GSTP1在先天性巨结肠症中蛋白质表达谱、甲基化检测与表达分析

目的 利用双向凝胶电泳-基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS）技术进行先天性巨结肠症（hirschsprung disease,HD）中蛋白质表达谱的研究;寻找HD中的生物标志物,为临床HD的早期无创性诊断提供依据.方法 分别提取20例HD患者配对狭窄段及正常段肠管组织的总蛋白质,进行双向凝胶电泳、银染,两组凝胶图像差异分析,得到差异蛋白质.对目的谷胱苷肽-S-转移酶1（glutathione S-transferase pi,GSTP1）蛋白质进行MALDI-TOF-MS质谱分析.运用甲基化特异性聚合酶链反应方法检测HD中GSTP1基因启动子区5′端 CpG 岛甲基化程度与表达.采用荧光实时定量PCR方法检测HD中GSTP1基因的mRNA 转录水平.结果 获得了分辨率较高的HD狭窄段及正常段肠管组织双向凝胶电泳图谱;得到阳性结果的差异蛋白质谷胱甘肽-S-转移酶（glutathione S-transferase,GST）.MSP 检测48 例HD,其中狭窄段肠管组织GSTP1基因高甲基化41例;而正常段肠管组织GSTP1基因甲基化仅7例.HD狭窄段肠管组织GSTP1基因mRNA表达低于正常段肠管组织（P〈0.05）.结论 利用双向凝胶电泳-MALDI-TOF-MS质谱技术检测HD组织差异蛋白质所获得的GSTP1蛋白可为寻找HD早期诊断的分子标记物提供理论依据;GSTP1基因异常甲基化、表达与HD的发生发展相关.     

DNA甲基化检测在实体瘤早期诊断中的研究进展

在恶性肿瘤的发生和发展过程中,早期诊断对于患者的生存期和预后具有重大意义,然而受当前检测手段的限制,我国肿瘤的早诊早治率还相对较低。大量研究表明,DNA甲基化检测是一种理想的肿瘤早期诊断方法,是发现最早、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。文章主要综述了DNA甲基化在实体瘤早期诊断中的最新研究进展,旨在为临床诊疗提供新的思路和策略。     

PP1γ基因DNA甲基化在学习记忆中的作用

目的研究蛋白磷酸酶1γ(protein serine/threonine phosphatase,PP1γ)和DNA甲基化在学习记忆中的作用。方法通过DNA甲基化转移酶(DNA methytransferases,DNMTs)抑制剂5-aza-cdR处理小鼠,观察小鼠学习记忆情况及其PP1γ表达变化,通过水迷宫测定小鼠的学习记忆能力,Real-time PCR检测小鼠海马区DNMTs和PP1γmRNA转录水平以及Western-Blot测定PP1γ的蛋白质表达水平。为了进一步探讨5-aza-cdR对小鼠学习记忆的影响是否与细胞增殖和凋亡有关,用5-aza-cdR处理NG108-15神经细胞,流式细胞仪、x Celligence系统和荧光素酶报告基因分别检测5-aza-cdR对细胞增殖、凋亡和PP1γ的转录活性的影响。结果侧脑室注射了5-aza-cdR的小鼠空间学习记忆能力增加,同时小鼠海马区的DNMTs和PP1γ的表达降低;10μmol/L 5-aza-cdR抑制细胞增殖,降低PP1γ的转录活性,但是没有诱导细胞凋亡。结论 5-aza-cdR对PP1γ的表达抑制与小鼠学习记忆有关。     

Nell-1基因启动子区甲基化在胃癌中的研究*

目的:探讨Nell-1基因启动子区不同甲基化位点与胃癌患者术后病理分期及淋巴结转移度之间相关性。方法:收集2012年4月至2012年9月在哈尔滨医科大学附属第四临床医院肿瘤外科25例接受胃癌根治术的病人资料,运用配对t检验及线性回归统计方法,分析Nell-1基因启动子区不同甲基化位点与胃癌患者临床病理资料之间的相关因素。结果:Nell-1基因启动子区不同甲基化位点的胃癌组织组和胃正常组织组甲基化率之间的差别有统计学意义(第1号位点及第38号位点),简单线性回归结果分析显示在第1号位点随着患者术后病理分期逐渐降低,胃癌组织组和胃正常组织组甲基化率之间的差值会逐渐增大(负相关);而在第38号位点随着淋巴结转移度的逐渐增大,胃癌组织组和胃正常组织组甲基化率之间的差值会逐渐增大(正相关)。结论:胃癌的发生受诸多因素的影响,不同甲基化位点其甲基化率不同,其与胃癌患者临床病理资料之间存在一定相关性。     

