《自然－免疫学》：研究人员探明过敏体质部分原因

日本理化研究所近日发表新闻公报说。其研究人员与美国同行经动物实验发现，负责合成转录因子Mina的基因存在单核苷酸多态性。这一特点与过敏症发病相关。     

新疆地方绵羊TLR9基因多态性分析

通过分析TLR9基因的多态性,探究新疆不同绵羊品种抗病力的分子机制。以塔什库尔干羊、和田羊和多浪羊共107个样本为研究对象,采用PCR、测序法和生物信息学方法分析TLR9基因的SNP及氨基酸差异。发现7个SNP,其中3个位点为同义突变,4个位点为非同义突变,确定为12个等位基因,其中新发现6个等位基因。首次发现氨基酸G437R的突变。6个等位基因对应的TLR9蛋白3-D结构存在差异,可能影响机体对PAMP的识别。绵羊TLR9基因外显子2具有较高的多态性,导致LRR空间结构改变,进而影响机体对疾病的感受性。本研究为新疆南疆地区绵羊抗病育种提供基础数据。     

难培养菌的多条带PCR产物产生原因分析

【目的】分析严重威胁柑橘产业发展的毁灭性病害——柑橘黄龙病的强致病性病原亚洲种“Candidatus Liberibacter asiaticus”的种群多样性研究中出现多条带PCR产物的原因,为难培养菌的分子生物学研究提供参考。【方法】通过使用PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和测序相结合分析“Ca. L. asiaticus”基因组上2个短串联重复(Short tandem repeats,STR)基因的PCR产物。【结果】单个菌株可扩增获得多个PCR条带且其扩增产物多态性受寄主品种影响;这2个STR基因的PCR产物在菌株间呈明显的多态性;扩增所获得的序列可来自“Ca. L. asiaticus”本身,也可来自其寄主或内生菌。【结论】难培养菌的STR基因PCR产物多态性产生的主要原因是该基因内部的串联重复序列数目存在差异,但目的菌及外源物种(寄主或内生菌等)基因组的非特异性扩增也是影响其多态性的因素。     

与老年黄斑病变有关的单核苷酸多态性

老年黄斑病变(AMD)是导致50岁以上的人失明的最常见的原因,它部分的原因是继承了易感基因。在AMD中,视网膜中的感光细胞受损,导致中央视觉逐渐消失。AMD有2种：湿型和干型。湿型AMD对患者危害最严重,因为视觉消失的速     

基于EST数据库进行SNP分子标记开发的研究进展及在猕猴桃属植物中的应用研究

对基于EST数据库开发SNP标记的特点、开发策略等进行了综述,并介绍了在中华猕猴桃复合体(Actinidia chinesis Planch.)中开发EST-SNP的基本思路和初步结果,为后续分子实验验证及其在自然居群中的应用奠定基础,并为其它相关物种的EST-SNP分子标记开发提供借鉴.     

SLC30A8 基因rsl3266634 多态性与内蒙古地区汉族人群2 型糖尿 病的相关性研究

目的:研究内蒙古地区汉族人群SLC30A8(solute carrier family 30,member 8)基因rsl3266634单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)的等位基因和基因型频率分布与2型糖尿病(Type 2 diabetes,T2DM)的相关性。方法:采用等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR),对222例内蒙古地区汉族人(其中T2DM组125例,正常对照NC组97例)rsl3266634进行基因分型。结果:T2DM组中rsl3266634的C等位基因频率、CC基因型频率分别为61.2%和28.4%,均显著高于NC组的53.1%和24.7%(P值均<0.05);而T2DM组的TT基因型频率为6.4%,显著低于NC组的18.6%(P<0.05)。C等位基因携带者患T2DM的风险是T等位基因的1.64倍(OR=1.64,95%CI=1.125-2.402)。结论:SLC30A8基因rsl3266634多态性位点的C等位基因可能是T2DM的风险等位基因,该位点C/T多态性与内蒙古地区汉族人群T2DM具有相关性,可能是内蒙古地区汉族人T2DM的易感基因之一。     

