蛋白质一级结构的“远缘”比较

由于核苷酸顺序测定方法的突破,致使蛋白质(尤其是分子量大、低含量的蛋白质)的一级结构测定大为简便,越来越多的蛋白质的一级结构已被测定。与此同时,电子计算机技术发展迅速,并广泛地应用于生物科学。这两者的结合,开拓了蛋白质一级结构比较研究的领域,在一些尚未想到会有关系的蛋白质一级结构之间也发现有同源性。这种比较研究可称为“远缘”比较,其结果是建立了蛋白质一级结构的“家谱”。本文例举七个类型蛋白质一级结构的“远缘”比较,并对“远缘”比较给予蛋白质结构和功能关系,分子进化的研究提供的启迪作一概要的讨论。     

DNA复制、转录及蛋白质生物合成的微机程序设计

核酸及蛋白质是现代生物研究的重点,是生物化学、分子遗传学、分子生物学等的主要内容。为了配合教学,开展微机应用,设计了DNA复制、转录及蛋白质生物合成的电子计算机程序。当输入一定的DNA(模板DNA,方向为3′→5′)序列时,通过此程序运行,可分别准确地打印出与模板DNA对应的DNA互补链(复制),特定核苷酸排列的mRNA链(转录)及其由特定氨基酸排列的多肽链(翻译)。     

不同前处理方法对氨基酸定量分析效果的影响

<正> 氨基酸是组成蛋白质的基本单位,是生物体最要要的营养物质,它在机体营养代谢中起着重要作用。而氨基酸分析则是评定食品及饲料等营养价值的重要方法,它广泛地应用于各个领域中,氨基酸分析包括样品前处理和氨基酸定量两大部分,近十年来由于电子技术、电子计算机技术和色谱分析技术     

一种高效电泳技术——毛细管电泳技术

高效电泳系统(High performance electrophoresis system,HPE)能分离多肽、蛋白质、DNA、氨基酸、细菌和病毒。层析和电泳是现代生物学中两项基本分离技术。由于高压泵的使用和各种填料性能的改进,层析技术已发展到快速、精确、重复性好的高效液相层析系统,结合电子计算机的应用、形成自动化、电脑化的仪器。     

微生物蛋白质组研究进展

本文概括性地叙述蛋白质组相关的基本概念,主要蛋白质组技术,微生物学蛋白质、比较蛋白质组、功能蛋白质组研究进展和蛋白质组技术在细胞微生物学研究中的应用。     

丝氨酸蛋白酶超家族分子结构进化研究

采用刚体结构比较法进行蛋白质的结构比较,根据结构比较分数构建分子进化树, 研究丝氨酸蛋白酶超家族分子的进化规律。对分子进化树进行了一些初步分析,得到了一些有意义的结果。根据蛋白质的进化,可以比较精确的确定某物种的进化地位,对于物种的分类具有重要意义。通过对超家族分子进化的研究可以了解蛋白质超家族不同蛋白质之间的亲缘关系和蛋白质之间的进化差异,对于蛋白质工程分子设计提供帮助,对蛋白质结构预测具有一定意义     

揭示核糖体结构的秘密

近年来有科学家利用Ｘ射线晶体学、电子显微镜以及电子计算机绘制而成了核糖体的高分辨率图谱。该图谱揭示出一种细菌核糖体的 2个亚基的主要组成部分中的 2个ＲＡＮ分子及 31个蛋白质的大多数结构。耶鲁大学的ＰｅｔｅｒＢ .Ｍｏｒｒｅ在 2 0 0 0年 8月 11日的Ｓｃｉｅｎｃｅ上报道 ,他们从核糖体晶体中发现有一种非预料中的蛋白质包围了一个预料中的卷曲的ＲＮＡ。这种蛋白质经常有一个球状部分 ,另外还有一根短链延伸深入到核糖体结构中去。研究者将一种新分子导入核糖体 ,这种新分子停靠在肽键形成部位 ,由此他们进一步证实了位于隧道结…     

嗜热与嗜常温微生物的蛋白质氨基酸组成比较

嗜热微生物的嗜热特性与其蛋白质的高度热稳定性紧密相关。为了探索嗜热蛋白质的热稳定机制,比较嗜热和嗜常温微生物的蛋白质在氨基酸组成上的差别,收集110对分别来自嗜热和嗜常温微生物的同源蛋白质序列,比较两组蛋白质各种氨基酸含量以及疏水性氨基酸组成、疏水性指数和荷电氨基酸组成的差别,结果两者在多种氨基酸含量上存在微小但统计学上显著的差别,嗜热蛋白质比嗜常温蛋白质具有较高的平均疏水性和荷电氨基酸组成。对两组蛋白质的“脂肪族氨基酸指数”进行分析,证明嗜热蛋白质之所以具有较高的脂肪族氨基酸指数是由于其亮氨酸含量较高,与影响该指数的其它几种氨基酸无关;从而认为该指数的意义值得怀疑。通过对大量同源嗜热蛋白质和嗜常温蛋白质氨基酸组成的比较,能够揭示一些有关蛋白质热稳定性的普遍规律。     

基于知识的蛋白质结构预测

介绍了近几年基于知识的蛋白质三维结构预测方法及其进展．目前,基于知识的结构预测方法主要有两类,一类是同源蛋白模建,这种技术比较成熟,模建的结果可靠性比较高,但只适用于同源性比较高的目标序列的模建;另一类方法即蛋白质逆折叠技术,主要包括3D profile方法和基于势函数的方法,给出的是目标蛋白质的空间走向,它主要可用于序列同源性比较低的蛋白质的结构预测．     

