2019新型冠状病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点

2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。基于基因组信息,我们前期研究结果显示2019-nCoV与SARS冠状病毒虽然同属于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒),但两种病毒差异较大,这一结果与两者临床症状差异一致。前期研究还发现了BB冠状病毒存在大量的可变翻译,并从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。本研究在国际上首次报道Beta冠状病毒S蛋白上的一个重要突变,这个突变使2019-nCoV具有了一个可供Furin蛋白酶切的位点,是大部分Beta冠状病毒(特别是SARS和SARS样(SARS-like)冠状病毒)所不具有的。我们的一个结论是这个突变有可能增强了2019-nCoV侵染细胞的效率,进而使其传播力显著大于SARS冠状病毒。由于这个突变,2019-nCoV的感染机制也会不同于SARS等大部分Beta冠状病毒,而与鼠肝炎冠状病毒、HIV、埃博拉病毒和一些禽流感病毒的感染机制更相似。我们意外发现一些禽流感病毒也可以通过突变获得Furin蛋白酶切位点,这说明自然突变可以引入Furin酶切位点。除此之外,在2019-nCoV的S蛋白中插入的"CGGCGG"序列编码两个精氨酸,然而"CGG"对于宿主(人)来说是蛋白质翻译的稀有密码子。我们的另一个结论是引入Furin蛋白酶切位点的插入突变中包含的"CGGCGG"是传播到人之前形成的;2019-nCoV的中间宿主应该是密码子"CGG"相对使用频率更高的哺乳动物。使用我们提供的密码子"CGG"相对频率表结合2019-nCoV检测阳性的动物样品信息可以准确地确定2019-nCoV的中间宿主。对这个重要突变的后续研究将为揭示2019-nCoV传播力强的原因,以及为药物、抗体和疫苗的开发等工作奠定基础。     

2019新型冠状病毒信息库

2019年12月在中国武汉开始爆发的新型肺炎已造成全球25个国家/地区的31516人感染、638人死亡(截止2020年2月7日16时),引起该肺炎的病毒被世界卫生组织命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。为促进2019-nCoV数据共享应用并及时向全球公众提供病毒的相关信息,国家生物信息中心(CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建立了2019新型冠状病毒信息库(2019nCoVR,https://bigd.big.ac.cn/ncov)。该信息库整合了来自德国全球流感病毒数据库、美国国家生物技术信息中心、深圳(国家)基因库、国家微生物科学数据中心及CNCB/NGDC等机构公开发布的2019-nCoV核苷酸和蛋白质序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章等信息,开展了不同冠状病毒株的基因组序列变异分析并提供可视化展示。同时,2019nCoVR无缝对接CNCB/NGDC的相关数据库,提供新测序病毒株系的基因组原始测序数据、组装后序列的在线汇交、管理与共享、国际数据库同步发布等数据服务。本文对2019nCoVR数据汇交、管理、发布及使用等进行全面阐述,以方便用户了解该信息库各项功能及数据状况,为加速开展病毒的分类溯源、变异演化、快速检测、药物研发以及新型肺炎的精准预防与治疗等研究提供重要基础。     

5'非翻译区条形码揭示2019新型冠状病毒毒力

2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。在前期研究中,我们在国际上首次报道了有关2019-nCoV的两个重要发现:①Beta冠状病毒B亚群存在大量的可变翻译;②2019-nCoV的S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。本研究在国际上首次报道了2019-nCoV的5'非翻译区分析的结果:Beta冠状病毒可以根据其5'非翻译区条形码分为不同毒力的四个类;这四类对应Beta冠状病毒的四个亚群;已知的2019-nCoV与SARS冠状病毒的5'非翻译区条形码完全一样。作为本研究的最大贡献,我们在国际上首次提出5'非翻译区条形码可应用于病毒的检测、鉴定、分类以及进化研究。这种方法对于冠状病毒的预警和防控至关重要。本研究的最重要发现是内部核糖体进入位点很可能是影响冠状病毒毒力的重要因素。这个发现从分子水平揭示了2019-nCoV的毒力,并且为药物、抗体和疫苗的开发等应用提供直接指导。同时,我们提出一个基础理论方面的假说,起始密码子上游临近的茎环结构在真核生物的蛋白质翻译中起到重要作用。     

