天花粉蛋白小结构域N端TCS182—200同源片段的构象研究

以天花粉蛋白小结构域Ｎ端ＴＣＳ１８２－２００同源片段序列为基础,设计Ｔ１４,Ｔ１８和ＴＤＫ３个模型肽。本文分析了模型肽的肽链柔性和侧链两亲性,预测二级结构形成势,并通过多肽固相合成和圆二色性研究模型肽的溶液二级结构,比较理论预测和实测结果。在水溶液中,Ｔ１８为β－折叠,ＴＤＫ含有一定量α－螺旋;而Ｔ１４基本上为无规卷曲,但在碱性条件下有类似螺肇的亚稳结构存在。     

神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用

介绍了蛋白质二级结构预测的研究意义,讨论了用在蛋白质二级结构预测方面的神经网络设计问题,并且较详尽地评述了近些年来用神经网络方法在蛋白质二级结构预测中的主要工作进展情况,展望了蛋白质结构预测的前景。     

基于 RBF 神经网络的蛋白质二级结构预测

蛋白质二级结构对于研究其功能具有重要作用。采用主成分分析方法对氨基酸的基本物化属性及其二级结构倾向性进行降维降噪处理,使用径向基神经网络对蛋白质二级结构进行预测。主成分分析使得之前 20 ×12 矩阵变为 20 ×4 矩阵,极大地减少了神经网络输入端的维数。在仿真过程中,当窗口大小为 21,扩展函数为 7 时,预测精确度达到了 71. 81%。实验结果表明 RBF 神经网络可以有效的用于蛋白质二级结构的预测。     

二维核磁共振与核酸的溶液结构

二维核磁共振技术(2D-NMR)是近十几年出现的核磁共振方法的一个分支,已能在溶液态测定蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构,成为与单晶X-射线研究相互补充的重要手段.与蛋白质的二维核磁共振研究相比,核酸的2D-NMR研究起步略晚,但近三、五年来已取得长足的进步,在作核酸的结构测定、研究核酸—蛋白质相互作用中发挥了其     

布氏锥虫自噬蛋白ATG12的表达、纯化及二级结构预测

[目的]表达纯化布氏锥虫自噬蛋白TbATG12,并对其二级结构进行预测。[方法]克隆TbATG12编码序列,采用酶切连接方法构建表达载体TbATG12(pET-28a),转化进入BL21(DE3)表达菌株诱导蛋白表达,利用Ni^(2+)-NAT亲和层析及分子筛层析方法纯化蛋白。采用核磁手段,采集一维和二维谱图,利用JPred 4预测其二级结构。[结果]16℃、0.5 mmol/L IPTG诱导20 h,TbATG12以可溶蛋白形式存在。纯化后蛋白纯度可达95%。TbATG12谱峰分布均匀,强度较强,二级结构预测其含有3个α-螺旋和5个β-折叠,为后续解析TbATG12溶液结构提供指导。[结论]克隆、表达纯化得到纯度>95%可溶TbATG12蛋白,二级结构预测和比对发现其结构在进化上很保守。     

天花粉蛋白小结构域N端同源片段的溶液构象：T18肽的圆二色性和荧光研究

应用圆二色性,内源荧光和疏水荧光探针法进一步研究Ｔｌ８肽的溶液构象及其相互转化。发现Ｔ１８肽在水溶液中为β折叠结构,且在高浓度（＞１ｍｇ／ｍｌ）时形成疏水聚合物;Ｌｙｓ１５和Ｉｌｅ３－Ｉｌｅ４是形成β折叠疏水簇的关键因素。并讨论了蛋白质肽链和溶剂环境对肽段二级结构的调制作用。     