AGT基因SNPs与哈萨克族高血压左室肥厚关系的研究

目的探讨血管紧张素原基因（angiotensinogen gene,AGT）-6A／G,-20A／C,M235T和T174M 4个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）与新疆哈萨克族高血压患者左室肥厚的关系。方法采用低渗溶血法破裂血细胞、蛋白酶K消化、饱和酚／氯仿抽提法提取白细胞基因组DNA。采用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性（polymerase chain reaction—restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP）技术进行个体基因型分型。结果①在不考虑年龄、高血压病史时间、性别及收缩压、舒张压对左室肥厚的影响的前提下,未发现-6A／G、-20A／C与哈萨克族高血压左室肥厚的相关关系。②在以性别作为亚变量的分析结果中,我们发现-6A／G和-20A／C分别与哈萨克族女性和男性高血压左室肥厚相关。③不同SNPs间的配对连锁不平衡分析结果显示,除M235T与T174M之间外,其他各位点间存在有统计学意义的连锁不平衡关系。④单体型分析结果发现,研究人群AGT基因-6A／G、-20A／C、M235T和T174M4个SNPs构成了11种主要的单体型,其中H2（A—G—M—T）、H5（C—A—M—M）、H6（C—A-T—T）、H9（C-A—T—M）的频率在左室肥厚、非左室肥厚两组的分布存在差异,且具有统计学意义（P〈0．05）。结论AGT基因-6A／G、-20A／C、M235T和T174M变异可能与新疆哈萨克族高血压左室肥厚有关。     

癫痫相关基因SCN1A启动子区多态性位点的生物信息学分析

SCN1A是多种神经系统疾病的致病基因,该基因的精确表达对于维持神经系统正常功能非常重要.为了认识SCN1A启动子区多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的保守性及其功能意义,应用生物信息学方法分析了目前已发表位于SCN1A启动子区的11个SNPs,分别命名S1～S11.分析结果表明,S3、S5和S7等位基因频率没有人种差异性,其余SNP等位基因频率均有人种差异性;接近核心启动子的SNPs要比远离核心启动子SNPs的保守程度高,提示靠近核心启动子的SNPs影响SCN1A基因表达的概率可能越大;大部分SNPs祖传等位基因在哺乳动物中是保守的(S3除外),暗示这些SNPs新生等位基因有可能在人类进化过程起到一定的作用:启动子分析软件预测发现,含S2、S4、S8及S9等4个SNPs不同等位基因的同一序列分别存在不同转录因子结合元件,而含S1和S11不同等位基因的同一序列都只能预测到含其中一个等位基因的序列存在转录因子结合元件,这些差异可能是SNPs影响SCN1A表达的重要原因之一.这些分析将为进一步研究SCN1A启动子区SNPs与神经系统疾病的相互关系打下基础.     

中国汉族人群MASP2基因单核苷酸多态性的连锁不平衡和单体型分析

目的：探讨中国汉族人群甘露糖结合凝集素相关的丝氨酸蛋白酶（MASP2）基因单核苷酸多态性（SNP）的连锁不平衡和单体型,为相关研究提供更为详实的数据。方法：选取30例广州汉族无关个体,用重新测序的方法进行MASP2基因SNP的发掘,构建连锁不平衡（LD）模式,与HapMap公布的其他4个人群数据相比,并选择4个标签SNP（tagSNP）在232例北京汉族个体和291例广州汉族个体中分析MASP2的多态性和单体型。结果和结论：对MASP2的重测序共检测出16个SNP,LD分析显示来自中国不同地区人群的LD模式基本相同,与来自美国和日本的人群存在差异;北京和广州地区汉族人群tagSNP的等位基因和基因型频率分布不存在显著差异。     

大河猪76个STR基因座的遗传多态性

大河猪是中国西南中海拔地区代表性猪种之一,长期以来在当地养猪生产中发挥了重要作用。为了阐明其群体遗传变异情况,为进一步有效保护和合理利用提供科学依据,采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种60个随机抽样个体进行了微卫星PCR–聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。共检测到347个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在3—10个之间,平均每个座位等位基因数4.57个,有效等位基因数3.50个,群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0.696 2±0.071 6和0.644 1±0.091 4。结果表明,大河猪群体遗传多样性较丰富,选择潜力较大。