新型冠状病毒上海株(nCoV-SH01)的分离和鉴定

新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)疫情对人类生命健康构成极大威胁。病毒的分离是构建新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)细胞感染模型和动物感染模型的基础。本研究利用冠状病毒易感的Vero E6细胞,从1例上海感染者的咽拭子中分离到一株2019-nCoV,命名为nCoV-SH01。对该毒株全基因组采用一代Sanger和二代Illumina法测序,发现该毒株与GenBank MN908947的同源性＞99.99%。免疫荧光检测显示,该毒株与COVID-19康复者的血清呈阳性反应。当nCoV-SH01感染Vero E6细胞后,导致典型的合胞体病变,细胞病变效应明显且进展迅速,提示nCoV-SH01可用于进一步建立2019-nCoV的细胞感染和动物感染模型,为开展致病性研究以及抗病毒药物和疫苗研发奠定了基础。     

新冠肺炎COVID-19临床治疗的药物选择

新型冠状病毒病COVID-19,如大多数病毒感染疾病一样,除了疫苗以外,尚无特效药,也没有针对性的治疗方法。在临床上,药物治疗主要是针对患者在感染病毒以后,免疫系统被激活到极限程度或者失去控制,从而给患者带来伤害。本研究系统地回顾了新冠肺炎爆发以来的临床治疗案例,结合中国国家卫健委发布的《新型冠状病毒病肺炎诊疗方案(试行第一至七版)》,提出了治疗新冠肺炎COVID-19临床药物的选择策略,评估了各种目前应用于临床实践的西药的疗效和风险,旨在为临床医生在药物选择上提供理论依据和临床上的案例。     

新型冠状病毒基因组结构与蛋白功能

2019年12月以来,武汉市暴发新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)疫情并迅速蔓延全国,2020年1月30日被世界卫生组织(World Health Organization,WHO)列为“国际关注的突发公共卫生事件”(public health emergency of international concern,PHEIC)。核酸序列分析证明COVID-19由新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起。2019-nCoV为正链单链RNA病毒,基因组长约30 kb,两端为非编码区,中间为非结构蛋白编码区和结构蛋白编码区。非结构蛋白编码区主要包括开放读码框架(open reading frame,ORF)1a和ORF1b基因,编码16个非结构蛋白(non-structural proteins,NSP),即NSP1～16。结构蛋白编码区主要编码刺突(spike,S)蛋白、包膜(envelope,E)蛋白、膜(membrane,M)蛋白和核衣壳(nucleocapsid,N)蛋白。深入了解2019-nCoV基因组的结构和蛋白功能,将为2019-nCoV相关的病毒溯源、复制增殖、致病免疫、药物与疫苗研发以及当前疫情的防控提供有力的支撑。     

抗新型冠状病毒中和抗体药物临床研究进展北大核心CSCD

自1998年预防呼吸合胞病毒的帕利珠单抗药物上市以来,多种靶向病毒的治疗性抗体药物已成功用于感染性疾病的临床治疗。新型冠状病毒肺炎疫情暴发后,多种中和抗体药物快速进入临床研究阶段,展现出积极的治疗及预防效果,并以紧急使用授权的方式用于疫情防控。本文对抗新型冠状病毒中和抗体药物的临床进展和主要临床试验结果进行总结,以期为包括新型冠状病毒肺炎在内的新发、突发传染病中和抗体药物研发提供参考。     

冠状病毒相关研究工具进展

冠状病毒宿主范围广,可跨越动物宿主屏障感染人类,甚至造成人际传播。2019年12月新型冠状病毒(2019novel coronavirus,2019-nCoV)在中国武汉引发肺炎疫情,引起全世界的关注。截至2020年2月10日,中国实验室确诊病例40 235例,死亡909例,病死率2.3%;重症6 484例,重症率16.1%;全球已有25个国家和地区有确诊病例。至此,2019-nCoV成为继出现在中国内地的严重急性呼吸综合征冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)、出现在中东沙特的中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)之后,第三种可引起人类致死的冠状病毒。对于2019-nCoV的来源、中间宿主、传播方式、致病机制、防控措施等一系列问题,丞待科学家去研究探索。了解新病原的研究工具,借鉴SARS-CoV和MERS-CoV的研究经验,在基因合成技术提升的背景下,仅需新病原基因组序列就可开发基础研究工具,进行减毒疫苗株、筛选药物和致病机制等的研究探讨。因此,本文就目前冠状病毒基础研究工具做一综述。     