二维核磁共振谱在二萜生物碱结构测定中的应用

本主综述了二维核磁共振谱在测定二萜类生物碱结构中的最近进展。     

色氨酸阻遏物与其操纵基因复合物的圆二色性研究

用圆二色性谱来确定色氨酸阻遏物与其操纵基因复合物在溶液中的构象变化。色氨酸阻遏物的圆二色性图谱表明它是一种富含α螺旋的蛋白质,通过比较加入Ｌ－Ｔｒｐ前和后的圆二色性谱,发现活性的与非活性的色酸阻遏物二级结构变化很小,ｔｒｐ Ｐ／Ｏ的圆二色性谱与它的单健、双链理论计算曲线对比,可近拟推测操纵基因在溶液中的存在状态。用色氨酸阻遏物对ｔｒｐ Ｐ／Ｏ进行确定,可以从中找出蛋白质与核酸结合的平衡点。从平衡时     

天花粉蛋白小结构域N端同源片段的溶液构象,T18肽的圆二色性…

应用圆二色性,内源荧光和疏水荧光探针法进一步研究Ｔ１８肽的溶液构象及其相互转化,发现Ｔ１８肽在水溶液中为β折叠结构,且在高浓度（〉１ｍｇ／ｍｌ）时形成疏水聚合物,Ｌｙｓ１５和Ｉｌｅ３－Ｉｌｅ４是形成β折叠疏水簇的关键因素,并讨论了蛋白质链和溶剂环境对肽段二级结构的调制作用。     

简单的一致性方法预测蛋白质二级结构

蛋白质二级结构预测对于我们了解蛋白质空间结构是至关重要的一步。文章提出了一种简单的二级结构预测方法,该方法采用多数投票法将现有的3种较好的二级结构预测方法的预测结果汇集形成一致性预测结果。从PDB数据库中随机选取近两年新测定结构的57条相似性小于30%的蛋白质,对该方法的预测结果进行测试,其Q3准确率比3种独立的方法提高了1.12—2.29%,相关系数及SOV准确率也有相应的提高。并且各项准确率均比同样采用一致性方法的Jpred二级结构预测程序准确率要高。这种预测方法虽然原理简单,但无须使用额外的参数,计算量小,易于实现,最重要的前提就是必须选用目前准确性比较出色的蛋白质二级结构预测方法。     

基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。     

支持向量机在PPⅡ二级结构预测中的应用

PPⅡ二级结构是一种稀有的蛋白质结构类型。目前使用机器学习方法预测此二级结构的工作还比较少见。引入一种新的方法———支持向量机 (SVM)来预测PPII二级结构 ,并与神经网络方法进行了比较 ,结果表明 ,SVM方法在预测PPII结构上表现良好 ,预测精度达到 76 .5 2 %。     

火菇素的溶液二级结构与变性动力学

为了弄清抗肿瘤活性物质火菇素蛋白的二级结构及其活性在保存时自然衰减的规律 ,为临床应用提供依据 ,测定了火菇素的圆二色性并用蛋白质二级结构解析程序分析了火菇素的溶液二级结构 ,研究了火菇素的变性动力学 .火菇素的远紫外圆二色性的研究表明 ,其水溶液在 2 0 8nm处表现为大负峰 ,最大平均残基摩尔椭圆度 [θ]2 0 8=- 6574deg·cm2·dmol-1,在 2 2 3nm处为肩 .经二级结构解析程序计算分析 ,火菇素的二级结构组成为 :α螺旋 1 5.2 % ,平行 β折叠片和 β转角6.1 % ,反平行 β折叠片 32 .7% ,无规卷曲和 γ转角 2 3.4% ,其中二硫键和芳香氨基酸对火菇素圆二色性的贡献占 2 2 .6% .热变性几乎使所有的二级结构都遭到破坏 ,转化为无规卷曲 .利用已建立的火菇素免疫单向琼脂扩散定量检测技术 ,对在 4℃下保存的火菇素进行了长期跟踪检测 ,结果表明 ,在保存过程中火菇素的活性逐步降低 ,同时其二级结构也被破坏 .根据实验结果 ,建立了火菇素变性的一级动力学方程模型 :ct=coe-t/τ,该模型方程能很好地拟合实验结果 .根据模型方程计算的火菇素的寿命为 370 d,半衰期为 2 56d.说明火菇素这种很有应用前景的抗肿瘤药物比较容易长期保存 .     

