| 利用长距离PCR扩增国内肠道病毒流行株基因组方法的建立和评价 |
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| 引用本文： | 姜棋予,冯帆,柴燕涛,孙慧伟,貌盼勇,侯俊,伯晓晨.利用长距离PCR扩增国内肠道病毒流行株基因组方法的建立和评价[J].生物技术通讯,2019(3):326-331. |
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| 作者姓名： | 姜棋予 冯帆 柴燕涛 孙慧伟 貌盼勇 侯俊 伯晓晨 |
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| 作者单位： | 军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所;解放军总医院第五医学中心临床检验医学中心;解放军总医院第五医学中心临床研究管理中心 |
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| 摘 要： | 目的:通过调查近年来我国肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒A16型流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理研究等打下基础。方法:收集我国近5年各地报道的肠道病毒流行株全基因组序列作为参考序列进行比对分析,在保守区设计通用引物,利用3'RACE、长距离PCR扩增及简并引物扩增肠道病毒全基因组序列,采用IonTorrentPGM二代测序仪对扩增产物进行深度测序,以对扩增方法进行验证和评价。结果:通过比对肠道病毒流行株序列设计了通用扩增引物,经二代测序实验获得了肠道病毒全基因组序列;以系列比例模拟混合病毒感染,该扩增方法能够同时获得2株肠道病毒的全基因组序列;能够完整地揭示肠道病毒重组情况。结论:建立了针对我国近年来肠道病毒流行株的通用全基因组扩增方法,在病毒培养液中肠道病毒的提取与扩增中显示了较高的灵敏度,能够反映混合病毒感染、重组病毒的情况。
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| 关 键 词： | 手足口病 肠道病毒 二代测序 全基因组 |
Establishment and Evaluation of a Long-Distance PCR Method for Amplifying the Genome of Domestic Enterovirus Epidemic Strains |
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| JIANG Qi-Yu,FENG Fan,CHAI Yan-Tao,SUN Hui-Wei,MAO Pan-Yong,HOU Jun,BO Xiao-Chen.Establishment and Evaluation of a Long-Distance PCR Method for Amplifying the Genome of Domestic Enterovirus Epidemic Strains[J].Letters in Biotechnology,2019(3):326-331. |
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| Authors: | JIANG Qi-Yu FENG Fan CHAI Yan-Tao SUN Hui-Wei MAO Pan-Yong HOU Jun BO Xiao-Chen |
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| Institution: | (Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 100850;Center for Clinical Laboratory,5th Medical Center of PLA General Hospital, Beijing 100039,China;Research Center for Clinical and Translational Medicine, 5th Medical Center of PLA General Hospital, Beijing 100039,China) |
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| Abstract: | JIANG Qi-Yu;FENG Fan;CHAI Yan-Tao;SUN Hui-Wei;MAO Pan-Yong;HOU Jun;BO Xiao-Chen(Beijing Institute of Radiation Medicine, Beijing 100850;Center for Clinical Laboratory,5th Medical Center of PLA General Hospital, Beijing 100039,China;Research Center for Clinical and Translational Medicine, 5th Medical Center of PLA General Hospital, Beijing 100039,China) |
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| Keywords: | hand foot and mouth disease enterovirus second generation sequencing whole genome |
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