脐带间充质干细胞治疗新型冠状病毒肺炎2例

新型冠状病毒感染疫情,已经发展为全球公共卫生紧急事件。世界卫生组织将此病毒命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV),将引发的疾病命名为2019冠状病毒病(Coronavirus Disease-19,COVID-19)。COVID-19患者以发热、乏力、干咳为主要临床表现,少数患者伴有鼻塞、流涕和腹泻等症状。重症患者多在发病1周后出现呼吸困难和(或)低氧血症,严重者快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍等。COVID-19目前尚无特效治疗手段,有学者认为,避免细胞因子风暴可能是治疗COVID-19感染患者的关键。间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs)具有强大的免疫调节能力,可能对预防或减弱细胞因子风暴、降低本病的发病率和死亡率具有一定的作用。海南医学院第二附属医院于2020年2月采用脐带间充质干细胞治疗2例新型冠状病毒肺炎患者,取得一定疗效。     

关于重庆地区在治疗后的“新冠”病人粪便中发现2019新型冠状病毒核酸阳性的病例报告

2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎(以下简称"新冠"),已经迅速席卷全国并传播到全球20多个国家。目前确诊依据为患者呼吸道标本中2019-nCoV核酸检测结果阳性;而患者症状消失,且间隔24 h连续2次呼吸道标本2019-nCoV核酸检测阴性为出院标准。作者对近期重庆市某医院收治的27例新冠病人的呼吸道及粪便标本采用RT-PCR方法进行连续多次2019-nCoV核酸检测。结果显示,6例患者粪便标本2019-nCoV核酸检测呈阳性,其中有2例呼吸道标本2019-nCoV核酸未检出,提示标本类型影响核酸检测的阳性率。综上所述,新冠病人不同类型的标本核酸检测结果一致性有差别,还需要开展更多更深入的研究以揭示该疾病在不同进程阶段核酸检测结果的规律。     

中草药在防治新型冠状病毒肺炎中的应用

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是由新型冠状病毒引起的突发性传染病,具有极强的传染性和致病性,感染者常伴有发烧、乏力、咳嗽等症状,自2019年12月首次发现以来,新型冠状病毒肺炎迅速席卷全球,受到国内外高度关注。中医药是我国传统特色文化,国家卫健委、中医药管理局在《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第三版)》中首次推出中医药治疗方案,其中清热解毒、补气活血、清肺化痰等中药为新冠肺炎防治中常用中草药类型,槲皮素、山奈酚、黄芩素等黄酮类成分为主要活性成分。实践证明,中草药在抗病毒、抗炎、减轻患者症状等方面有显著效果,特别是我国新冠肺炎患者总体治愈率达94%以上,远高于其他国家。文中在概述新型冠状病毒特征的基础上,综述中医药治疗新冠肺炎中涉及的药用植物及其有效成分研究进展,为防治新冠肺炎药物研发提供参考。     

新型冠状病毒的结构基础与新型冠状病毒肺炎的临床药物治疗

新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)是指由新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus2, SARS-CoV-2)感染导致的肺炎。SARS-CoV-2结合细胞表面受体——血管紧张素转化酶2 (angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)感染肺部细胞,导致白细胞浸润,血管和肺泡壁通透性增加,肺表面活性物质减少,引起呼吸系统症状。局部的炎症加重引起细胞因子风暴,造成全身性炎症反应综合征。2019年12月,武汉市卫生健康委员会报告了多例新型肺炎,分离并确定了病原体SARS-CoV-2。截至2020年9月13日,全世界216个国家或地区受累,2 860余万人确诊COVID-19,90余万人死于该疾病,病死率高达3.20%。到目前为止,尚无特效药物可治疗COVID-19,因此解析病毒结构,探索治疗药物显得尤其重要。本文总结了SARS-CoV-2的病毒结构和COVID-19的临床药物治疗,并分析了他们之间可能的相关性。     

