一种基于Z-Curve映射下DNA序列信噪比的快速算法研究

DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征.针对信噪比计算量大的问题,给出基于Z-Curve映射下快速计算信噪比的方法,该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明,快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上,极大减小基因的信噪比计算时间.     

基于指标自动筛选的新疆开孔河流域生态健康评价

生态健康评价对了解区域生态健康状况和促进区域可持续发展具有重要意义,如何自动筛选出能反映生态系统特性的重要指标,是生态健康定量评估的关键问题。基于压力-状态-响应(PSR,Press-State-Response)框架和生态等级网络框架(EHN,Ecological Hierarchy Network),通过文献调研和因果分析建立要素层与指标层之间的交叉联系,构建了生态健康评价"网状"指标体系;在保证指标体系完备性基础上,通过结合主成分分析和熵权法的候选指标权重的客观计算,基于目标优化理论构建了评价指标的自动筛选模型,并基于中选指标计算了新疆开孔河流域2001—2017年生态健康指数(EHCI,Ecological Health Comprehensive Indexes),分析其空间分异和时间变化特征。结果表明:利用所建立的评价指标自动筛选模型,开孔河流域生态健康评价指标由31个候选指标自动筛选出了17个中选指标,用54.8%的指标表达了85.98%的信息,中选的17个指标在干旱/半干旱区域有关文献中应用较多,使用频次比例都在20%以上,其中归一化植被指数(NDVI,Normalized Difference Vegetation Index)、年降水量和植被覆盖度(FVC,Fractional Vegetation Coverage)3个指标的使用频次百分比均超过了50%,说明指标自动筛选模型的合理性;开孔河流域空间分布差异显著,总体上西北高、东南低,东南部和中部绿洲区外围生态健康状况较差,西北部河谷地带和中部两大绿洲区生态健康状况较好;17年来,流域生态质量整体趋于改善,显著改善区域占10.26%,远高于显著退化的1.61%,显著改善区域以孔雀河绿洲最为明显。开孔河流域生态健康的总体好转趋势说明区域生态综合治理取得一定成效。     

SP(0《p《1)上的Ces(a)ro算子是有界的

对0＜p＜1,记SP为具有HP导数的解析函数空间,即SP={f:f∈H(D),f′∈HP},定义f的SP范数为f P = |f(0)| + ‖f′‖P.本文证明了SP(0＜p＜1)上的Ces(a)ro算子的有界性.     

ω-3 多不饱和脂肪酸对母婴健康结局影响的研究进展

综述了国内外研究中ω-3 PUFAs补充与妊娠期间母婴健康结局的关系以及目前推荐摄入的国家的现状和推荐后所带来的健康效益，为我国妇女在妊娠期间是否需要补充剂ω-3 PUFAs以及其推荐摄入量提供科学依据。     

Immunological Properties of Recombinant Mycobacterium bovis Bacillus Calmette-Guérin Strain Expressing Fusion Protein IL-2-ESAT-6

The live vaccine Mycobacterium bovis bacillus Calmette-Guérin (BCG) provides variableefficacy against adult pulmonary tuberculosis (TB).Recombinant BCG,expressing either immunodominantantigens or Th1 cytokines,is a promising strategy for developing a new TB vaccine.However,not much isknown about whether the introduction of cytokine and specific antigen genes concurrently into the BCGstrain could improve the immunogenicity of BCG.In this study,a recombinant BCG strain (rBCG) expressingthe fusion protein human interleukin (IL)-2 and ESAT-6 (early secreted antigenic target-6 kDa) antigen ofMycobacterium tuberculosis was constructed.Six weeks after BALB/c mice (H-2~d) were immunizedwith 10~6 colony forming units (CFUs) BCG or rBCG,splenocyte proliferation was determined with MTT[3-(4,5-dimethylthiazolyl-2)-2,5-diphenyltetrazolium bromide] assay,IL-4 and interferon (IFN)-γproducedby splenocytes were tested by enzyme linked immunosorbent assay (ELISA,) and the cytotoxicity ofsplenocytes from immunized mice to P815 cells (H-2~d) expressing ESAT-6 protein was measured usingCytoTox 96 Non-Radioactive Cytotoxicity Assay.Compared with native BCG-vaccinated mice,rBCG inducedstronger Th1 responses that were confirmed by high lymphoproliferative responses and IFN-γproductionto culture filtrate protein (CFP) or ESAT-6 protein.Moreover,rBCG induced significant enhanced CTLresponses against P815-ESAT-6 cells.Results from rBCG-immunized mice demonstrated that introducingthe il-2 and esat-6 genes into BCG could enhance Th1 type immune responses to ESAT-6.Further investigationis needed by introducing other Th1 cytokines and antigens into BCG to optimize the protective efficacyagainst TB.     