甲基化特异性PCR检测FMR1 和XIST基因甲基化实验方法的建立

建立一种快速、灵敏的检测脆性X智障基因（Fragile X mental retardation, FMR1）和X染色体失活基因（X chromosome inactivation,XIST）甲基化的方法,用亚硫酸氢钠和对苯二酚对基因组DNA进行脱氨基修饰。以修饰后的DNA为模板,用两套不同的引物对：1对甲基化特异性引物和1对非甲基化特异性引物扩增FMR1基因（CGG）n重复序列区、FMR1 和XIST 基因的启动子区。PCR产物进一步克隆、测序。以亚硫酸氢钠和对苯二酚脱氨基修饰后的DNA为模板,进行PCR扩增后的产物与预期基因目的基因片段大小相符合,无非特异性扩增产物。测序结果表明,FMR1、XIST基因中的非甲基化的C碱基转变为U碱基,而CpG岛被甲基化的C碱基不改变。成功地建立了检测FMR1、XIST甲基化的方法,为实验室诊断脆性X综合征提供了新的方法。     

巢式甲基化特异性PCR检测肺癌病人WIF-1基因启动子区异常甲基化

为了检测肺癌患者血浆中WIF-I基因启动子区的甲基化状态,收集肺癌患者及健康对照者的血浆标本,采用巢式甲基化特异性PCR（nMSP）法检测WIF-I基因启动子区甲基化状态,并与普通甲基化特异性PCR（MSP）法进行了比较,结果在58例肺癌患者血浆样品中经nMSP法发现20例WIF-I基因启动子的过甲基化,用MSP法只检出10例,有吸烟史组WIF-1基因的甲基化率高于无吸烟史组（P〈0．05）．而20例正常对照血浆中都未检测到形胆J基因启动子的过甲基化;表明利用巢式MSP（nMSP）法检测外周血血浆中WIF-1基因启动子的甲基化,可为非损伤性筛选和早期诊断肺癌提供有价值的信息．     

基因检测技术 探针在诊断中的应用

在过去几十年来,世界上用分子水平分析的方法来研究人的基因失调已有许多报告,增加了很多新的知识,这些知识是由于生化的重组基因技术而来,用在单独的分析特异的基因、基因产物以及核酸结构分析编码,基因表达的规律,从而用以检测某些疾病,例如早期妊娠时测定血清或羊水中的基因紊乱,可以及时治疗或预防。     

肿瘤相关基因甲基化检测试剂临床前研究要点

探讨了肿瘤相关基因甲基化检测试剂企业参考品的设置、反应体系的研究,分析性能评估的各个项目以及阳性判断值确定的样本要求,制定研究方案时应充分考虑的因素以及研究过程的质量控制要求等,并且举例说明了推荐采用的研究方法.     

前列腺癌的DNA甲基化及其临床应用

目前认为恶性肿瘤的形成是遗传和表观遗传机制共同作用的结果。表观遗传机制包括DNA甲基化、组蛋白修饰和miRNA。DNA异常甲基化(高甲基化和低甲基化)是前列腺癌最具特征的表观遗传改变, 它能够导致基因组不稳定, 调控基因的异常表达, 在前列腺癌的形成和发展中起到重要作用。同时, DNA甲基化作为前列腺癌表观遗传研究的一个热点, 为临床前列腺癌的早期诊断、预后评估及药物治疗提供新的方法和途径。文章根据前列腺癌的DNA高甲基化和低甲基化的最新研究成果阐述了前列腺癌形成的表观遗传学机制, 并且讨论了它们在前列腺癌临床转化方面的最新研究进展。     

PSA及其相关检测指标在早期前列腺癌诊断中的临床价值

前列腺癌(PCa)是影响老年男性的恶性肿瘤之一,具有较高的发病率和死亡率,我国PCa患者人数逐年升高,因此进行早期的诊断和治疗具有重要意义。前列腺特异性抗原(PSA)对于早期PCa的诊断、治疗和预后具有重要作用,本文分别对PSA相关指标(F/TPSA、CPSA、PSAV、PSAD、PSATZ)应用于早期PCa诊断中的价值进行综述,旨在为临床诊断PCa提供理论依据。     

TaqMan-MGB 探针检测GSTP1外显子5SNP可行性研究

目的：评估TaqMan-MGB探针基因分型方法检测已知SNP的可行性,并与传统的PCR-RFLP方法比较。方法：高通量的TaqMan-MGB探针基因分型方法已被用来检测单核苷酸多态性（SNP）。在321倒样本中,同时用TaqMan-MGB探针基因分型方法和PCR—RFLP方法检测GSTP1外显子5SNP。结果：2种方法所得结果完全一致。野生型（AA）226例（70．4％）,杂合子（AG）92例（28．7％）,纯合突变型3例（O．9％）。结论：TaqMan-MGB探针基因分型方法是一种能快速、高度特异性、高度自动化检测SNP的方法。可用于大规模的基因分型。     

