Accuracy of Optimized Chemical-exchange Parameters Derived by Fitting CPMG R 2 Dispersion Profiles when R 2 0a ≠ R 2 0b

The transverse relaxation rate, R₂, measured as a function of the effective field (R₂ dispersion) using a Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) pulse train, is well suited to detect conformational exchange in proteins. The dispersion data are commonly fitted by a two-site (sites a and b) exchange model with four parameters: the relative population, p_a, the difference in chemical shifts of the two sites, δω, the correlation time for exchange, τ_ex, and the intrinsic relaxation rate (i.e., transverse relaxation rate in the absence of chemical exchange), R₂⁰. Although the intrinsic relaxation rates of the two sites, R₂^0a and R₂^0b, can differ, they are normally assumed to be the same (i.e., R₂^0a = R₂^0b = R₂⁰) when fitting dispersion data. The purpose of this investigation is to determine the magnitudes of the errors in the optimized exchange parameters that are introduced by the assumption that R₂^0a = R₂^0b. In order to accomplish this goal, we first generated synthetic constant-time CPMG R₂ dispersion data assuming two-site exchange with R₂^0a ≠ R₂^0b, and then fitted the synthetic data assuming two-site exchange with R₂⁰ = R₂^0a = R₂^0b. Although all the synthetic data generated assuming R₂^0a ≠ R₂^0b were well fitted (assuming R₂^0a = R₂^0b), the optimized values of p_a and τ _ex differed from their true values, whereas the optimized values of δω values did not. A theoretical analysis using the Carver–Richards equation explains these results, and yields simple, general equations for estimating the magnitudes of the errors in the optimized parameters, as a function of ( R₂^0a − R₂^0b).     

R2R3-MYB调控果实花色苷合成的研究进展

果皮颜色是决定果实品质和商品价值的重要因子之一,R2R3-MYB转录因子对花色苷的生物合成起着重要的调控作用。本综述从R2R3-MYB转录因子对花色苷合成的正负调控作用,特异性及与其它因子共同调控的花色苷合成网络等方面,介绍了近年来国内外R2R3-MYB在果树上调控花色苷合成的研究。并对今后果树上果实着色的研究作了展望,旨在为进一步开展本领域研究提供相关依据。     

R2R3型MYB转录因子HbMYB88结构和功能分析

R2R3-MYB转录因子参与植物生长发育、激素信号传导和逆境响应等生物过程。为了揭示橡胶树MYB家族成员结构与功能,从橡胶树热研73397（RY73397）叶片中克隆HbMYB88的cDNA全长。该基因长为1 848 bp,含1 440 bp的ORF,编码479个氨基酸。HbMYB88蛋白序列包含2个SANT保守结构域,存在HTH三级结构,与拟南芥AtMYB88、AtMYB124具有高度相似性。AtMYB88、AtMYB124与干旱等逆境相关且未划分亚族。qRT-PCR分析发现HbMYB88在橡胶树茎和花中表达量高,在根、叶片、树皮和胶乳中表达量极低。热研73397组培苗叶片喷施过氧化氢（H₂O₂）和脱落酸（ABA）等处理后,HbMYB88表达量受诱导显著上调表达。表明HbMYB88与橡胶树抗旱等逆境反应有关,为深入研究其结构和功能打下基础。     

苦荞R2R3-MYB转录因子调控原花青素生物合成的研究

基于苦荞花期转录组数据,该研究筛选并克隆获得一个黄酮代谢相关的MYB类转录因子,并命名为FtMYB23。该基因ORF框长879bp,编码292个氨基酸;系统进化树分析显示,FtMYB23与SG5-MYB亚家族成员聚为一簇,属于典型的R2R3-MYB型转录因子。β-半乳糖苷酶滤纸分析表明,其具有转录激活活性。FtMYB23过表达转基因拟南芥株系的表型分析表明,3个阳性株系的种皮颜色均呈现出比野生型更深的褐色,其叶中原花青素含量均极显著增加(P 0.01),分别为野生型的4.68、3.5和2.8倍。qRT-PCR分析表明,转基因拟南芥中黄酮合成相关的AtCHS、AtCHI、AtF3H、AtF3′H、AtFLS、AtDFR和AtBAN等基因的表达量显著升高(P 0.05),而AtTT12的表达量极显著降低(P 0.01)。研究认为,FtMYB23作为典型的Subgroup5-MYB(SG5-MYB)激活型转录因子,通过促进黄酮合成途径早期关键酶基因的表达,从而提高原花青素的合成与积累。     

