用于蛋白质同源模建及三维结构预测的结构比较方法

继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族,寻求联配参数的普适“缺省值“;比较不同的主链曲率和挠率的计算方法,进一步确认主链的折红红分几何刻划方法的有效性;寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明,编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的,可用于蛋白质三维结构预测。     

一种快速和优质的蛋白质结构刚体叠加方法

统计了１１０族同源蛋白质的多重结构联配结果,得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加,用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较,此法可达到相同的品质（尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离）,但ＣＰＵ时间降了１个到２个数量级,对大蛋白更为明显。     

蛋白质结构比较的微分几何方法

本文提出了一种利用蛋白质主链结构的微分几何描述实现蛋白质结构比较的新方法,即用主链的曲率和扰率刻划蛋白质结构有局部构象,再按动态规划算法实现最佳比较。通过对珠蛋白,天冬氨酸蛋白酶和丝氨酸蛋白酶的多重比较表明这个方法既适用于近缘同源蛋白又适用于近缘同源蛋白又适用于远缘同源蛋白的结构比较。     

蛋白质命名及结构研究小史

蛋白质是生命现象的物质基础,是一切生命活动的体现者。它在生物体内参与着生命过程的整个工作,其功能极其复杂、高效和奥秘无穷,近百年来,便吸引着化学、生物学家对它们的重视、研究、探索乃至征服。     

蛋白质中的螺旋结构与功能

蛋白质是一类结构复杂与功能多样的生物大分子,但其中普遍存在着螺旋结构。蛋白质中的α螺旋是遗传信息传递与表达和肽链进一步折叠形成不同构象的分子基础,而球蛋白和纤维蛋白中的螺旋结构是行使特定功能的分子基础。     

MODELING METHOD OF LOOP FOR PROTEIN ENGINEERING

IntroductionAfullunderstandingofproteinfunctionrequiresaknowledgeof＊thedgethree－d［men－slonalstructures．SuchstructuralInformationIsusuallyprovldedbyhlgh－resolutlonX－rayandneutrondlffractlonstudiesorsolutionnuclearmagneticresonanceexperiments．ThestudyofproteintertiarystructureshasledtoagreaterInsightIntomanyimportantbiologicalprocesses．Unfortunately，formanyprotelnssuchexperlmentallydetermlnedstructuresareIncompleteornonexistent．Forexample，nostructuralInformationmaybeavailablefort…     

A NEW FACILE METHOD FOR SPIN-LABELING OF OLIGONUCLEOTIDES

A new facile method for spin-labeling suitable for DNA and RNA oligonucleotides is presented. The nitroxide 3-ethenyl-2,2,5,5-tetramethyl-pyrrolin-1-yloxy was directly introduced during automated solid-phase synthesis by a Pd(0) cross coupling reaction. The main advantages of this procedure are the small amount of spin-label needed for the derivatisation of the oligonucleotide and the high coupling efficiency on the solid phase.     

重建系统演化树的一种新方法--试错法

重建系统演化树是进化研究的一个极为重要的方面。系统树的构建依赖于一定的方法和数据。在分子系统演化研究中,所使用的数据大多是ＤＮＡ序列、氨基酸序列和分子标记。而就构树方法来说,ＮＪ法、ＭＬ法和ＭＰ法是三种最为普遍使用的方法。本文给出了一种新的建树方法,即试错法。该方法不但具有与ＮＪ法一样好的建树效果,而且不存在难以解释的负枝长问题。     

A METHOD FOR THE RAPID DIALYSIS OF LARGE VOLUMES OF PROTEIN SOLUTIONS

A method is described by which moderately large quantities of protein solutions can be dialyzed relatively free of salts within 12 to 24 hours. The use of "Visking" tubes instead of collodion bags is recommended, for speed of dialysis as well as ease of manipulation.     

A NEW METHOD FOR THE DETERMINATION OF OSMOTIC PRESSURE

Lockhart , James A. (California Inst. Tech., Pasadena.) A new method for the determination of osmotic pressure. Amer. Jour. Bot. 46(10): 704–708. Illus. 1959.—A new method for the determination of osmotic pressure in appropriate plant tissues is described. This method is based on the observation that the degree of deformability of tissue equilibrated in hypertonic solution is a linear function of the extent by which the external osmotic pressure exceeds the osmotic pressure of the cell contents. Extrapolation of the deformability vs. external osmotic pressure to zero deformation yields, then, the osmotic pressure of the tissue at limiting plasmolysis. It is shown that the osmotic pressure determinations are independent of incubation time and magnitude of applied force. A simple device is described for measuring bending throughout a wide range of angles, while keeping the applied force constant.     

蛋白质中原子与基团的可及性的一种新计算方法及其应用

实现了一种新的蛋白质中原子层次可及面积的计算方法－Ｍｏｎｔｅ－Ｃａｒｌｏ模拟方法。计算了溶菌酶各个原子与功能基团的可及性,并应用于蛋白质结构和功能的研究中。使得对蛋白质性能的预测更准确,提供了一种对蛋白质结构和功能研究的新思路。