半胱氨酸双加氧酶1基因启动子甲基化在肿瘤研究中的应用

半胱氨酸双加氧酶1 (cysteine dioxygenase 1,CDO1)是一种肿瘤抑制基因（tumor suppressor gene,TSG）,参与细胞增殖、分化、凋亡及铁死亡等一系列生理过程。DNA甲基化是人类肿瘤中表观遗传学修饰的主要方式之一,CDO1是一种与恶性肿瘤高度相关的甲基化基因（highly relevant methylation gene,HRMG）,在多种人类癌症中被其甲基化启动子所沉默,甲基化的CDO1基因启动子是人类肿瘤中最常见的早期特异性诊断标志物之一。本文就CDO1生物学功能及其启动子DNA的甲基化在肿瘤中的作用及调控作一综述。     

DNA甲基化标志物的无创性检测在肺癌早期诊断中的应用

肺癌居癌症死亡率之首,寻找有效的无创性早期检测手段,对提高肺癌患者5年生存率至关重要。目前DNA甲基化标志物用于癌前或早期病变的研究逐渐系统深入。该文重点讨论肺癌患者体液中的DNA甲基化标志物,探讨无创性检测DNA甲基化标志物在肺癌早期诊断中的应用前景。     

基于TCGA数据库结肠癌RBL1基因甲基化水平的诊断与预后分析

视网膜母细胞瘤样蛋白1(RBL1/p105)是视网膜母细胞瘤蛋白质家族的成员之一,RBL1通常被认为是抑癌基因,在细胞增殖、凋亡、分化中发挥重要作用。该文探讨RBL1基因在结肠癌诊断和预后中的作用和可能的机制。利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的结肠癌病例资料和芯片数据,筛选RBL1基因差异甲基化位点,并通过Cox回归模型研究甲基化位点与结肠癌患者预后之间的关系。该研究发现,待研究的癌组织RBL1基因启动子甲基化水平高于癌旁组织(0.120±0.012 vs 0.113±0.008, P=0.000 04)。随后,研究者采用受试者工作特征(ROC)曲线来评价RBL1基因启动子甲基化水平的诊断价值,用曲线下面积(AUC)作为诊断价值的评判标准。研究发现,启动子区甲基化的AUC达到0.732,对应的灵敏度为80.5%、特异度为55.3%。Cox多因素分析结果发现, cg04086771高甲基化是结肠癌患者预后的独立危险因素(P=0.002)。该研究通过对TCGA数据库的挖掘,发现RBL1基因启动子区甲基化均值可能与结肠癌发病风险有关,同时RBL1基因的甲基化位点的甲基化水平对结肠癌的预后有影响。     

GSTP1、E-cadherin在垂体腺瘤中的表达及临床意义

目的：研究谷胱甘肽S-转移酶P1（GSTP1）、上皮钙粘蛋白（E-cadherin）在垂体腺瘤中的表达及临床意义。方法：应用免疫组化SP染色法检测30例侵袭性垂体腺瘤与30例非侵袭性垂体腺瘤中GSTP1、E-cadherin的表达。结果：GSTP1在侵袭性垂体腺瘤中的表达较非侵袭性垂体腺瘤显著降低（P〈0.05）;E-cadherin在侵袭性垂体腺瘤中的表达较非侵袭性垂体腺瘤显著降低（P〈0.05）;GSTP1、E-cadherin在垂体腺瘤中的表达呈正相关（r=0.82,P〈0.05）。结论：GSTP1、E-cadherin在垂体腺瘤中的表达与肿瘤侵袭程度显著相关,两者联合检测有助于判断垂体腺瘤侵袭性及预后。     

纳米孔基因测序技术在DNA甲基化修饰检测中的应用研究进展

DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰类型之一,其中哺乳动物基因组中最常见的5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)甲基化修饰参与了许多重要的生命活动,其含量的异常与疾病,尤其是癌症的发生发展密切相关。当前检测5mC修饰最常用的方法是基于亚硫酸氢盐转化的第二代基因测序技术,该方法虽然转化效率高且测定准确,但仍然存在不足之处,包括DNA分子降解、处理过程繁杂、测序读长较短、检测特异性不高等。近些年发展起来的纳米孔基因测序技术凭借其能对DNA修饰直接进行检测,且具有读长长、通量高、速度快等特点,在DNA表观遗传修饰检测方面展现了良好优势。本文对DNA的5mC修饰的形成及其经典的检测方法进行了简要介绍,并重点介绍了纳米孔基因测序技术在DNA的5mC修饰检测中的应用研究进展。     

