道样本的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria);在科水平上,所测样本主要优势菌为明串珠菌科(Leuconostocaceae)、乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)等;在属水平上,所测样本主要的优势菌为魏斯氏属Weissella、乳酸菌属Lactobacillus、布赫纳氏菌属Buchnera、甲基杆菌属Methylobacterium、叶瘤菌属Phyllobacterium、肠球菌属Enterococcus和脆弱拟杆菌属Bacteroides等。家蚕品种GS经桑叶和人工饲料饲育后,甲基杆菌属Methylobacterium、布赫纳氏菌属Buchnera等菌属仅在桑叶饲育的GS肠道内出现,而魏斯氏菌Weissella、短芽孢杆菌属Brevibacillus等菌属只在人工饲料饲育的GS肠道内出现。同是桑叶饲育的家蚕品种GS和1015,其肠道内相同的优势菌有叶瘤菌属Phyllobacterium、脆弱拟杆菌属Bacteroides、不动细菌属Acinetobacter等。相较于广食性蚕品种GS的肠道菌群,肠球菌属Enterococcus、草螺菌属Herbaspirillum、丝硫菌属Thiothrix等菌属仅在普通蚕品种1015肠道中被检测到。GS. b组家蚕肠道细菌的物种多样性低于GS. m和C1015. m。GS. m肠道中丰度差异显著性最高的菌群为变形菌门(Proteobacteria),GS. b肠道中丰度差异显著性最高的菌群为杆菌纲(Bacilli)和乳杆菌目(Lactobacillales),而C1015. m肠道中丰度差异显著性最高的菌群为粪肠球菌属Enterococcus和肠球菌科(Enterococcaceae)。【结论】经桑叶饲育的不同蚕品种(GS和1015)的肠道微生物比人工饲料饲育的家蚕肠道微生物更趋于一致;经桑叶饲育的广食性家蚕肠道微生物物种多样性较高于经人工饲料饲育的广食性家蚕。     

高通量测序检测肺炎婴幼儿抗生素治疗前后肠道菌群变化

目的了解抗生素对肺炎婴幼儿肠道菌群多样性和结构的影响。方法选取5例1岁以内因轻度社区获得性肺炎住院的患儿,收集抗生素治疗前及治疗后第3~5天的粪便标本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16SrRNA基因V3~V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果抗生素治疗后第3~5天婴幼儿肠道菌群的多样性明显下降。变形菌门的相对丰度在3例婴幼儿的肠道中下降;厚壁菌门的相对丰度在4例婴幼儿的肠道中下降;而拟杆菌门的相对丰度在4例婴幼儿的肠道中上升;厚壁菌门与拟杆菌门的比例下降。肠道内不动杆菌属、喜胆汁菌属、埃格特菌属、肠球菌属、支原体、颤螺菌属、紫单胞菌属、普雷沃菌属和真杆菌属增长1倍以上;奇异菌属、双歧杆菌属、黄杆菌属、乳酸菌属、链球菌属、萨特菌属和韦荣球菌下降超过50%。结论婴幼儿短期使用抗生素治疗肺炎后,肠道菌群的多样性下降,肠道微生态失衡。     

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群变化

目的观察链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群结构和丰度的变化。方法雄性SD大鼠25只,随机分为对照组(C)10只、模型组(M)15只。模型组腹腔注射3%的STZ,剂量30 mg/(kg·bw),连续5 d。成模后每月测量体重、血糖等指标。模型成立4周和12周时,分别在同一时间取各组大鼠的新鲜直肠粪便。在Illumina高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S r DNA-V3区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析。结果模型组和对照组获得的优化序列数差异无显著性(P0.05)。模型组动物肠道菌群的相对丰度指数(Chao1)、多样性指数Shannon与对照组比较降低(P0.05),Simpson指数与对照组比较升高(P0.05)。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、TM7、放线菌门(Actinobacter)相对丰度降低(P0.05)。在属水平,造模4周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度降低(P0.05);拟杆菌属(Bacteroides)相对丰度升高(P0.05)。造模12周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度升高(P0.05);双歧杆菌属(Bifidobacterium)相对丰度降低(P0.05)。结论 STZ诱导的SD大鼠糖尿病动物肠道菌群的丰度和多样性降低,为糖尿病与肠道菌群关系研究提供参考。     