拟南芥R2R3-MYB类转录因子在环境胁迫中的作用

MYB转录因子是植物转录因子中最大的家族之一,以含有保守的MYB结构域为共同特征,分为三个亚族（R1／2-MYB、R2R3-MYB和R1R2R3-MYB）,其中含有两个MYB结构域的R2R3-MYB成员最多,广泛参与植物次生代谢调控、细胞形态发生、胁迫应答、分生组织形成及细胞周期控制等。近年来,R2R3-MYB在植物逆境胁迫中的作用引起了广泛关注,本文综述了拟南芥R2R3-MYB蛋白在环境胁迫响应中作用的研究进展。     

大豆根系中应答镉胁迫的R2R3-MYB基因分析

非生命活动所需的重金属镉(Cd),在土壤中以低浓度存在时,便可以产生极强的毒性,影响植物的生长发育。MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,近年的研究表明其广泛参与多种生物学过程。为了解大豆根系中应答镉胁迫的MYB基因,本研究将发芽7天的大豆苗在镉浓度为75μmol·L~(-1)的培养基中处理0、4、8、12和48 h,采用Illumina HiSeq高通量测序平台对大豆根系进行转录组测序分析,获得16个与镉胁迫应答息息相关的R2R3-MYB基因。氨基酸序列分析表明,这16个MYB转录因子均含有4个保守元件,且均含有R2、R3保守结构域。参考拟南芥R2R3-MYB亚组分类进行系统发生学分析,发现它们分为S1、S2、S8、S15、S17、S20和S22 7个亚组。大豆根系中MYB基因差异表达分析结果显示,镉胁迫条件下,16个R2R3-MYB基因的表达量均发生变化,且表达量变化均在2倍以上,其中6个基因表达下调,最大下调倍数达17倍,10个基因表达上调,最大上调倍数为11倍。进一步分析发现,大豆根系中的MYB基因主要通过调控重金属镉的吸收、转运、解毒过程来缓解镉的毒害作用。本研究通过对大豆根系中应答镉胁迫的R2R3-MYB基因分析,为大豆抗重金属镉育种提供基因资源和理论基础。     

不同年龄白发性高血压大鼠肾脏AT1R和AT2R的表达

目的本研究观察不同月龄自发性高血压大鼠（SHR）肾脏ALR和ALR表达,初步探讨AT1R和AT2R在高血压发生、发展过程中的可能作用。方法1月龄组（S1）、2月龄组（S2）、3月龄组（S3）、6月龄组（S6）和9月龄组（墨）雄性SHR共5组,每组各6只,各组均有相应月龄匹配的Wistar-Kyoto大鼠（WKY）作对照。采用RBP-I型大鼠血压心率测定仪测量大鼠尾动脉收缩压（SBP）;放免法测定血浆血管紧张素Ⅱ（AngⅡ）;免疫组化染色结合计算机图像分析方法测定肾脏AT1R和ALR表达水平。结果（1）SHR SBP随着月龄的增加而上升,S6后趋于稳定。（2）1个月后SHR血浆AngⅡ浓度均高于S1（P〈0.05）,而S2、S3、S6和S9之间无明显差别（P〉0.05）;1个月后SHR血浆AngⅡ浓度均高于相应配对的WKY组（P〈0.05）;而WKY各月龄组均无明显差别（P〉0.05）。（3）SHR肾脏AT1R随着月份的增加而增加（P〈0.05）,且高于相应配对的WKY组（P〈0.05）。SHR肾脏ABR随着月份的增加而降低,S6明显降低（P〈0.05）,S6和S9比较无明显差别（P〉0.05）;且均低于相应配对的WKY组（P〈0.05）。WKY各月龄组AT1R和AT2R无明显差别（P〉0.05）。结论SHR肾脏AT1R表达水平比WKY高,并随着年龄的增加而递增;AT2R表达水平比WKY低,并随着年龄的增加而降低。     

拟南芥R2R3-MYB家族第22亚族的结构与功能

拟南芥R2R3-MYB转录因子在拟南芥生长发育、代谢及响应生物和非生物胁迫的调控网络中具有重要作用。根据保守的氨基酸序列,R2R3-MYB转录因子被分为25个亚族,其中第22亚族包含AtMYB44、AtMYB77、AtMYB73和AtMYB70 4个基因,主要响应生物和非生物胁迫。文章从基因功能的相似性、基因表达的一致性和基因结构的保守性3方面综述了第22亚族的4个基因,并综合讨论了其在结构与功能上的冗余性和多样性。     