新型冠状病毒的动物源性和传染源控制

根据现有的数据,新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)比严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)的传染性强、传播速度快、疫情规模大、病死率低。其传染性、传播速度和疫情规模似乎具有甲型流感病毒(influenza A virus)的特点。尽管2019-nCoV来源于何种动物尚无定论,但它与SARS-CoV同属冠状病毒,具有共同之处。如果流行过后 2019-nCoV没能在人群中持续传播和存在(如同SARS-CoV一样),则控制野生动物传染源乃重中之重;如果2019-nCoV获得了能在人群中持续传播的能力,预防控制策略将与SARS-CoV明显不同,疫苗便成为至关重要的手段。     

新型冠状病毒肺炎治疗药物监测研究进展

新型冠状病毒肺炎(简称"新冠肺炎")在全球持续蔓延,其治疗用药均为老药新用。但这些药物在新的适应症中的药代动力学参数缺乏,且很多患者需要使用血透和人工肺等可能影响药物浓度的治疗手段,因此急需对患者用药进行治疗药物监测(therapeutic drug monitoring, TDM),以提高临床用药的有效性,并降低其毒副作用。本研究对新冠肺炎患者使用的羟基氯喹、替考拉宁、阿比朵尔、克立芝(洛匹那韦/利托那韦, LPV/RTV)和万古霉素的治疗药物监测进行综述,包括各药在老适应症患者中的TDM研究进展、药物浓度检测的方法(主要是液相色谱串联质谱法)、血药浓度治疗窗以及这些药物在新冠肺炎患者中的TDM研究进展,以期为新冠肺炎TDM研究提供方法学的支持,为患者个体化用药提供理论依据。     

抗新型冠状病毒单克隆中和抗体药物研发进展*

随着新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情在全球的不断蔓延,开发有效的治疗药物迫在眉睫。中和抗体作为最有希望的新型冠状病毒特异性治疗药物,已经在临床研究中展现很好的治疗效果。对抗新冠病毒单克隆中和抗体药物研发的进展、涉及的主要技术和主要临床试验结果进行了总结,以期为包括COVID-19在内的新发、突发传染病中和抗体药物研发提供参考。     

孕期新型冠状病毒感染妊娠结局的研究综述

病毒性肺炎是世界范围内人类常见病之一,而近年由新型冠状病毒暴发引起的急性呼吸系统疾病严重威胁人类的健康。2019年12月以来,暴发于中国武汉的2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)再一次引起全世界的高度关注,被世界卫生组织(WHO)定为国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。目前已经发现的可感染人的冠状病毒有7种,其中4种冠状病毒在人群中比较常见,致病性较低,另外3种[严重急性呼吸综合征冠状病毒SARS-CoV(2002)、中东呼吸综合征冠状病毒MERS-CoV(2012)和SARS-CoV-2(2019)]所致疾病症状较重。孕妇作为特殊的易感人群,一旦妊娠合并新型冠状病毒肺炎,可能会对母胎造成影响,但目前国内外对这方面的研究有限。为了尽可能地减少其对母胎产生不良后果,我们应增加对这方面的研究。本文旨在通过对患有严重急性呼吸综合征(SARS)、中东呼吸综合征(MERS)和新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的妊娠妇女的妊娠结局进行综述,为今后其他相关新型冠状病毒感染孕妇的监督和管理做出指导,为减少母胎死亡率及做好预防工作提供临床依据。     