基于16S rDNA测序绝经综合征抑郁患者肠道菌群结构与功能性分析

目的 通过16S rDNA测序技术对绝经综合征抑郁患者肠道菌群分布、多样性和基因功能进行分析,探讨肠道菌群与绝经综合征抑郁发生的关联。方法 选取2021年6月至2022年3月就诊于我院妇科门诊的绝经综合征抑郁患者19例为观察组（A组）,同期绝经综合征患者10例为对照组（C组）。利用16S r DNA基因测序法对患者肠道菌群进行物种注释分析和功能比较,统计两组肠道菌群分布、多样性和基因功能的变化。结果 两组肠道菌群差异明显。GraPhlAn物种组成图显示,患者肠道菌群总体以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门组成。在门水平,与C组相比,A组放线菌门、变形菌门相对丰度较低,拟杆菌门相对丰度较高。在属水平,与C组相比,A组拟杆菌属、小杆菌属、巨单胞菌属、Lachnospiracea＿incertae＿se相对丰度较高,而Gemmiger、布劳特菌属、普雷沃菌属、粪球菌属、粪杆菌属、双歧杆菌属相对丰度偏低。进一步在属水平上选取了10种相对丰度差异具有统计学意义的菌群（P<0.05）：韦氏球菌属、消化球菌属、巨单胞菌属、史雷克菌属在A组的相对丰度较高（P<0.05）,柯林斯菌属、C...     

口服肝素与小鼠肠道菌群的相互作用

口服肝素药物的开发需要系统地理解口服肝素与肠道菌群之间的互作过程。通过荧光体视镜观察荧光素标记的肝素经小鼠口服后在体内的分布情况,利用高效液相色谱法检测肝素在模拟胃肠液中的稳定性和体外培养肠道菌群模拟肠道菌对肝素的降解作用,发现口服肝素主要分布在小鼠胃肠道内,在体外模拟胃肠液条件下肝素结构稳定,但能够被添加肝素的厌氧培养基培养后的肠道菌群降解。为了进一步揭示口服肝素对健康小鼠肠道菌群的影响,利用Illumina MiSeq高通量测序技术测定口服肝素后C57BL/6J小鼠粪便菌群的16S rRNA序列,与口服生理盐水的小鼠粪便菌群进行对比,发现口服肝素的小鼠粪便菌群的生物多样性降低;在门水平上,菌群结构差异不显著;而在属水平上,别样杆菌属Alistipes、副萨特氏菌属Parasutterella和艾克曼菌属Akkermansia相对丰度增高,而嗜胆菌属Bilophila、肠杆菌属Enterorhabdus、瘤胃梭菌属Ruminiclostridium、普雷沃氏菌科Prevotellaceae_UCG_001、瘤胃梭菌属Ruminiclostridium-9、拟杆菌属Bacteroides、Lachnoclostridium、Candidatus_Saccharimonas、Intestinimonas和Dubosiella的相对丰度减少,表明口服肝素能够影响小鼠肠道菌群结构。此外,实验发现口服肝素对小鼠无明显毒副作用,具有较高安全性。研究结果将为开发肝素口服递送策略提供新的思路,为口服肝素类药物的开发提供参考。     

脑瘫伴癫痫儿童肠道菌群变化

目的探讨脑瘫伴癫痫儿童肠道菌群的变化。方法选择龙岗区社会福利中心诊断为脑瘫伴癫痫的31例患儿作为疾病组;另外选取同龄健康儿童30例作为健康组。留取受试者的粪便标本,提取总DNA,并对16S rRNA基因的V3-V4可变区进行扩增,并在Illumina MiSeq平台进行高通量测序。结果与健康儿童相比,疾病组儿童肠道内微生物多样性出现明显差异。在门水平优势菌群中,疾病组儿童放线菌的相对丰度明显高于健康组(32.87%vs 3.56%),而拟杆菌的相对丰度明显低于健康组(22.66%vs 53.59%)。在属水平优势菌群中,疾病组儿童双歧杆菌属、副拟杆菌属的相对丰度均明显高于健康组(26.94%vs 2.61%,5.72%vs 1.90%),其中肠杆菌属的相对丰度达6.00%,而拟杆菌属、粪杆菌属的相对丰度明显低于健康组(11.38%vs 45.16%,0.63%vs 12.78%),普雷沃菌属的相对丰度也低于健康组(3.11%vs 5.30%)。结论与同龄健康儿童相比,脑瘫伴癫痫儿童肠道菌群改变明显,菌群门水平和属水平均有明显差异。     