巢式甲基化特异性PCR检测不同类型组织标本中WIF-1基因启动子异常甲基化

目的:采用一种高灵敏度的DNA甲基化分析方法,即巢式甲基化特异性PCR法(nested-MSP,nMSP),检测外科手术切除新鲜组织、石蜡包埋组织及纤维支气管镜活检组织中WIF-1基因启动子的异常甲基化状态。方法:将基因组DNA变性成为单链,用亚硫酸氢盐修饰单链DNA,所有未甲基化的胞嘧啶被转变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶则不变。设计针对甲基化和非甲基化等位基因的特异引物,进行巢式PCR扩增,最后经凝胶电泳检测目的片段。结果:在3种类型的原发性非小细胞肺癌标本中都检测出了WIF-1基因启动子的异常甲基化。结论:巢式甲基化特异性PCR是一种灵敏度高、特异性强的甲基化检测方法,可广泛应用于不同类型标本基因启动子甲基化的分析。     

GSTP1、E-cadherin 在垂体腺瘤中的表达及临床意义

目的:研究谷胱甘肽S-转移酶P1(GSTP1)、上皮钙粘蛋白(E-cadherin)在垂体腺瘤中的表达及临床意义。方法:应用免疫组化SP染色法检测30例侵袭性垂体腺瘤与30例非侵袭性垂体腺瘤中GSTP1、E-cadherin的表达。结果:GSTP1在侵袭性垂体腺瘤中的表达较非侵袭性垂体腺瘤显著降低(P<0.05);E-cadherin在侵袭性垂体腺瘤中的表达较非侵袭性垂体腺瘤显著降低(P<0.05);GSTP1、E-cadherin在垂体腺瘤中的表达呈正相关(r=0.82,P<0.05)。结论:GSTP1、E-cadherin在垂体腺瘤中的表达与肿瘤侵袭程度显著相关,两者联合检测有助于判断垂体腺瘤侵袭性及预后。     

Fibulin3基因在非小细胞肺癌中的蛋白表达及甲基化检测

目的:检测Fibulin3基因在非小细胞肺癌患者(non-small cell hung cancer,NSCLC)组织中的表达和甲基化状态,并分析其临床病理意义.方法:收集59例NSCLC患者术后病理蜡块,进行免疫组化染色;提取癌组织及相应癌旁组织DNA,甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)检测Fibulin3基因启动子区甲基化情况.结果:59例NSCLC标本中,25例(42.4%)Fibulin3表达水平比相应癌旁组织下调(P＜0.05);癌组织和相应癌旁组织甲基化22例和5例检出Fibulin3基因启动子区高甲基化,其阳性率分别为37.3%和8.5%,差异具有统计学意义(P＜0.001);Fibulin3启动子甲基化导致蛋白表达下调或缺失(P＜0.001),并与临床分期(P=0.035)及淋巴结转移(P=0.011)相关.结论:启动子甲基化引起的Fibulin3基因失活在NSCLC发生发展中起重要作用,Fibulin3启动子甲基化可能成为NSCLC早期诊断和预后评估的潜在标记物.     

TRF1、TRF2和POT1基因mRNA在前列腺癌组织中的表达

目的:探究端粒重复序列结合蛋白质1(TRF1)、TRF2和端粒保护蛋白(POT1)基因mRNA在前列腺癌(PCa)组织中的表达。方法:收集46例PCa患者肿瘤中心组织(中心组织组)和35例前列腺增生(BPH)患者BPH组织(BPH组织组),提取总RNA,逆转录成cDNA,采用定量PCR测定TRF1、TRF2和POT1在中心组织组和BPH组织基因mRNA的表达,采用基因mRNA所得CT值与β-actin mRNA所得CT值之差(△CT值)表示,并进行差异性分析。结果:中心组织组TRF1的△CT值高于BPH组织组,差异有统计学意义(Z=-3.469,P=0.001);TRF2的△CT值分别为8.49(5.75,10.21)和8.16(6.28,9.75),差异无统计学意义(Z=-1.719,P=0.086);中心组织组POT1的△CT值高于BPH组织组,差异有统计学意义(t=-18.48,P=0.000)。结论:TRF1和POT1在PCa肿瘤组织中的表达升高,说明TRF1和POT1的高表达可能与PCa的发生和发展有关,但TRF2在PCa肿瘤中心组织和BPH组织中的表达没有表现出差异,有待进一步研究。