甘草酸二胺在普通型新型冠状病毒肺炎患者治疗中的临床价值

新型冠状病毒(2019-nCoV)感染所致不明原因肺炎疫情于2019年12月在湖北省武汉市暴发,并迅速传播到中国多地及其他国家。目前无确认有效的抗病毒治疗方法。曾有报道,甘草酸具有抗炎、保肝、抗病毒、抗氧化、抗肺纤维化及调节免疫等多种药理作用。为探讨甘草酸二胺在普通型新型冠状病毒肺炎(Novel coronavirus pneumonia,NCP)患者治疗中的临床价值,本研究按照随机数字法将我院收治的104例普通型NCP患者分为观察组与对照组,每组52例。对照组患者按照《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)》进行治疗,观察组患者在此基础上加用甘草酸二胺肠溶胶囊(150mg/次,3次/d),均连续治疗2周。之后观察2组的临床疗效,比较2组的C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)、白细胞介素-4(Interleukin-4,IL-4)、肿瘤坏死因子-α(Tumor necrosis factor-α,TNF-α)三项炎性指标以及CD3~+、CD4~+、CD8~+、CD4~+/CD8~+四项免疫功能指标,并观察不良反应发生情况。结果显示,观察组的痊愈率、显效率、总有效率分别为19.23%、28.85%、61.54%,均明显高于对照组(7.69%、17.31%、40.38%)(P0.05)。治疗后,观察组的血清CRP、IL-4、TNF-α水平均明显低于对照组(P0.05);观察组的CD3~+、CD4~+、CD8~+、CD4~+/CD8~+均明显高于对照组(P0.05)。观察组的不良反应发生率(15.38%)明显低于对照组(28.85%)(P0.05)。本研究提示,甘草酸二胺治疗普通型NCP患者的临床疗效显著,安全性高,能够明显抑制机体的炎性反应、提高免疫功能。     

微生态调节剂对新型冠状病毒肺炎靶点干预的研究

正2019年12月以来,湖北武汉市发现新型冠状病毒肺炎患者。随着疫情的蔓延,我国其他地区及境外也相继发现此类病例,引起了我国和世界各国的高度关注。世界卫生组织命名为COVID-19(新型冠状病毒肺炎)。新型冠状病毒主要经呼吸道飞沫和密切接触传播,人群普遍易感,严重危害人民生命健康。为此,我国作为急性呼吸道传染病并纳入《中华人民共和国传染病防治法》规定的乙类传染病,按甲类传染病管理。近日,国家卫生健康委员会与国家中医药管理局发布了《新型冠状     

成功救治危重型新型冠状病毒肺炎患者1例的体会

目的:总结危重型新型冠状病毒肺炎的临床特征和诊治方法,以期为该病的临床诊治提供参考依据。方法:回顾性分析华中科技大学同济医学院附属协和医院西院收治的一例危重型新型冠状病毒肺炎患者的临床资料,并结合相关文献总结危重型新型冠状病毒肺炎患者治疗经验。结果:危重型新型冠状病毒肺炎患者诊治过程中需规范抗炎、抗病毒治疗,选择正确的氧疗方式,着重关注患者的心理及营养问题,准确的评估静脉血栓栓塞症(venous thromboembolism,VTE)发生的风险,及时的预防和治疗VTE。结论:危重型新型冠状病毒肺炎不仅以肺为靶器官造成严重损害,还可能引发心脏、肠道、肾脏等多脏器损害,除常规抗炎、抗病毒、氧疗外,对患者的心理问题、营养问题及VTE的预防与治疗也同样重要。     

《现代生物医学进展》2022年封面设计说明

新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19),简称"新冠肺炎",是由指2019新型冠状病毒感染导致的肺炎。自2019年12月以来,湖北省武汉市部分医院陆续发现了多例有华南海鲜市场暴露史的不明原因肺炎病例,证实为2019新型冠状病毒感染引起的急性呼吸道传染病。截至2021年12月27日24时,据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告,我国现有确诊病例2275例(其中重症病例12例),累计治愈出院病例94575例,累计死亡病例4636例,累计报告确诊病例101486例,现有疑似病例3例。目前,防治该疾病的手段主要有隔离、接种疫苗和环境消毒,对于患者,目前还有注射新冠单克隆中和抗体这一新措施,《现代生物医学进展》高度关注新冠肺炎防治,继去年以重拳抗击新冠作为封面之后,今年以注射治疗新冠肺炎为寓意,设计了该封面,期盼广大医务、科研工作者能够早日战胜新冠肺炎。