蛋白质结构比较的微分几何方法

本文提出了一种利用蛋白质主链结构的微分几何描述实现蛋白质结构比较的新方法,即用主链的曲率和扰率刻划蛋白质结构有局部构象,再按动态规划算法实现最佳比较。通过对珠蛋白,天冬氨酸蛋白酶和丝氨酸蛋白酶的多重比较表明这个方法既适用于近缘同源蛋白又适用于近缘同源蛋白又适用于远缘同源蛋白的结构比较。     

电子计算机在微生物学研究中的应用

电子计算机具有运算速度快、存储容量大、运算精确度高,以及能同时进行数值运算与逻辑判断等突出特点。它可分为数字式、模拟式和混合式三大类。通常所说的电子计算机,一般均指数字式类型。从1946年电子计算机问世以来,目前已发展为以大规模集成电路为主要元件。巨型电子计算机的运算速度已达每秒一亿五千万次。大约每5—8年,运算速度提高十倍,体积缩小     

电子计算机在现代医学中的应用

目前,电子计算机作为一种先进的计算和控制技术,正在日益广泛地应用于生产和科学研究的各个部门。由于电子计算机具有运算速度快、存储容量大、运算精确度高以及能同时进行数值运算与逻辑推理等特点,故在现代医学的理论研究和临床实践等方面,电子计算机已     

人胃黏膜上皮细胞与胃癌细胞间酪氨酸磷酸化的比较蛋白质组学研究

比较人正常胃黏膜上皮细胞GES-1与人胃癌细胞SGC-7901间酪氨酸磷酸化蛋白质的差异,筛选差异磷酸化蛋白质分子,为揭示胃癌发生发展的分子机制提供新的理论依据.采用免疫沉淀方法从人胃黏膜上皮细胞GES-1与人胃癌细胞SGC-7901总蛋白质中免疫沉淀出酪氨酸磷酸化蛋白质,用SDS-PAGE和二维凝胶电泳技术分离沉淀出的酪氨酸磷酸化蛋白质,银染,差异蛋白点进行胶内酶解,采用MALDI-TOF/TOF-MS质谱进行差异蛋白质鉴定.结果显示获得了7个差异酪氨酸磷酸化蛋白质,这些蛋白质涉及细胞骨架、细胞调控等.通过比较正常胃黏膜上皮细胞与胃癌细胞内酪氨酸磷酸化蛋白质的差异,筛选获得7个差异酪氨酸磷酸化蛋白质分子,有助于深入研究胃癌发生发展的分子机制,进而为胃癌的早期诊断和防治提供新的理论依据和作用靶标.     

一种简单而灵敏的蛋白质肽图分析方法

聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)已广泛用于多组分蛋白质体系的分离、纯化和分子量比较分析,而蛋白质肽图分析方法则能进一步在寡肽的水平上对蛋白质进行比较研究。部分揭示蛋白质氨基酸组成的异同。常规的肽图分析方法所需样品量较大(n mole或接近mg量),制备样品不仅步骤繁杂而且损耗量大,因而限制其广泛应用.1977年Elder等对PAGE分离得到的凝胶小片中的蛋白质,直接用放射性碘标记,然后进行酶解、电泳-层析、放射自显影     

iTRAQ多重化学标记串联质谱技术在比较蛋白质组学中的应用

研究不同生理和病理条件下细胞内蛋白质的含量和状态变化是比较蛋白质组学的核心内容。要揭示上述动态过程往往需要进行多个样品的同步比较分析。近年来,在体内和体外同位素标记基础上,用多维液相色谱分离多肽,进而用串联质谱进行相对定量的分析方法已成为高通量比较蛋白质组研究的主要手段之一。该文就目前唯一一种可以进行四重蛋白质样品同步比较的iTRAQ标记-串联质谱分析技术进行综述。     

建立蛋白质序列的同源性

蛋白质序列同源性比较是研究蛋白质结构、功能与进化的基础。分子生物学家依靠计算机程序进行序列对准此较。本文主要综述计算机介导的序列比较的基本原理和评价序列类似之显著性水准的方法,并介绍多序列同时比较的方法。     

转录组与蛋白质组比较研究进展

转录组和蛋白质组比较研究发现,总体而言其间的相关性不高 . 根据数据的类型不同可以将现有的研究分为 4 类：单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较 . 对其差异原因的研究和分析表明：除了由实验系统及数据类型不同导致的差异外,转录后蛋白质合成各步骤所受到的限制,以及在此过程中的分子调控也对其有重要的影响;而且不同基因,不同组织和细胞在不同状态下可能也会有差异 . 因此,结合转录组和蛋白质组的表达谱研究倾向于利用蛋白质组和转录组研究的差异和互补性,同时对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位度量,以获得表达谱的全景图,并挖掘受到转录后调控的基因 .     

蛋白质二硫键异构酶——一种可能参与蛋白质生物合成的酶

蛋白质二硫键异构酶分布很广,种属间比较保守,定位于内质网膜上,组织分布、活力水平与含二硫键的蛋白质的合成平行,而且底物专一性很差,催化巯基二硫键交换,提示它可能参与蛋白质的生物合成。     

蛋白质二硫键异构酶—一种可能参与蛋白质生物合成的酶

蛋白质二硫键异构酶分布很广,种属间比较保守,定位于内质网膜上,组织分布、活力水平与含二硫键的蛋白质的合成平行,而且底物专一性很差,催化巯基二硫键交换,提示它可能参与蛋白质的生物合成。     

检测聚丙烯酰胺凝胶中蛋白质的3种染色方法比较

用考马斯亮蓝染色、银染色、铜染色等 3种方法对同一种蛋白质染色的灵敏度、快速性进行比较 ,得出 3种蛋白质染色方法的优缺点 ,为蛋白质电泳染色合理选用不同方法提供依据