流感病毒抑制剂的研究进展

流感病毒(Influenza Virus,IVs)属于正黏病毒科(Orthomyyxoviridae),单股负链RNA包膜病毒,由于其传播和变异速度快,且致病力和致死率高,严重威胁人类的健康和生命.理论上,抑制流感病毒生命周期的任何一个阶段,都可以有效地抑制病毒的复制和传播.目前FDA已批准的药物主要作用于子代病毒的释放阶段,随着流感病毒耐药问题的日益严重,不同作用机制的抑制剂不断被发现,部分已经进入临床研究阶段.新技术、新思路持续推进着流感病毒抑制剂的研究,本文将对最新的流感病毒抑制剂研究进展进行综述,旨在为新型的流感病毒抑制剂的设计和研发提供参考和思路.     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2膜蛋白对宿主细胞pre-mRNA 3"UTR加工的影响

目的 研究严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）膜蛋白对宿主细胞mRNA前体（pre-mRNA）3"非翻译区（UTR）加工的影响。方法 本研究以人肺上皮细胞系A549为模型，利用瞬时转染在细胞内过表达SARS-CoV-2膜蛋白；利用RNA-Seq测序技术及生物信息学分析方法，系统性描绘宿主细胞选择性多聚腺苷酸化（alternative polyadenylation，APA）事件；Metascape数据库对发生显著APA变化的基因进行功能富集分析；RT-qPCR验证靶基因3"UTR长度变化；蛋白质免疫印迹（Western blot）检测目的蛋白表达水平。结果 SARS-CoV-2膜蛋白外源表达后宿主细胞内共813个基因发生显著APA变化。GO和KEGG分析显示，差异APA基因广泛参与有丝分裂细胞周期、调节细胞应激等生物过程，涉及病毒感染和蛋白质加工等。从中进一步筛选出AKT1基因，在IGV软件中显示3"UTR延长；RT-qPCR验证AKT1基因的3"UTR长度变化趋势；Western blot结果显示AKT1蛋白磷酸化水平增加。结论 SARS-CoV-2膜蛋白潜在影响宿主pre-mRNA的3"UTR加工，其中参与多种病毒性生物过程的AKT1基因 3"UTR延长，且其编码的蛋白质功能在细胞内被激活。     

奥利司他逆转肺腺癌A549/DDP细胞株顺铂耐药及机制研究

本研究的目的是观察奥利司他(Orlistat)逆转肺腺癌耐顺铂细胞株A549/DDP的耐药作用并考察其可能的分子机制。应用CCK-8法检测并计算肺腺癌耐药细胞株A549/DDP对顺铂(cisplatin, DDP)的耐药指数(resistance index, RI),筛选奥利司他的最佳实验浓度并观察其对A549/DDP细胞的耐药逆转效果;倒置荧光显微镜下观察各实验组细胞的形态学变化及Hoechst 33258荧光染色后细胞凋亡形态学改变;采用流式细胞术检测不同药物处理对细胞凋亡率的影响;Western blotting检测各实验组细胞P-gp、FASN、PI3K、Akt、p-Akt、NF-κB、Bcl-2和cleved-caspase-3的表达情况。结果显示,奥利司他抑制了A549/DDP耐药细胞株的增殖,且具有浓度依赖性。奥利司他与DDP联用增加了耐药株A549/DDP细胞对DDP的敏感性,耐药逆转倍数为5.02。倒置荧光显微镜观察到联合用药组细胞出现了明显的凋亡形态学改变。流式细胞术结果表明,与对照组和单药组比较,两种药物联用后细胞的凋亡率显著提高(p0.05)。Western blotting检测结果显示,相较于其它3组,联合用药组中耐药相关蛋白P-gp表达下调(p0.01),PI3K、p-Akt、NF-κB表达水平均显著降低(p0.01),抗凋亡蛋白Bcl-2表达下降(p0.01),凋亡相关蛋白cleved-caspase-3表达上调(p0.01);虽然FASN的表达在单用奥利司他组及联合用药组中均降低,但这两组间的FASN表达水平并无统计学差异。以上结果表明,奥利司他能够提高A549/DDP耐药细胞株对化疗药物DDP的敏感性,具有逆转肺腺癌细胞耐药性的作用,其机制与降低耐药蛋白P-gp的表达、抑制PI3K/Akt/NF-κB信号通路以及其下游凋亡相关蛋白有关。