蛛丝蛋白MiSp重组模块R1R2CT表达及其纤维化动力学研究

为探索蛛丝蛋白模块单元在成丝过程中的作用,研究了大腹园蛛Mi Sp R1R2CT功能模块在不同p H条件下的纤维化动力学特性。大腹园蛛Mi Sp蛋白的R1R2CT功能模块与硫氧还蛋白融合,并在BL21(DE3)中进行表达,表达量约为15 mg/L LB培养基。R1R2CT蛋白在p H 7.5和6.5时较为稳定,在22 h之内不发生纤维化;当p H值降至5.5时,R1R2CT在前2 h内快速纤维化,3~5 h趋势较为平缓;5 h之后R1R2CT蛋白再次出现Th T信号的快速增长,7 h后保持缓慢增长至22 h。R1R2CT的增长速率及幅度高于单独的CT(C-terminal)蛋白,而单独的R1R2在p H 7.5、6.5和5.5时均保持稳定,表明重复区依赖CT模块的快速纤维化模式。已有研究表明,CT在重复区纤维化过程中起晶核作用,该成果也从反面证实CT的晶核理论。     

黑麦2R染色体的显微分离与回收

建立了利用显微担任技术分离植物单个染色体的方法。以黑麦（Ｓｅｃａｌｅ ｃｅｒｅａｌｅ Ｌ）为材料,以其标准染色体组型图为依据,识别出黑麦含抗病基因的１Ｒ染色体。经显微操作,将单条１Ｒ染色体放入Ｅｐ－ｐｅｎｄｏｆ管中。研究表明,用α－溴萘饱和液对细胞进行预处理,可快速鉴别出黑麦１Ｒ染色体。采用去壁低渗制片技术,可明显地改善显微分离意境染色体的条件。     

大熊猫苦味受体T2R2 基因的克隆与序列分析

Based on bitter taste receptor T2R2 gene sequence of domesticated dog(AB249685), one pair of primers were designed and used to amplify an approximately 1.1 kb DNA fragment from genomic DNA sample of giant panda by using PCR. The PCR products were ligated into the pMD-18T vector, and then transformed into competent cells of E.coli DH5α. The identified positive clone was sequenced. The result showed that the T2R2 gene of giant panda was 1 008 bp in length, and contained complete exon, and 915 bp, encoding 304...     

Absolute configuration of 2′(R)-acetylmontrifoline and 2′(R)-montrifoline,furoquinolines from the fruits of Teclea nobilis

A phytochemical study on the alkaloids from Teclea nobilis yielded five furoquinolines, including the new acetylmontrifoline. The structures were elucidated from extensive 2D-NMR and MS experiments. The absolute configuration of the chiral center of montrifoline and of acetylmontrifoline was established as R by analysing the Mosher's derivatives and chemical modifications, respectively. All the five furoquinolines showed weak in vitro antiplasmodial activity against Plasmodium falciparum, montrifoline being moderately active (56 μg/ml) and not cytotoxic.     

小麦R2R3-MYB转录因子TaMYB3-4D的克隆及功能分析

MYB转录因子是植物最大的转录因子家族之一,广泛参与植物各种生理生化过程。该研究通过对小麦基因组测序数据库进行同源搜索,利用电子克隆技术从紫色籽粒小麦品种‘高原115’中分离得到了一个新的MYB基因TaMYB3-4 D。结果表明,TaMYB3-4D仅含有一个内含子,其编码蛋白含有2个连续的MYB结构域,为典型的R2R3-MYB蛋白。TaMYB3-4D系统发生关系上与调控花青素合成的MYB基因亲缘关系较近。TaMYB3-4 D与bHLH基因ZmR瞬时表达能够诱导白色胚芽鞘中花青素的合成。此外,TaMYB3-4 D基因仅在‘高原115’含花青素的种皮和胚芽鞘中表达,在根、茎、叶中均未表达。研究表明,TaMYB3-4 D基因是一个具有调控花青素合成代谢功能的R2R3-MYB基因,很有可能参与小麦花青素的生物合成。     

辣椒R2R3-MYB转录因子家族的全基因组鉴定与比较进化分析

MYB转录因子作为植物中最大的转录因子家族之一,参与植物的生长、代谢、抵御生物和非生物胁迫等多种生理生化过程。R2R3-MYB是MYB转录因子家族的主要存在形式。辣椒是具有重要经济价值的蔬菜作物,其R2R3-MYB转录因子缺乏系统的研究。从一年生辣椒(Capsicum annuum)、浆果状辣椒(C. baccatum...     