用FT—IR技术研究人卵泡促性腺激素释放肽hF—GRP及其类似物TF14的二级结构

用付立叶变换红外（ＦＴ—ＩＲ）技术,定量分析了人卵泡促性腺激素释放肽ｈＦ—ＧＲＰ及其类似物ＴＦ１４这两个多肽在重水溶液中的二级结构,结果为ｈＦ－ＧＲＰ有近四分之一的残基处于无规卷曲,其余部分是非典型的伸展结构,ＴＦ１４则基本上处于伸展和转角结构,无规和螺旋的成分很少,这与用二维核磁共振技术测定的ｈＦ—ＧＲＰ和ＴＦ１４的溶液构象实验结果非常吻合。     

磷酸丙糖异构酶的折叠及稳定性研究

从鸡胸肌中纯化出磷酸丙糖异构酶(triosephosphateisomerase,TIM),通过蛋白质内源荧光,圆二色性,紫外吸收二阶导数光谱等多种研究溶液构象的方法,对TIM被盐酸胍和热变性过程进行了详细的研究.结果表明,用不同测量方法得到TIM的变性过程均高度协同,没有观察到折叠中间态,应用单分子二态去折叠模型计算了TIM去折叠的热力学参数.通过圆二色光谱在222nm处的变化监测的TIM热变性过程也是高度协同的二态过程,天然态TIM的表观Tm为64.6℃.在低浓度盐酸胍存在下,TIM的热稳定性降低.讨论了二体蛋白质的可能去折叠机制,证明在使用的实验条件下磷酸丙糖异构酶去折叠过程中二级结构与三级结构的变化是同时发生的,其去折叠遵循观察不到二体解离的表观二态过程.     

鉴定天然产物结构的利器——DEPT和各种2D NMR谱

本文概括性地介绍了DEPT技术和新近各种常用的二维核磁共振谱在天然产物结构鉴定中的应用以及相应的一些注意点     

用FT—IR技术研究人卵泡促性腺激素释放肽hF—GRP及其类似物TF14的二级结构

用付立叶变换红外（ＦＴ－ＩＲ）技术,定量分析了人卵泡促性腺激素释放肽ｈＦ－ＧＲＰ及类似物ＴＦ１４这两个多肽在重水溶液中的二级结构,结果为ｈＦ－ＧＲＰ有近两分之一的残基处于无规卷曲,其余部分是非典型的伸展结构,ＴＦ１４则基本上处于伸展和转角结构,无规和螺旋的成分很少,这与用二维核磁共振技术测定的ｈＦ－ＧＲＰ和ＴＦ１４的溶液构象实验结果非常吻合。     

二维核磁共振谱在多糖结构研究中的应用

二维核磁共振谱（2D NMR）是获取多糖结构信息,尤其是在多糖序列分析方面的有力工具。本文重点介绍了在多糖结构解析中常用的几种2D NMR谱以及2D NMR解析多糖结构的方法。     

RNA大分子的二极结构预测

本文提出能预测单链核酸分子的具有最小自由能的二级结构的计算方法。方法的基础是拓扑平面图的最大C—匹配原理和现有的单链核酸分子折叠构象的热力学数据资料。为了说明算法的能力,对免疫球蛋白r1重链的mRNA片段序列(459个核苷酸残基)大肠杆菌16s rRNA片段序列(567一883)以及脊髓灰白质炎病毒RNA片段序列(1—74O)的二级结构进行了计算机预测并同现有的结构模型进行了比较和讨论。由计算机预测的大肠杆菌16s rRNA中心域的二级结构与Noller和Woese提出的结构模型基本一致。     

用人工神经网络方法预测蛋白质超二级结构

蛋白质超二级结构,即由α－螺旋和β－折叠等二级结构单元和连接短肽组成的超二级结构,是蛋白质结构研究中的一个重要层次。目前蛋白质超二级结构的预测工作尚属摸索阶段,还没有成熟的方法。人工神经网络预测方法是近年来在二级结构预测中发展起来的新方法。本文成功的将人工神经网络引入蛋白质超二级结构的预测工作中,结果表明蛋白质的超二级结构的发生与其局域的氨基酸的序列模式有重要联系,可以由蛋白质的一级结构序列预测该