综合养殖池塘中三角帆蚌和鱼类肠道细菌的组成

采用 PCR-DGGE (PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)方法研究了综合养殖池塘中三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鳊(Parabramis pekinensis)、银鲫(Carassius auratus gibelio)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)和鳙(Aristichthys nobilis)的肠道细菌组成,并分析了水体中的浮游细菌对鱼、蚌肠道细菌的影响。研究结果表明,三角帆蚌和混养鱼类肠道细菌属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)。其中,三角帆蚌肠道优势菌群为不动杆菌属(Acinetobacter)、志贺氏菌属(Shigella)和分枝杆菌属(Mycobacterium),草鱼肠道优势菌群为梭菌属(Clostridium),鳊肠道优势菌群为梭菌属和假单胞菌属(Pseudomonas),银鲫肠道优势菌群为不动杆菌属和志贺氏菌属,青鱼肠道优势菌群为梭菌属和不动杆菌属,鳙肠道优势菌群为不动杆菌属和弧菌属(Vibrio)。三角帆蚌与银鲫肠道细菌谱带相似性较高,草鱼与鳊肠道细菌谱带相似性较高,表明鱼类肠道细菌组成特点与食性存在一定的关系。水体浮游细菌优势菌群为类芽孢杆菌属(Paenibacillus)。三角帆蚌及鱼类肠道细菌群落与水体浮游细菌群落组成相似性较低,表明水体浮游细菌对三角帆蚌和鱼类肠道细菌优势菌群的影响有限。     

甲流患儿鼻咽部及口咽部的菌群分析

目的比较甲流(IA)患儿鼻咽部及口咽部菌群与健康儿童的差异,分析甲型流感病毒(IAV)感染后可能对儿童鼻咽部及口咽部菌群的影响。方法选取我院120例甲流患儿作为病例组,120例年龄性别相近的健康儿童作为健康组,采用高通量测序技术,对采集的所有鼻咽部及口咽部标本行16S rDNA基因测序分析,比较两组儿童间的菌群多样性及在门、属水平上菌群结构的差异。结果病例组鼻咽部及口咽部的菌群多样性均高于对照组(Ps0.05)。在门水平上,两组儿童鼻咽部及口咽部的第一优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(Ps0.05),病例组鼻咽部的变形菌门(Proteobacteria)相对丰度显著高于健康组(Ps0.05);在鼻咽部菌属水平上,病例组中正常优势菌莫拉氏菌属(Moraxella)、棒状菌属(Corynebacterium)、狡诈菌属(Dolosigranulum)、普氏菌属(Prevotella)等的相对丰度显著减少(Ps0.05),而链球菌属(Streptococcus)、嗜血杆菌属(Haemophilus)、盐单胞菌属(Halomonas)、不动杆菌属(Acinetobacter)、罗尔斯通菌属(Ralstonia)等的相对丰度显著增加(Ps0.05),叶杆菌属(Phyllobacterium)仅见于病例组;在口咽部菌属水平上,病例组菌群相对减少的有奈瑟菌属(Neisseria)、乳杆菌属(Lactobacillus)等,而葡萄球菌属(Staphylococcus)、奇异菌属(Atopobium)、放线菌属(Actinomyces)等的相对丰度显著增加(Ps0.05)。结论通过对甲流患儿进行上呼吸道菌群分析,揭示了甲流患儿鼻咽部及口咽部菌群的失调,这提示我们可从微生态角度研究甲流,从而进一步了解甲流的发病机制,为减少甲流严重并发症及病死率提供可能的理论依据。     

基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群结构差异分析

目的观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化。方法 50只恒河猴,分为成年(5～10岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只。采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度。结果老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性(P> 0.05)。α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数(P=0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P=0.0132)。老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242)。在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021)。在属水平,老年组unidentified_Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八迭球菌(Sarcina)、unidentified_Spirochaetaceae相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028)。β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003)。LEfSe分析,在成年组,链球菌属(Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物。结论恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变。丰度降低,多样性增高。     