变色素2R水溶液显示神经髓鞘的新方法

本文应用变色素 2R(Chromotrope 2R)显示神经髓鞘的新方法,将神经髓鞘染成红色,形态清晰,颜色鲜艳,操作简便,易于掌握,是显示神经髓鞘较为优良的方法,为神经组织的病理诊断和研究提供了新的技术方法.标本来源:尸检脑组织、脊髓和周围神经组织,经10%甲醛固定,石蜡包埋,切片5μm.试剂的配制:①变色素2R染液:变色素2R(北京化工厂)0.5g,磷钨酸0.6g,冰醋酸1.0g,蒸馏水加至100ml.放置4℃冰箱长期保存,用前回温.②0.2%冰醋酸水溶液:冰醋酸0.2ml,蒸馏水加到100ml.染色步骤:     

IP3R,RYR与Ca^2＋信号

Ｃａ＾２＋在生命活动中起着至关重要的作用,细胞接受外界刺激后,通过胞膜转导,将信息传入胞内。胞内两大Ｃａ＾２＋通道家族－三磷酸肌醇受体（ＩＰ３Ｒ）和斯里兰卡肉桂碱（ｒｙａｎｏｄｉｎｅ,ＲＹ）受体（ＲＹＲ）将胞内信息以周期性的Ｃａ＾２＋波动或振动编码,并藉此形式将所载信息转递给相应的受体,从而诱导复杂的生物学应答,本在介绍ＩＰ３Ｒ和ＲＹＲｃＤＮＡ克隆,受体结构与功能的关系及其活性调节的基础上,讨论     

心血管疾病患者血清sIL—2R变化及其临床意义

白细胞介素２受体（ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ－２ｒｅｃｅｐｔｏｒ,ＩＬ－２Ｒ）在白细胞介素２（ＩＬ－２）介导的免疫反应中起重要作用,目前它已成为国内外免疫学领域研究的热点之一,可溶性ＩＬ－２Ｒ（ｓＩＬ－２Ｒ）是ＩＬ－２Ｒ家族的另一成员,它来源于细胞膜低亲...     

猪獾苦味受体T2R2基因的分子克隆与进化分析

苦味的感知是机体有效的自我保护机制之一。文章采用PCR和克隆测序方法首次从猪獾基因组中获得一全长为1 169 bp的苦味受体T2R2基因DNA序列(GenBank登录号: FJ812727)。该序列含有完整的1个外显子(无内含子), 大小为915 bp, 编码304个氨基酸残基。其蛋白质等电点为9.76, 分子量为34.74 kDa。拓扑结构预测显示猪獾T2R2蛋白上含有N-糖基化位点、N-肉豆蔻酰化位点各1个, 蛋白激酶C磷酸化位点2个。整个蛋白质多肽链含有7个跨膜螺旋区, 4个细胞外区和4个细胞内区。亲水性/疏水性分析表明, 猪獾T2R2蛋白质为一疏水性蛋白, 其亲水性区段所占比例较小。种间相似性比较显示, 猪獾T2R2基因与犬、猫、牛、马、黑猩猩和小鼠的T2R2基因cDNA序列相似性分别为91.4%、90.6%、84.4%、85.4%、83.8%、72.1%, 氨基酸序列相似性分别为85.5%、85.8%、74.0%、77.6%、75.3%、61.5%。核苷酸替换计算和选择性检验结果表明, 猪獾T2R2基因与犬、猫、牛、马、黑猩猩和小鼠间存在着强烈的纯净化选择(Purifying selection), 即强烈的功能束缚(Functional constraint), 进一步分析发现该选择作用实际上主要存在于跨膜区。猪獾、犬、猫、牛、马、黑猩猩和小鼠的T2R2基因外显子核苷酸序列构建的基因树与其物种树的拓扑结构是相一致的, 表明T2R2基因适合于构建不同物种间的系统进化树。     

PPP2R2A在乳腺癌细胞中结合GFPT2并导致其去磷酸化

PPP2R2A是PP2A磷酸酶的调控亚基之一,以往的研究报道显示,PPP2R2A可促进肿瘤细胞生存和生长。本研究通过串联亲和纯化联合HPLC-Chip-ESI/MS/MS筛选PPP2R2A的相互作用蛋白质,分析结果显示,L-谷氨酰胺-D-果糖-6-磷酸转氨酶1(Glutamine-fructose-6-phosphate transaminase 1,GFPT1)和L-谷氨酰胺-D-果糖-6-磷酸转氨酶2(Glutamine-fructose-6-phosphate transaminase 2,GFPT2)是PPP2R2A可能的结合蛋白。通过免疫荧光共定位、GST Pull-down和免疫共沉淀等方法,进一步确认了PPP2R2A和GFPT1及GFPT2的相互结合。通过shRNA下调PPP2R2A后,GFPT2的磷酸化水平显著增加,但GFPT1的磷酸化水平改变不明显。GFPT2是O-GlcNAC糖基化修饰通路中的一个限速酶,在乳腺癌细胞MDA-MB-231中下调PPP2R2A后,蛋白质O-GlcNAC糖基化修饰水平增加。这些结果表明,PPP2R2A可直接结合GFPT2,并导致其去磷酸化,进而影响细胞内O-GlcNAC糖基化修饰。