多囊卵巢综合征患者与健康人群肠道菌群差异性分析

目的比较多囊卵巢综合征(PCOS)患者与健康人群间肠道菌群的差异,为后续研究提供参考。方法采用16S rDNA扩增子测序法对30例PCOS患者(PCOS组)和20例健康人(健康组)粪便标本中菌群结构进行分析,并比较两组之间的区别。结果与健康组相比,PCOS组患者肠道菌群α多样性降低。PCOS组患者肠道厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)丰度高于健康组,拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度低于健康组(均P0.05)。两组对象肠道梭菌门(Clostridia)、放线菌门(Actinobacteria)丰度差异无统计学意义(均P0.05)。PCOS组患者肠道变形杆菌纲(Proteobacteria)、芽胞杆菌纲(Bacilli)、红椿杆菌纲(Coriobacteriia)丰度高于健康组,拟杆菌纲(Bacteroidia)丰度低于健康组(均P0.05)。PCOS组患者肠道布劳特菌属(Blautia)、霍氏真杆菌属(Eubacterium_hallii_group)、阴沟杆菌属(Agathobacter)丰度高于健康组,拟杆菌属(Bacteroides)、粪杆菌属(Faecalibacterium)丰度低于健康组(均P0.05)。两组对象肠道双歧杆菌属(Bifidobacterium)、埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度差异无统计学意义(均P0.05)。结论 PCOS患者存在肠道菌群失调情况,但其是否是PCOS发展的潜在致病因素需要进一步研究。     

模拟海拔5 500 m低压低氧环境对大鼠HPT轴和肠道菌群的影响*

目的: 探究模拟海拔5 500 m低压低氧环境对大鼠下丘脑-垂体-甲状腺(HPT)轴和肠道菌群的影响及两者间关联。方法: 采用低压低氧舱模拟海拔5 500 m高度,构建成年雄性SD大鼠低氧模型,设置1、3、7、14、21和28 d低氧组和常氧组,并设置1 d和3 d低氧后常氧恢复组(每组大鼠8只,低氧时间为每天24 h)。记录大鼠每日体重和平均摄食量,采用16 s rDNA测序分析肠道菌群、ELISA检测血清HPT轴激素水平,进行肠道菌群与HPT轴激素相关性分析。结果: 与常氧组相比,低氧组大鼠体重和摄食量显著降低(P＜0.01)。1 d、3 d低氧组大鼠血清促甲状腺素释放激素(TRH)和促甲状腺激素(TSH)水平较常氧组显著降低(P＜0.05),血清总甲状腺素(TT4)、总三碘甲状腺原氨酸(TT3)、游离甲状腺素(FT4)和游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)水平较常氧组显著增加(P＜0.05)。1和3 d低氧组大鼠肠道副拟杆菌属(Parabacteroides)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、丁酸球菌属(Butyricimonas)、拟杆菌属(Bacteroides)、臭味杆菌属(Odoribacter)和RC4-4菌属丰度较常氧组显著增加(P＜0.05),普氏菌属(Prevotella)丰度较常氧组显著降低(P＜0.05)。14、21和28 d低氧组大鼠副拟杆菌属、球毛菌属(Sphaerochaeta)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、迷踪菌属(Elusimicrobium)丰度较常氧组显著增加(P＜0.05),乳酸杆菌属、萨特氏菌属(Sutterella)丰度较常氧组显著降低(P＜0.05)。肠道菌群与HPT轴激素相关性分析表明,丁酸球菌属、迷踪菌属、萨特氏菌属与TRH、TSH显著负相关(P＜0.05),普氏菌属、拟杆菌属、臭味杆菌属、副拟杆菌属分别与TSH、TT4、TT3、FT4显著相关(P＜0.05),乳酸杆菌属与TRH、 TSH、FT4显著相关(P＜0.05),阿克曼氏菌属与TRH、FT4显著相关(P＜ 0.05),RC4-4菌属与TSH、TT3显著相关(P＜0.05)。结论: 模拟海拔5 500 m低氧应激显著改变SD大鼠肠道菌群的构成,这可能是甲状腺功能与低氧环境相适应的变化,变化程度与低氧应激时间有关;低氧环境下大鼠肠道菌群的变化与HPT轴激素水平显著相关。